数据与计算驱动的蛋白质元件预测和设计

数据与计算驱动的蛋白质元件预测和设计

论文摘要

为实现特定合成生物系统,需要使用恰当的蛋白质元件,即具有所需的特异性分子识别、酶催化活性等功能的天然蛋白质或工程改造蛋白质。以转录因子所识别的DNA序列的预测以及蛋白质-小分子特异性结合口袋的预测和设计为例,介绍计算方法在蛋白质功能预测和设计中的作用。强调了不同类型计算工具的整合以及它们与生物背景知识整合、计算方法通用性和准确性之间的平衡;讨论了有待解决的问题、计算的潜力和新方法的发展需求。

论文目录

  • 1 计算在蛋白质元件发现和设计中的必要性
  • 2 研究方法和工具举例
  •   2.1 研究方法的综合性
  •   2.2 预测转录因子识别的DNA序列
  •   2.3 预测小分子结合能力
  •   2.4 结合和催化口袋的理性设计
  • 3 展望
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 刘海燕,陈泉,龙朋朋,黄斌,许洋,陈耀晞

    关键词: 计算方法,转录因子,结合预测,结合口袋设计

    来源: 生命科学 2019年04期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 中国科学技术大学生命科学学院大数据学院

    基金: 国家自然科学基金项目(21773220,31570719,31470717),中科院青年创新促进会基金项目(2017494)

    分类号: Q811.4

    DOI: 10.13376/j.cbls/2019049

    页码: 357-363

    总页数: 7

    文件大小: 1557K

    下载量: 117

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