导读:本文包含了分子系统进化论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,系统,线粒体,谱系,条形码,李斯特,磷虾。
分子系统进化论文文献综述
赵凤云,李玉,刘淑艳[1]（2019）在《绒泡菌目黏菌的分子系统进化研究》一文中研究指出绒泡菌目(Physarales)属于黏菌门(Myxomycota)黏菌纲(Myxomycetes),是黏菌纲下物种最多的一个目。目前,关于绒泡菌目内各个属之间系统的分子进化报道非常少。本研究通过巢式PCR和半巢式PCR,对采自大小兴安岭地区8属37种的66份绒泡菌目的标本,进行18S rDNA和EF─1α两种序列的扩增,探讨绒泡菌目类群的分子系统学关系。研究共获得两种序列92条,其中18S rDNA序列56条,EF─1α序列36条。用最大简约法(Maximum Parsimony, MP)分别构建两种基因的系统进化树,结果显示:绒泡菌目主要被划分为绒泡菌科(Physaraceae)和钙皮菌科(Didymiaceae)两个大的类群。18S rDNA的系统进化树显示,绒泡菌科下的绒泡菌属(Physarum)被分为叁个分支,与高杯菌属(Craterium)、钙丝菌属(Badhamia)分别形成了姊妹群的进化关系,这表示绒泡菌属是多源进化的。同时我们发现钙丝菌属也可能是个多源进化的属,它在绒泡菌属所在的叁个分支中都有分布。在形态特征分类上,绒泡菌属与高杯菌属被划分的主要依据是囊被开裂方式和预成的盖。而绒泡菌属的一些种与钙丝菌属的很多种形态上十分相近、很难区分,例如扁绒泡菌(Physarum compressum)与灰堆钙丝菌(Badhamia cinerascens)。在EF─1α的系统进化树中,绒泡菌属被分成了两个组,同时钙丝菌属也与其混合在了一起,这与基于18S rDNA的系统分析结果较一致。综上可知,绒泡菌属作为一个多源进化的属,与绒泡菌目内各个属之间的系统进化关系复杂;同时钙丝菌属也可能是一个多源进化的属。Fiore-Donno等人在2009年的研究以及Nandipati等人在2012年的研究都证实了绒泡菌属是个多源进化的类群,这与本研究结果一致。通过这些研究可知,为探清绒泡菌目内各个属的系统进化关系,还需要增加更多物种的序列以及区分度更好的基因条形码,例如:ITS rDNA和COI基因等。本研究结果为进一步研究绒泡菌目下分子系统进化关系提供了依据,同时也为大小兴安地区黏菌的分子系统学研究奠定了基础。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
李杰,孟庆玲,乔军,张星星,王晓婷[2]（2019）在《单核细胞增生李斯特菌新型转录调控因子Lmo2672分子特征及其系统进化分析》一文中研究指出利用PCR方法扩增单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)野毒株SB5新型转录调控因子lmo2672基因,进行克隆、测序,对其编码蛋白的二叁级结构、理化特性、蛋白结构域等分子特征进行预测分析,并进行系统进化分析。结果显示:LM-SB5 lmo2672基因全长807 bp,共编码268 aa;二级结构预测发现,该蛋白含有1个DNA结合域(185～259 aa),2个由螺旋-转角-螺旋(helix-turn-helix)构成的HTH-18结构域(184～198 aa,226～249 aa),位于整个蛋白的C端,无信号肽序列及跨膜结构;序列比较发现,Lmo2672属于AraC家族转录调节蛋白,其核苷酸序列与NTSN株(4b型)同源性为99.63%;与国际标准株EGD-e株(1/2a型)的同源性为97.77%;系统进化树显示,LM-SB5 lmo2672核苷酸序列与谱系Ⅱ型NTSN等菌株亲缘关系较近,而与谱系Ⅰ型菌株标准株EGD-e等亲缘关系较远。该研究结果为下一步探讨lmo2672基因在LM毒力和环境应激中的调控作用奠定了理论基础。(本文来源于《中国动物传染病学报》期刊2019年02期）
李媛媛[3]（2019）在《中国锷弄蝶族分子系统进化与生物地理学研究》一文中研究指出锷弄蝶族Aeromachini隶属于鳞翅目Lepidoptera,弄蝶科Hesperiidae,弄蝶亚科Hesperiinae,该族的名称是由Warren等于2008年正式确立的,模式属是锷弄蝶属Aeromachus。根据Warren的分类系统,目前全世界共记载有11属136种,我国共记载11属75种。目前国内针对锷弄蝶族Aeromachini的研究多为已知种的统计和名录的汇编、新种的报道、外部形态的分类研究、种类的区系分布等方面,对该族物种进行鉴定分类主要还是依据外部形态特征和雌、雄外生殖器特征。但几对近缘种的外形和生殖器特征高度相似,缺乏有效的形态学鉴别性状。因此,该族基于形态学建立的传统分类体系以及类群间的系统发生关系还存在一些争议。本研究旨在解决该族弄蝶分类地位的问题,并试图理清我国锷弄蝶族Aeromachini的系统进化关系。同时,本研究还对中国锷弄蝶族Aeromachini物种的起源、主要类群分化时间以及地理格局演化进行了科学推测,以弥补我国锷弄蝶族Aeromachini历史生物地理学研究的空白。本次研究选取了两个线粒体基因(COI、COII)和叁个核基因(18SrDNA的V4和V7区,28SrDNA的D3区)的部分序列对中国锷弄蝶族Aeromachini 10属45种122个样本和13个外群物种进行检测,并利用ClustalX 1.83、BioEdit v.7.0.5.3、Mega 7.0、DAMBE等软件对所测的序列进行比对和特征分析,并采用最大似然法(ML)、贝叶斯推论法(BI)构建了锷弄蝶族Aeromachini的系统发育树。此外基于本研究获得的锷弄蝶族Aeromachini系统发育树,采用宽松分子钟方法,选取合适的化石记录作参照点,对中国锷弄蝶族Aeromachini主要类群的起源和分化时间进行估算,并结合现代生物地理学、古气象学的相关资料和证据,初步探讨中国锷弄蝶族Aeromachini起源演化的历史生物地理格局。本研究得出的主要结论有以下几点:1、联合线粒体基因和核基因序列所构建的ML树和BI树的拓扑结构基本上一致,均分为3大支系。高度支持锷弄蝶族Aeromachini的单系性。除徘弄蝶属Pedesta和飕弄蝶属Sovia外,其余各属都是单系的,每个属的物种都很好的聚在一起。2、徘弄蝶属Pedesta为并系群,本文将讴弄蝶Onryza maga、拟讴弄蝶Onryza pesudomaga归入徘弄蝶属Pedesta中,即徘弄蝶Pedesta maga comb.nov.和拟徘弄蝶Pedesta pesudomaga comb.nov.,保留讴弄蝶属Onryza属名。3、支持将奥弄蝶Ochus subvittatus归入黄斑弄蝶属Ampittia中,即Ampittia subvittatus comb.nov.。4、确定锷弄蝶属Aeromachus是锷弄蝶族Aeromachini成员且具有高支持率。5、飕弄蝶属Sovia为并系群,本文将显酣形弄蝶Halpemorpha eminens归入飕弄蝶属Sovia中,即显飕弄蝶Sovia eminens comb.nov.。6、锷弄蝶族Aeromachini可能起源于始新世晚期,大约在43 Ma开始分化。锷弄蝶族Aeromachini物种很可能起源于喜马拉雅-横断山脉地区和中国中部地区之间。7、扩散—隔离分析表明,扩散事件在形成当今物种分布格局的过程中发挥了重要作用,地质和气候变化也是促进当今物种分布格局的重要因素。(本文来源于《上海师范大学》期刊2019-03-01）
王斌[4]（2018）在《丹参SABATH基因家族分子系统进化分析及丹参茉莉酸羧甲基转移酶基因的功能研究》一文中研究指出丹参(Sallvia miltiorrhiza Bunge)为唇形科(Labiatae)鼠尾草属(Salvia Linn)常见的一种中草药。主要以根茎入药,多用于治疗心血管疾病。鉴于其在中药学和分子生物学特性方面的优势,越来越受到国内外广大学者的重视,并将其视为“药用模式植物”,探究其酚酸类和丹参酮类等药用成分生物合成途径以及影响其次生代谢产物积累的机制也受到广泛的关注。随着大数据时代的到来,以高通量测序为主的基因组学、转录组学以及代谢组学等越发受到广大生物研究者的青睐。研究者们借助对丹参组学的分析,可得到更多影响丹参次生代谢的关键酶基因、重要调控因子、敏感诱导子以及基因家族等。SABATH甲基转移酶基因家族为一类催化诸如茉莉酸、水杨酸等小分子物质甲基化的甲基转移酶家族,由于其催化底物和产物的重要性,其家族成员也越发受到重视。另外,大量研究表明,茉莉酸甲酯在调控植物生长发育、调节植物次生代谢以及增强植物防御中有着重要作用,而茉莉酸羧甲基转移酶在植物体内催化并调控着茉莉酸甲酯,因此,本课题拟通过对丹参SABATH基因家族的系统进化分析,筛选得到丹参茉莉酸羧甲基转移酶基因,并试图通过对丹参茉莉酸羧甲基转移酶基因加以调控而影响丹参内源茉莉酸甲酯含量,从而探求内源茉莉酸甲酯对丹参次生代谢、丹参防御以及丹参生长发育的影响。主要研究内容和结论1.基于丹参基因组数据库,对丹参SABATH基因家族进行了筛选和鉴定,共得到30个丹参SABATH基因家族成员。系统进化分析结果显示,30个SABATH基因家族成员可分成3个亚族和11对旁系同源基因。适应性进化分析表明,丹参SABATH基因家族在位点模型和支点位模型下,其主要经历了纯化选择作用;功能分歧分析显示,丹参SABATH基因家族在进化过程中其各亚族之间主要由于进化速率的不同而导致了功能分歧的发生;对丹参SABATH基因家族基因表达模式分析发现,其响应茉莉酸甲酯和机械性损伤的处理,并且主要在丹参的茎和叶中表达。2.通过比对丹参SABATH基因家族成员蛋白序列并结合系统进化直系同源基因分析,筛选得到的了一条与拟南芥茉莉酸羧甲基转移酶为直系同源基因且具有茉莉酸羧甲基转移酶特有功能基序的基因,经过PCR克隆得到了其cDNA全长,长度为1,167bp,编码389个氨基酸,序列比对发现此蛋白与芝麻、银星秋海棠等唇形目茉莉酸羧甲基转移酶蛋白高度相似,且具有明显的茉莉酸羧甲基转移酶特有功能基序和典型的S-腺苷-L-蛋氨酸结合域,该基因命名为丹参茉莉酸羧甲基转移酶基因(Jasmonic acid carboxyl methyltransferase JMT),Genbank 注册号为MH136806。生物信息学分析显示,该基因编码蛋白为非跨膜、非分泌性蛋白,同时没有明显的疏水和亲水特性;系统进化分析表明,其聚类关系与植物传统分类学一致;基因表达模式分析发现其主要在茎和叶中表达,响应茉莉酸甲酯处理和机械性损伤;亚细胞定位分析发现,此蛋白主要定位在细胞的细胞质中。3.借助Gateway技术分别构建了丹参过表达和干涉JMT载体并通过根癌农杆菌介导的叶盘转化法侵染丹参外植体,成功将构建的载体插入到丹参基因组中,通过组织培养获得丹参JMT过表达和干涉株系,并分别在DNA和RNA水平上对阳性株系进行了检验和筛选,最后在过表达株系中得到Line7、Line9、Line10叁个高表达丹参JMT株系;在干涉株系中得到Line7、Line11、Line12叁个低表达丹参JMT株系。4.使用根系扫描仪对丹参过表达和干涉JMT株系根的生长情况进行了分析,统计结果发现,丹参过表达JMT后其根的发生早于对照,平均根长显着性长于对照,投影面积、表面积和体积都显着性大于对照,根尖数显着性多于对照,而在干涉JMT株系中,其根发生较晚,伸长较慢,根系较小和根尖较少。另外,借助3龄棉铃虫啃噬丹参叶片观察其损伤面积的方法,对丹参过表达和干涉JMT株系的昆虫耐受性进行了检测,结果显示,丹参过表达JMT株系中叶片损伤指数是对照株系的50%,而干涉JMT株系中叶片损伤指数是对照株系的2倍,表明丹参在过表达JMT后其对棉铃虫的耐受性显着性增强而沉默后抗虫能力明显下降。5.利用ELISA、HPLC和LC/MS等检测方法和仪器,对丹参过表达和干涉JMT各株系的茉莉素含量和主要次生代谢物含量进行了检测。ELISA检测显示,过表达JMT株系中,内源茉莉酸甲酯的含量较对照有了显着性提高,而在干涉JMT株系含量较对照显着性下降。另外,次生代谢物检测显示,在移栽60 d的过表达JMT株系中丹酚酸B、丹参酮ⅡA、隐丹参酮以及总酚总黄酮类等主要次生代谢产物较同时期对照株系都有了显着性的增加,其中在OEJ-10株系根中丹酚酸B、丹参酮ⅡA、隐丹参酮以及总酚总黄酮类分别比对照株系增加了 1.53倍,1.59倍,3.25倍,1.85倍和2.19倍。而在干涉JMT株系中其主要次生代谢产物含量较对照显着性下降,其中在iJMT-12株系根中,丹酚酸B、丹参酮ⅡA、隐丹参酮以及总酚总黄酮类的含量分别是对照株系的72.2%,55.6%,60.0%,66.2%和67.6%。6.运用荧光实时定量PCR技术,分别对丹参过表达和干涉JMT各株系和对照株系中茉莉酸甲酯生物合成途径,丹参酚酸类生物合成途径以及丹参酮生物合成途径中的关键酶基因进行了定量表达分析,结果显示在丹参过表达JMT株系中茉莉酸甲酯合成途径中的关键酶基因SmLOX、SmAOS和SmJMT的表达量与对照相比显着性上调,而在干涉JMT株系中表达量较对照显着性下调。丹参酚酸类合成途径上的SmPAL、SmC4H、Sm4CL、SmTAT、SmRAS和SmCYP98A14等关键酶基因在过表达JMT株系中较对照显着性上调,而在干涉JMT株系中表达量较对照显着性下调。另外,在过表达JMT株系中丹参酮生物合成途径上的关键酶基因SmDXS,SmHMGR,SmFPPS,SmGGPPS,SmCPS和SmKSL的表达量较对照都显着性上调而在干涉JMT株系中其表达量较对照显着性下调。结果表明,丹参JMT基因对丹参次生代谢途径上的关键酶基因具有一定的调控作用。7.采用比较转录组学的方法对过表达和干涉JMT株系及其对照进行了高通量测序分析。共获得注释uigene 30,052条,在过表达样品中共筛选得到2,052条符合条件的差异基因(其中998条上调,1,054条下调);在干涉样品中共筛选得到3,864条符合条件的差异基因(其中2,074上调,1,790下调)。GO差异富集显示,过表达和干涉样品差异基因在细胞代谢过程、对刺激响应以及防御等方面有显着性富集,说明JMT基因与丹参代谢和防御有着密切的联系。KEGG通路差异富集分析显示,过表达和干涉样品在苯丙氨酸、萜类化合物的生物合成途径以及α-亚麻酸代谢途径等都有显着性富集,说明丹参JMT基因参与了调控丹参茉莉酸甲酯、酚酸类以及丹参酮的生物合成过程。另外,通过对各转录组样品中茉莉酸甲酯、丹参酚酸类和丹参酮类合成途径上的所编码的关键酶基因uigene的差异表达分析发现,在过表达JMT样品中编码关键酶基因大部分uigene的表达量要高于对照和干涉JMT样品,而在干涉JMT样品编码关键酶基因大部分uigene的表达量低于对照和过表达样品。各样品转录组分析结果也印证了实时定量对关键酶基因表达量的差异分析结果。综上所述,在本研究中基于丹参基因组的分析,鉴定得到了丹参SABATH基因家族,首先对其进行系统进化、选择压力以及功能分歧等综合分析,进而通过系统进化、直系同源基因、序列比对等分析筛选得到丹参茉莉酸羧甲基转移酶并对其进行了生物信息学和亚细胞定位分析,然后利用分子生物学技术方法得到了丹参过表达和干涉JMT转基因株系,进而分别对其内源茉莉酸甲酯的含量、主要的次生代谢物含量和昆虫耐受性进行了检测和比较,最后利用转录组数据比较分析了各转基因株系同对照株系之间的差异基因表达情况,为深入了解茉莉酸羧甲基转移酶的功能提供了的基础。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2018-11-01）
谌微,马春艳,冯春雷,王伟,王鲁民[5]（2018）在《基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化》一文中研究指出为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显着高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为叁大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。(本文来源于《中国水产科学》期刊2018年04期）
赵娜,马春艳,宋炜,冯春雷,王鲁民[6]（2018）在《南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究》一文中研究指出本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。(本文来源于《中国水产科学》期刊2018年04期）
孙明媛,朱锐,孙晓晴,张研,李尚琪[7]（2018）在《基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究》一文中研究指出本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。(本文来源于《中国水产科学》期刊2018年04期）
张玉君[8]（2018）在《基于叶绿体分子谱系地理学的山药的系统进化和品种鉴定研究》一文中研究指出山药是薯蓣属植物薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的地下根茎,作为药食同源类中药需求量极大;同时,山药也是典型的多品种来源中药和以无性繁殖大面积栽培的药用植物。品种因素是影响中药质量稳定性的首要因素,无性繁殖的栽培方式是导致生物遗传多样性下降的重要因素。因此,明确不同品种山药的起源和亲缘关系,对其遗传多样性和遗传结构进行深入分析,并建立客观、有效的品种鉴定新方法,对于规范山药的流通和临床有效、可持续利用具有重要的实际意义。因此,本研究对山药进行了广泛的野外调查和市场考察,充分了解了山药的资源现状和形态特点,在对不同居群的6个山药个体进行叶绿体全基因组分析的基础上,筛选出了 3个叶绿体DNA片段,对全国15个省份31个居群的385份山药样品进行了扩增、测序和遗传进化分析。主要内容如下:1.首先通过对不同居群山药的采样调查,了解山药的资源现状,通过市场考察和野外调查,比较全国16个省份44个居群山药的形态差异。结果发现山药的分布具有明显的地域性并形成了众多的地方特色品种,以铁棍山药流通最广;根据茎翅(棱)的有无可将山药初步划分为薯蓣、参薯(Dioscorea alata.)两个种,根据叶片形状、根的形态以及根的横切面颜色等可将众多山药品种进一步划分为12个分组。调查结果表明:野生山药资源仅在南方部分地区遭受一定程度的破坏,栽培山药品质较高,野生资源并未引起广泛的关注;不同山药品种之间茎、叶、根的形态差异较大,可因此进行简单的鉴定区分。2.为了开发更有效的遗传标记来评估山药的遗传多样性并进行品种鉴定,本研究从来自不同省份的6个野生山药中开发出了叶绿体全基因组序列作为新的分子遗传标记手段。使用超声波发生器将DNA样品随机分成400-600bp长度后,依据各种指标使用NEBNext(?)UltraTM DNA Library Prep Kit 建立 了具有 500bp 插入大小的 Illumina 双末端DNA库,通过Illumina HiSeq X10,进行叶绿体基因双末端测序(2×150bp)。分析发现,山药叶绿体基因组为典型的环状四分体结构,由两个单拷贝区(大单拷贝区LSC和小单拷贝区SSC)以及两个反向重复区(IRs)组成。通过对6个山药叶绿体基因组的比较分析,共发现了 141个单核苷酸多态性序列(SNPs),70个简单重复序列(SSRs)——其中包括24个多态性简单重复序列,43个常见的插入缺失(Indel)和5个倒位(small Inversions)。本实验研究表明:叶绿体全基因组序列可以作为可靠、有效的分子标记来揭示山药的谱系地理结构、野生居群的遗传变异程度以及实现不同栽培品种间的鉴别。3.为了对山药的谱系地理结构和品种划分进行深入研究,进一步探讨山药的遗传多样性和遗传结构,在分子谱系地理学的指导下,提取山药的总DNA,进行cpDNA片段trnH-psbA、trnL-trnF、MatK的PCR扩增和测序。测序结果用ContigExpress软件和BioEidt软件进行序列比对,并运用DnaSP软件分析居群的单倍型数量和频率,运用Mega软件构建不同居群山药的NJ进化树,运用Network软件构建单倍型网状进化图,计算并比较基因分化系数GsST和NNST的大小,运用ArcMap软件绘制单倍型的地理分布。研究结果显示15个省份,31个居群,385个山药个体用叁个片段扩增之后的拼接序列共有22个变异位点,10个单倍型,其中HAP2为广布单倍型。基因分化系数Gst= 0.869,Nst=0.931,说明山药的多样性主要发生在不同居群间。NJ进化树结果显示,薯蓣、参薯之间,栽培山药(薯蓣)与野生山药(薯蓣)之间以及山东西施种子、细毛山药、河北小白嘴与其他山药品种之间,湖北蕲春佛手山药与其他栽培山药品种之间,都能从分子水平进行区分。栽培薯蓣主要起源于河南云台山,栽培参薯主要起源于江西省袁州区。因此,我们应该对山药遗传多样性较丰富的居群如:江苏南京;其它拥有特有单倍型的居群,如:河南云台山、湖北蕲春、福建闽侯;以及其他山药的原始分布居群,进行资源保护,以利于保护山药的遗传多样性。(本文来源于《北京中医药大学》期刊2018-06-01）
雷映霞[9]（2018）在《鹅观草属及其近缘属物种的分子系统与进化研究》一文中研究指出鹅观草属是小麦族中最大的属之一,全世界约有130余种,我国约70余种,主要分布于北半球温寒地带。目前关于鹅观草属属的地位存在争议,根据基因组组成分类原则,一些学者认为鹅观草属(St和Y)应从披碱草属(St和H)中划分出来,独立成属;而一些学者将鹅观草属物种处理为披碱草属的一部分。我国103个鹅观草属类群中,60个类群染色体数目及基因组组成信息未知,系统分类地位混乱。一些鹅观草属物种形态相似却具有不同的基因组组成,一些物种基因组组成一致,形态差异巨大。本论文利用多拷贝的细胞核基因ITS;单拷贝的细胞核基因DMC1、Acc1和Pgk1;叶绿体基因ndhF、trnH-psbA和trnL-F序列研究:(1)鹅观草属的系统地位及范围;(2)鹅观草属与披碱草属、曲穗草属等近缘属的属间界限和亲缘关系;(3)物种基因组组成、部分物种分类处理的疑难问题,系统整理鹅观草属植物;(4)物种基因组的供体来源和分化,特别是Y基因组的来源;(5)鹅观草属物种形成的母本供体。主要结果如下:1.利用多拷贝的核基因ITS基因对30份鹅观草属物种以及其近缘物种共52份材料进行系统发育分析,结果显示:(1)所有多倍体的拷贝类型均聚在了含有St基因组的二倍体物种这一支,没有出现Y基因组的分支,推测鹅观草属及其近缘物种中的Y基因组在进化过程中可能被沉默或丢失,亦或是发生了基因内或基因间的重排等进化动力变化,从而导致进化一致,只显示一个亲本的基因型。(2)St基因组在二倍体、四倍体和六倍体中染色质发生变异,存在分化,且四倍体分化速率低于二倍体,因此,二倍体在多倍化过程中可能遭遇了遗传瓶颈。2.利用单拷贝的核基因DMC1对27份鹅观草属物种以及其近缘物种共74份材料进行系统发育分析,结果显示:(1)披碱草属物种聚在了St和H分支中,鹅观草属物种聚在了St和Y分支中,曲穗草属物种聚在了St、H和Y分支中,表明鹅观草属、披碱草属、曲穗草属含有不同的基因组,应分别作为单独的属存在。(2)鹅观草属中存疑物种R.alashanica、R.grandis、R.sinica、R.schugnanica和R.seriotina含有St和Y基因组,应归于鹅观草属中;E.calcicolus含有St、H和Y基因组,应该将其归于曲穗草属中。(3)Y基因组与St基因组各自聚为单独的一支,且Y基因组这一支没有二倍体物种,因此,推测Y基因组与St基因组来源不同。(4)St基因组在二倍体、四倍体和六倍体中均存在一定的分化。3.利用单拷贝的核基因Acc1基因对30份鹅观草属物种以及其近缘物种共70份材料进行系统发育分析,结果显示:(1)鹅观草属物种(StY,StStY)和曲穗草属物种(StYH)分别与拟鹅观草属物种(St基因组供体)、大麦属物种(H基因组供体)和Y基因组物种聚在了一起。根据基因组组成分类原则,鹅观草属和曲穗草属含有不同的基因组,应该作为单独的属存在。(2)鹅观草属中存疑物种R.sinica、R.schugnanica、R.alashanica 和 R grandi 含有 StY 基因组 R.seriotina、glaucifolia和R.tschimganica可能含有St和Y基因组,均应归于鹅观草属中;E.calcicolus、C.kamoji和C.tsukshiensis含有StYH基因组,应该归于曲穗草属中。(3)Y基因组与拟鹅观草属物种没有聚在一起,而是与D.villosum(V)聚在了一起。表明,Y基因组与St基因组来源不同,与V基因组有一定的同源性。(4)St基因组在二倍体中存在分化,同时四倍体StY物种可能是异源六倍体StYH物种的祖先。4.利用单拷贝的核基因Pgk1基因对30份鹅观草属物种以及其近缘物种共70份材料进行系统发育分析,结果显示:(1)鹅观草属物种与拟鹅观草属物种和Y基因组物种聚在了一起,曲穗草属物种与拟鹅观草属物种、大麦属物种和Y基因组物种聚在了一起。表明鹅观草属和曲穗草属含有不同的基因组,应该作为单独的属存在。(2)鹅观草属中存疑物种R.sinica、R.schugnanica、R.alashanica 和 R.grandi含有StY 基因组,R.glaucifolia 和 R.tschimganica 含有 StStY 基因组,R.seriotina 可能含有St和Y基因组,均应归于鹅观草属中;E.calcicolus、C.kawoji和C.tsukshiensis含有StYH基因组,应该归于曲穗草属中。(3)Y基因组与Per.sanctum.(Xp)聚在一起。表明Y基因组与Xp基因组有一定的同源性。(4)St基因组在多倍体中存在分化,四倍体StY物种与来自于中亚和东亚的拟鹅观草属物种聚在了一起,表明中亚和东亚的拟鹅观草属物种参与了 StY物种的多倍化过程,同时四倍体StY物种可能参与了异源六倍体StYH物种的形成。5.运用叶绿体基因片段基因序列ndhF、trnH-psbA和trnL-F对29份鹅观草属物种以及相关的二倍体物种共67份材料进行了系统发育分析。结果显示:(1)所有的鹅观草属物种均与拟鹅观草属物种聚在一起,曲穗草属物种与拟鹅观草属物种和鹅观草属物种聚在一起,表明鹅观草属物种的母本来源于拟鹅观草属;(2)St基因组与Lophopyrum(Ee),Thinopyrum(Eb),Dasypyrum(V)亲缘关系较近;(3)不同的二倍体拟鹅观草属物种与不同的鹅观草属物种聚在了一起,表明鹅观草属的St基因组存在着多重起源;(4)在鹅观草属物种和曲穗草属物种形成过程中St基因组序列出现了变异,存在分化现象。(本文来源于《四川农业大学》期刊2018-05-01）
李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,马超,李倩[10]（2018）在《基于线粒体基因ND1、COX1和Cytb的双壳贝类分子系统进化研究》一文中研究指出为探讨双壳贝类主要类群间的系统发生关系,测定了魁蚶中国群体的ND1、COX1和Cytb基因,从Gen Bank中检索下载了双壳纲65个种类的同源序列进行分析,并用邻接法和最大似然法构建系统发育树,研究双壳纲贝类线粒体基因变异规律及其分子系统进化关系.结果显示双壳贝类的ND1、COX1和Cytb序列有插入/缺失序列,存在明显的长度多态性,A+T含量均明显高于G+C含量,具有明显的AT偏好.目内科间遗传距离为0.169~0.468,目间遗传距离在0.323~2.557之间.NJ树和ML树显示所有双壳纲的种类构成了单系发生的进化枝,不同基因构建的进化树中翼形亚纲的系统发生关系不一致,异齿亚纲是单系发生,帘蛤目和海螂目的种类没能完全聚到所属支系,彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来.蛏螂目位于进化树的基部,古异齿亚纲和古列齿亚纲聚为一支,二者可能具有较近的亲缘关系.(本文来源于《福建农林大学学报(自然科学版)》期刊2018年02期）
分子系统进化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
利用PCR方法扩增单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)野毒株SB5新型转录调控因子lmo2672基因,进行克隆、测序,对其编码蛋白的二叁级结构、理化特性、蛋白结构域等分子特征进行预测分析,并进行系统进化分析。结果显示:LM-SB5 lmo2672基因全长807 bp,共编码268 aa;二级结构预测发现,该蛋白含有1个DNA结合域(185～259 aa),2个由螺旋-转角-螺旋(helix-turn-helix)构成的HTH-18结构域(184～198 aa,226～249 aa),位于整个蛋白的C端,无信号肽序列及跨膜结构;序列比较发现,Lmo2672属于AraC家族转录调节蛋白,其核苷酸序列与NTSN株(4b型)同源性为99.63%;与国际标准株EGD-e株(1/2a型)的同源性为97.77%;系统进化树显示,LM-SB5 lmo2672核苷酸序列与谱系Ⅱ型NTSN等菌株亲缘关系较近,而与谱系Ⅰ型菌株标准株EGD-e等亲缘关系较远。该研究结果为下一步探讨lmo2672基因在LM毒力和环境应激中的调控作用奠定了理论基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子系统进化论文参考文献
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[2].李杰,孟庆玲,乔军,张星星,王晓婷.单核细胞增生李斯特菌新型转录调控因子Lmo2672分子特征及其系统进化分析[J].中国动物传染病学报.2019
[3].李媛媛.中国锷弄蝶族分子系统进化与生物地理学研究[D].上海师范大学.2019
[4].王斌.丹参SABATH基因家族分子系统进化分析及丹参茉莉酸羧甲基转移酶基因的功能研究[D].陕西师范大学.2018
[5].谌微,马春艳,冯春雷,王伟,王鲁民.基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化[J].中国水产科学.2018
[6].赵娜,马春艳,宋炜,冯春雷,王鲁民.南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究[J].中国水产科学.2018
[7].孙明媛,朱锐,孙晓晴,张研,李尚琪.基于COI和16SrRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究[J].中国水产科学.2018
[8].张玉君.基于叶绿体分子谱系地理学的山药的系统进化和品种鉴定研究[D].北京中医药大学.2018
[9].雷映霞.鹅观草属及其近缘属物种的分子系统与进化研究[D].四川农业大学.2018
[10].李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,马超,李倩.基于线粒体基因ND1、COX1和Cytb的双壳贝类分子系统进化研究[J].福建农林大学学报(自然科学版).2018
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