导读:本文包含了定位与作图论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:小麦,性状,农艺,标记,自交系,多倍体,基因。
定位与作图论文文献综述
胡俊美,王宏伟,孔令让[1]（2019）在《半野生和驯化小麦组成的巢式关联作图(NAM)群体加工品质的QTL定位》一文中研究指出面团揉混特性对评估小麦加工品质具有重要意义,本实验使用半野生和驯化小麦品种组成的小麦巢式关联作图(NAM)群体进行四个环境下的面团流变学特性实验,其用于鉴定影响小麦加工品质的QTL位点。利用现有的单核苷酸多态性(SNP)整合遗传连锁图谱,共检测到49个影响小麦加工品质的QTL位点,其解释了0.36-10.82%的表型变异率,除染色体2D,3A,3D,6B,6D和7D外,其余染色体均有分布,其中29个QTL位点属于新QTL位点。在叁个或更多环境中定位到四个新的QTL (QM1PH-1B.4,QM1PH-3B.4,QWdEm-1B.2和QWdEm-3B.2),其中QM1PH-3B.4是一个主效的QTL位点。在1B,3B和4D染色体上检测到8个小麦加工品质的重要遗传区域,这些遗传区域表现出影响面团揉混特征的多效性。此外,在49个QTL中,15个QTL位点的有利等位基因来自于3个半野生亲本,这表明半野生亲本提供的QTL等位基因在驯化品种中仍未被利用。因此,半野生小麦品种可以作为重要的种植资源丰富现有的小麦基因库,为小麦遗传研究提供更丰富的变异资源。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
游倩[2]（2018）在《Axiom Sugarcane100K SNP芯片开发及其应用于遗传作图和抗SCYLV相关QTLs定位》一文中研究指出甘蔗是生产蔗糖和生物能源乙醇的重要C4作物,已广泛种植于全球100多个热带和亚热带国家。蔗糖约占世界食糖总产的78%,占中国食糖总产的90%以上,同时,在全球范围内,大约60%的生物乙醇来自甘蔗。然而,甘蔗的生产受到许多植物病原体的侵染,严重地影响了甘蔗的生产,因此,挖掘与甘蔗病害抗性相关的基因对于甘蔗病害控制来说是迫切和需要的,但由于现代甘蔗栽培种的复杂基因组结构,甘蔗在遗传学和基因组学的研究方面面临着许多挑战。同时,现代甘蔗复杂的遗传结构,又导致了杂交后代性状的广泛分离,优良基因聚合概率极低,甘蔗杂交育种不得不依赖大群体,仅中国年种植实生苗就高达80～100万苗,需要开发育种目标性状相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)和关联标记,为标记辅助育种提供技术,借助芯片技术无疑是一种高效的手段。因此,为加速甘蔗遗传和基因组研究,并为目标性状标记开发服务。主要研究结果与结论如下:1.Axiom Sugarcane100K SNP芯片的设计和开发。甘蔗单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的选择主要来源于两个数据集,分别是:从12个甘蔗种质的目标富集测序数据开发出了120万个SNPs(数据集1);来自288个甘蔗种质的目标富集测序数据开发出的340万个SNPs(数据集2)。1)经过一系列的筛选,分别从数据集1中选择31,449个单剂量(singledose,SD)SNPs,数据集2中选择68,648个低剂量(low dosage)[含33,277个SD和35,371个双剂量(double dose,DD)]SNPs,并最终把100,097个甘蔗SNPs放置在芯片上。2)根据高粱基因组对100K个SNPs进行功能效应(functional effects)注释,结果表明其中大多数SNPs(91,860个,占91.77%)位于基因区域内(涉及12,935个基因),平均密度为7.1个SNPs/基因。3)根据高粱基因注释文件,通过对比结果表明100K SNP芯片上共包含了 551个与糖代谢、抗病性和生物量(细胞壁)相关的基因,其中涵盖了 5,055个非冗余SNPs。4)同时,与12,387个非冗余甘蔗种间特异性SNPs以及207,761个非冗余甘蔗属间特异性SNPs的数据集比较,结果显示100K SNP芯片上包含了 305个甘蔗种间特异性SNPs和6,856个甘蔗属间特异性SNPs。2.Axiom Sugarcane 100K SNP芯片的多态性验证。为了评估Axiom Sugarcane1OOK SNP芯片的质量和实用性,把SNP芯片应用于469个甘蔗样品的基因分型。样品包括一个种间杂交群体(Green German×IND81-146),一个自交群体(CP80-1827)和 11 个多样性的甘蔗种质。经过对杂交信号的处理分析,基因分型结果显示Axiom Sugarcane1OOK SNP芯片在469个样本中具有高度多态性,多态性SNPs为77,113个,多态率为77.04%,结果表明此甘蔗SNP芯片对不同的甘蔗种质能进行有效的基因分型。3.利用Axiom Sugarcane100K SNP芯片进行遗传图谱的构建。对基因分型结果为SD的SNPs,在遗传分离群体里进行卡方检验(P>0.01),通过检验的SDSNPs被用于构建连锁图谱。1)对于Green German,最终有3,514个SDSNPs(95.91%)被成功定位在150个连锁图谱上,此连锁图全长3,336cM,平均标记密度为0.95cM/标记,并且是目前甘蔗所有种质中涵盖标记数量最多、密度最大的高密度遗传连锁图谱;2)对于IND81-146,共有1,518个SDSNPs被成功定位在92个连锁图上,此连锁图全长2,615cM,平均标记密度为1.72 cM/标记,且是目前甘蔗细茎野生种中涵盖标记数量最多、密度最大的遗传连锁图谱;3)CP80-1827的111个连锁图全长3,651cM,含有562个SD SNPs,平均标记密度为6.5 cM/标记。通过以上甘蔗不同种质的遗传连锁图谱的结果,体现了 SNP芯片的广谱性和高效性,表明其具有良好的应用和推广价值。4.SCYLV抗性相关QTLs的鉴定。基于上述连锁图谱,进行SCYLV抗性相关的QTL分析。1)结果显示从Green German(感)×IND81-146(抗)杂交群体中共鉴定出17个SCYLV抗性相关的QTLs,其中包括了 10个主效QTLs,解释了 10.16%～31.83%的表型变异;和7个微效QTLs,解释了 3.17%～8.93%的表型变异。2)而在CP80-1827自交群体中只鉴定出了 2个SCYLV抗性相关的QTLs,包括一个主效QTL,解释了 11.2%的表型变异;和一个微效QTL,解释了 7.84%的表型变异。3)最终从这19个SCYLV抗性相关的QTLs区域,找到了 27个抗病基因。总之,本研究通过设计和开发了一个高通量、高效率、便于操作分析的Axiom Sugarcane100K SNP芯片,利用该芯片构建了高密度遗传图谱,并结合抗、感甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)的双亲杂交分离群体和美国主栽品种CP80-1827的自交群体为材料进行分析,既验证了所创制芯片的质量和实用性,又实现了对遗传背景不同的一批甘蔗种质的基因分型,还发现了与SCYLV抗性相关的QTLs。这项研究结果表明,Axiom Sugarcane100K SNP芯片已获得成功开发和应用,作为甘蔗高密度标记的高效基因分型工具,它的推广和应用将促进和加快甘蔗遗传育种的进程。(本文来源于《福建农林大学》期刊2018-06-01）
陆祥雪[3]（2017）在《问题转化 计算定位——对一道网格作图问题的思路探求及思考》一文中研究指出1原题呈现题目:如图1,在每个小正方形的边长为1的网格中,A、E为格点,B,F为小正方形边的中点,C为AE,BF的延长线的交点.(Ⅰ)AE的长等于___;(Ⅱ)若点P在线段AC上,点Q在线段BC上,且满足AP=PQ=PB,请在如图所示的网格中,用无刻度的直尺,画出线段PQ,并简要说明点P,Q的位置是如何找到的(不要求证明)___.(本文来源于《中学数学杂志》期刊2017年06期）
孙佳丽,彭锐,彭既明[4]（2016）在《水稻数量性状(QTL)定位主要作图群体及统计方法概述》一文中研究指出水稻许多重要的性状是由多基因控制的数量性状,因此数量性状的研究对促进水稻高产、抗病、质优具有重要意义。分子生物技术的迅速发展和QTL定位方法的日趋完善,为水稻数量性状的研究提供了基础。综述了QTL定位的原理、定位群体和常用的方法,并对目前水稻数量性状QTL定位存在的问题和发展前景进行了探讨。(本文来源于《湖南农业科学》期刊2016年07期）
刘朋[5]（2015）在《荆州黑麦染色体2R和6R物理作图与抗白粉病基因区段定位》一文中研究指出荆州黑麦(Secale cereale L.cv.Jingzhouheimai,JZHM)高抗小麦白粉病、纹枯病和黄花叶病等多种病害,是小麦改良的重要基因资源。前期研究已经育成八倍体小黑麦荆辉1号,选育出一批小麦-荆州黑麦异染色体系,并将抗白粉病基因分别定位于染色体长臂2RL和6RL。为精确定位、加快转移和利用荆州黑麦抗白粉病基因,研究首先从小麦EST、黑麦EST、小麦gSSR、大麦和短柄草基因组序列设计的637对引物中筛选出黑麦特异标记103个,多态率为16.2%。染色体定位获得染色体2R特异标记28个、6R特异标记9个。为提高标记筛选效率,利用白粉菌诱导上调表达的荆州黑麦转录组序列设计引物343对,从中筛选出黑麦特异标记185个,多态率为53.9%,染色体定位获得2R特异标记30个、6R特异标记12个,远高于本研究其它引物的16.2%,是开发黑麦特异标记的经济、有效途径。从前期研究获得的88份2R染色体结构变异体中,通过连续GISH/FISH和分子标记分析准确鉴定出17份稳定传递的结构变异体,包括7份整臂易位、6份小片段易位、3份大片段易位和1份缺失系。利用前人选育的两种端体和本文选育的17份变异体,将88个2R特异标记(包含前人筛选的30个)定位于2R染色体的13个区段,其中短臂3个区段,编号为2RS-1～3;长臂10个区段,编号为2RL-1～10,并将2R抗白粉病基因PmJZHM2RL定位于区段2RL-7,该区段包含18个特异标记,其中10个来自白粉菌诱导上调表达基因。分析表明,荆州黑麦6R携有高抗白粉病基因,并表现与供试其它白粉病抗性基因不同的抗谱反应,初步命名为PmJZHM6RL。通过自发易位、电离辐射和zebularine诱导,共获得了 55份6R结构变异体,从中选育出20份稳定传递的变异体,包括整臂易位11份、大片段易位2份、缺失系3份、端体2份和等臂染色体2份。结合前人获得的23个6R染色体特异标记,本研究利用这些变异体,将44个6R特异标记定位在6R染色体6个区段,其中短臂3个,为6RS-1～3,长臂3个,为6RL-1～3,并将6R抗白粉病基因PmJZHM6RL定位于区段6RL-2,该区段包含29个特异标记,其中9个来自白粉菌诱导上调表达基因。研究选育到14份抗病易位系,包括6份2R易位系和8份6R易位系,获得株高显着降低的2R易位系10份,千粒重显着增加的2R易位系1份,其中4份2R抗病易位系具有较好的农艺性状,为小麦遗传研究和抗病等改良提供了新种质。(本文来源于《南京农业大学》期刊2015-06-01）
王振忠[6]（2015）在《小麦抗白粉病基因Pm41和MlHLT遗传作图和物理定位》一文中研究指出小麦白粉病(Blumeria graminisf.sp.triici)是危害小麦生产的主要病害之一,培育抗病品种是最为经济环保且有效的措施。挖掘新的抗白粉病基因,并建立与之紧密连锁的分子标记,有助于将多个抗病基因进行聚合,实现小麦品种抗病的广谱性与持久性。野生二粒小麦和中国小麦地方品种蕴含丰富的抗白粉病基因,是小麦遗传改良的重要资源。本研究拟利用小麦、二穗短柄草、水稻和高粱的共线性关系,通过比较基因组学方法开发与小麦抗白粉病基因Pm41紧密连锁的分子标记,构建Pm41高密度遗传连锁图谱并对Pm41所在基因组区域和中国春3B染色体、二穗短柄草、水稻和高粱同源区域进行比较分析。利用比较基因组学、集群分离分析法(BSA)和RNA测序(BSR-Seq)、粗山羊草物理图谱和序列信息、单倍型分析,对小麦地方品种葫芦头中的抗白粉病基因MlHLT进行精细定位和物理图谱构建。具体研究结果如下:1.通过对抗白粉病基因Pm41所在基因组区域与二穗短柄草2号染色体、水稻1号染色体和高粱3号染色体同源区间进行共线性比较分析,利用小麦EST序列,中国春454测序contig序列和国际小麦测序协作组织释放的中国春探查(survey)序列,开发了 19个与Pm41连锁的分子标记,将Pm41定位于3BL染色体标记XWGGC1505和XWGGC1507之间0.6 cM的遗传区间,并找到与Pm41共分离的分子标记XWGGC1506,该区间对应二穗短柄草11.7 kb的基因组区域(Bradi2g60650-Bradi2g60670),水稻 19.2 kb 的基因组区域(Os01g72090-Os01g72120)和高粱24.9kb的基因组区域(Sb03g045760-Sb03g045780)。Pm41所在基因组区域与中国春3B染色体、二穗短柄草、水稻和高粱同源区间比较基因组学分析表明小麦与二穗短柄草亲缘关系较近。2.中国小麦地方品种葫芦头高抗小麦白粉病,遗传分析表明葫芦头的白粉病抗性由1个显性单基因控制,暂时命名为MlHLT。利用小麦EST序列,中国春454测序contig序列,国际小麦测序协作组织释放的中国春探查(survey)序列,粗山羊草基因组草图序列和SNP标记延伸序列,开发了 3对与MlHLT连锁的分子标记,Xwggc33、Xwggc3026和Xwggc3148,将MlHLT定位于1DS染色体上标记Xwggc3026和Xwggc3148之间3.6 cM的遗传区间,该区间对应粗山羊草1DS染色体13.4 Mb的基因组区域(AT1D0107-AT1D0135),二穗短柄草369.8 kb的基因组区域(Bradi2g37770-Bradi2g38130),水稻 380.81 kb的基因组区域(Os05g02990-Os05g03530)和高粱298.4 kb 的基因组区域(Sb09g002040-Sb09g002270)。3.分子标记Xwggc3026和Xwggc3148可分别锚定于粗山羊草物理图谱上BAC跨迭群(contig)ctg220 和 ctg1065,该区间包含 ctg220、ctg4623、ctg1063、ctg5929、ctg3163、ctg699 和 ctg1065七个contig。将这7个contig上的MTP BAC混池测序,以这些序列为模板开发了 5个与MMlHLT连锁的分子标记,Xwggc10233、Xwggc9952、Xwggc10410、Xwggc1056 和Xwggc9819。同时利用集群分离分析法(BSA)结合RNA测序(BSR-Seq)的方法找到2个位于MlHLT候选区间的SNP标记,并将其转化为dCAPS标记,Xwggc10531和Xwggc10532。这7个标记将MlHLT界定于Xwggc9952和Xwggc9819之间0.232 cM遗传区间,其中Xwggc10531、Xwggc10532、Xwggc10410和Xwggc10576与MlHLT共分离。4.选取27份感病粗山羊草材料和92份感病普通小麦核心种质资源,对抗白粉病基因MlHLT候选区间进行单倍型分析,结合遗传连锁分析结果,将抗白粉病基因MlHLT定位于标记Xwggc9952和Xwggc10532之间532.6 kb的物理区间,基因注释结果表明该区间含有一个具有CC-NBS-LRR结构域的基因,可作为MlHLT的候选基因。(本文来源于《中国农业大学》期刊2015-05-01）
李灿东[7]（2014）在《大豆QTL作图群体与定位方法研究进展》一文中研究指出随着农作物数量性状研究的逐渐深入,作图群体的选择越来越科学,遗传图谱的构建越来越密集,QTL定位水平越来越准确。文中全面系统的综述了大豆遗传作图群体的种类、方法及优缺点,QTL定位的发展、改进与创新,为大豆数量性状的研究提供参考。(本文来源于《大豆科技》期刊2014年03期）
浦静[8]（2014）在《百萨偃麦草4J染色体物理作图与蓝粒基因精细定位》一文中研究指出百萨偃麦草(Thinopyrum bessarabicum Love,染色体组为JJ or EbEb)作为小麦的近缘物种,具有耐盐性强、抗多种病害等特点,是小麦改良的重要基因资源。百萨偃麦草4J染色体含有蓝粒基因,能够增加小麦籽粒中的花青素含量,对小麦品质改良具有潜在的利用价值。前期研究利用本实验室选育出的涉及4J的中国春-百萨偃麦草异染色体系DA4J、DtA4JS、DtA4JL、I4JL、4JL和T4DS.4DL-4JL,将蓝粒基因定位于4JL C-FL0.53,初步命皂为BaThb,并在4J染色体的叁个区段定位了85个特异分子标记。为进一步揭示4J染色体的结构特点并精细定位蓝粒基因,本文采用电离辐射的方法,辐照中国春-百萨偃麦草二体附加系DA4J的花粉和成熟胚囊,然后分别用中国春回交,结合荧光原位杂交(FISH)和分子标记分析,从M1及其自交后代M2、M3、M4种子中选育出涉及4J染色体的系列结构变异体,构建4J染色体物理图谱,并对蓝粒基因进行精细定位,研究还通过共线性比对,揭示4J染色体与小麦第四部分同源群以及水稻、短柄草和高粱等染色体的共线性关系,主要研究结果如下：在前人研究工作基础上,从M1及其自交后代M2、M3、M4种子中选育出涉及百萨偃麦草4J染色体的各类易位系19种,其中包括涉及长臂4JL的纯合易位6种,涉及短臂4JS的纯合易位2种,中间插入易位1种,其他类型结构变异体10种(其中纯合类型5种,杂合类型3种,复杂易位类型2种),这些易位系涉及4J染色体的不同区段,包括大片段易位12个、小片段易位2个、中间插入易位1个、复杂易位2个和缺失易位2个；综合FISH和分子标记分析揭示,这些易位系共涉及22个易位断点,其中与小麦A、B和D组染色体发生易位的分别有1个、1个和2个,其余15个易位系涉及的小麦染色体身份尚需进一步鉴定,易位系13PJ33(T4AS-4JS.4JL)、 13PJ24和13PJ72 (T7DL-4JS.4JL)等籽粒呈蓝色、育性好,是小麦品质改良的新种质。通过在涉及百萨偃麦草染色体1J至7J的小麦异染色体系中的扩增分析,新筛选出13个4J染色体特异分子标记,加上前人筛选出的88个,目前共获得4J染色体特异标记101个。利用辐射诱致获得的75个涉及4J染色体结构变异的辐射杂种,将101个标记定位于4J染色体的24个不同的区段(编号为4J-1-24),其中4JS包含7个区段(编号为4JS-1-7,包含45个标记),4JL包含17个区段(编号为4JL-8-24,包含56个标记),分析发现,趋近着丝粒区域的标记数目相对较少,而趋向端粒或近端粒区域标记数目较多。利用选育出的涉及4JL不同区段的4个易位系包括13PJ13(包含物理区段4J-5-18,蓝粒)、13PJ43(包含物理区段4J-5-13,白粒)、13PJ58(包含物理区段4J-5-13,白粒)和13PJ42(包含物理区段4JS-1～3和4JL-18～24,蓝粒),结合蓝粒表型性状鉴定,将蓝粒基因BaThb进一步定位到4JL-14～18区段(只包含有11个特异分子标记),其中标记X4EST497所处的区段4JL-18可能包含蓝粒基因。将定位于4J染色体上的101个标记与这些标记在小麦4A、4B和4D染色体上的物理定位信息进行了比较,并利用WheatZapper软件,通过电子定位分析,比较了相应EST序列在水稻、短柄草和高粱染色体上的分布特点,结果表明：百萨偃麦草4J染色体与小麦第四部分同源群染色体特别是4D具有很好的共线性,并表明4J染色体在进化过程中具有较高的保守性,未发生大的结构变化；研究还发现4J与短柄草Bdl和Bd4、水稻R3和R11以及高粱Sbl和Sb5染色体具有较高的共线性,并发现了可能包含蓝粒基因的共线性区段。本研究为进一步发掘和利用4J染色体上蓝粒及其它有利基因、开发共线性标记提供了有用的种质和信息。(本文来源于《南京农业大学》期刊2014-06-01）
郭菊卉[9]（2014）在《普通荞麦重组自交系群体SSR标记遗传作图与重要农艺性状的QTL定位》一文中研究指出通过在植物生长室内种植普通荞麦重组自交系群体植株，测定并统计荞麦的总分枝数，株高，单株产量，种子结实率，种子千粒重，花直径，种子长度和种子宽度等农艺性状，研究普通荞麦重组自交系群体中这8个农艺性状的相关性。以F5代重组自交系的96个株系(每个杂交组合48个株系)为作图群体；并利用荞麦产业技术研究中心测定的普通荞麦转录组Unigene的序列数据库为基础，对含有SSR位点的序列进行引物设计和扩增，以所得有多态性的SSR标记构建普通荞麦重组自交系的遗传连锁图谱和进行重要农艺性状的QTL定位。所得主要结果如下：(1)农艺性状分析：在所研究的8个农艺性状中，单株产量具有最大的变异度，达到了87.1%；株高与分枝数和单株产量存在显着正相关关系；单株产量与结实率、千粒重和种子长度，种子长度与种子宽度存在极显着的正相关；此外，结实率，种子长度，种子宽度，千粒重和总分枝数是影响单株产量的主要因素，且结实率对单株产量的直接贡献效应最大。(2)SSR遗传作图分析：在Lorena-3和Homo杂交产生的重组自交系群体中，利用SSR标记构建了一张包含8个连锁群，185个标记位点的荞麦遗传连锁图谱(共201个标记位点，其中16个无连锁群)，构建的遗传图谱覆盖基因组总长度1254.9cM，平均间距7.02cM，最小间距2.1cM，最大间距30.7cM。在Homo和甜自100杂交产生的重组自交系群体中，利用SSR标记构建了一张包含10个连锁群，188个标记位点的荞麦遗传连锁图谱(共202个标记位点，其中14个无连锁群)，构建的遗传图谱覆盖基因组总长度1495.6cM，平均间距7.95cM，最小间距2.1cM，最大间距33.6cM。在对所有的SSR标记进行筛选对比后，以两个连锁群中共有的SSR标记为锚定标记，将上述两张连锁图谱进行整合，得到的新的连锁图谱共11个连锁群，369个分子标记位点。整合后的连锁图谱覆盖基因组总长度为2051.5cM，平均间距5.56cM，最小间距0.3cM，最大间距33.6cM。整合后的图谱最小间距和平均距离显着减小，最大间距变化较小。(3)农艺性状的QTL分析：采用复合区间作图法，在Lorena-3和Homo杂交产生的重组自交系中，共检测到5个总分枝数QTL位点，1个株高QTL位点，8个单株产量QTL位点，1个结实率QTL位点，5个千粒重QTL位点，4个花朵直径QTL位点，3个种子长度QTL位点，6个种子宽度QTL位点。在Homo和甜自100杂交产生的重组自交系群体中，共定位了2个总分枝数性状QTL位点，4个株高QTL位点，8个单株产量QTL位点，无结实率QTL位点，7个千粒重QTL位点，6个花朵直径QTL位点，4个种子长度QTL位点，2个种子宽度QTL位点。QTL位点在连锁群上的分布有聚集特征。此外，QTL定位的结果还显示存在极显着正相关的农艺性状存在相连的QTL位点，暗示遗传连锁可能是这些农艺性状彼此极显着相关的基础。(4)农艺性状QTL位点SSR标记基因分析：总分枝数与细胞分裂素-O-葡萄糖基转移酶OS基因等相关；株高、种子长度和种子宽度等与LRR类受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因等相关；单株产量与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶和GATA转录因子基因等相关；结实率与热休克蛋白基因等相关；千粒重与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因等相关；花直径与AP2乙烯应答转录因子等相关。(本文来源于《贵州师范大学》期刊2014-05-18）
郑洪亮,赵宏伟,王敬国,刘化龙,邹德堂[10]（2014）在《两种作图方法定位寒地粳稻9个重要农艺性状QTL》一文中研究指出以黑龙江省主栽粳稻品种东农422和空育131为亲本配置杂交组合,经繁殖加代建立由180个F3株系组成的F2?3群体,构建含75个SSR标记的遗传连锁图谱,采用WinQTL Cartographer Ver.2.5的复合区间作图法(CIM)和IciMapping Ver.3.1的完备区间作图法(ICIM)对抽穗天数、株高、有效穗数、穗长、一次枝梗数、二次枝梗数、每穗总粒数、每穗实粒数和单株产量等9个农艺性状进行QTL定位分析。结果表明,CIM法和ICIM法在水稻全基因组内共检测到33和38个QTL,2种方法重复检测到的QTL有27个,其中控制抽穗天数、株高、穗长、一次枝梗数、二次枝梗数、每穗总粒数、每穗实粒数和单株产量的QTL各为5,4,2,3,3,5,4,1个,且与已报道的QTL具有较好一致性。另外发现9个QTL成簇分布的热点区域,且与性状间的相关性具有高度一致性。研究结果对水稻农艺性状相关分子标记利用和改良水稻产量研究具有重要意义。(本文来源于《东北农业大学学报》期刊2014年01期）
定位与作图论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
甘蔗是生产蔗糖和生物能源乙醇的重要C4作物,已广泛种植于全球100多个热带和亚热带国家。蔗糖约占世界食糖总产的78%,占中国食糖总产的90%以上,同时,在全球范围内,大约60%的生物乙醇来自甘蔗。然而,甘蔗的生产受到许多植物病原体的侵染,严重地影响了甘蔗的生产,因此,挖掘与甘蔗病害抗性相关的基因对于甘蔗病害控制来说是迫切和需要的,但由于现代甘蔗栽培种的复杂基因组结构,甘蔗在遗传学和基因组学的研究方面面临着许多挑战。同时,现代甘蔗复杂的遗传结构,又导致了杂交后代性状的广泛分离,优良基因聚合概率极低,甘蔗杂交育种不得不依赖大群体,仅中国年种植实生苗就高达80～100万苗,需要开发育种目标性状相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)和关联标记,为标记辅助育种提供技术,借助芯片技术无疑是一种高效的手段。因此,为加速甘蔗遗传和基因组研究,并为目标性状标记开发服务。主要研究结果与结论如下:1.Axiom Sugarcane100K SNP芯片的设计和开发。甘蔗单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的选择主要来源于两个数据集,分别是:从12个甘蔗种质的目标富集测序数据开发出了120万个SNPs(数据集1);来自288个甘蔗种质的目标富集测序数据开发出的340万个SNPs(数据集2)。1)经过一系列的筛选,分别从数据集1中选择31,449个单剂量(singledose,SD)SNPs,数据集2中选择68,648个低剂量(low dosage)[含33,277个SD和35,371个双剂量(double dose,DD)]SNPs,并最终把100,097个甘蔗SNPs放置在芯片上。2)根据高粱基因组对100K个SNPs进行功能效应(functional effects)注释,结果表明其中大多数SNPs(91,860个,占91.77%)位于基因区域内(涉及12,935个基因),平均密度为7.1个SNPs/基因。3)根据高粱基因注释文件,通过对比结果表明100K SNP芯片上共包含了 551个与糖代谢、抗病性和生物量(细胞壁)相关的基因,其中涵盖了 5,055个非冗余SNPs。4)同时,与12,387个非冗余甘蔗种间特异性SNPs以及207,761个非冗余甘蔗属间特异性SNPs的数据集比较,结果显示100K SNP芯片上包含了 305个甘蔗种间特异性SNPs和6,856个甘蔗属间特异性SNPs。2.Axiom Sugarcane 100K SNP芯片的多态性验证。为了评估Axiom Sugarcane1OOK SNP芯片的质量和实用性,把SNP芯片应用于469个甘蔗样品的基因分型。样品包括一个种间杂交群体(Green German×IND81-146),一个自交群体(CP80-1827)和 11 个多样性的甘蔗种质。经过对杂交信号的处理分析,基因分型结果显示Axiom Sugarcane1OOK SNP芯片在469个样本中具有高度多态性,多态性SNPs为77,113个,多态率为77.04%,结果表明此甘蔗SNP芯片对不同的甘蔗种质能进行有效的基因分型。3.利用Axiom Sugarcane100K SNP芯片进行遗传图谱的构建。对基因分型结果为SD的SNPs,在遗传分离群体里进行卡方检验(P>0.01),通过检验的SDSNPs被用于构建连锁图谱。1)对于Green German,最终有3,514个SDSNPs(95.91%)被成功定位在150个连锁图谱上,此连锁图全长3,336cM,平均标记密度为0.95cM/标记,并且是目前甘蔗所有种质中涵盖标记数量最多、密度最大的高密度遗传连锁图谱;2)对于IND81-146,共有1,518个SDSNPs被成功定位在92个连锁图上,此连锁图全长2,615cM,平均标记密度为1.72 cM/标记,且是目前甘蔗细茎野生种中涵盖标记数量最多、密度最大的遗传连锁图谱;3)CP80-1827的111个连锁图全长3,651cM,含有562个SD SNPs,平均标记密度为6.5 cM/标记。通过以上甘蔗不同种质的遗传连锁图谱的结果,体现了 SNP芯片的广谱性和高效性,表明其具有良好的应用和推广价值。4.SCYLV抗性相关QTLs的鉴定。基于上述连锁图谱,进行SCYLV抗性相关的QTL分析。1)结果显示从Green German(感)×IND81-146(抗)杂交群体中共鉴定出17个SCYLV抗性相关的QTLs,其中包括了 10个主效QTLs,解释了 10.16%～31.83%的表型变异;和7个微效QTLs,解释了 3.17%～8.93%的表型变异。2)而在CP80-1827自交群体中只鉴定出了 2个SCYLV抗性相关的QTLs,包括一个主效QTL,解释了 11.2%的表型变异;和一个微效QTL,解释了 7.84%的表型变异。3)最终从这19个SCYLV抗性相关的QTLs区域,找到了 27个抗病基因。总之,本研究通过设计和开发了一个高通量、高效率、便于操作分析的Axiom Sugarcane100K SNP芯片,利用该芯片构建了高密度遗传图谱,并结合抗、感甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)的双亲杂交分离群体和美国主栽品种CP80-1827的自交群体为材料进行分析,既验证了所创制芯片的质量和实用性,又实现了对遗传背景不同的一批甘蔗种质的基因分型,还发现了与SCYLV抗性相关的QTLs。这项研究结果表明,Axiom Sugarcane100K SNP芯片已获得成功开发和应用,作为甘蔗高密度标记的高效基因分型工具,它的推广和应用将促进和加快甘蔗遗传育种的进程。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
定位与作图论文参考文献
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