导读:本文包含了连锁不平衡分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多态性,不平衡,性状,群体,多样性,维吾尔族,基因。
连锁不平衡分析论文文献综述
李毓,王海霞,胡云华,张向辉,郭恒[1]（2019）在《新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析》一文中研究指出目的探索胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因多态位点之间的连锁不平衡和单体型对新疆维吾尔族代谢综合征(MS)及其各组分的影响。方法遵从成组匹配原则,经性别匹配后从前期调查的5692名维吾尔族成年人中随机选择280例代谢综合征患者和291例健康对照者,用多重单碱基延伸单核苷酸多态性(SNP)分型技术检测CETP基因六个位点(rs5882、rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)多态性。结果(1) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点的基因型和等位基因频率分布在对照组和病例组之间差异有统计学意义(P<0. 05)。(2) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点多态性均与维吾尔族MS密切相关(P<0. 05)。(3) rs1800775位点多态性与空腹血糖升高、低高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)血症有关; rs3764261与rs12149545位点多态性均与中心性肥胖、空腹血糖升高、高甘油叁酯(TG)血症、低HDL-C血症有关; rs711752位点多态性与低HDL-C血症有关; rs708272位点多态性与高TG血症、低HDL-C血症有关。(4) rs3764261位点与rs12149545位点(D’=1. 000,r~2=0. 931),rs711752位点与rs708272位点(D’=1. 000,r~2=0. 996)间存在完全连锁不平衡。(5) A-A-T-A-A-T(P<0. 001,OR=0. 435,95%CI=0. 306-0. 620)和G-A-T-A-A-T(P=0. 042,OR=0. 648,95%CI=0. 426-0. 986)单体型在对照组的频率高于病例组。结论 CETP基因位点多态性(rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)与维吾尔族MS及其各组分间均密切相关; rs3764261位点与rs12149545位点以及rs711752位点与rs708272位点之间存在完全连锁不平衡关系; A-A-T-A-A-T和G-A-T-A-A-T单体型可能是维吾尔族人群中MS的保护因素。(本文来源于《石河子大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
何悦洋,李江峰,聂亚莉,张弛,马亚楠[2]（2019）在《CYP3A4 rs4646440与rs2242480及CYP3A5 rs776746连锁不平衡分析及其对肝组织CYP3A4表达及活性的影响》一文中研究指出目的:研究CYP3A4 rs4646440与rs2242480、CYP3A5 rs776746之间的连锁不平衡关系及其对肝组织中CYP3A4表达及活性的影响。方法:收集54例成人正常肝组织样本,PCR扩增后直接测序,对肝组织上述位点的基因多态性进行分析,并用qRT-PCR、高效液相色谱法检测22例样品中CYP3A4 mRNA表达及活性。结果与结论:rs4646440 T、rs2242480 A和rs776746 G等位基因频率分别为16. 7%、18. 5%和70. 4%;叁者之间存在较强的连锁不平衡,其中rs4646440与rs2242480的连锁关系强于与rs776746的连锁关系,而rs4646440与rs776746的连锁关系弱于rs2242480与rs776746。在正常肝组织中rs4646440基因多态性与CYP3A4 mRNA表达水平及活性无关。(本文来源于《郑州大学学报(医学版)》期刊2019年02期）
王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青[3]（2018）在《深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析》一文中研究指出目的研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A位点(Major Histocompatibility Complex ClassⅠChain-related Gene A,MICA)在深圳地区汉族献血人群中的分布特点及其与人类白细胞抗原B位点(Human Leukocyte Antigen Locus B,HLA-B)基因的连锁不平衡关系。方法采用基于聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对143名随机深圳地区汉族献血者进行MICA和HLA-B基因高分辨分型,并采用Pypop软件分析等位基因频率、单倍型频率和连锁不平(本文来源于《中国输血协会第九届输血大会论文专辑》期刊2018-11-01）
苗百更[4]（2018）在《寒地水稻种质品质特性及其连锁不平衡分析》一文中研究指出寒地水稻素来以品质优良着称,随着人们生活水平的提高,对稻米品质需求也越来越高。对寒地水稻种质资源品质进行分析,并对控制水稻各品质的基因位点进行定位研究,对促进寒地水稻优质米分子辅助选育具有重要意义。连锁不平衡分析是获得与目标性状紧密连锁位点的有效方法。本研究以158份寒地水稻种质为材料,对糙米率、精米率、整精米率、粒长、粒宽、长宽比、垩白率和蛋白质含量8个品质性状进行变异分析、相关分析和聚类分析,以期明晰寒地水稻种质资源品质性状特征,为优质品种培育的亲本选择提供理论依据;利用分布于水稻全部12条染色体上的267对SSR引物对以上8种性状进行连锁不平衡分析,以期获得与寒地水稻品质紧密相关的SSR标记,为寒地水稻分子辅助育种提供选择工具。本研究主要得出以下结果:(1)对158份寒地水稻种质资源品质性状测定结果显示,供试寒地水稻的8个品质特性中,垩白率的变异系数最大,为73.56%,其次是长宽比,为12.44%,其余各指标变异系数均小于10%,其中变异系数最小的是糙米率,为1.93%。(2)对158份供试材料各品质性状进行相关分析,结果表明,糙米率与精米率、垩白率之间呈极显着正相关;精米率与整精米率之间呈极显着正相关,与垩白率之间呈极显着负相关;整精米率与蛋白质含量之间呈显着负相关;粒长与粒宽、长宽比之间呈极显着正相关;粒宽与长宽比之间呈极显着负相关。(3)以品质性状特征值进行聚类分析,将158份供试材料分为7个类群,第I类水稻糙米率、精米率和整精米率平均表现最好;第V类群长宽比最高,第II类群长宽比最低;第V类垩白率平均值最低,仅为4.34%;第VII类水稻蛋白质含量最高。(4)使用267对SSR标记与158份供试寒地水稻种质资源的品质性状进行连锁不平衡分析,结果显示:与糙米率显着相关的SSR位点有7个,分布在水稻第1、3、4、5、10染色体上,可以解释7.07%~11.83%的表型变异;与精米率显着相关的SSR位点有7个,分布在水稻第1、2、3、5、9、10染色体上,可以解释8.49%~16.87%的表型变异;与整精米率显着相关的SSR位点有10个,分布在水稻第1、4、5、9、10染色体上,可以解释7.42%~16.19%的表型变异;与粒长显着相关的SSR位点有9个,分布在水稻第3、5、6、7、8染色体上,可以解释6.89%~23.07%的表型变异;与粒宽显着相关的SSR位点有5个,分布在水稻第1、7、9、12染色体上,可以解释7.26%~19.94%的表型变异;与长宽比显着相关的SSR位点共有10个,位于水稻第3、4、5、8、9、11染色体上,可以解释6.87%~17.24%的表型变异;与垩白率显着相关的SSR位点共有5个,分布于水稻第1、6、8、11染色体上,可以解释6.42%~21.45%的表型变异;与蛋白质含量显着相关的SSR位点只有2个,分别位于水稻第6和第7染色体上,分别解释8.62%和12.43%的表型变异。(本文来源于《佳木斯大学》期刊2018-06-01）
赖勇,王晋民,任龙,朱惠琴,马辉[5]（2016）在《大麦SSR标记遗传多样性及连锁不平衡分析》一文中研究指出为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761。基于多态性较好、基因多样性值较高的53个SSR标记分析结果,88份材料被分成2个类别。主坐标分析将青稞材料分成2类,分别包含39和47份材料,2份西藏品种ZDM5200和ZDM5457所属类别不明确。群体遗传结构分析将88份材料也分成2个亚群,分别包含40份和48份材料,与聚类分析和主坐标分析的结果较一致。1 378个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡(LD)。D'统计概率(P<0.01)支持的LD成对位点179个,占全部位点组合的12.99%,D'平均值为0.56,较高水平的LD成对位点(D>0.5)主要集中于除1H外的其余6个连锁群上。本研究结果为今后青稞杂交组合配置、有利基因发掘和标记辅助育种提供了理论依据。(本文来源于《核农学报》期刊2016年10期）
夏日炜,钦伟云,甘丽娜,包文斌,吴圣龙[6]（2016）在《杜洛克猪FUT1基因M229与M307位点多态性及连锁不平衡分析》一文中研究指出研究表明,FUT1基因M229和M307位点皆为断奶仔猪抗F18大肠杆菌重要变异位点。本试验采用PCRSSCP和PCR-RFLP方法分别对171头杜洛克猪群体M229和M307位点多态性进行分析,结果表明:M229和M307位点均检测到3种基因型,其中M307位点AA、AG、GG基因型个体数分别为47、100、24头,基因型频率分别为0.275、0.585、0.140,等位基因A为优势基因;M229位点CC、CT、TT基因型个体数分别为90、74、7头;基因型频率分别为0.526、0.433、0.041,等位基因C为优势基因;两种基因型都呈现交叉分布,其中M307位点AA基因型个体中M229位点CC/CT基因型分布较多,TT基因型分布比例较低。通过Haploview软件分析M229和M307位点之间的连锁不平衡水平,结果发现FUT1基因M229和M307位点之间的r2值为0.46,呈现较低连锁不平衡水平。因此,今后在对杜洛克猪抗F18大肠杆菌育种工作中,可以尝试对FUT1基因M307和M229位点同时选育,以期为进一步确证这两个位点的遗传效应及利用其开展抗病育种选育提供一定的试验依据。(本文来源于《中国畜牧杂志》期刊2016年11期）
罗元宇[7]（2016）在《华南地方猪连锁不平衡分析及有效群体大小估计》一文中研究指出连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)和有效群体大小是数量遗传学、进化研究等领域的重要参数,对动物育种与保种工作具有重要的指导意义。随着分子生物学的发展,高密度SNP(Single Nucleotide Polymorphism)芯片逐渐广泛应用于各种动植物遗传研究中,其中包括LD图谱构建、基因组选择、全基因组关联分析等。本研究首次以10个华南地方猪种和1个引入猪种作为研究对象,利用Illumina Porcine SNP60K Bead Chip(包含65165 SNPs)数据,对11个猪种进行LD分析和有效群体大小估计。本研究的11个猪种分别为:高黎贡山猪(GLGS)、巴马香猪(BMX)、大花白猪(DHB)、蓝塘猪(LT)、桂中花猪(GZH)、保山猪(BS)、撒坝猪(SB)、滇南小耳猪(DNXE)、粤东黑猪(YDH)、梅花猪(MH)和杜洛克(DR)。根据Sscrofa10.2猪基因组参考序列版本,利用Illumina Porcine SNP60K Bead Chip进行基因型测定。分别对每个猪种的SNP数据进行质量控制后,每个猪种的SNP数分别剩余:GLGS:33606;BMX:26877;DHB:25094;LT:25299;GZH:25839;BS:36803;SB:35579;DNXE:29632;YDH:38736,MH:32495,DR:33032。利用r2计算各品种的LD程度,结果表明,随着标记间距的增加,LD呈递减趋势,但是某些距离较远的位点间也存在较强的LD。各猪种相邻标记之间的r2分别为:GLGS:0.153,BMX:0.223,DHB:0.319,LT:0.285,GZH:0.218,BS:0.206,SB:0.261,DNXE:0.193,YDH:0.280,MH:0.449,DR:0.516。在标记间距较小时,西方猪的LD程度要高于华南地方猪,但随着标记间距的增加,西方猪的LD则逐渐低于华南地方猪。在华南地方猪中,MH的LD程度最高,GLGS的最低。由于受诸多因素影响,不同猪种的不同染色体之间的r2具有显着性差异。在进化过程中,SSC10,SSC11,SSC12受选择强度较小,SSC14和SSC15较大。本研究分别选取SNP间距50、100、200、500、1000、2000、5000、10000、25000(kb)片段大小,根据连锁不平衡信息,分别估计了11个猪种在2世代前的有效群体大小。结果表明,各猪种的有效群体大小随着世代数的减少逐渐呈下降趋势,而随着世代数的减小,DR的有效群体逐渐高于华南地方猪。到2世代前,各猪种的有效群体大小分别约为:GLGS:24头,BMX:15头,DHB:12头,LT:14头,GZH:22头,BS:17头,SB:6头,DNXE:19头,YDH:10头,MH:8头,DR:46头。结合LD和有效群体大小结果表明,在华南地方猪中,受选择强度大小分别为:MH>DHB、LT、YDH>SB、BS、BMX、GZH>DNXE、GLGS,各猪种受选择强度与地域相关。DNXE和GLGS的遗传多样性比其他猪种丰富。(本文来源于《华南农业大学》期刊2016-06-01）
要燕杰,吴丹,董剑,赵万春,陈良国[8]（2015）在《我国部分冬小麦品种(系)遗传多样性、群体结构和连锁不平衡分析》一文中研究指出为了筛选与产量性状或品质性状显着关联的分子标记,本研究利用分布于不同染色体上的88对简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)标记对91份我国冬小麦(Triticum aestivum L.)品种(系)进行了位点多态性分析、基于非加权平均法的聚类分析、基于数学模型的群体结构和连锁不平衡分析。结果表明,全部标记共检测到883个等位变异,平均等位变异是10.03;遗传多样性变化范围为0.160~0.932,平均值是0.703;多态性信息含量变化范围为0.148~0.929,平均值是0.667。这些结果显示目前我国冬小麦遗传多样性水平相对较低。其中B基因组的遗传多样性最高,D基因组最低。在多样性指数上,B基因组和D基因组差异显着(P<0.05)。聚类分析将材料分成3大类,群体结构分析将材料分成4个亚群,类群划分结果与地理来源无明显关系,与系谱来源部分相关。聚类分析和群体结构分析相互补充和印证,使类群划分更加可靠。AMOVA分析显示,材料94%的遗传变异是由群体内不同个体间的差异造成的,6%的遗传变异与群体间的遗传分化有关。基因流数据显示不同的群体或亚群间存在着更频率的基因交流。基因组连锁不平衡衰减距离的"基准线"是r2=0.028 7,全基因组、A、B和D基因组连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减距离分别是4.3、3.7、1.0和4.1 c M。B基因组LD衰减距离较短、衰减较快;A和D基因组LD衰减距离较长、衰减较慢。表明我国小麦LD衰减距离较高,采用全基因策略进行关联分析是可行的。评价我国小麦品种(系)的遗传多样性、群体结构和连锁不平衡,可为今后小麦杂交育种、分子标记辅助选择和关联分析提供参考和依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2015年07期）
范家萌[9]（2015）在《NR6A1、PLAG1、LCORL基因在民猪群体内的单倍型及连锁不平衡分析》一文中研究指出动物体长性状作为经典的数量性状,受到遗传学家的广泛关注,其差异是由一系列复杂而精细的生物代谢过程而产生的,产生差异的调控机制一直是国际上的研究热点。体长性状是猪最重要的经济性状之一,直接影响着猪生产的经济效益。Mikawa等通过对猪的全基因组测序分析发现NR6A1、PLAG1和LCORL这叁个基因与猪的体长性状呈显着相关,并公布了17个候选SNPs位点。民猪是我国珍贵的动物种质资源,是我国国家级保护猪种。依其体型差异分为大民、二民和荷包猪叁个群体类型,大民已基本消失。目前民猪的体长形成机理尚无报道。本研究依据二民和荷包猪两个类群的体长性状差异,进行了猪体长性状形成的分子机理研究和分析。本研究利用直接测序法,以民猪的两个群体二民和荷包猪为对象,对NR6A1、PLAG1和LCORL叁个基因上的部分基因序列进行测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinbery平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定叁个基因影响体长性状的主要单倍型,得到的结果和结论如下:1、共筛查到62个候选SNPs位点,其中17个为已公布的,45个为本研究新发现的。在已知17个候选SNPs位点中,有12个SNPs位点呈现显着性差异(P<0.05)。在45个新发现的SNPs位点,有32个呈现显着性差异(P<0.05)。2、PLAG1、NR6A1和LCORL基因分别有强连锁的单倍型形成,推测出在二民猪中影响生长性状的PLAG1基因有3个单倍型;NR6A1基因有1个单倍型;LCORL基因有2个单倍型。在荷包猪中影响生长性状的PLAG1基因有1个单倍型;NR6A1基因有1个单倍型;LCORL基因有2个单倍型。3、PLAG1基因由7个SNPs位点构建出两个LD Block,其中Block2长达120bp;NR6A1基因由11个SNPs位点构建出两个LD Block,其中Block1长达100bp;LCORL基因由5个SNPs位点构建出两个LD Block。4、对17个已知候选SNPs位点进行连锁不平衡分析,LCORL仅和PLAG1存在一定的连锁关系,与NR6A1几乎不存在连锁。对本研究中所测定出的43个符合哈迪-温伯格平衡的SNPs位点进行连锁不平衡分析,NR6A1与PLAG1存在着染色体间的协同效应,连锁程度较高,而LCORL基因则是单独起作用,与二者关联程度较低。表明候选基因中,LCORL不能与二者协同作用,而PLAG1与NR6A1可能协同起作用。综合以上实验结果推断:NR6A1、PLAG1和LCORL基因是民猪群体内生长性状调节中的功能基因,但对于所分析的SNPs差异显着位点在调控二民和荷包猪体长性状的具体作用机制尚需进一步研究分析。本研究对NR6A1、PLAG1和LCORL基因在猪体长性状的决定作用研究提供了深入的分子依据,为研究民猪群体内体型差异机制奠定了基础,为民猪资源的开发和应用提供理论依据。(本文来源于《东北农业大学》期刊2015-06-01）
李海涛[10]（2015）在《精神分裂症及糖尿病视网膜病变的连锁不平衡分析》一文中研究指出随着社会经济的发展,人民生活水平的提高也造成了疾病的复杂化。目前复杂疾病的发病率呈现出了上升的趋势,包括了心血管疾病、老年黄斑变性、糖尿病视网膜病变、精神分裂症等等。复杂疾病通常是由于基因组、生活环境以及一些未知因素的共同影响而造成的。目前,对于这类疾病的了解还较为缺乏,但也逐渐得到了越来越多的人的关注。本文将利用连锁不平衡分析的方法对精神分裂症及糖尿病视网膜病变与患者自身的基因之间的联系进行分析和研究。(本文来源于《糖尿病新世界》期刊2015年03期）
连锁不平衡分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:研究CYP3A4 rs4646440与rs2242480、CYP3A5 rs776746之间的连锁不平衡关系及其对肝组织中CYP3A4表达及活性的影响。方法:收集54例成人正常肝组织样本,PCR扩增后直接测序,对肝组织上述位点的基因多态性进行分析,并用qRT-PCR、高效液相色谱法检测22例样品中CYP3A4 mRNA表达及活性。结果与结论:rs4646440 T、rs2242480 A和rs776746 G等位基因频率分别为16. 7%、18. 5%和70. 4%;叁者之间存在较强的连锁不平衡,其中rs4646440与rs2242480的连锁关系强于与rs776746的连锁关系,而rs4646440与rs776746的连锁关系弱于rs2242480与rs776746。在正常肝组织中rs4646440基因多态性与CYP3A4 mRNA表达水平及活性无关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
连锁不平衡分析论文参考文献
[1].李毓,王海霞,胡云华,张向辉,郭恒.新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析[J].石河子大学学报(自然科学版).2019
[2].何悦洋,李江峰,聂亚莉,张弛,马亚楠.CYP3A4rs4646440与rs2242480及CYP3A5rs776746连锁不平衡分析及其对肝组织CYP3A4表达及活性的影响[J].郑州大学学报(医学版).2019
[3].王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青.深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析[C].中国输血协会第九届输血大会论文专辑.2018
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[10].李海涛.精神分裂症及糖尿病视网膜病变的连锁不平衡分析[J].糖尿病新世界.2015
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