导读:本文包含了自由能计算论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:自由,动力学,蛋白,分子,势能,抑制剂,表面。
自由能计算论文文献综述
周鹰,吴美丽,俞黎黎,滕飞翔,崔玉宝[1]（2019）在《粉尘螨水通道蛋白DerfAQP2分子模拟和自由能计算》一文中研究指出目的探讨粉尘螨水通道蛋白DerfAQP2的工作机制。方法用SWISS-MOEL软件对DerfAQP2进行同源建模,用VMD软件建立分子模拟体系,用NAMD2.9软件包进行动力学模拟并对体系进行优化,等温等压系综环境下计算水分子通过时的吉布斯自由能。结果以大肠埃希菌水甘油通道蛋白(PDB code:1LDF)晶体结构作为模板构建DerfAQP2蛋白质空间构像,使用VMD软件生成psf文件,将DerfAQP2蛋白单聚体放置于80×80×100?~3大小的盒子中,加入TIP3型水分子、55个钠离子、53个氯离子,最终体系共计60 184个原子。经过20 ns的分子动力学模拟,DerfAQP2蛋白结构趋于稳定。取dcd文件进行结构分析,发现8个水分子在通道内构成单列水,当水分子进入的通道外前庭时,DerfAQP2的通道残基由Arg203、Tyr44和Ile188残基构成;在通道的中间部分,可见NPA结构的Asn200和Asn64;在细胞质与通道交界附近,水分子与周边的His62以及Ala61、Ile63、Ser52残基间相互作用。将单列水起始位置的能量定义为0,绘制自由能曲线,可见水分子通过通道的能量屏障约为2.0 kcal/mol。结论成功建立了粉尘螨水通道蛋白DerfAQP2的叁维空间结构和分子模拟体系,解析了其运输水分子的关键氨基酸。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年09期）
任楠楠[2]（2019）在《基于不同力场使用MM-PB/SA方法计算凝血因子Xa-配体的结合自由能》一文中研究指出凝血因子Xa是抗凝血药物的重要靶点,准确计算凝血因子Xa与配体间的作用强度能够为开发新型抗凝血药物提供帮助。基于不同分子力场方法获得的MM-PB/SA计算结果不尽相同。为了进一步探讨不同力场方法对计算蛋白-配体结合自由能准确度的影响,本文以筛选出的47个凝血因子Xa-配体复合物为研究对象,对基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果的准确性等方面进行对比。结果表明:1、对于本文所研究的47个凝血因子Xa-配体复合物,基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果与实验值均相差较大;2、通过对比分析MM-PB/SA方法计算得到的各能量项发现,静电作用对凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能影响最大。进一步分析静电作用计算结果发现,配体的带电情况以及配体中带电基团的种类对静电作用能有很大影响。基于上述讨论结果,尝试使用本课题组研发的PBFF方法计算47个凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能。与基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结果相比,PBFF方法计算得到的结合自由能与实验值的相关性有所提高,相关系数为0.31。希望上述研究结果能够为发展准确计算蛋白-配体结合自由能的力场方法提供帮助,进而提高新药研发的效率。(本文来源于《辽宁师范大学》期刊2019-06-01）
李鹏飞[3]（2019）在《凝聚相下化学过程自由能的多尺度计算方法研究》一文中研究指出对于在凝聚相下的化学反应,考虑到反应速率的计算和反应机理的验证,自由能曲线的计算是必不可少的。然而,在从头算(ab initio,ai)QM/MM水平下,该类自由能曲线的计算是十分昂贵的。尽管半经验方法可以比ai方法快两叁个量级,但是由于半经验方法其自身的近似性,其准确度并不是很令人满意。最近,我们提出了一套MBAR+wTP方法,可以高效率地计算得到在ai QM/MM水平下的自由能曲线。在本论文中,我将详细解释该方法,并讨论其适用性,局限性以及我对未来发展该方法的看法。在第二章中,我将详细阐述MBAR+wTP方法的原理与思想。在该方法中,首先要在半经验方法下做伞形采样(umbrella sampling,US),利用多态Bennett接受比例法(multistate Bennett acceptance ratio,MBAR)分析得到该哈密顿下的自由能曲线,然后利用加权热力学微扰法(weighted thermodynamic perturbation,wTP)进行校正,从而得到在ai QM/MM水平下的自由能曲线。其中,在wTP校正过程中的权重因子是在做MBAR分析时得到的信息,这一点经常被大家所忽视。原始的ai QM/MM自由能曲线可以通过高斯过程回归(Gaussian process regression,GPR)方法来拟合。其中,在该拟合过程中,由于每个数据点是带有噪声的,所以在此工作中该噪声被定义为每个变量点所对应的重权熵值S的负指数值(e~(-S))。结果表明,该方法可以减少若干个量级的计算量得到非常准确的结果。因此,该方法在研究凝聚相下的化学反应或者酶反应中,具有显着的高效性与实用性。在第叁章中,我将MBAR+wTP方法应用到了cyclopentadiene分子与acrylonitrile分子,1-4-naphthoquinone分子之间的Diels–Alder反应研究中,得到了该反应的二维ai QM/MM势能面。因为对于在溶液下的Diels–Alder反应,准确并收敛地计算在ai QM/MM水平下自由能面对于理解该化学反应机理是必不可少的。然而,这样的计算却是十分昂贵的。利用MBAR+wTP方法计算得到在ai QM/MM水平下的活化能垒与实验值十分接近,这表明该方法在研究凝聚相下复杂的化学反应很具有实用性。在第四章中,我进一步将MBAR+wTP方法应用到了cyclopentadiene分子与methyl-vinyl-ketone分子之间的Diels–Alder反应在显式溶剂中的endo型与exo型立体选择性的研究中。此研究要求自由能面的计算要十分准确。结果表明,与在PM6/MM和B3LYP/PCM,MP2/PCM水平下的结果相比,该方法给出的在B3LYP/MM水平下的活化自由能值非常接近实验值。该endo型与exo型立体选择性主要来自于溶剂化效应的影响。但是,从立体选择性的角度来看,我们的方法给出在B3LYP/MM水平下的endo/exo比例值为2,这与实验值仍有着一个量级的差别。尽管在MP2/PCM水平下的endo/exo比例值与实验结果十分接近,但是该水平下的活化自由能值与实验值有着大约5 kcal/mol的偏差。目前,在计算生物物理和计算生物化学领域,许多课题组致力于发展如何高效计算得到在ai QM/MM水平下的自由能的方法。然而,与这些已有的方法相比较而言,我们的方法比较容易实现。尽管如此,我还发现了该方法的一些局限性。在第五章中,我将指出我们的方法所面临的挑战,并设想在不久的将来做进一步的改进。(本文来源于《华东师范大学》期刊2019-05-20）
王美婷[4]（2019）在《多尺度模拟自由能计算的理论研究》一文中研究指出自由能是药物设计、材料设计以及生物化学过程等多个领域的研究中最核心的物理量之一。精准的自由能计算依赖于准确的哈密顿描述。量子力学可以准确的描述体系的势能面。但是在量子力学势能面下进行动力学采样十分得昂贵,目前的计算水平很难实现。而采用参考势能面的方法(reference-potential),可以避免在昂贵的目标势能面下采样,只需在始末态进行参考势能面到目标势能面的自由能差计算,就可以得到目标哈密顿下的自由能。这一方法可以很大程度的降低量子力学哈密顿下自由能计算的成本。而参考势能方法中,两个势能面间自由能差计算的收敛性是目前研究亟待解决的问题。本论文中,我将主要探讨在参考势能面方法框架下如何通过设计不同的路径改善自由能差的计算,并进一步探讨表征计算可靠性的若干指标,从而实现准确可靠的自由能预测。本论文中主要采用参考势能面方法实现从分子力学(molecular mechanics,MM)势能面到基于密度泛函理论(density functional theory,DFT)的量子力学(quantum mechanics,QM)势能面的计算。为了解决参考势能面方法中参考势能面(MM)和目标势能面(QM)之间自由能差计算的收敛问题,我们提出了叁种不同的计算策略:直接一步热力学微扰计算(QM/MMD),中间插入一个半经验(semi-empirical SQM)哈密顿间接计算(QM/MM-B)以及采用非平衡功计算(QM/MM-NE)。此外还定义了一个物理量reweighting entropy S用来判断计算结果的可靠性。第二章中,我将以氨基酸侧链分子类似物(SCA)在水溶液中溶剂化自由能的计算为例,比较这叁种策略的优缺点。结果表明,当S低于特定值时,直接用一步热力学微扰(TP)计算所得到的MM到QM的自由能差并不收敛。这是因为MM和QM势能面间的相空间重迭不足,TP计算的结果并未收敛。在MM和QM之间插入一个合适的半经验哈密顿,可以在一定程度上解决这一问题。此外,采用非平衡(NE)模拟完成MM到QM哈密顿的转变,也可以提高参考势能面法计算结果的可靠性。考虑到不同溶剂极化强度的差异,针对SCA分子在氯仿溶液中溶剂化自由能的计算,采用原子极化率对描述溶质分子的GAFF力场进行了优化。其结果表明采用原子极化率优化力场参数,可以反映出溶质分子对不同溶剂的极化响应。蛋白质和药物小分子的结合常数对结合自由能的变化十分敏感,结合自由能变化6kJ/mol,结合常数就会有一个数量级的改变。所以结合自由能的理论预测对准确度有着非常严格的要求。本论文中研究了参考势能面法预测蛋白配体结合自由能的有效计算策略,能够更加快速精准地进行理论预测。在第叁章中,采用了参考势能面法计算了host-guest体系在SQM水平的相对结合自由能。由于MM和SQM势能面差异较大,为保证相空间有足够的重迭,已有方法采用多个窗口逐步完成MM到SQM哈密顿的转变(RPQS)。但计算量也会随之显着增加。为加快SQM水平结合自由能计算的收敛速度,本论文第叁章讨论了QM/MM-NE策略预测的相对结合自由能的收敛性。其结果表明,QM/MM-NE方法只需1/2的模拟时长,就可以给出与RPQS方法相同的准确度和精度,很大程度地提高了计算效率。采用非平衡模拟,host-guest体系的相对结合自能在SQM水平已经达到收敛,但其理论计算结果与实验值之间的偏差较大,为进一步提高计算结果的准确度,第四章中,采用更准确的量子力学哈密顿,在DFT水平计算了host-guest体系的相对结合自由能。方法仍采用参考势能面法,其中目标势能面为BLYP/6-31G*。但由于在DFT哈密顿下采样过于昂贵,为了完全避免在DFT势能面下的动力学采样,本章中采用TP方法来计算参考势能面与目标势能面间的自由能差。为加快收敛,也采用了积分展开并在第二项截断的方法(CA)。研究结果表明,CA方法比TP方法收敛更快。对比QM/MM-D策略的计算结果,在MM和DFT之间插入一个合适的SQM哈密顿可以在一定程度上解决MM和QM相空间重合不足的问题。在DFT水平计算的相对结合自由能比SQM水平有了明显的提高。针对自由能计算结果的可靠性,本论文中研究了?U分布的均方差(σ),reweighting entropy(S),effective sampling size(Q)和bias metric(Π)这四个物理量,并给出了它们判断收敛性的参考数值。其中针对σ和Π,论文中通过数值模拟,深入分析了两者之间的关系,并推荐σ结合高斯分布的数值模拟方法(CGS)以及Π>0.5作为计算结果可靠性的判断标准,但是更精准的判断标准有待进一步的研究。虽然本文中提出的叁种策略可以改善参考势能面法在QM水平的计算结果,但对于高水平的目标哈密顿如DFT,参考势能面和目标势能面之间存在较大差异,即便使用非平衡模拟,也很难得到收敛的计算结果。也有其他方法可以实现在QM水平的自由能计算,如Force matching,机器学习(machine Learning ML)等,其中ML方法自主学习的特性,可以很大程度地降低计算量,虽然仍存在一定的局限性,但也在快速地发展和完善。(本文来源于《华东师范大学》期刊2019-05-01）
王宇[5]（2019）在《分子动力学模拟和结合自由能计算在VEGFR2蛋白和RNA结合蛋白体系中的应用》一文中研究指出近年来,随着乐伐替尼(Lenvatinib),索拉菲尼(Sorafenib)和舒尼替尼(Sunitinib)等抗肿瘤血管生成的药物上市,表明肿瘤血管生成抑制剂已经成为新型抗肿瘤药物发展的一个重要方向。在体内,血管内皮生长因子受体(Vascular Endothelial Growth Factor receptor)是负责调节血管生成的蛋白,其中VEGFR2蛋白在多种肿瘤细胞中表达异常,成为抗肿瘤治疗的一个重要靶标。上述药物Lenvatinib,Sorafenib和Sunitinib在体内的一个重要靶点就是VEGFR2。VEGFR2具有活性构象(DFG-in conformation)和非活性构象(DFG-outconformation)这两种不同的功能构象,而且这2种不同的功能构象都可以用来设计药物,如Lenvatinib结合DFG-in构象,Sorafenib/Sunitinib结合DFG-out构象。为了更深入理解这些药物分子(Lenvatinib,Sorafenib和Sunitinib)与靶标蛋白VEGFR2的结合模式和机制,本论文第二章综合使用分子对接,分子动力学模拟,主成分分析和结合自由能计算(MM-GBSA)等方法深入探讨他们之间的相互作用机制及动态结合信息,以期为新型抑制剂分子的发展提供重要理论指导。其中我们的结合自由能结果表明范德华相互作用是这3个药物分子和蛋白结合的主要驱动力。进一步的残基自由能分解结果表明,VEGFR2中的残基L840,V848,A866,E885,L889,V899,V916,F918,C919,L1035,C1045,D1046和F1047是Lenvatinib和Sorafenib结合蛋白的关键氨基酸;而L840,V848和E917是Sunitinib结合蛋白的关键氨基酸。对模拟轨迹中氢键占有率的分析,我们还发现E885,C919和D1046这叁个残基能与药物分子形成重要的氢键。蛋白质和核酸是生物体内重要的两类功能大分子,他们的相互作用涉及到包括转录和翻译在内的基本生命活动。因此,准确理解蛋白和核酸之间的结合机制,不仅有助于加深理解生物学功能,而且还可针对它们的相互作用设计新型的药物分子。作为使用广泛的结合自由能计算方法-MM-GBSA在蛋白-核酸体系的准确性不如其在蛋白-小分子的表现。因此,为了提高蛋白-核酸体系的MM-GBSA计算方法的精度,本论文在第叁章中发展了一种新型的Nwat-MMGBSA方法。通过在多种不同蛋白-核酸体系的研究,我们发现水分子的加入能有效提高计算精度。进一步分析发现结合自由能计算的准确性受MD模拟时长的影响较小。(本文来源于《中南林业科技大学》期刊2019-05-01）
张右梓[6]（2019）在《基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算》一文中研究指出聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerases,PARPs]广泛存在于真核细胞中,是一类重要的多功能蛋白质翻译后修饰酶,通过对各种核蛋白进行修饰参与蛋白翻译、细胞凋亡等细胞生理活动的调节。PARP1蛋白被抑制会导致细胞对DNA损伤敏感,因此PARP1抑制剂最初被用当作放化疗的增敏剂使用;直到其与BRCA1/2基因的合成致死关系被阐明,人们才意识到它有作为靶向药物的潜质。自2014年FDA批准上市第一例PARP1抑制剂药物奥拉帕尼至今上市药物已达4种,处于研发阶段的临床实验更是捷报频传,表明PARP1已真正成为近年肿瘤治疗的新热靶点。本文对PDB库中具有实验值的13个人源PARP1-小分子晶体结构分别进行了40纳秒的分子动力学模拟,首先结合MM/GBSA计算焓变,再使用AS-IE法将相互作用熵引入,通过丙氨酸扫描计算单个氨基酸对结合自由能的贡献及加总得到的总自由能;再挑选合适的时间段用传统的MM/GBSA中normal mode模块计算熵变,将计算结果对照实验值进行比较。计算结果显示,MM/GBSA方法计算值与实验值的平均绝对误差为5.49 kcal/mol,而AS-IE方法为2.0 kcal/mol。结论为,用相互作用熵的方法将熵引入丙氨酸变异可有效降低预测值与实验值间的误差。并在此基础上抽选了其中5个PARP1蛋白-配体体系,利用对接软件GLIDE在FDA批准上市的药物数据库中虚拟筛选出一些打分低于原配体的小分子,对以PARP1为靶点的药物设计提供了少许思路。(本文来源于《华东师范大学》期刊2019-04-23）
王宇,罗勇锋[7]（2019）在《VEGFR-2蛋白与其抑制剂的分子动力学模拟以及结合自由能计算》一文中研究指出VEGFR2蛋白是抗肿瘤治疗中的一个重要靶点,针对该靶点设计新型抑制剂是具有重要的生理意义。本文采用了分子动力学模拟取样,结合MM/GBSA方法计算了小分子900和VEGFR-2之间的结合自由能,并进一步进行了能量分解。研究结果表明,体系范德华作用是驱动小分子900和VEGFR-2蛋白结合的主要驱动力。能量分解结果表明,结合过程中的关键氨基酸大多数都是疏水性氨基酸。期望我们的研究可以为设计具有潜力的VEGFR-2抑制剂提供帮助。(本文来源于《中国新通信》期刊2019年06期）
李鹏飞,王美婷,梅晔[8]（2019）在《平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较》一文中研究指出着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算,来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现,利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模拟的计算一致之外,在计算效率和实际所需时间上,非平衡方法计算效率更高,实际所需时间更少.(本文来源于《华东师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
徐广春,顾中言,徐德进,许小龙,徐鹿[9]（2018）在《辣椒叶片表观表面自由能的计算方法》一文中研究指出【目的】农用化学品叶面喷雾的效率与植物叶面理化性能的复杂性密切相关。为了更好地理解农用化学品喷雾液与植物叶面内在结构的界面互作效应,本研究以辣椒叶片为例从热力学角度出发寻求其内在的关联性,以期为植株上农药的高效使用提供依据。【方法】以水(W)、丙叁醇(G)和二碘甲烷(DM)为检测液,借助接触角测量仪测定其在3种辣椒叶片上的稳定接触角后,分别采用Wu调和平均数法(HM)、Owens-Wendt-Rabel-Kaelble法(OWRK)、Van-Oss-Chaudhury-Good法(OCG)以及ZDY法计算叶片的表面自由能及其分量并进行比较,同时对辣椒叶面的溶解度系数进行分析。【结果】水在苏紫1号和GR甜椒叶片上表现出较好的润湿性(θ<90°),而在苏椒13叶片上的润湿性一般(θ>90°)。在估测辣椒叶片表面表观自由能的4种方法中,OCG法采用3种检测液进行分析,较其他方法获得的辣椒叶面特征物理量较多,3种辣椒叶片表观表面自由能的非极性分量所占百分率(>85%)均高于极性分量(<15%)。采用2种检测液的方法为HM法和OWRK法,当2种检测液均为极性(W-G)时,辣椒叶片表观表面自由能的非极性分量和极性分量所占百分率变化较大,甚至相反;当2种检测液为极性和非极性组合(W-DM或G-DM)时,以OCG法计算获得辣椒叶面表观表面自由能的数值为基准,OWRK法计算获得的数值比HM法获得的数值偏差要小。采用1种检测液的方法为ZDY法,计算获得辣椒叶面表观表面自由能的数值远高于其他3种方法,比OCG法获得辣椒叶面表观表面自由能的数值偏差均>100%。以OCG法为基准,偏差在10%以内,苏紫1号辣椒叶面表观表面自由能为37.72—43.11 m J·m~(-2),溶解度系数为18.89—22.77 m J1/2·m-3/2;GR甜椒叶面表观表面自由能为37.53—40.95 m J·m~(-2),溶解度系数为18.81—20.09 m J1/2·m-3/2;苏椒13号辣椒叶面表观表面自由能为33.21—36.92 m J·m~(-2),溶解度系数为17.17—18.58 m J1/2·m-3/2。【结论】以水、丙叁醇和二碘甲烷为检测液,ZDY法不适用计算辣椒叶片表观表面自由能;HM法、OWRK法、OCG法可用来计算辣椒叶片表观表面自由能,其中HM法和OWRK法应注重选择检测液组合的极性问题。同时,3种辣椒叶面表面自由能的非极性分量的比率均高于极性分量的比率。(本文来源于《中国农业科学》期刊2018年16期）
陈淏川,付浩浩,邵学广,蔡文生[10]（2018）在《重要性采样方法与自由能计算》一文中研究指出分子动力学模拟与自由能计算已经在化学、生物学与材料学等领域得到广泛的应用。然而,由于在传统分子动力学模拟的时间尺度内,体系很难跨越较高的自由能能垒,在相空间内的采样大大受限,采样困难使自由能计算难以收敛。增强采样是解决这一问题的有效途径,重要性采样方法就是其中一类。本文综述了四种广泛应用的重要性采样方法——伞状采样方法、metadynamics方法、自适应偏置力方法和温度加速分子动力学方法的原理和进展,其中重点概述了自适应偏置力方法的最新发展——扩展自适应偏置力方法和扩展广义自适应偏置力方法,并对这四种重要性采样方法的优缺点进行了比较。最后,讨论和展望了重要性采样与自由能计算方法面临的挑战和前景,并提出了对自适应偏置力方法可能的改进,如与加速分子动力学(aMD)或弦方法结合以提高在高维度空间中的采样效率。(本文来源于《化学进展》期刊2018年07期）
自由能计算论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
凝血因子Xa是抗凝血药物的重要靶点,准确计算凝血因子Xa与配体间的作用强度能够为开发新型抗凝血药物提供帮助。基于不同分子力场方法获得的MM-PB/SA计算结果不尽相同。为了进一步探讨不同力场方法对计算蛋白-配体结合自由能准确度的影响,本文以筛选出的47个凝血因子Xa-配体复合物为研究对象,对基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果的准确性等方面进行对比。结果表明:1、对于本文所研究的47个凝血因子Xa-配体复合物,基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果与实验值均相差较大;2、通过对比分析MM-PB/SA方法计算得到的各能量项发现,静电作用对凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能影响最大。进一步分析静电作用计算结果发现,配体的带电情况以及配体中带电基团的种类对静电作用能有很大影响。基于上述讨论结果,尝试使用本课题组研发的PBFF方法计算47个凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能。与基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA叁种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结果相比,PBFF方法计算得到的结合自由能与实验值的相关性有所提高,相关系数为0.31。希望上述研究结果能够为发展准确计算蛋白-配体结合自由能的力场方法提供帮助,进而提高新药研发的效率。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
自由能计算论文参考文献
[1].周鹰,吴美丽,俞黎黎,滕飞翔,崔玉宝.粉尘螨水通道蛋白DerfAQP2分子模拟和自由能计算[J].中国病原生物学杂志.2019
[2].任楠楠.基于不同力场使用MM-PB/SA方法计算凝血因子Xa-配体的结合自由能[D].辽宁师范大学.2019
[3].李鹏飞.凝聚相下化学过程自由能的多尺度计算方法研究[D].华东师范大学.2019
[4].王美婷.多尺度模拟自由能计算的理论研究[D].华东师范大学.2019
[5].王宇.分子动力学模拟和结合自由能计算在VEGFR2蛋白和RNA结合蛋白体系中的应用[D].中南林业科技大学.2019
[6].张右梓.基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算[D].华东师范大学.2019
[7].王宇,罗勇锋.VEGFR-2蛋白与其抑制剂的分子动力学模拟以及结合自由能计算[J].中国新通信.2019
[8].李鹏飞,王美婷,梅晔.平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较[J].华东师范大学学报(自然科学版).2019
[9].徐广春,顾中言,徐德进,许小龙,徐鹿.辣椒叶片表观表面自由能的计算方法[J].中国农业科学.2018
[10].陈淏川,付浩浩,邵学广,蔡文生.重要性采样方法与自由能计算[J].化学进展.2018
论文知识图
![[BH4]ˉ基团绕固定轴旋转示意](http://image.cnki.net/GetImage.ashx?id=1013119335.nh0020&suffix=.jpg)
