纳帕海高原湿地噬藻体psbA遗传多样性

纳帕海高原湿地噬藻体psbA遗传多样性

论文摘要

噬藻体在水生系统中分布广泛,数量丰富,具有丰富的生物多样性。为揭示纳帕海高原湿地噬藻体psbA遗传多样性,并分析其系统进化地位。本研究于纳帕海高原湿地采集土壤样品,以特异性引物对其光合基因psbA进行扩增,得到不同的psbA基因序列51条,并在淡水、海水、稻田等不同环境下进行PCoA分析和系统发育分析。通过研究得知,在纳帕海高原湿地环境下的psbA基因和在稻田环境中的psbA相接近,而与海洋环境相距较远,并且大多与蓝藻细菌相聚簇,而且psbA基因中的NT-4和NT-7与噬藻体具有较高相似性,和其他地区比较较远。推测NT-4和NT-7是纳帕海高原湿地特有的噬藻体类群。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 psbA PCR扩增
  •   1.2 psbA测序
  •   1.3 psbA序列BLAST比对
  •   1.4 构建psbA系统进化树
  •   1.5 psbA基因PCoA分析
  •   1.6 psbA基因序列遗传多样性指数分析
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 样品的采集与处理
  •   3.2 土壤病毒基因组的提取
  •   3.3 实验方法
  •     3.3.1 psbA基因片段的扩增
  •     3.3.2 核苷酸序列去重及翻译成氨基酸
  •     3.3.3 psbA系统进化树的构建
  •     3.3.4 psbA基因PCoA分析
  •     3.3.5 psbA基因序列的遗传多样性指数分析
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 王爽,张中耀,李珊,魏云林,林连兵,张琦,陈伟,季秀玲

    关键词: 高原湿地,基因,系统进化,遗传多样性

    来源: 基因组学与应用生物学 2019年01期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学

    单位: 昆明理工大学生命科学与技术学院,昆明理工大学医学院

    基金: 国家自然科学基金(31700324),云南省教育厅基金(2017ZZX132),昆明理工大学校人培基金(KKZ3201526010,KKSY201632059)共同资助

    分类号: Q933

    DOI: 10.13417/j.gab.038.000189

    页码: 189-198

    总页数: 10

    文件大小: 3192K

    下载量: 118

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