导读:本文包含了连锁分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,标记,性状,水稻,家蚕,表型,苗期。
连锁分析论文文献综述
吴际洋,焦垚,叶远俊,鞠易倩,刘婷婷[1]（2018）在《大花紫薇与紫薇杂交F_1群体表型评价及分子标记连锁分析》一文中研究指出以大花紫薇(Lagerstroemia speciosa)为母本,紫薇(L. indica)品种‘Sacramento’为父本杂交构建的F_1群体为材料,对株高、冠幅、叶长、叶宽、花径、瓣爪长、花序长、花序宽、主枝GSA、生长习性、花芽形状、花芽缝合线、单色花颜色和复色花主副色共14个主要观赏性状进行了统计和分析,评价了F_1群体的遗传多样性,对主要观赏性状与SSR标记进行了连锁分析。结果表明:(1)株高等9个主要观赏性状的变异系数范围为14.58%～48.33%;生长习性以半直立和开展居多;花芽、花色表型无明显分离;主要观赏性状彼此之间呈现一定的相关性。(2)SSR标记多态信息含量(PIC值)的范围为0.20～0.59,平均值为0.43;Shannon’s信息指数分布范围为0.38～1.13,平均值为0.82;平均期望杂合度和观察杂合度分别为0.52和0.53:说明F_1群体遗传多样性程度中等。(3)8个SSR标记与8个性状共22个组合显着相关,解释率范围为3.46%～16.02%。(本文来源于《园艺学报》期刊2018年11期）
王虹[2]（2018）在《结合关联与连锁分析剖析玉米籽粒生育酚含量的遗传基础及一个主效QTL的精细定位》一文中研究指出生育酚在维持植物生长发育和人体健康中发挥着重要作用,而生育酚在蓝藻和拟南芥等模式植物中的合成途径也已经有较为详尽的研究,然而玉米(Zea mays L.)籽粒中生育酚含量的遗传基础至今仍不甚清楚。本研究将全基因组关联分析(GWAS)与连锁分析相结合,以剖析玉米籽粒生育酚的遗传基础。本研究以玉米籽粒中γ-生育酚、α-生育酚、δ-生育酚、总生育酚含量及α/γ-生育酚之比做为目标性状进行研究,主要结果如下:本研究采用6个遗传及生育酚表型变异丰富的重组自交系(RIL)群体用于连锁分析。基于实验室前期建立的高密度遗传连锁图进行QTL定位,共检测到89个QTL,其中有44个QTL在多个RIL群体中同时检测到,另有45个QTL仅在单个RIL群体中检测到。将影响不同性状的置信区间重迭的QTL合并,得到41个非重复QTL,其中有10个主效QTL——每个主效QTL可解释10%以上的表型变异,有11个非重复QTL可影响多个生育酚性状。经与之前研究比较,本研究检测到的10个非重复QTL为首次检测到,暗示不同遗传背景可能含有不同有利等位基因。通过上位性分析,本研究发现两个基因的互作对生育酚表型的贡献仅起次要作用。本研究利用508份来源多样的自交系组成的关联群体进行全基因组关联分析(GWAS)。关联群体基因型利用RNA深度测序得到的56万SNP标记。GWAS共检测到282个显着SNP,对应32个独立显着位点。出人意料的是,GWAS检测到的显着位点与生育酚合成途径中的同源基因仅有极少数位点重迭,启示非已知生育酚途径基因在调控玉米籽粒生育酚自然变异中发挥作用。GWAS检测到的基因中尤其以脂肪酸代谢基因、叶绿素代谢基因及质体功能相关基因为典型。本研究以参与脂肪酸代谢的LACS基因的突变体验证为例证明非生育酚途径基因的作用。在GWAS检测到的32个显着位点中,有18个位点与本研究QTL定位结果吻合。本研究通过利用关联群体转录组数据,构建了以生育酚途径核心基因为中心的生育酚调控网络。此外,关联分析中生育酚变异的有利等位基因很多为稀有变异,且关联群体中有利等位基因数目的迭加为生育酚含量增加的主要因素。本研究对8号染色体短臂一个同时影响多种生育酚性状的主效QTL进行了精细定位。通过利用RIL群体得到的剩余杂合系(HIF),本研究进行了重组单株筛选与后代测验,最终将该主效QTL定位于860kb的区间内。该区间内仅有一个生育酚途径同源基因,即DXR2,通过对该基因进行候选基因分析,并未找到可能的多态位点,因此推断该QTL的功能基因可能为非已知生育酚途径基因。另外,GWAS中有一个显着位点落在QTL精细定位区间内的基因间区。因此,精细定位验证了GWAS和连锁分析的检测效力和定位精确度。综上,本研究揭示了玉米籽粒的生育酚变异由少数主效位点及多个微效位点共同控制,并发现了若干生育酚合成途径外的新基因参与调控玉米籽粒生育酚变异。本研究检测到的许多显着位点/QTL的有利等位基因在自然群体中都是稀有等位基因。将这些新鉴定到的基因的有利等位基因聚合起来可以大幅提高玉米籽粒中的生育酚含量。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-06-01）
王芸[3]（2018）在《关联分析和连锁分析定位控制水稻有效穗数QTL》一文中研究指出世界上有超过一般的人口以水稻为主食,日益增长的人口以及日趋严峻的水稻生产环境给进一步提高水稻单产带来挑战。水稻单产由叁要素构成,包括单位面积有效穗数、每穗实粒数以及千粒重,而有效穗数是叁要素中最基本的要素。实践证明理想株型育种结合杂交育种是实现水稻超高产育种的新途径,而水稻穗数是理想株型的重要组成部分之一。因此,定位控制水稻有效穗数QTL对水稻育种极为重要。本研究利用1090份水稻种质资源以及双亲衍生的次级分离群体,利用全基因组关联分析与连锁分析共同定位影响水稻有效穗数的QTL,主要研究结果如下:1.水稻种质资源的全基因组关联分析(GWAS)本研究以1090份遗传基础丰富的水稻种质资源为材料,2016年在叁亚和深圳两个环境测定水稻有效穗数,利用4.8M的SNP进行有效穗数的GWAS分析,定位到6个QTL,分别位于第1、2、4、8染色体上。利用位于基因编码区的非同义突变显着SNP进行单倍型分析,最终,确定了位于第2、4染色体上的共2个QTL的6个候选基因。2.利用Lemont背景的近等基因系进行有效穗数主效QTL Qpn4的精细定位前人利用有效穗数较多的特青(TQ)导入有效穗数较少的Lemont(LT)产生的回交重组自交系(backcross recombinant inbred line,BRIL),在4号染色体上定位到一个主效QTL Qpn4。通过比较种质资源关联分析定位与LT/TQ回交重组自交系定位的结果,发现关联分析定位在第4染色体qEpn4正好包含Qpn4。因此本研究利用TQ导入LT产生的NIL-QPn4~(TQ)的近等基因系对Qpn4进行精细定位,最终将其定位到4号染色体上31.19-31.21 Mb的29.17 Kb的物理区间内。根据水稻日本晴基因组注释数据库,发现该区间包括LOC_Os04g52460与LOC_Os04g52479两个基因。其中,LOC_Os04g52460编码反转座子蛋白,LOC_Os04g52479是一个已克隆的基因Nal1,该基因的突变改变了生长素的极性运输模式。由于水稻有效穗与生长素关系密切,因此,我们选取Nal1为Qpn4的候选基因,并且利用RNAi,过表达以及转基因互补实验验证了该基因的功能。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2018-05-01）
邓敏[4]（2017）在《玉米籽粒氨基酸全基因组关联分析与连锁分析及玉米和水稻代谢组的比较分析》一文中研究指出玉米作为全球叁大作物之一,不仅是人们的主粮和动物的重要饲料来源,而且也是重要的工业原料来源。但是作为粮食和饲料时,因为蛋白质、必需氨基酸含量低,其应用价值和应用范围都受到影响,所以研究玉米籽粒的蛋白品质就变得尤其重要。本研究利用包含513份玉米自交系的关联群体和3个重组自交系群体,结合覆盖全基因组的高密度SNP标记对玉米籽粒氨基酸含量及其组分相关性状进行全基因组关联分析和连锁分析,鉴定控制玉米籽粒氨基酸代谢的遗传位点,解析玉米成熟籽粒氨基酸含量的遗传结构,同时利用遗传和分子生物学等手段对其中3个位点进行了验证。主要结果如下:1.玉米籽粒氨基酸含量自然变异丰富:通过测定玉米关联群体和连锁群体成熟籽粒氨基酸含量,发现其存在广泛的变异,在关联群体的两个环境(AM1和AM2)中分别有2.04-11.49倍和2.61-13.60倍的差异,而在叁个RIL群体(B73/By804:BB、Kui3/B77:KB和Zong3/Yu87-1:ZY)中也分别有1.51-3.86倍、1.79-4.81倍和1.98-5.50倍的差异。2.全基因组关联分析鉴定到大量候选位点:结合1.25M高质量的SNP基因型,分别对两个环境下(AM1和AM2)获得的65种氨基酸及其组分性状进行全基因组关联分析,在p≤2.04×10-6的条件下,分别检测到247和281个显着的性状-标记关联位点,平均每个性状检测到5.1和4.4个显着位点,平均解释的表型变异分别为7.44%和7.90%。3.连锁分析定位到404个QTLs:结合高密度的分子标记遗传连锁图,分别对BB、KB和ZY RIL群体的65个氨基酸性状进行QTL定位分析。总共鉴定了404个QTL,在3个RIL群体中分别为89、150和165个QTL,平均每个性状检测到2.0、2.7和2.8个QTL,解释的表型变异平均为9.03%、9.39%和10.15%。BB、KB和ZY群体的定位精度分别平均为8.6、11.3和7.2Mb,而小于5Mb的QTLs分别有57、95和99个。4.建立了候选基因的共表达网络:GWAS总共鉴定到528个显着位点涉及308个候选基因,其中27%为直接或间接影响氨基酸代谢的基因,29%为影响其他代谢过程的基因,7%为转录因子,2%编码种子储存蛋白,这些基因在氮代谢、胺代谢、氨基酸及其衍生物代谢和羧酸等代谢过程富集。对308个候选基因进行e QTL分析发现,其中有43.2%的候选基因具有e QTL。在这308个候选基因中,有23个基因编码的蛋白参与氨基酸合成或分解代谢途径,对这23基因和RNA-seq获得的其他基因进行共表达分析显示,在4,670个共表达基因中有49个同时也被GWAS定位到的,140个基因直接或间接与氨基酸代谢相关;GO富集分析发现这些共表达基因在胺代谢、发育过程和生物调节等富集。5.多种手段验证了3个候选基因:借助遗传学、e QTL分析,生物信息学和转基因手段对其中3个候选基因(O2,GRMZM2G138727,GRMZM2G143008)进行了深入分析和验证。上述结果不仅为我们理解玉米成熟籽粒氨基酸的代谢及遗传变异与基础提供了线索,为玉米氨基酸代谢的研究提供了相关的候选基因等,同时还为高赖氨酸玉米的育种提供了可能的育种材料。本论文的另一部分研究内容为玉米和水稻代谢组比较分析。本研究利用已发表的玉米籽粒、水稻叶片和籽粒的代谢组数据,对其代谢物的分布特点、变异系数、变异倍数等在玉米亚群和水稻亚种间的变异特点进行了比较分析,发现玉米和水稻代谢组之间存在非常显着的差异,其中差异最大的是类黄酮;在不同亚群、亚种或者种间,不同类代谢物差异巨大,次级代谢物的变异比初级代谢物的变异更大,热带玉米中代谢物的变异比温带玉米大,籼稻代谢物的变异比粳稻大,并且水稻不同组织间代谢物也存在很大的差异;差异代谢物的分析表明:水稻中差异代谢物数目和倍数均大于玉米亚群之间的,在玉米和水稻的差异代谢物中类黄酮显着富集,同时,在温带玉米材料中积累的代谢物主要为类黄酮,而在热带玉米中显着积累酚胺类物质;籼稻中类黄酮含量更高,而粳稻中酚胺类物质含量更高;对玉米和水稻代谢组数据进行相关性分析,发现相同类代谢物间的相关系数比不同类代谢物间的更高,而玉米两个亚群之间,代谢物相关性差异不如水稻亚种间显着。玉米和水稻代谢组之间,相关性差异非常大,与温带玉米和籼稻相比,在热带玉米以及粳稻中有更少的正相关,而有更多的负相关。主成分分析和聚类分析显示,用所有代谢物或者其中部分代谢物即可将热带玉米和温带玉米以及籼稻和粳稻很好的分开。(本文来源于《华中农业大学》期刊2017-06-01）
李勤霞,张萍[5]（2017）在《新疆野核桃F_1表型性状与SSR标记连锁分析》一文中研究指出以新疆伊犁巩留县平底圆核桃、椭圆核桃及其杂种F_1,以及随机选取的60份野核桃种质资源为研究材料,对其表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。研究发现,8个表型性状在群体中呈连续分布,与其正态分布曲线拟合较好,彼此之间具有相关性。变异系数表明各个性状的变异均超过10%,说明个体间的表型值变异较大。进一步对其进行主成分分析,表明株高、茎粗、最大叶长、最小叶长、最小叶宽这5个指标是引起野核桃表型差异较大的因子。通过10对多态性高的SSR引物共检测出35个等位变异位点,变异范围在26之间,平均每对SSR引物可检测到3.5个等位位点。遗传相似系数(GS)变异范围为0.510.95。GS值在0.55水平上的UPGMA聚类分析可将供试的野核桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ共4个组。丰富的遗传变异可为野核桃遗传改良及分子育种提供依据。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2017年09期）
王麒,王晗,张秀玲,刘春杨,张乐超[6]（2017）在《鸡内源白血病病毒ev21与慢羽非连锁分析和LTR区启动子活性分析》一文中研究指出旨在分析鸡内源ev21病毒与慢羽的连锁关系及其结构特征和启动子活性,为建立无内源ev21病毒的慢羽种鸡提供检测方法,并对ev21的启动转录活性进行探索。长片段PCR扩增获得鸡内源ev21病毒基因序列,检测太行鸡、坝上长尾鸡、海兰褐、海兰灰及其祖代五个品系259份样本的病毒携带情况。利用NCBI数据库Blast比对分析并PCR获得病毒基因全长。构建ev21基因5′和3′LTR区的pGL3-basic重组质粒转染A375细胞检测其启动子活性。结果显示:获得完整ev21病毒基因组全长7 524bp,发现其反向插入在鸡Z染色体g.10681671-10681672之间,长片段7 590bp PCR检测发现ev21与海兰灰慢羽鸡完全连锁,但与太行鸡、坝上长尾鸡和海兰褐慢羽并不完全连锁,尤其海兰褐快羽公鸡ev21全部阳性。ev21基因5′LTR区具有高强度的启动子活性(P<0.01),3′LTR区活性高于阴性对照,但差异不显着(P>0.05)。综上,内源ev21病毒与鸡慢羽性状并不完全连锁,7 590bp长片段PCR为内源ev21病毒的筛查提供检测方法,ev21基因5′LTR区具有强启动子活性。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2017年05期）
Shahzad,Amir,Naveed[7]（2017）在《关联分析结合连锁分析剖析水稻芽期和苗期耐盐性遗传基础》一文中研究指出全球环境变化不利于粮食作物的生产,尤其是土地和水质的退化使土壤盐渍化日益加剧。据报道:全球超过45Mha的水田和32Mha的旱田受到盐胁迫危害。盐渍化改变了土壤结构,抑制植物生长,最终导致粮食减产。而水稻在芽期和苗期又极易受到盐胁迫危害,水稻耐盐是由多基因控制的复杂性状,通过高通量分析可以定位重要的耐盐QTL和候选基因。因此,本研究旨在剖析水稻芽期和苗期耐盐的遗传基础。本研究利用两种不同的方法(关联分析和连锁分析)分别结合700K高密度的SNP和4568个bin来定位水稻芽期和苗期耐盐胁迫的重要QTL和候选基因。试验中,芽期和苗期分别考察了3个和10个性状,耐盐品种FL478和盐敏感品种IR29作为对照。全基因组关联分析中,国际水稻研究所的208份籼稻核心种质资源为试验材料,分别来自亚洲、非洲和拉丁美洲的25个国家。筛选最小碱基频率(MAF)大于5%的SNP,共得到395553个SNP用于基因型分析,这些SNP覆盖372Mb水稻基因组,两个相邻标记间的平均距离约为1kb。利用TASSEL5.2进行了LD衰减距离的计算以及遗传相似性的分析。为检验重复与基因型间的效应,使用SAS PROC GLM对表型数据进行方差分析。利用GAPIT的混合线性模型进行关联分析,根据相邻标记间的P值挑选QTL位点,通过SAS PROC GLM对候选基因的不同单倍型进行方差分析。在连锁分析中,利用由明恢63和02428构建的258份重组自交系和58936 SNP组成的4568个bin进行水稻耐盐研究。为检验重复与基因型间的效应,使用SAS PROC GLM对表型进行方差分析。利用IciMapping软件进行QTL定位并根据LOD值和PVE值挑选QTL。在两个试验中,RL与SL和芽期GR呈正相关,RDW和SDW与SSD呈正相关,而KS和KR与SES、NaS、NaR、NaKS和NaKR呈负相关,在芽期和苗期盐胁迫下没有发现显着相关性。在关联分析方法中,7个主成分解释了群体90%的遗传变异,群体中的LD衰减距离为100KB,在最小等位基因频率大于5%的SNP中,平均杂合率为2.94%,平均PIC为29%,说明了该群体具有丰富的遗传变异。对材料进行进化树分析,发现群体包括了3个主要的亚群,并且来自于相同国家的水稻资源被划分在了同一个亚群中。芽期和苗期分别定位到4个和14个盐胁迫相关的QTL。只有两个QTL(qSES6和qSL6)在第6染色体存在部分重迭,同时对7个重要QTL(qNaKS1,qNaS1,qNaKR2,qNaS6,qSDW9a,qSES9和qNaKS12)的19个候选基因进行了分析,其中10个候选基因具有2到4个单倍型。候选基因(Os01g20160和Os1g20720)的两个单倍型(GA和GG)具有较低的NaKS。候选基因Os09g03750的单倍型(CA)具有较高的SDW。12个候选基因在不同组织中具有较好的表达。在连锁分析中,芽期和苗期分别定位到4个和21个与盐胁迫相关的QTL。9个QTL(qNaKS1,qSES2,qSES3,qSES4,qSES9a,qKR7,NaKR2,NaKR7和qRL7)与前人报道一致,其中包括在关联分析中定位到的两个QTL(qNaKS1和qNaKR2)。qNaKS1与维持地上部K平衡相关的基因SKC1定位在一起,qNaKR2与盐胁迫下抑制根伸长的基因RSS1定位在一起。所有定位到的QTL可解释表型变异率的3.8%到11%,加性效应变幅在-1.2到1.1之间。定位到7个新的QTL(qSES9b,qKS3,qNaKS3,qSSD3,qSDW3,qNaKS8和qNaS)表型贡献率大于8.1%。本研究创新点:定位到7个重要耐盐QTL的19个候选基因,对这些基因的后续研究有助于找到耐盐基因。候选基因(Os01g20160和Os1g20720)的两个单倍型(GA和GG)具有较低的NaKS。候选基因Os09g03750的单倍型(CA)具有较高的SDW。这些单倍型有助于提高水稻苗期耐盐性。8个材料对盐胁迫具有抗性,可直接用于水稻耐盐育种。芽期和苗期试验中定位的耐盐QTL在6号染色体存在重迭区域,该区段可能有对芽期和苗期盐胁迫具有抗性的基因。在连锁分析中,定位到7个新的QTL(qSES9b,qKS3,qNaKS3,qSSD3,qSDW3,qNaKS8和qNaS7)表型贡献率大于8.1%。在两种方法中,耐盐相关基因SKC1和RSS1均被检测到。由于两种方法中大多数芽期耐盐株系在苗期表现对盐胁迫敏感,说明水稻芽期和苗期的耐盐机制存在显着差异。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
张思梦[8]（2017）在《四交衍生纯系遗传群体的连锁分析与数量性状基因定位方法研究》一文中研究指出与双亲遗传研究群体相比,多个亲本杂交衍生的后代群体中,包含更多的等位基因变异,在遗传研究和育种中的重要性日益突出。多亲杂交后代也可通过加倍单倍体或重复自交衍生出纯系群体(或称永久群体),因此可以开展多环境有重复的表型鉴定试验,从而研究QTL在环境间的稳定性、提高QTL定位的准确性。本论文利用理论推导、计算机模拟比较和真实数据应用等方法,研究四个纯系亲本衍生DH和RIL群体中的连锁分析和QTL定位方法。得到的主要研究结果如下:1.根据亲本中可识别的等位基因个数将标记划分为14类。推导了两个标记上均有四种等位基因时的理论基因型频率,给出了两个标记间重组率极大似然估计(Maximum Likelihood Estimate,MLE)的计算方法。当其中的一个或两个标记均为非完全标记时,给出了重组率的极大似然估计的EM算法,从而为连锁图谱的构建和基因定位奠定基础。2.完备区间作图(Inclusive Composite Interval Mapping,ICIM)方法已经成功应用于双亲群体的加显性和上位性作图,以及无性系F_1和四交群体的QTL作图。大量模拟研究和真实群体数据分析表明ICIM是一种行之有效的QTL作图方法。本研究将ICIM方法推广到四交衍生纯系群体的QTL作图,首先推导出各种标记基因型下QTL基因型的条件概率,通过构建正交变量,建立了四交DH和RIL群体QTL作图的表型与基因型的线性回归模型,利用逐步回归选择显着标记变量。然后在定位QTL的扫描过程中,用显着标记对表型值进行矫正,基于ICIM思想进行有背景控制的区间作图,计算检验统计量,定位QTL并估计其位置和遗传效应,从而实现四交衍生DH和RIL群体QTL定位的完备区间作图。3.考虑QTL在标记区间内的不同位置、QTL连锁相等因素,设计了包括独立QTL和连锁QTL的多种遗传模型,产生大量模拟群体研究了ICIM方法在四交衍生纯系群体作图的有效性,并与其他现有作图方法进行比较。模拟研究表明:ICIM对QTL的检测功效较高,假阳性率较低,对于位置和效应的估计也近似无偏。同时将ICIM应用到一个真实小麦四交RIL群体,对该群体千粒重性状的定位结果表明:ICIM能检测到更多的QTL,这些QTL具有更高的PVE(Phenotypic Variance Explained),更高的LOD值,同时具有更短的置信区间,部分QTL与已报道的基因重迭。4.在一个由(A×B)×(C×D)表示的四交群体中,当C和D相同时,四交设计就等同于叁交设计(A×B)×C。如果A与D相同,四交群体只有叁个亲本。当A和C相同,且B和D相同时,它就等同于由单交种A×B产生的双亲F_2群体。因此,本研究中提出的遗传分析方法可以也适用于由双亲F_2,叁交F_1和只有叁个亲本的四交F_1衍生的纯系群体。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
高瑞,李春林,童晓玲,曹明亚,石美宁[9]（2017）在《分子连锁分析探讨家蚕高抗BmNPV品系的抗性遗传基础》一文中研究指出【目的】家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)所引发的血液型脓病是一种传染性强的蚕病,极大地影响蚕业生产。本研究旨在定位对BmNPV高抗的家蚕品系中控制其抗性的基因,进而解析其抗性遗传机制,为培育抗性素材和品系提供理论支持。【方法】以BmNPV高抗家蚕品系99R和较感品系Dazao-N为亲本,配制连锁分析(BC_1F)和定位分析(BC_1M)回交群体。首先对两个亲本品系进行浓度梯度添毒,统计感病死亡的家蚕头数,运用SPSS 17.0软件,计算其半致死剂量(LD_(50)),在此基础上确定BC_1分离群体的攻毒剂量,并通过单头定量攻毒,选取感病个体作为连锁定位分析材料;利用筛选得到的覆盖家蚕全套常染色体的多态性标记进行分型,并通过T检验计算各标记与抗性的连锁显着性水平(P值),筛选出与抗性相连锁的标记。在这些标记所在的染色体上加密标记,检测各标记在定位分析群体中的基因型,定位抗性基因。【结果】LD_(50)(99R)=2.92×10~6个多角体/头,LD_(50)(Dazao-N)=9.78×10~5个多角体/头,基于双亲的半致死剂量,选择介于两者之间且略高于其均值的剂量——2×10~6个多角体/头作为BC_1分离群体的攻毒剂量;先后于2014年秋季和2015年春季处理并检测连锁分析群体,前后两次所进行的连锁分析结果有较大差异,其中第一次找到Chr22上的多态性标记S2205与99R抗性连锁,而第二次的连锁分析显示标记S2205与抗性不连锁,也没有找到其他的连锁关系。通过与前人对BmNPV抗性的连锁定位分析结果进行对比,发现连锁定位分析结果的不可重复性是一个普遍的问题。AY380833是GenBank中已公布的在家蚕高抗品系NB和871C中与其抗性位点紧密连锁的分子标记,本研究调查发现其与99R和871C的抗性位点均不连锁。【结论】分子连锁分析结果证明,家蚕对BmNPV的抗性在不同抗性品系中遗传基础有很大的差异性,同一品系可能具有多个抗性位点;家蚕对BmNPV的抗性是一种复杂性状,在符合"质量-数量性状"结论的同时,其数量性状特征突出。(本文来源于《中国农业科学》期刊2017年01期）
高磊,赵胜杰,路绪强,何楠,朱红菊[10]（2016）在《利用SSR标记对西瓜果肉硬度性状的连锁分析》一文中研究指出果肉硬度作为西瓜的重要品质属性,越来越受到生产者和消费者的重视。本研究以野生种西瓜PI271769为供体亲本,栽培种西瓜203Z为轮回亲本进行高代回交,在BC7F1世代发现了果肉硬度变硬的材料。用平均分布于西瓜11条染色体的185对SSR标记对PI271769、203Z和构建的软肉池、硬肉池进行筛选,发现位于第6染色体上的标记BVWS00954具有多态性。通过单向方差分析在BC7F2分离群体的验证,表明BVWS00954与控制西瓜果肉硬度的基因连锁,且BVWS00954标记分析基因型与不同的西瓜资源果肉硬度表现型完全吻合。研究结果为控制西瓜果肉硬度基因的精细定位、图位克隆及分子标记辅助选择育种奠定了基础。(本文来源于《植物遗传资源学报》期刊2016年05期）
连锁分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
生育酚在维持植物生长发育和人体健康中发挥着重要作用,而生育酚在蓝藻和拟南芥等模式植物中的合成途径也已经有较为详尽的研究,然而玉米(Zea mays L.)籽粒中生育酚含量的遗传基础至今仍不甚清楚。本研究将全基因组关联分析(GWAS)与连锁分析相结合,以剖析玉米籽粒生育酚的遗传基础。本研究以玉米籽粒中γ-生育酚、α-生育酚、δ-生育酚、总生育酚含量及α/γ-生育酚之比做为目标性状进行研究,主要结果如下:本研究采用6个遗传及生育酚表型变异丰富的重组自交系(RIL)群体用于连锁分析。基于实验室前期建立的高密度遗传连锁图进行QTL定位,共检测到89个QTL,其中有44个QTL在多个RIL群体中同时检测到,另有45个QTL仅在单个RIL群体中检测到。将影响不同性状的置信区间重迭的QTL合并,得到41个非重复QTL,其中有10个主效QTL——每个主效QTL可解释10%以上的表型变异,有11个非重复QTL可影响多个生育酚性状。经与之前研究比较,本研究检测到的10个非重复QTL为首次检测到,暗示不同遗传背景可能含有不同有利等位基因。通过上位性分析,本研究发现两个基因的互作对生育酚表型的贡献仅起次要作用。本研究利用508份来源多样的自交系组成的关联群体进行全基因组关联分析(GWAS)。关联群体基因型利用RNA深度测序得到的56万SNP标记。GWAS共检测到282个显着SNP,对应32个独立显着位点。出人意料的是,GWAS检测到的显着位点与生育酚合成途径中的同源基因仅有极少数位点重迭,启示非已知生育酚途径基因在调控玉米籽粒生育酚自然变异中发挥作用。GWAS检测到的基因中尤其以脂肪酸代谢基因、叶绿素代谢基因及质体功能相关基因为典型。本研究以参与脂肪酸代谢的LACS基因的突变体验证为例证明非生育酚途径基因的作用。在GWAS检测到的32个显着位点中,有18个位点与本研究QTL定位结果吻合。本研究通过利用关联群体转录组数据,构建了以生育酚途径核心基因为中心的生育酚调控网络。此外,关联分析中生育酚变异的有利等位基因很多为稀有变异,且关联群体中有利等位基因数目的迭加为生育酚含量增加的主要因素。本研究对8号染色体短臂一个同时影响多种生育酚性状的主效QTL进行了精细定位。通过利用RIL群体得到的剩余杂合系(HIF),本研究进行了重组单株筛选与后代测验,最终将该主效QTL定位于860kb的区间内。该区间内仅有一个生育酚途径同源基因,即DXR2,通过对该基因进行候选基因分析,并未找到可能的多态位点,因此推断该QTL的功能基因可能为非已知生育酚途径基因。另外,GWAS中有一个显着位点落在QTL精细定位区间内的基因间区。因此,精细定位验证了GWAS和连锁分析的检测效力和定位精确度。综上,本研究揭示了玉米籽粒的生育酚变异由少数主效位点及多个微效位点共同控制,并发现了若干生育酚合成途径外的新基因参与调控玉米籽粒生育酚变异。本研究检测到的许多显着位点/QTL的有利等位基因在自然群体中都是稀有等位基因。将这些新鉴定到的基因的有利等位基因聚合起来可以大幅提高玉米籽粒中的生育酚含量。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
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