导读:本文包含了转录位点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:岩白菜(Bergenia,purpurascens),转录组,SSR位点特征,SSR引物开发
转录位点论文文献综述
刁雨辰,李沛欣,郭凤根,王仕玉,李娟[1]（2019）在《基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发》一文中研究指出本研究对岩白菜转录组测序获得的94 755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10 237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9 001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是叁核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年22期）
孟玮,蒋艳琳,张林,杨天燕,周剑光[2]（2019）在《基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析》一文中研究指出为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。(本文来源于《淡水渔业》期刊2019年06期）
王静毅,刘菊华,王卓,金志强,徐碧玉[3]（2019）在《香蕉根系转录组SSR位点信息分析》一文中研究指出旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元。香蕉根系转录组中,二、叁核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5～9次为主,基序长度主要分布于12～20 bp,平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。(本文来源于《中国农学通报》期刊2019年28期）
张涵,王芳,白静,董强,童锌芯[4]（2019）在《冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究》一文中研究指出为探究冬虫夏草转录组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息,开发冬虫夏草SSR分子标记奠定基础,该研究利用MISA(MicroSatellite)软件对冬虫夏草转录组拼接获得的16 875 unigene进行SSR位点数据挖掘,并使用Primer 3. 0软件设计引物。研究发现,冬虫夏草转录组中4 252条unigene含有5 899个SSR位点,出现频率为34. 99%,平均每7 952 bp出现1个SSR位点,以单核苷酸和叁核苷酸重复为主,分别占总数的42. 5%,38. 48%。SSR序列中共包括74种基序类型,C/G和CCG/CGG是优势重复单元。6种SSR重复类型的重复次数集中于5～12次,长度大多小于24 bp。通过引物设计软件,共筛选得到12 282对引物,随机挑选的20对引物用于有效性检测,19对引物扩增出条带,引物有效率为95%。10对引物扩增出清晰、可重复特异性条带,其中引物P1具显着多态性。此外,经GO与KEGG功能注释后发现,含有SSR位点的unigene主要与遗传和环境功能相关。上述结果表明冬虫夏草转录组SSR位点出现频率较高、基元类型丰富、多态性较高,具有较高的可用性,为其遗传多样性分析、资源鉴定保护、基因功能研究等方面提供了丰富的候选分子标记。(本文来源于《中国中药杂志》期刊2019年21期）
宁丽华,王建晖,时丕彪,伍楚善,董志诚[5]（2019）在《基于DAP-Seq方法鉴定玉米胚乳特异表达转录因子O2在全基因组水平上的结合位点》一文中研究指出Opaque2(O2)是一个调控玉米胚乳发育的重要转录因子.为了揭示O2的转录调控网络,利用DAP-Seq技术挖掘其在全基因组范围上结合位点共检测到11385个位点.通过结合已报道RNA-Seq数据,本研究DAP-Seq共检测到317个O2直接结合并调控的靶基因,其中包括97个已报道ChIP-Seq检测靶基因以及220个DAP-Seq特异检测的靶基因.而基序(motif)富集分析显示, DAP-Seq检测O2结合317靶标基因与220个特异结合靶标基因所富集的基序均与已报道O2结合motif相同.另外, GO富集分析显示,与ChIP-Seq一致的O2靶基因主要参与zein蛋白合成及氨基酸代谢途径,而特异检测的O2靶标基因,除参与上述途径外,还主要参与糖代谢途径以及多个胁迫响应相关途径.本研究利用DAP-Seq技术进一步揭示了O2在胚乳发育过程发挥调控作用,该结果是对前人研究结果的验证和补充.(本文来源于《科学通报》期刊2019年24期）
孟清,谢占玲,戴大日,郭璟,徐鸿[6]（2019）在《青海小海绵羊肚菌M.spongiola M12-10转录组中SSR位点研究》一文中研究指出【目的】为羊肚菌种群遗传连锁图谱构建,研究青藏高原小海绵羊肚菌M. spongiola M12-10的SSR位点分析并检测其多态性。【方法】利用MISA软件识别定位并定位小海绵羊肚菌(M. spongiola)M12-10SSR位点序列;运用SSR标记对19株羊肚菌进行基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析研究。【结果】共组装得到153326条Unigene总数,100672个SSR位点分布在20043条Unigenes基因上;SSR发生频率为19.9%,单核苷酸(9268,46%)和叁核苷酸(5183,25%)是主要的重复类型,优势重复基元为A/T(33%),GA/AG(12%),TGC/CAG(40%);基序长度集中在10-20bp的比例为73.9%,具有高多态性。基于SSR的20043条Unigene成功设计了14894对引物,随机筛选的10对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性;遗传相似系数在0.55时,19株羊肚菌菌株分为两类;相似系数为0.84时,19株羊肚菌全部分开。【结论】本研究对羊肚菌M12-10转录组数据SSR位点全面分析,其存在高频率、高多态性的SSR位点,可用于羊肚菌种群遗传信息方面的研究。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
马晶,孙柳柳,马文囡,陶义芬,陈蕴[7]（2019）在《转录因子FOSB mRNA 5′非翻译区内部核糖体进入位点的活性》一文中研究指出研究FOSB基因侧翼序列是否含有内部核糖体进入位点(internal ribosme entry site,IRES),进而探究其生理功能。作者利用双顺反子报告载体(pRL-FL),构建检测质粒(pRLFOSB-FL),并将其转染到人胚肾细胞HEK293和4种癌细胞中,检测FOSB m RNA 5′非翻译区(5′untranslated region,5′UTR)IRES活性并通过逐步截断探索其活性中心,最后对肝癌细胞Bel-7402进行药物(紫杉醇和顺铂)刺激。报告载体的结果显示,FOSB m RNA 5′UTR具有IRES活性,且在不同细胞中FOSB IRES活性存在显着性差异,在卵巢癌细胞A2780/WT细胞中FOSB IRES活性较高。序列截断发现,FOSB m RNA 5′UTR中的160nt(-376到-217)对其IRES的功能至关重要.在肝癌细胞中,随着加药浓度的增加,其IRES活性逐渐增加,尤其在紫杉醇刺激下活性增加更为明显。本研究发现的FOSB基因的这些特性为研究FOSB在肿瘤的预防与治疗提供了一种新的思路。(本文来源于《食品与生物技术学报》期刊2019年07期）
李敏,王青,陈晨,付艺杰,石太瑞[8]（2019）在《基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析》一文中研究指出[目的]温带臭虫(Cimex lectularius)是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是叁核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68%)和764个(16.06%),四核苷酸重复有195个(4.10%),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42%)。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。(本文来源于《山西农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
李宛莹[9]（2019）在《真核生物转录因子结合位点聚集区间的演化规律研究》一文中研究指出随着基因组研究的深入,真核生物基因组非编码区域在转录调控中的重要作用不断被揭示。真核生物非编码调控区域占全基因组的97%左右,其中存在着许多如增强子(enhancer)、启动子(promoter)、沉默子(silencer)等调控元件,这些调控元件不仅承载着重要的生物学功能,而且与许多重要疾病的发生密切相关。在真核生物非编码区域中,有相当一部分是转录因子(Transcription factor,TF)的结合区域,这些区域与转录因子一起构成了真核生物复杂的转录调控系统,一直是近年来的研究热点。真核生物转录因子对基因表达的调控机制非常复杂,多种转录因子协同与调控区域结合,控制基因在不同时间、空间表达。这种复杂、高效调控所构成的进化压力,使得转录因子结合位点在基因组上的分布也在不断演化,形成一些特异的、不均衡的分布模式。表观基因组学研究越来越多地揭示了转录因子结合区域在基因组上的分布特征。目前的研究表明,转录因子结合区域在线虫、果蝇以及人类基因组中均呈高度聚集状态。在线虫中,聚集区域内转录因子的数目与核小体密度、组蛋白变异以及保守的复制诱导因子有着密切的相关性;在果蝇中,聚集区域内转录因子复杂度的高低影响着基因表达水平;在人类中,聚集区域所包含的不同类型转录因子的数目要远高于预期模型。理论上可以推测,转录因子结合区域的聚集有利于转录因子协同调控并发挥作用,可能具有进化优势。为了对转录因子聚集现象进行深入研究,本研究基于实验室前期开发的DNA酶I超敏感位点与转录因子基序(Motif)识别转录因子聚集区间(Transcription factor clustered region,TFCRs)的算法,获得不同真核生物的聚集区间,比较TFCRs在不同真核生物中的分布差异,探究其在演化中调控功能的变化。TFCRs作为基因组上一段能够结合大量转录因子的DNA片段,有着与增强子类似的作用,发挥重要转录调控功能。本文从整体水平上分析物种间转录调控机制的差异,为研究不同物种转录调控差异提供基础,有助于进一步加强对人类基因组非编码区域的调控功能的理解。本研究根据真核生物物种演化距离挑选了8个物种(6~1000 million years),分别为酵母、线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠、猕猴、黑猩猩和人类。针对这8个物种,采用转录因子结合位点的识别算法和高斯拟合方法,获得每个物种转录因子结合位点的聚集区间(TFCRs),针对聚集区间做了以下叁方面的分析:首先,通过比较每个物种TFCRs上转录因子结合位点(Transcription factor binding sites,TFBSs)的分布特征,发现不同物种TFBSs在TFCRs的分布情况相似,但是TFCRs所包含的TFBSs的数目不同,TFBSs数目代表了TFCRs复杂度;接下来,分析各物种TFCRs位于基因组的位置分布情况,比较其与调控元件的位置关系。通过详细分析不同类别的TFCRs与启动子、基因转录起始位点(Transcription start sites,TSS)的关系,发现在高等生物(人类、黑猩猩、猕猴、小鼠),TFCRs复杂度越高,TFCRs落入启动子的比例越多,与基因转录起始位点距离越近,结果表明TFBSs的数目对高等生物的转录调控可能有影响作用,而低等生物(酵母、果蝇、线虫、斑马鱼)中该趋势不明显;最后,分析TFCRs对基因的近程调控作用和远程调控作用,通过分析不同复杂度的TFCRs对基因表达量的影响,发现在高等生物中,TFCRs的复杂度越高,受TFCRs关联的基因表达量水平越高,说明TFBSs的数目差异对高等生物的基因表达调控有影响作用,而该作用在低等生物中不显着;通过对TFCRs在叁维基因组中的调控作用发现,高等生物TFCRs所参与到远程调控比例比低等生物多,结果表明高等生物中需要较多的TFCRs参与到复杂的转录调控模式中。通过比较各个物种TFCRs的调控差异发现,高等生物的TFCRs转录调控模式相对复杂,TFBSs的数目对调控强度有影响作用,而相对低等的生物,依赖TFCRs的调控作用并不显着,且对TFBSs的数量需求较弱。(本文来源于《军事科学院》期刊2019-05-31）
张宁,尹美强,谭青青,温银元,王玉国[10]（2019）在《苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析》一文中研究指出分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73%的二、叁核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2019年07期）
转录位点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
转录位点论文参考文献
[1].刁雨辰,李沛欣,郭凤根,王仕玉,李娟.基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发[J].分子植物育种.2019
[2].孟玮,蒋艳琳,张林,杨天燕,周剑光.基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析[J].淡水渔业.2019
[3].王静毅,刘菊华,王卓,金志强,徐碧玉.香蕉根系转录组SSR位点信息分析[J].中国农学通报.2019
[4].张涵,王芳,白静,董强,童锌芯.冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究[J].中国中药杂志.2019
[5].宁丽华,王建晖,时丕彪,伍楚善,董志诚.基于DAP-Seq方法鉴定玉米胚乳特异表达转录因子O2在全基因组水平上的结合位点[J].科学通报.2019
[6].孟清,谢占玲,戴大日,郭璟,徐鸿.青海小海绵羊肚菌M.spongiolaM12-10转录组中SSR位点研究[C].多彩菌物美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要.2019
[7].马晶,孙柳柳,马文囡,陶义芬,陈蕴.转录因子FOSBmRNA5′非翻译区内部核糖体进入位点的活性[J].食品与生物技术学报.2019
[8].李敏,王青,陈晨,付艺杰,石太瑞.基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析[J].山西农业大学学报(自然科学版).2019
[9].李宛莹.真核生物转录因子结合位点聚集区间的演化规律研究[D].军事科学院.2019
[10].张宁,尹美强,谭青青,温银元,王玉国.苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析[J].江苏农业科学.2019
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