毛竹PeCPD基因克隆与表达分析

论文摘要

[目的]通过对毛竹（Phyllostachys edulis（Carri.）H. deLehaie）CPD基因的分子特征和表达模式进行研究分析,为揭示CPD在参与毛竹笋生长调控、光诱导以及响应胁迫过程中的作用提供参考依据。[方法]在毛竹基因组数据库（BambooGDB）中查找CPD的同源序列,设计引物并克隆PeCPD。通过生物信息学的方法分析PeCPD的基因结构、顺式调控元件、其编码蛋白的基本理化性质、保守结构域、进化关系以及该基因在不同组织中的表达模式等,利用实时定量PCR方法分析该基因在不同高度笋、昼夜节律光照条件下以及干旱、低温胁迫处理下叶片和根中的表达模式。[结果]获得了毛竹CPD同源基因PeCPD（PH01003419G0030）,cDNA全长为1 584 bp,包含5′和3′端非编码区分别为110 bp和64 bp,编码区为1 410 bp,对应的基因组长度为2 796 bp,外显子和内含子数量分别为6个和5个。克隆获得了PeCPD编码区,与BambooGDB中PH01003419G0030序列完全一致,编码一个470 aa的蛋白,分子量约为52.2 kDa,理论等电点为9.063。同时获得了PeCPD上游序列（1 999 bp）,与数据库中序列完全一致,分析发现,其中除了启动子基本元件外,还含有多种与环境相关的作用元件,如参与低温应答的LTR、干旱响应的MBS和光响应元件AE-box、TCT-motif等。基于CPD氨基酸序列的系统进化分析表明,毛竹与水稻、玉米、谷子和二穗短柄草等单子叶植物聚类到一个大的分支,其中与二穗短柄草的亲缘关系最近。基于转录组数据的基因表达热图分析发现,PeCPD在毛竹7个不同组织中的表达存在明显差异,其中在20 cm笋中的表达量最高,根中表达量最低。实时定量PCR分析表明,随着笋的增高,PeCPD表达量呈上升趋势;在昼夜节律光照条件下,PeCPD表达量随着光照时间延长而上升,随着黑暗时间延长而下降;干旱和低温胁迫条件下,叶片和根中PeCPD的表达量均呈先上升后下降的趋势。[结论]从毛竹中获取得到了CPD同源基因PeCPD,该基因为组成型表达,且随着笋的增高其表达量呈上升趋势,可能通过参与BRs的生物合成对竹笋的生长起调控作用;PeCPD在叶片中的表达呈现昼夜节律变化,表明该基因可能会参与毛竹的光形态建成;干旱和低温胁迫条件下,PeCPD表达量的变化有助于提高毛竹适应逆境胁迫的能力。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 单雪萌,王思宁,朱成磊,高志民

关键词: 毛竹,油菜素内酯,基因克隆,表达分析

来源: 林业科学研究 2019年05期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,林业

单位: 国际竹藤中心竹藤资源基因科学研究所国家林业和草原局/北京市竹藤科学与技术重点开放实验室

基金: 林业公益性行业科研专项“毛竹核心种质重测序及竹壁发育关键基因研究”(201504106),“十二五”农村领域国家科技计划项目研究任务“竹藤资源收集保存与优质基因资源筛选”(2015BAD04B0101)

分类号: S795.7;Q943.2

DOI: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.05.008

页码: 58-66

总页数: 9

文件大小: 3300K

下载量: 109

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