牛科动物转录组微卫星变异分析

论文摘要

微卫星(simples equencere peats, SSRs)广泛分布于生物基因组中,是最常用的分子标记之一。本研究利用生物信息学方法搜索和统计了7种牛科动物转录组中完整型SSRs序列,揭示不同重复类型SSRs变异水平,并对其生物信息学特征进行比较分析。在牛科动物转录组中,牛、绵羊和山羊SSRs总丰度较高,三者基本一致(157.98, 157.09 vs 158.52个/Mb);其次是瘤牛和水牛(140.70 vs 129.63个/Mb);牦牛微卫星总丰度较低(96.99个/Mb),藏羚羊微卫星总丰度最低(63.71个/Mb)。牛科动物转录组中SSRs所占比例普遍偏低,范围为0.156%～0.753%,三碱基SSRs占主导地位,并且以(CCG)n和(AGG)n为优势重复基元,这可能与转录组编码区三联体密码子高度保守有关。在这7种牛科动物转录组中,相同单碱基至六碱基SSRs重复拷贝数(repeat copy number, RCN)分布高度一致。通过牛科动物转录组SSRs变异系数(coefficient of variability, CV)分析表明,单碱基SSRs和二碱基SSRs重复拷贝数变异水平较高,其次RCN变异模式如下:三碱基SSRs>四碱基SSRs>六碱基SSRs>五碱基SSRs,六碱基SSRs重复拷贝数变异水平有稍微增加的趋势。本研究为牛科动物SSR标记的开发、遗传多样性评估和遗传育种提供科学依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 戚文华,李萍,张婉清,周材权,竭航

关键词: 牛科动物,转录组,微卫星序列,变异

来源: 基因组学与应用生物学 2019年08期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 重庆三峡学院生物与食品工程学院,四川农业大学生命科学学院,西华师范大学生态研究院,重庆市药物种植研究所

基金: 国家自然科学基金(31702032),重庆市教委科学技术研究项目(KJ1710239),重庆市万州区科技计划项目(201403068)共同资助

分类号: Q953

DOI: 10.13417/j.gab.038.003420

页码: 3420-3427

总页数: 8

文件大小: 1345K

下载量: 74

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