论文摘要
雉科为鸡形目最大科,共38属159种,目前已有几个物种开展了微卫星的相关研究。本研究利用红腹锦鸡等8种雉科鸟类全基因组,利用软件Candi SSR筛选共有微卫星位点。按Candi SSR初始设置missing rate≤0.5的标准,除去单碱基微卫星位点,我们共找到2328个微卫星位点,按missing rate=0和重复次数二碱基≥7,三碱基≥5,四碱基≥4的标准筛选出二碱基微卫星位点共55个、三碱基微卫星位点共45个、四碱基微卫星位点共19个,总计119个。在这些位点的侧翼序列设计引物进行PCR条件优化,得到二碱基微卫星位点40个、三碱基微卫星位点30个、四碱基微卫星位点11个,总计81个。将优化后的81对引物在血雉等14种雉类基因组中扩增,筛选到在14个物种中都能扩增的微卫星位点共50个(其中二碱基22个,三碱基19个,四碱基9个)。利用筛选出的50个共有微卫星位点设计荧光引物,分别在四川山鹧鸪种群(21只),四川雉鹑种群(14只),血雉种群中进行扩增(19只),经过基因分型扫描等步骤,最终得到稳定扩增且有多态性的四川山鹧鸪微卫星遗传标记38对,四川雉鹑微卫星遗传标记25对,血雉微卫星遗传标记28对,其中在三种雉的种群中都具有多态性的微卫星遗传标记有13对。由于我们选取的14种雉科鸟类几乎均匀分布在雉科鸟类系统进化树中,因此50个微卫星位点有望成为雉科鸟类通用微卫星位点的潜在标记,对于雉科鸟类种群遗传学研究以及比较分析近缘种的遗传多样性、遗传结构以及野外种群数量调查等具有重要意义。
论文目录
文章来源
类型: 国内会议
作者: 江雪,周闯,文秦超,沈海波,岳碧松,张修月
关键词: 雉科鸟类,基因组,共有微卫星
来源: 第八届中国西部动物学学术研讨会 2019-07-18
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学,生物学
单位: 濒危动物繁殖与保护四川省重点实验室四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院
分类号: Q953
页码: 77
总页数: 1
文件大小: 533k
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