银杏WRKY家族基因密码子使用偏向性分析

论文摘要

本研究以银杏基因组数据为基础,利用HMMER软件对银杏WRKY家族进行预测,用保守域分析软件进行确认,再以密码子分析的序列筛选原则对序列进行筛选,共计筛选出34条基因编码序列作为研究对象,对其密码子使用偏向性进行分析。结果显示,银杏WRKY家族基因密码子GC含量范围在40.51%～52.07%,平均含量为45.60%,GC3平均含量为41.75%,说明该家族偏向使用以A或U结尾的密码子;ENC值在49.58～60.45之间,说明其密码子偏向性较弱;相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个,其中以A和U为结尾20个;中性绘图分析和ENC-plot曲线分析显示银杏WRKY家族基因GC3与GC12相关性并不显著,并且大部分基因ENC值偏离了理论值。综合分析发现突变和选择压力等诸多因素共同决定着银杏WRKY家族基因的密码子偏向性。银杏WRKY家族基因的最优密码子的确定是结合了高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法,并最终确定出UUA、UUG、CCU等7个密码子为银杏WRKY家族基因的最优密码子。研究结果为银杏WRKY家族基因的密码子优化及其转基因研究中载体的选择提供理论依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 石元豹,汪贵斌,杨晓明,曹福亮

关键词: 银杏,转录因子,密码子偏向性,最优密码子

来源: 分子植物育种 2019年05期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,林业

单位: 南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京林业大学林学院

基金: 林业公益性行业科研专项重大项目(201504105)资助

分类号: Q943.2;S792.95

DOI: 10.13271/j.mpb.017.001503

页码: 1503-1511

总页数: 9

文件大小: 1366K

下载量: 153

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