基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因

论文摘要

目的基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因（DEGs）,并分析其生物学功能。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析。基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用（PPI）,使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建。结果共获得1 145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs。上调的DEGs主要涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主要集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主要与细胞通信、信号转导有关。上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路。白细胞介素（IL）-6、IL-8、胰岛素样生长因子（IGF）和血管紧张素原（AGT）等基因为PPI网络的核心基因。结论 IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重要基因。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 何熠,熊海风,李毅成,方德鹏,余雪,杨渊

关键词: 骨关节炎,差异表达基因,生物信息学,基因本体富集分析,蛋白质蛋白质互相作用网络

来源: 广西医学 2019年18期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,外科学,生物医学工程

单位: 广西医科大学附属埌东医院,广西中医药大学附属瑞康医院创伤骨科,广西桂林市人民医院高压氧科

基金: 广西科学研究与技术开发计划(桂科攻1598012-6),广西医药卫生科研课题(Z20180803)

分类号: R684.3;Q811.4

页码: 2321-2325

总页数: 5

文件大小: 626K

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标签：骨关节炎论文;  差异表达基因论文;  生物信息学论文;  基因本体富集分析论文;  蛋白质蛋白质互相作用网络论文;