基于基因表达谱预测肿瘤浸润免疫细胞类型及比例的解卷积算法

基于基因表达谱预测肿瘤浸润免疫细胞类型及比例的解卷积算法

论文摘要

肿瘤浸润免疫细胞通过发挥促肿瘤和抗肿瘤的作用,可以深刻地影响肿瘤的进展以及抗癌治疗的成功.因此,对于肿瘤浸润免疫细胞的量化有望揭示免疫系统在人类癌症中的多方面作用及其参与肿瘤逃逸机制和对治疗的反应.解卷积的目的就是试图在复杂组织里存在的免疫细胞中寻找新的免疫疗法,其核心思想是利用算法和免疫细胞的表达特征,从细胞混合物的表达数据中量化免疫细胞比例信息,以准确刻画肿瘤样本测序数据的免疫浸润情况.为此,提出了一个新的基于逐步回归策略的解卷积算法模型,并使用真实的肿瘤样本微阵列数据和RNA-Seq测序数据来测试该算法的准确性.与CIBERSORT和dtangle相比较,具有良好的解卷积性能.

论文目录

  • 1 样本数据准备及数据预处理
  • 2 混合样本反卷积方法
  •   2.1 反卷积总体策略
  •   2.2 细胞特异性表达基因的鉴定
  •     ①高斯分布的概率密度:
  •     ②对数似然函数:
  •     ③被估计的参数为
  •     ④鉴定细胞特异性表达的基因
  •   2.3 细胞特异性表达基因可靠性分析
  •   2.4 反卷积算法
  •     1) 逐步回归的主要思路:
  •     2) 去卷积算法过程:
  •       ①建立混合样本基因表达量与细胞特异性表达基因表达量之间的线性关系.
  •       ②向后剔除:
  •       ③计算混合细胞可能的细胞类型的相对丰度.另外, 需要说明的是, 如果βi<0, 则令βi=0
  •   2.5 结果比较与分析
  • 3 肿瘤免疫浸润细胞组分应用
  • 4 结语
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 裴晶晶,余彩裙,佘玉梅

    关键词: 浸润性免疫细胞,反卷积,基因表达谱,标签矩阵

    来源: 云南民族大学学报(自然科学版) 2019年04期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学,肿瘤学

    单位: 云南民族大学数学与计算机科学学院

    基金: 国家自然科学基金(31460297),云南民族大学创新基金(2018YJCXS230)

    分类号: R730.2;Q811.4

    页码: 371-376

    总页数: 6

    文件大小: 1634K

    下载量: 229

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