分子振动论文_史芳芳,周孟焦,陈凯,康明,梁晓峰

导读:本文包含了分子振动论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译,主要关键词:光谱,分子,表象,羰基,能级,模式,力场。

分子振动论文文献综述

史芳芳,周孟焦,陈凯,康明,梁晓峰[1](2019)在《藤椒油的分子振动光谱分析研究》一文中研究指出为开发藤椒油的鉴别和品质控制方法,利用红外光谱技术和激光拉曼光谱技术研究了藤椒油的分子振动光谱,并与市售品牌商品花椒油、菜籽油、花生调和油的光谱进行比较研究。结果表明,藤椒油的红外光谱有7个强吸收谱带和3个弱吸收谱带;拉曼光谱有8个强的拉曼散射峰和3个较强的特征拉曼散射峰,其中波数为1 260 cm~(-1)和1 305 cm~(-1)拉曼谱峰的强度相同,可作为鉴别藤椒油的拉曼光谱特征;藤椒油的红外光谱和拉曼光谱中有4个结构的分子振动模式,既有红外活性又有拉曼活性。(本文来源于《农产品加工》期刊2019年20期)

史海梅,郭广海,孙志刚[2](2019)在《用Sin-DVR方法求解在绝热表象下锥形交叉分子振动本征态(英文)》一文中研究指出在波恩-奥本海默近似中,分子中原子核的运动通常采用绝热表象的基态势能面来描述,一般情况下这样是比较好的近似.然而当势能面上存在锥形交义时,即使体系的能量远远低于锥形交义点,绝热基态势能面近似将不再有效.锥形交叉的出现,使得绝热表象下描述核运动的哈密顿中出现了两个额外的附加项:对角波恩—奥本海默近似校正(DBOC)项和几何相位(GP)项.尤其GP项,使得基态绝热势能面近似失效.这两项在锥形交义点处的数值是发散的,因此在绝热表象中来严格描述核运动,会使量子动力学的计算存在数值收敛的困难.在量子分子动力学计算中,最常用的数值方法是分离变量表象方法(DVR).本文通过在绝热表象和透热表象下求解涉及两个电子态且包含锥形交义的二维的薛定谔方程来验证Sinc-DVR的数值收敛性.计算结果显示,在绝热表象中采用通常格点密度分布的Sinc-DVR方法,即使在没有特别的处理DBOC和GP项时,也可以得到比较可靠的结果.此时的数值不确定性并没有比引入任意的向量势来纠正GP效应的不确定性更差.需要特别注意的是,纠正GP效应的任意向量势的精确形式,通常是不易得到共精确形式的.(本文来源于《Chinese Journal of Chemical Physics》期刊2019年03期)

贾聪敏[3](2019)在《基于分子振动特征的药物靶点识别及活性预测模型研究》一文中研究指出背景:目前,多数中药化学成分作用靶点及其生物活性尚不确定,这已成为阐明中药物质基础及其作用机制的瓶颈之一。中药化学成分作用靶点及其生物活性的研究有助于揭示中药在治疗疾病过程中发挥药效的程度以及为中药化学成分在体内发挥疗效的机制提供线索与指导,也有助于中药化学成分作用靶点的重新定位。随着科学技术的进步与发展,越来越多的中药化学成分被发现。由于时间与资金成本的限制,利用传统实验的方法进行中药化学成分与相关靶点之间生物活性的测定面临很大的挑战,花费昂贵且效率较低。采用机器学习的方法构建药物与靶点的定量预测模型进行中药化学成分作用靶点的识别及活性预测弥补了传统实验的不足,具有高效低耗的特点,被认为是研究化合物作用靶点与其生物活性的有效手段。近年来,越来越多关于药物与靶点相互作用关系预测的模型被报道,这些模型大多数是判断药物与靶点之间是否存在相互作用关系,不能进行活性预测,只有少数模型用于预测药物与靶点之间的定量关系,这些定量模型预测性能较差且只是针对少量靶点,即模型的准确性和适用范围还需要进一步提高。因此建立预测性能高与适用范围广的药物与靶点相互作用关系的定量预测模型是研究中药化学成分潜在作用靶点及活性预测亟待解决的问题。目的:本文旨在构建预测性能高及适用范围广的药物靶点定量预测模型,弥补当前采用实验手段确定药物潜在作用靶点及生物活性所带来的不足之处,提高当前药物靶点定量预测模型的预测性能及适用范围,以期为阐明中药的物质基础及作用机制提供一定的线索与指导。方法:(1)药物与靶点相互作用定量关系数据库的考察。从数据的可靠性,准确性,完备性,可获得性以及适用性五个方面对已有的药物与靶点相互作用关系数据库进行考察。数据的可靠性主要是考察数据的来源,准确性主要考察数据库收录数据的标准(主要是活性值的单位)是否一致,完备性主要考察数据库对当前药物与靶点相互作用关系的覆盖程度,可获得性主要考察数据获得的难易程度,适用性主要考察数据信息是否完善。最终,基于这五个方面确定本文的最佳数据源。(2)药物与靶点定量预测模型的构建。①根据收集的药物与靶点相互作用关系数据,计算化合物的分子描述符及靶点的序列描述符,从分子振动的角度对化合物的描述符进行筛选得到化合物的特征描述符子集,最后整合为药物靶点定量关系数据集。②对数据集进行数据预处理,包括数据的清理,集成,变换,规约。数据清理是指清除异常值,数据集成是指对收集的数据进行整合,数据变换是指将数据转化成适用于建模的形式,数据规约是指对数据进行归一化处理。③特征筛选及模型构建,采用“Boruta”程序包进行特征筛选构建数据集的特征子集,分别采用随机森林,支持向量机,人工神经网络叁种机器学习算法进行药物靶点定量预测模型的构建。通过交叉验证的方法对模型的稳定性及预测性能进行验证,采用构建的模型对训练集和测试集分别进行预测,计算实验测得的值(真实值)和预测值之间的差值以及差值绝对值,分析训练集和测试集在每一差值范围内的样本量分布。绘制真实值与预测值的散点图,计算决定系数(R2)和均方误差(MSE)等回归模型的评价指标筛选最优模型。(3)通过与已报道的模型进行比较,判断本文所构建模型的准确性及适用范围。(4)最优预测模型在中药化学成分作用靶点识别及活性预测中的应用。收集Binding DB数据库中未参与本文模型建立的中药化学成分与靶点之间的定量关系,依据数据考察原则对数据进行收集整理获得新的数据集,采用已获得的最优模型对新的数据集进行预测,将预测值与真实值进行比较证明最优预测模型的准确性及适用性。结果:(1)选用ChEMBL数据库中的药物靶点定量关系数据作为本文的数据源。(2)建立了6个分别由EC50和KD值量化的药物靶点相互作用定量预测模型。基于本文收集的数据集分别建立了由EC50和KD值量化的药物与靶点相互作用关系的定量预测模型,涉及2207个化合物和1254个靶点共计21999条关系。从分子振动角度筛选出813个描述符表示化合物的特征子集。①采用随机森林算法构建的模型在训练集和测试集上具有良好的预测性能,EC50值量化的模型R2均大于0.96,MSE小于0.09;KD值量化的模型R2均大于0.94,MSE小于0.12;②采用支持向量机算法构建的模型在训练集上的预测性能优于测试集,EC50值量化的模型在训练集上的R2=0.9317,MSE=0.1270,测试集R2=0.5759,MSE=0.8356;KD值量化的模型在训练集上的R2=0.9099,MSE=0.1254,测试集R2=0.5083,MSE=0.7290;③采用人工神经网络算法构建的模型在训练集的预测性能也优于测试集,EC50值量化的模型在训练集的R2=0.7350,MSE=0.4867,测试集R2=0.5211,MSE=0.9590;KD值量化的模型在训练集上的R2=0.5857,MSE=0.5612,测试集R2=0.2961,MSE=1.019。比较数据集在每一差值绝对值范围内分布的样本量及上述回归模型的评价指标,随机森林算法构建的定量预测模型预测性能最好。(3)采用相同的模型评价指标与文献已报道的模型进行比较,结果表明本文构建的最优模型具有更高的预测准确性及适用范围。(4)采用本文构建的最优预测模型对Binding DB数据库中已有的但没有参与本文模型构建的中药化学成分与靶点的定量关系进行预测,结果表明本文预测的药物靶点相互作用关系与实验测量结果一致。在活性预测方面,实验测量的预测值均大于真实值,但是它们之间的差值集中在某一范围内。出现这种系统误差的原因可能是由于数据收集的来源不同,Binding DB数据库与ChEMBL数据库中的数据收入标准有所差异。可以通过设置校正因子来消除系统误差,校正因子可以由所有差值的平均值来表示。这也在一定程度上证明了本文建立的定量预测模型在中药化学成分作用靶点及活性预测方面的适用性。结论:本文首次提出了从分子振动的角度筛选化合物的分子描述符。成功建立了药物与靶点相互作用关系的定量预测模型。通过回归模型评价指标确定了随机森林算法构建的药物靶点定量预测模型为最优预测模型即模型具有更好的预测性能,支持向量机算法构建的药物靶点定量预测模型可能存在过拟合,人工神经网络算法构建的药物靶点定量预测模型可能存在欠拟合。通过比较,本文建立的最优模型的预测性能及适用范围均优于文献已经报道的最优模型。最终,在最优模型的基础上,对Binding DB数据库中的部分中药化学成分与靶点相互作用关系进行了定量预测,结果表明本文构建的药物与靶点相互作用关系定量预测模型在中药化学成分作用靶点及活性预测中的适用性,证明了从分子振动角度确定化合物描述符的客观性。(本文来源于《北京中医药大学》期刊2019-05-01)

何莹霞,尤静林,王建,马楠,吴志东[4](2019)在《钠钛硅酸盐精细结构及其拉曼活性分子振动的量子化学从头计算研究》一文中研究指出本文选取了Na_2O-TiO_2-SiO_2体系不同成分的团簇模型,采用量子化学从头计算方法计算其拉曼振动频率和相对散射活性。本文分析了钛硅酸盐中硅氧四面体([SiO_4])的局域环境变化对特征拉曼振动频率的影响,对硅氧四面体应力指数进行了拓展与修正,研究表明钠钛硅酸盐拉曼光谱高波数区硅氧四面体非桥氧对称伸缩振动频率随相应的硅氧四面体应力指数的增加而增加,并表现出良好的线性相关性。采用拉曼光谱和~(29)Si NMR对Na_2TiSiO_5玻璃进行解谱、定量分析和比较,并认为869 cm~(-1)处的谱峰归属为Q_(1(Si))中非桥氧的对称伸缩振动。(本文来源于《光散射学报》期刊2019年01期)

关岑岑,骆晓森,陆健,李泽文[5](2019)在《肝癌小鼠血清荧光谱峰位蓝移及分子振动机理研究》一文中研究指出通过多峰高斯拟合方法,对接种了肝癌小鼠生长5~15天期间的血清荧光光谱进行系统研究,结果表明,随着肿瘤的生长,荧光谱曲线及其高斯基元函数的峰值位置都有向短波方向移动的趋势。基于分子振动理论的分析认为,是肿瘤生长过程中,血清中部分发光分子的含量增加,其分子趋于彼此靠近,分子间的相互作用增强,分子中原子间化学键趋于伸长,其基态的振动能级趋于降低,若第一电子激发态的最低振动能级未发生变化,则基态与第一电子激发态最低振动能级之间的能量差趋于增大,导致相关荧光谱曲线的峰值位置趋于蓝移。本文的研究结果表明,对血清荧光光谱进行非线性多峰拟合及分子振动理论分析,有助于从分子层面揭示血清中荧光物质变化的深层次原因。(本文来源于《光电子·激光》期刊2019年02期)

张倩芝,陈晓红,张卫红,陈建[6](2018)在《丙酸氯倍米松的分子振动光谱》一文中研究指出利用傅里叶变换红外光谱与傅里叶变换拉曼光谱技术对甾体激素类药丙酸氯倍米松进行分子振动光谱的表征,并结合二阶导数谱进一步提高谱图的分辨率。结果表明结合两种分子光谱的特点能对结构复杂药物的谱图进行了更准确的谱峰归属解析,提供了丙酸氯倍米松完整的分子振动光谱特征,为药物在无损状态下的结构信息表征提供了依据。(本文来源于《中山大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期)

陈恒杰,王全武,张家伟,望军[7](2018)在《基于非谐力场的HOI分子振动光谱研究》一文中研究指出应用包含非迭代叁激发(CCSD(T))、迭代叁激发(CC3)及其变体(CCSDT-3)的耦合簇理论(CC)和密度泛函理论(DFT)之B3LYP方法,使用直到五阶的自洽相关一致基组aug-cc-pVxZ/aug-cc-pVxZ-PP(x=T,Q,5),首先优化出HOI的平衡结构,接着在该结构附近采样势能点并将其在简正坐标下拟合成直到四阶的多项式力场,依据该力场结合振动自洽场(VSCF)、振动组态相互作用(VCI)和二阶振动微扰理论(VPT2)进行非谐振动分析,精确预期了HOI的基频、直到v_1+v_2+v_3=3的和频与倍频,得到其转动常数、旋振相互作用常数、非谐性常数和离心畸变常数,同时振子强度被估计,氘取代效应被进一步考察。结果表明:当前计算值与已知实验结果符合良好,其中耦合簇理论计算的振动光谱常数更加可靠,DFT误差明显偏大,但两者计算的振动频率却相当一致;并非基组越大,计算得到的非谐振动常数/频率与实验更符合,总体来讲CC3和CCSDT-3的结果更值得信赖;HOI/DOI都没有共振发生。(本文来源于《光谱学与光谱分析》期刊2018年09期)

王黎明,严宗朝[8](2018)在《氢分子振动能级的相对论修正》一文中研究指出目前,氢分子(H_2)及其同位素(HD、D_2等)的解离能及低振动-转动态间的跃迁频率在实验上已经可以测到10~(-4) cm~(-1)的精度。在理论计算方面,为了达到这样的精度,不仅需要把非相对论能量算到足够的精度(需要把非绝热效应也考虑进来),而且需要把领头项相对论修正(包括相对论反冲效应)O(α~2)、领头项QED修正(本文来源于《第七届全国计算原子与分子物理学术会议摘要集》期刊2018-08-07)

陈奎孚,刘霞[9](2018)在《对称型叁原子分子振动的弹簧质量模型》一文中研究指出给出了对称型叁原子分子振动的一个模型。以键角变化和两个键长变化为广义坐标建立了微幅振动微分方程,得到了该模型的3个本征振动频率和对应的振动模式。利用文献数据对上述模型进行了检验。结果表明模型预测的分子振动频率与实验数据吻合良好。(本文来源于《物理与工程》期刊2018年05期)

邝向军,贾连宝[10](2018)在《六羰基钨分子振动模式的群论方法研究》一文中研究指出利用六羰基钨(W(CO)_6)分子的高对称性并结合群论方法,对六羰基钨分子的振动模式和光谱活性进行了分析.然后,利用基于密度泛函理论的Demol程序包对六羰基钨分子进行了计算,获得了分子13个不同的振动频率以及分子键长、电子云分布等信息.(本文来源于《大学物理》期刊2018年03期)

分子振动论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

在波恩-奥本海默近似中,分子中原子核的运动通常采用绝热表象的基态势能面来描述,一般情况下这样是比较好的近似.然而当势能面上存在锥形交义时,即使体系的能量远远低于锥形交义点,绝热基态势能面近似将不再有效.锥形交叉的出现,使得绝热表象下描述核运动的哈密顿中出现了两个额外的附加项:对角波恩—奥本海默近似校正(DBOC)项和几何相位(GP)项.尤其GP项,使得基态绝热势能面近似失效.这两项在锥形交义点处的数值是发散的,因此在绝热表象中来严格描述核运动,会使量子动力学的计算存在数值收敛的困难.在量子分子动力学计算中,最常用的数值方法是分离变量表象方法(DVR).本文通过在绝热表象和透热表象下求解涉及两个电子态且包含锥形交义的二维的薛定谔方程来验证Sinc-DVR的数值收敛性.计算结果显示,在绝热表象中采用通常格点密度分布的Sinc-DVR方法,即使在没有特别的处理DBOC和GP项时,也可以得到比较可靠的结果.此时的数值不确定性并没有比引入任意的向量势来纠正GP效应的不确定性更差.需要特别注意的是,纠正GP效应的任意向量势的精确形式,通常是不易得到共精确形式的.

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

分子振动论文参考文献

[1].史芳芳,周孟焦,陈凯,康明,梁晓峰.藤椒油的分子振动光谱分析研究[J].农产品加工.2019

[2].史海梅,郭广海,孙志刚.用Sin-DVR方法求解在绝热表象下锥形交叉分子振动本征态(英文)[J].ChineseJournalofChemicalPhysics.2019

[3].贾聪敏.基于分子振动特征的药物靶点识别及活性预测模型研究[D].北京中医药大学.2019

[4].何莹霞,尤静林,王建,马楠,吴志东.钠钛硅酸盐精细结构及其拉曼活性分子振动的量子化学从头计算研究[J].光散射学报.2019

[5].关岑岑,骆晓森,陆健,李泽文.肝癌小鼠血清荧光谱峰位蓝移及分子振动机理研究[J].光电子·激光.2019

[6].张倩芝,陈晓红,张卫红,陈建.丙酸氯倍米松的分子振动光谱[J].中山大学学报(自然科学版).2018

[7].陈恒杰,王全武,张家伟,望军.基于非谐力场的HOI分子振动光谱研究[J].光谱学与光谱分析.2018

[8].王黎明,严宗朝.氢分子振动能级的相对论修正[C].第七届全国计算原子与分子物理学术会议摘要集.2018

[9].陈奎孚,刘霞.对称型叁原子分子振动的弹簧质量模型[J].物理与工程.2018

[10].邝向军,贾连宝.六羰基钨分子振动模式的群论方法研究[J].大学物理.2018

论文知识图

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