导读:本文包含了基因标志论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,标志物,基因组,中心点,算法,肿瘤,细胞。
基因标志论文文献综述
汤辉,杜月明,陈奇峰,张宇[1]（2019）在《口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的分析》一文中研究指出目的通过生物信息分析途径对口腔鳞状细胞癌患者与正常人群的差异基因进行分析,从分子水平探讨关键基因以及参与的信号通路,初步探索口腔鳞状细胞癌发生、发展的基因标志物。方法从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载口腔鳞状细胞癌的相关芯片数据(GSE3524和GSE6631),筛选出口腔鳞状细胞癌组织和对照组织表达有显着差异的基因。并对其功能及预后进行分析。结果共筛选出129个差异表达基因,其中表达上调45个,下调84个,对其进行基因本体、京都基因与基因组百科全书和蛋白互作网络分析,发现分泌型焦磷酸蛋白(secreted phosphoprotein 1, SPP1)、金属基质蛋白酶(matrix metalloproteinase 1,MMP1)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin family E member 1,SERPINE1)、纤溶酶原激活剂(plasminogen activator urokinase,PLAU)处于基因核心节点位置。同时,根据这些关键基因表达水平的高低对口腔鳞状细胞癌患者进行分组,高表达组患者生存时间均低于低表达组,差异有统计学意义(P_(SPP1)=0.045、P_(MMP1)=0.046、P_(SERPINE1)=0.0024和P_(PLAU)=0.00049)。结论基因组学分析方法筛选出的关键基因和信号通路有助于研究口腔鳞状细胞癌发生、发展的机制,也进一步为治疗靶点及预后分子标志物的选择提供了依据。(本文来源于《口腔医学》期刊2019年08期）
耿继武,周兆明,山常国,文磊,刘浩[2]（2019）在《正常肺组织急性重离子照射后基因标志物分析》一文中研究指出目的:探索急性重离子辐射后早期差异表达的基因,以期查找出可提示重离子辐射的潜在基因标志物。方法:采用8～10周龄C57BL6雌性小鼠,随机分为照射组(12.5 Gy)和空白对照组(0 Gy),分组进行重离子全肺野照射或假照,于照射后2、24 h提取肺组织,借助基因芯片进行全基因组转录水平分析;予以实验动物梯度剂量照射,观察重离子敏感基因在照后第7天的量效关系。结果:小鼠肺组织经重离子照射后2 h,Trp53inp1、Phlda3、Ddit4l、Gtse1、Sesn2、Bbc3、Mdm2、Ptp4a1、Pmaip1与Osgin1等基因mRNA表达水平出现与辐射相关的显着增加;而同一时间点,Wisp2、IL33、Dido1、Efcab4a、Myo1f等5个基因显着下调。在照射后24 h,Phlda3、Ddit4l、Trp53inp1、Gtse1、Sesn2、Exoc4、Ephx1、Thyn1、Ei24等9个基因表达水平也出现了显着上升;而Gpihbp1、Sla、Hist1h3ah、Stc1、Cd2等5个基因则出现显着下调。急性期重离子辐射敏感基因在7 d梯度剂量照射实验被证实呈显着剂量依赖性上升趋势。结论:研究发现Trp53inp1、Phlda3、Sesn2、Gtse1与Ddit4l等5个可作为检测肺组织受到高线性能量传递射线辐射后发生应激反应的潜在基因标志物,这些应激反应辐射敏感基因仍有待在基因表达水平和蛋白水平的进一步验证。(本文来源于《中国医学物理学杂志》期刊2019年02期）
许丽娟,刘余,赵凌斐,贾焯文,樊蕾[3]（2018）在《基因标志物let-7 miRNA在甲状腺癌中的表达及意义》一文中研究指出目的本文拟通过对甲状腺癌组织及甲状腺良性结节组织中基因标志物let-7 miRNA含量对比分析,进一步探讨let-7 miRNA在甲状腺癌组织中的表达、临床意义及对甲状腺癌进一步治疗的影响。方法选取2014年8月-2017年5月于黑龙江省医院确诊的38例甲状腺癌患者和26例甲状腺良性结节患者,手术取甲状腺良恶性组织,使用PCR检测技术检测所取得的组织中基因标志物let-7 miRNA含量,然后进行比较。结果在甲状腺良性结节组织中,let-7 miRNA平均表达含量为(1.03±0.28),而在甲状腺癌组织中平均表达含量为(0.73±0.21),两组间比较差异有统计学意义(t=7.968,P<0.05)。结论在甲状腺癌组织中基因标志物let-7 miRNA表达明显减少,其可能成为甲状腺癌诊断的一种新型标记物及其基因治疗的新途径。(本文来源于《中国城乡企业卫生》期刊2018年10期）
饶茜,胡豪飞,张丹,贺喜,邵玲[4]（2018）在《乳腺癌预后相关基因标志物筛选》一文中研究指出目的:筛选与乳腺癌预后相关的差异表达基因,为乳腺癌的预后评估及潜在靶点研究提供参考。方法:对乳腺癌组织及配对癌旁组织的基因进行二代高通量测序,筛选差异表达基因,并对其功能及预后进行分析。结果:筛选非叁阴性乳腺癌上调差异表达基因共795个,下调基因为1 008个。叁阴性乳腺癌上调差异表达基因共1 067个,下调基因1 034个。富集的主要通路有细胞周期、系统性红斑狼疮、DNA复制、病毒性致癌、酒精性中毒相关通路。结论:EIF4G1,CENPF上调可能与乳腺癌预后呈相关性,是潜在的乳腺癌治疗靶向目标。在提高乳腺癌生存率的潜在预后指标方面,SEPT2可提供更好的预后。(本文来源于《临床与病理杂志》期刊2018年05期）
张靖[5]（2018）在《基于循环肿瘤细胞的基因标志物对转移性前列腺癌的诊断价值》一文中研究指出前列腺癌(PCa)是男性泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤,占全球癌症发病第5位,前列腺癌在欧美发达国家的发病率位于男性恶性肿瘤的第一位。近年来,前列腺癌在我们国家的发病率呈显着的上升趋势,预计2020年,中国前列腺癌发病率将超过40/10万男性人口,达到西方国家的水平,前列腺癌将是危害男性健康的主要癌症杀手。据统计,局限性的前列腺癌患者5年生存率几乎达到100%,但发生转移的前列腺癌患者5年生存率仅为29%左右。因此,降低初诊时转移性前列腺癌的患者比例以及对潜在转移的精确诊断将对提高患者的生存率至关重要。目的以中国转移性前列腺癌患者为研究对象,探究基于循环肿瘤细胞(CTCs)的前列腺癌相关基因标志物,解决前列腺癌早期诊断、治疗评估及个性化治疗这一重大临床需求,提高我国前列腺癌患者的总体5年生存率,为开发具有自主知识产权的前列腺癌诊断试剂盒提供科学依据。方法通过生物信息学比对和分析,获得14个与转移性前列腺癌相关的特异性高表达的备选基因,再利用前列腺癌细胞系(PC3,VCaP,LNCaP),正常人血液和病人临床样本进行荧光定量PCR的验证,排除备选基因中在正常人血液中有表达的基因,最终获5个具有临床检验应用前景的前列腺癌特异性标志基因:KLK2、KLK3、FOXA1、GRHL2和HOXB13。通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)技术对人前列腺癌细胞(LNCap)中五个基因的表达进行检测,建立多基因表达的联合检测的方法。采集转移性前列腺癌患者和健康志愿者的血液样本,对血液样本和人前列腺癌细胞对检测方法的一致性、重复性、线性和灵敏度方面进行了评估。通过比较患者血液样本中CTCs计数和基因表达结果,确定前列腺癌相关标志基因表达水平对于患者预后的意义。结果FOXA1,HOXB13,KLK2,KLK3,GRHL2这5个基因可作为荧光定量RT-PCR法检测外周血中循环肿瘤细胞内前列腺癌的标志基因;联合检测方法中各基因表达水平与单基因表达水平具有一致性;五个基因表达量在LNCap RNA不同稀释浓度(1 pg至1μg)的对数范围内呈现较明显的线性关系:KLK2(0.995)、KLK3(1)、FOXA1(0.992),GRHL2(0.999),HOXB13(1);各基因检测浓度范围分别是KLK2(5 pg-1μg)、KLK3(1 pg-1μg)、FOXA1(10 pg-1μg)、GRHL2(100 pg-1μg)、HOXB13(100 pg-1μg);患者血液样本中CTCs计数和基因表达结果对比显示二者具有相关性,即CTCs计数越高的患者,其基因表达阳性率也越高。结论FOXA1,HOXB13,KLK2,KLK3,GRHL2这5个基因可作为荧光定量RT-PCR法检测外周血中循环肿瘤细胞内前列腺癌的标志基因,五个基因表达水平的联合检测方法具有操作更简单便捷的技术优势和较好的准确性和灵敏度,为进一步开发临床前列腺癌的预后指标提供新的思路和方法。(本文来源于《江苏大学》期刊2018-04-01）
谢娟英,樊雯[6]（2017）在《结肠癌患者诊断的基因标志物识别算法》一文中研究指出为了得到具有强分类信息的极少结肠癌特征基因,实现对结肠癌患者的准确识别,文中提出结肠癌患者诊断的基因标志物识别算法.首先提出基因密度和基因距离的概念,构造以基因密度和基因距离分别为横纵坐标的基因2D空间散列图,选择处于密度峰值点的基因构成优选基因子集,然后采用密度峰值K中心点(DP_K-medoids)算法对降维后的结肠数据集样本进行聚类分析.基因距离和样本距离分别采用欧氏距离、曼哈顿距离、切比雪夫距离和夹角余弦距离度量.实验表明,在夹角余弦距离下,文中算法可以选择到具有高准确率、高灵敏度、高特异度和高马修斯相关系数的规模较小的结肠癌基因子集.(本文来源于《模式识别与人工智能》期刊2017年11期）
冯琨[7]（2017）在《let-7 miRNA基因标志物在甲状腺癌中的表达分析》一文中研究指出目的探讨let-7 miRNA基因标志物在甲状腺癌组织中的表达及诊断意义。方法选取临床确诊的26例甲状腺癌患者,提取患者的甲状腺癌组织和甲状腺癌旁组织,并采用Real-time PCR检测技术检测患者的甲状腺癌组织和甲状腺癌旁组织中let-7 miRNA基因标志物的含量,并进行比较。结果应用Real-time PCR检测技术发现,甲状腺癌组织中的平均let-7 miRNA表达为(0.71±0.19),显着低于甲状腺癌旁组织的(1.35±0.32),比较差异具有统计学意义(t=8.769,P<0.05)。结论 let-7 miRNA在甲状腺癌发生中具有重要意义,可成为甲状腺癌新的基因诊断标记物以及基因治疗靶点。(本文来源于《中国现代药物应用》期刊2017年19期）
李璐[8]（2017）在《胃癌基因标志物调控网络模型的初步建立》一文中研究指出[目的]探讨胃癌基因标志物的生物学功能,并建立胃癌肿瘤细胞初级调控网络模型。[方法 ]利用GO数据库和KEGG数据库,对胃癌相关的6个基因标志物MMP-7、KISS-1、VHL、p53、PTEN、MMP-9进行生物信息学分析。GO筛选条件分别是"biological process"、"Homo sapiens"、"gene",在KEGG中,organism的筛选条件为"hsa",key words为MMP-7、KISS-1、VHL、p53、PTEN、MMP-9。[结果 ]综合GO功能分析和KEGG分析结果 ,初步建立由MMP-7、KISS-1、VHL、p53、PTEN、MMP-9基因组成的胃癌肿瘤细胞调控网络模型。[结论 ]成功构建这些基因在胃癌肿瘤细胞中的初级调控网络模型,为进一步研究胃癌发病机制、胃癌肿瘤生物靶点的筛选及分子靶向治疗奠定基础。(本文来源于《中国肿瘤》期刊2017年08期）
李红雨[9]（2017）在《图兰扇头蜱线粒体基因组序列分析及其种内鉴定新基因标志物的建立》一文中研究指出目的:(1)对图兰扇头蜱线粒体全基因组序列进行测定并对其结构特点进行分析,探讨扇头蜱属系统发育关系。(2)设计3个新的图兰扇头蜱种内鉴定的基因标志物,对图兰扇头蜱进行种内分子鉴定。方法:(1)根据Gen Bank数据库的扇头蜱属线粒体全基因组序列,设计出6对线粒体全基因组引物用于PCR扩增中国新疆图兰扇头蜱线粒体全基因组序列。运用多个基因分析软件进行线粒体全基因组序列的组装、分析,并进行进一步的12S r DNA和cox1基因的最大似然法(Maximum Likelihood,ML)系统发生学分析。(2)采集中国新疆南北疆7个县市等地区212只图兰扇头蜱,阿尔巴尼亚4个县市103只图兰扇头蜱,结合蜱的形态学特征及蜱线粒体16S r RNA和cox1基因,对所采集的蜱进行蜱种的初步形态学及分子生物学鉴定并进行ML法系统发育分析。根据扇头蜱属线粒体全基因组中的保守区域,设计3个新的线粒体序列基因标志物—nad1-16S r RNA(简称为N1),nad2-cox1(简称为N2),cox1-t RNA-Lys(简称为C1),扩增和分析中国新疆和阿尔巴尼亚图兰扇头蜱的N1、N2、C1片段并进行种内基因差异分析和ML法系统发生学分析。结果:(1)在国际上首次测出图兰扇头蜱全线粒体基因组长为14717 bp,其由13个蛋白质编码基因、22个t RNA基因、2个核糖体RNA基因和2个非编码区组成,各基因排列顺序与后沟类硬蜱相似。图兰扇头蜱全线粒体基因组核苷酸组成为A=37.80%,T=40.00%,G=9.90%,C=12.30%,A+T含量为77.80%;ML系统进化树显示图兰扇头蜱位于后沟类硬蜱分枝上,且与中国血红扇头蜱亲缘关系较近,其和血红扇头蜱中国株一道,与血红扇头蜱美国株形成姊妹种关系。(2)本研究的3个新的基因标志物(N1、N2、C1)是有效的图兰扇头蜱种内鉴定的基因工具,这3个基因标志物在中阿两国的图兰扇头蜱的差异分别为3.57-4.07%、3.57-4.39%和3.18-4.69%,将中国和阿尔巴尼亚的图兰扇头蜱分为两个不同的亚种。结论:(1)本研究首次在国际上完成图兰扇头蜱线粒体的全基因组测序;与大多数典型的后生动物线粒体基因组类似,图兰扇头蜱线粒体基因组包含37个基因,包括13个蛋白质编码基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因且仅有一个拷贝,具备2个非编码控制区,呈闭合环状结构。就目前的研究和数据而言,本研究的图兰扇头蜱与血红扇头蜱中国株在系统发生关系上最近,但未来仍然需要扩增扇头蜱属的其他种的mt DNA来进行更广阔的分析。(2)本研究设计的3个新的图兰扇头蜱线粒体基因标志物—N1、N2、C1是有效的图兰扇头蜱种内鉴定基因标志物,将中国新疆和阿尔巴尼亚的图兰扇头蜱成功分为2个不同的亚种进化枝。图兰扇头蜱至少存在两个不同的亚种,未来应该大量采集世界其他地域的图兰扇头蜱进行亚种的研究。(本文来源于《石河子大学》期刊2017-06-01）
刘云龙[10]（2017）在《基因标志物数字化检测新方法研究》一文中研究指出随着生物医学的快速发展,基因标志物在现代医学中的意义越来越重要,研究已经发现众多与疾病的发生、发展等密切相关的基因标志物,包括基因多态性、体细胞突变、拷贝数变异以及基因甲基化水平异常等。通过检测这些基因标志物,我们能够实现对疾病的发病风险预测、早期诊断、疗效监测以及预后评估等。然而,由于基因标志物往往具有丰度低、序列差异小等特点,要求检测方法具有较高的灵敏度、特异性及良好的定量性能,常规方法有时难以进行准确的检测。数字化PCR技术是近年来发展的一种基于单分子PCR的新一代核酸定量检测方法。其基本原理是将靶标分子分散到一个个微小体积的反应单元中,使每个反应单元中所含有的靶标分子数目不超过1个,在每个反应单元中独立进行单分子PCR扩增反应,反应结束后对每个反应单元进行检测,可以实现对初始核酸靶标的绝对定量。数字化PCR技术在定量精确度、准确性和灵敏度等方面均优于传统的实时荧光定量PCR方法,在核酸检测中发挥着越来越重要的作用。本课题在前期研究基础上,利用数字化PCR方法结合水凝胶微球阵列技术,实现了对粪便DNA中大肠癌相关的VIM基因甲基化水平异常的高灵敏、高特异性定量检测,有望应用于基于粪便DNA检测的大肠癌无创筛查中。然而,PCR扩增是一种基于模板扩增的方法,反应产生大量与模板分子序列一致的扩增产物,这些扩增产物可以作为下一次扩增反应的模板。因此,微量的"遗留扩增产物"污染就会导致假阳性结果的出现。核酸信号放大方法是一种通过模板分子触发信号分子扩增的反应,不同于PCR、LAMP等模板扩增方法,在反应过程中模板分子本身的数量并没有变化,而是靶标特异性的信号分子被循环放大,因此是避免扩增产物污染的理想方法。本课题在前期研究基础上,提出将信号放大反应与数字化检测相结合进行单分子计数检测的新思路。首先采用可区分单碱基序列变化的结构特异性核酸侵入信号放大反应,将待测靶标放大并转化为与模板序列无关的信号分子;再通过级联反应将扩增的信号分子进一步放大,产生放大百万倍以上的荧光信号分子,该荧光分子与靶标序列无关,但特异于靶标分子。为了实现基于核酸侵入反应的单分子数字化检测,我们对目前核酸侵入反应存在的问题进行了改进。首先是如何提高核酸侵入反应对单碱基差异的识别特异性。理论上核酸侵入反应能够识别侵入结构处的单个碱基差异,然而对不同位点的检测过程中发现,有些位点的检测存在非特异性反应信号,导致难以准确检测单碱基差异。对此,我们提出在核酸侵入反应的下游探针中人为引入错配碱基。通过优化错配碱基的位置及错配碱基类型,显着降低非特异性信号,提高了核酸侵入反应对单碱基差异检测的特异性。其次,在常规的级联核酸侵入反应中,下游探针会和荧光发卡探针形成一种称为"X"型结构的非特异性结构。这种结构同样能够被FEN1核酸内切酶识别和切割,产生背景信号。在进行低拷贝靶标的检测时,靶标分子产生的阳性信号较弱,此时背景信号会对检测结果造成严重影响,使阳性结果和阴性结果无法有效区分。为了降低核酸侵入反应中"X"型结构产生的背景信号,我们提出了一种可控延伸反应介导的新型级联核酸侵入反应原理。该方法中,通过在下游探针和荧光探针的杂交序列之间引入一段间隔序列,避免"X"型结构的形成,显着降低背景信号。两步核酸反应通过一种可控延伸反应进行桥联,形成信号放大。由于背景信号被抑制,阳性信号与背景信号区分明显,相比于常规核酸侵入反应方法,检测灵敏度提高约40倍,可利用该方法进一步建立单分子水平的核酸侵入反应。最后,我们将所建立的基于可控延伸反应的低背景级联核酸侵入反应应用到微球-微乳相数字化扩增检测体系中,显着降低了阴性反应单元中的背景信号。利用所建立的基于微球-微乳相体系的低背景级联核酸侵入反应,初步实现单分子信号扩增数字化检测,阳性反应单元信号与阴性反应单元的背景信号有明显的区分。我们所建立的基于信号扩增的数字化检测方法有望成为一种高灵敏、高特异、无污染的核酸数字化检测新方法。(本文来源于《南京大学》期刊2017-05-01）
基因标志论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:探索急性重离子辐射后早期差异表达的基因,以期查找出可提示重离子辐射的潜在基因标志物。方法:采用8～10周龄C57BL6雌性小鼠,随机分为照射组(12.5 Gy)和空白对照组(0 Gy),分组进行重离子全肺野照射或假照,于照射后2、24 h提取肺组织,借助基因芯片进行全基因组转录水平分析;予以实验动物梯度剂量照射,观察重离子敏感基因在照后第7天的量效关系。结果:小鼠肺组织经重离子照射后2 h,Trp53inp1、Phlda3、Ddit4l、Gtse1、Sesn2、Bbc3、Mdm2、Ptp4a1、Pmaip1与Osgin1等基因mRNA表达水平出现与辐射相关的显着增加;而同一时间点,Wisp2、IL33、Dido1、Efcab4a、Myo1f等5个基因显着下调。在照射后24 h,Phlda3、Ddit4l、Trp53inp1、Gtse1、Sesn2、Exoc4、Ephx1、Thyn1、Ei24等9个基因表达水平也出现了显着上升;而Gpihbp1、Sla、Hist1h3ah、Stc1、Cd2等5个基因则出现显着下调。急性期重离子辐射敏感基因在7 d梯度剂量照射实验被证实呈显着剂量依赖性上升趋势。结论:研究发现Trp53inp1、Phlda3、Sesn2、Gtse1与Ddit4l等5个可作为检测肺组织受到高线性能量传递射线辐射后发生应激反应的潜在基因标志物,这些应激反应辐射敏感基因仍有待在基因表达水平和蛋白水平的进一步验证。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因标志论文参考文献
[1].汤辉,杜月明,陈奇峰,张宇.口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的分析[J].口腔医学.2019
[2].耿继武,周兆明,山常国,文磊,刘浩.正常肺组织急性重离子照射后基因标志物分析[J].中国医学物理学杂志.2019
[3].许丽娟,刘余,赵凌斐,贾焯文,樊蕾.基因标志物let-7miRNA在甲状腺癌中的表达及意义[J].中国城乡企业卫生.2018
[4].饶茜,胡豪飞,张丹,贺喜,邵玲.乳腺癌预后相关基因标志物筛选[J].临床与病理杂志.2018
[5].张靖.基于循环肿瘤细胞的基因标志物对转移性前列腺癌的诊断价值[D].江苏大学.2018
[6].谢娟英,樊雯.结肠癌患者诊断的基因标志物识别算法[J].模式识别与人工智能.2017
[7].冯琨.let-7miRNA基因标志物在甲状腺癌中的表达分析[J].中国现代药物应用.2017
[8].李璐.胃癌基因标志物调控网络模型的初步建立[J].中国肿瘤.2017
[9].李红雨.图兰扇头蜱线粒体基因组序列分析及其种内鉴定新基因标志物的建立[D].石河子大学.2017
[10].刘云龙.基因标志物数字化检测新方法研究[D].南京大学.2017
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