论文摘要
目的通过生物信息学方法对桥蛋白基因（GPHN）进行功能探讨,分析其药物敏感性,并通过生存分析判断其在膀胱尿路上皮癌（BLCA）预后评估中的意义。方法在TCGA数据库获取BLCA的mRNA测序（mRNA-seq）及相应临床数据;利用R语言Survival程序包对GPHN表达运用Kaplan-Meier法及Cox回归进行生存分析;联合基因表达文库数据库（GEO）多数据集对不同GPHN表达的BLCA患者进行Meta分析;对GPHN差异表达基因（DEGs）进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用GSCALite工具获取基因与药物敏感的相关性信息。结果生存分析显示GPHN表达对BLCA患者生存有显著影响（Kaplan-Meier法HR=1.735,P=0.004;Cox回归HR=1.002,P=0.002）;富集出有关GO的生物功能条目172个,KEGG通路1条,均与肿瘤相关;GPHN对TGX221、AZD6482、XMD8-85、Salubrinal、Cyclopamine、A-770041药物敏感。结论 GPHN与BLCA的预后显著相关,其在BLCA中具有重要功能,可能作为其预后判断的生物标记物。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 曾梓航,李佳丽,刘嘉彬,李硕,张冉,孟详喻,李胜,杜雪晴
关键词: 膀胱尿路上皮癌,生物信息学,富集分析
来源: 临床内科杂志 2019年01期
年度: 2019
分类: 医药卫生科技
专业: 泌尿科学,肿瘤学
单位: 武汉大学中南医院武汉大学第二临床学院,武汉大学中南医院泌尿外科,武汉大学中南医院生物样本库湖北省人类遗传资源保藏中心
基金: 中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(2042018kf0077),武汉大学珞珈青年学者科研基金项目(351人才计划),武汉大学中南医院科技创新培育基金资助项目(znpy2017050)
分类号: R737.14
页码: 19-22
总页数: 4
文件大小: 474K