基于简化基因组技术的云南蓝果树群体遗传分析

论文摘要

极小种群野生植物云南蓝果树是国家和云南省实施极小种群野生植物保护工程的代表性物种。为有效保护其遗传资源,本研究通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析现存群体的遗传结构和遗传多样性。经过遗传变异检测,本次研究中共获得SNP位点98 498个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0. 5,次要基因型频率（MAF）> 0. 05筛选以后,得到有效SNP位点6 309个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对云南蓝果树完成了群体的遗传分析,其中:系统进化树分析将云南蓝果树划分为3大类,研究分析了云南蓝果树各分类的私人等位基因数目（Private）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、核苷酸多样性（π）和平均近交系数(FIS) 5个遗传多样性参数;群体结构和主成分分析进一步证明了,云南蓝果树现存植株之间亲缘关系较远,遗传多样性差异较大,具有很高的遗传资源保存价值。本研究结果将为基于遗传管理的云南蓝果树就地保护、遗传资源保存和种群重建等保护工程提供科学依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张珊珊,康洪梅,杨文忠

关键词: 云南蓝果树,简化基因组测序,群体遗传分析,遗传管理

来源: 植物研究 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,林业

单位: 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育国家林业局重点实验室

基金: 国家自然科学基金项目(31960278,31660164),国家科技基础资源调查专项项目(2017FY100100),国家林业和草原野生植物保护管理项目(2016YB1038,2017YB1010),云南省林业科学院创新基金项目(QN2018-05),云南省应用基础研究青年项目(2016FD079)~~

分类号: S792.99;Q347

页码: 899-907

总页数: 9

文件大小: 1763K

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标签：云南蓝果树论文;  简化基因组测序论文;  群体遗传分析论文;  遗传管理论文;