不同碳源培养下解脂耶氏酵母的转录组差异分析

论文摘要

以葡萄糖为碳源生长的解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)为对照组,以油酸为碳源生长的Y. lipolytica为实验组,利用Illumina高通量测序平台对两者进行转录组测序,通过多种生物信息学方法对数据进行分析处理。对照组的测序结果共得到17 923 921 clean reads;实验组的测序结果共得到22 656 852 clean reads。两个样品差异表达基因的分析显示共有536个显著性差异表达基因,376个基因表达上调,160个基因表达下调。通过GO和KEGG富集分析可以了解这些差异基因参与的生物学调控。本研究为解脂酵母分子生物学的进一步研究提供了参考。

论文目录

1 材料与方法

1.1 材料与试剂

1.1.1 菌株

1.1.2 培养基

1.2 仪器与设备

1.3 方法

1.3.1 样品制备

1.3.2 RNA提取与文库构建

1.3.3 测序数据过滤

1.4 测序数据分析

2 结果与分析

2.1 测序数据质量评估与分析

2.2 参考序列比对分析

2.2.1 clean data与参考基因组比对分析

2.2.2 reads在参考基因组不同区域的分布情况

2.2.3 reads在染色体上的密度分布情况

2.3 基因表达水平分析

2.3.1 RNA-seq整体质量评估

2.3.1. 1 饱和度检查

2.3.1. 2 均一性检查

2.3.2 差异表达分析

2.3.2. 1 基因表达水平对比

2.3.2. 2 差异表达基因筛选

2.3.2. 3 差异基因GO富集分析

2.3.2. 4 差异基因KEGG富集分析

3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 常晨,刘伟丰,郭阳,包怡红

关键词: 解脂耶氏酵母,转录组,差异基因

来源: 食品科学 2019年20期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,基础科学

专业: 生物学

单位: 东北林业大学林学院,中国科学院微生物所

基金: 东北林业大学博士研究生自主创新基金项目（2572017AA02）,中央高校基本科研业务费专项(2572014EA02)

分类号: Q933

页码: 200-207

总页数: 8

文件大小: 1772K

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标签：解脂耶氏酵母论文; 转录组论文; 差异基因论文;

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