导读:本文包含了侧翼序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:侧翼,序列,多态性,基因组,转基因,样品,基因。
侧翼序列论文文献综述
曹辉庆,黄诚梅,蒋胜理,罗海斌,邓智年[1]（2019）在《甘蔗SPSB基因5′侧翼序列的克隆及生物信息学分析》一文中研究指出蔗糖磷酸合成酶(SPS)是蔗糖合成途径的关键限速酶,对蔗糖的合成和碳水化合物的分配具有重要的调控作用。采用染色体步移法技术克隆获得了甘蔗SPSB基因5′端侧翼序列,并对其序列进行生物信息学分析。分离获得了4 399 bp的5′侧翼序列,该序列除具有启动子核心序列TATA-box和增强子元件CAAT-box等典型的真核生物启动子基本元件外,还含有多种光应答元件、激素响应元件,以及与缺氧、干旱、低温诱导有关的顺式作用元件和一些组织调控表达有关的顺式调控元件,表明ScSPSB启动子可能具有逆境应答、激素应答及组织特异表达特性,值得开展进一步的功能研究。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2019年15期）
黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强[2]（2019）在《四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征》一文中研究指出对于核苷酸替换对相邻位点依赖性及侧翼序列特征的研究有助于厘清不同物种之间的进化关系,可以作为基因编辑和基因修饰技术的基础。早期研究表明, CpG甲基化效应广泛存在于哺乳动物和细菌基因组中,而叶绿体某些基因中的颠换相邻位点表现出一定的碱基组成偏好。本研究将4种禾本科作物小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)和高粱(Sorghum bicolor)的叶绿体基因组序列分为两组比对,查找替换位点并统计侧翼序列各位点碱基组成。通过相对熵(KL散度)作图,发现小麦和水稻的叶绿体基因组中相邻序列的碱基组成受到替换的影响随着距离的增大而减小,而玉米和高粱叶绿体基因组缺少相应规律。对于相对熵较高的替换相邻位点,通过不同核苷酸相对熵贡献的研究,发现4种禾本科作物的叶绿体基因组均表现出CpG甲基化效应以及颠换相邻位点的特殊组成规律。本研究为相对熵在植物基因组分子进化领域的应用提供参考。(本文来源于《植物生理学报》期刊2019年07期）
孙溢华,邢佳鑫,宣金锋,姚军,夏皙[3]（2018）在《X-STR侧翼序列SNPs在特殊亲缘关系及混合样品鉴定中的意义》一文中研究指出目的通过STR侧翼序列单核苷酸多态性(SNPs)的筛选,构建解决特殊亲缘关系及二人混合样品的个人识别鉴定的新方法。方法筛选STR侧翼序列中的SNPs,对包含SNPs的片段进行扩增并测序获得其分型结果,设计序列特异性引物进行扩增并测序。结果获得该STR位点不同来源个体的分型结果。结论成功构建基于STR侧翼序列SNPs的二人混合样品的检测方法,并可应用于特殊的亲缘关系鉴定中。(本文来源于《中国医科大学学报》期刊2018年12期）
潘定国,李云峰[4]（2018）在《miR-155侧翼序列rs767649A/T多态性与结直肠癌的相关性分析》一文中研究指出[目的]分析miR-155侧翼序列rs767649A/T多态性与结直肠癌的相关性。[方法]收集154例结直肠癌和203名健康对照人群外周静脉血样本,TaqMan探针法分析rs767649A/T多态性。[结果] TT基因型显着增加了结直肠癌的发病风险(TT与AA相比:OR=2.11,95%CI:1.12～3.98,P=0.02;TT与AA/AT相比:OR=1.92,95%CI:1.09～3.38,P=0.02)。与A等位基因对比,T等位基因显着增加了结直肠癌的发病风险(OR=1.40,95%CI:1.04～1.90,P=0.03)。分层分析显示,rs767649A/T多态性与结直肠癌临床分期、分化程度和淋巴结转移等临床特征均无关。[结论]miR-155侧翼序列rs767649A/T多态性可能是结直肠癌发病的危险因素。(本文来源于《肿瘤学杂志》期刊2018年12期）
邢佳鑫[5]（2018）在《X-STR及侧翼序列SNPs的遗传多态性并在特殊亲缘关系及混合斑鉴定中的意义》一文中研究指出目的:在法医物证鉴定工作中,二人混合斑的个人识别与某些复杂亲缘关系鉴定(如母/子或女、父/女、祖母/孙女、同父姐/妹等)是亟待解决的难题。目前,二人混合样品的个人识别主要采用似然率法对混合样品的DNA分型图谱的统计学分析并考虑等位基因峰高或峰面积,又可以分为无限制组合的似然率法和限制组合的似然率法。这种方法受样品浓度和样品混合比例的影响比较大,另外还需要考虑结巴带、等位基因丢失和低拷贝数模板等对混合斑分型结果造成的影响,无法实现对混合样品中不同个体的同一认定的目的。建立针对不同个体分别进行DNA分型检验的方法将是根本解决混合样品个人识别问题的关键。在上述复杂亲缘关系鉴定中,当两份样品X-STR分型结果有超过50%以上等位基因相同时,不能排除同时也不能肯定亲缘关系。如能判断两份样品相同的等位基因是随机所致或是遗传获得,则会极大的提高排除或肯定亲缘关系的机率。X染色体在女性为双倍体,男性为单倍体。X-STR在个人识别特别是涉及X染色体遗传的某些复杂亲缘关系鉴定中具有重要意义。本研究拟选择包含DXS7423基因座上、下游约2000bp的DNA片段,对其进行核苷酸序列分析,检测SNPs位点及群体分布。探讨根据个体SNPs的差异,应用PCR-SSP技术,建立针对不同个体分别进行DNA分型的方法,以解决混合样品中不同个体的同一认定问题;在亲权关系鉴定中,根据X-STR基因座上、下游的SNPs位点的异同,能否在判断两份样品相同的XSTR等位基因是随机所致或是遗传获得方面成为依据,为某些复杂亲缘关系鉴定提供新的指标;调查辽宁地区满族人群十二个X-STR基因座的遗传多态性,为法医学的个人识别和亲子鉴定及群体遗传学研究提供基础数据。材料与方法:辽宁地区满族772例(男性514例,女性258例)健康无关个体血液样品,一个叁代四口家系(祖母、父亲、母亲、孙女)和一个叁代五口家系(祖母、父亲、母亲、两个异卵双生孙女),DNA标准品(9947A)和灭菌去离子水分别作为阳性对照和阴性对照。采用酚氯仿方法提取基因组DNA。扩增含有DXS7423基因座及上、下游约2000bp的DNA片段,通过测序获得其SNPs位点的分型结果并进行男女组间比较。分别计算SNPs位点的等位基因频率、单倍型频率、法医学参数等;两两比较SNPs位点差异及DXS7423基因座相同型别可能为随机所致或是遗传获得的机率;根据SNPs分型结果不同,应用PCR-SSP技术分别扩增混合样品中不同个体的DXS7423基因座。使用Investigator Argus X-12试剂盒调查了辽宁地区满族人群十二个X-STR基因座的遗传多态性,分别计算等位基因、单倍型频率和法医学参数。结果:在DXS7423基因座的上、下游约2000bp的DNA片段内检出四个SNPs位点rs762822、rs546652、rs17279108和rs529211,分布符合Hardy-Weinberg平衡,男性和女性中的分布无显着性差异,位基因频率分别为G0.3067/A0.6933、0.2333/G0.7667、A0.7867/T0.2133和C0.7400/G0.2600。四个位点的多态性较好,可以应用于法医学个人识别和亲子鉴定中。利用PCR-SSP方法可以将二男性混合样品根据SNP分型不同而进行区分,分离组分该位点试剂盒检测结果一致,表明该方法可能用于区分混合样品中的不同组分。根据SNPs的个体差别,经两两比较,有53.52%的可能性区分不同个体。推测根据此原理,可筛选到足够的X-STR,经复合扩增可能实现对混合样品不同个体的同一认定。家系检验结果比较显示,母/子或女、父/女、祖母/孙女、同父姐/妹对在相同STR等位基因侧翼序列均有相同的SNPs,支持此等位基因是由遗传获得的。将可能提供子代相同STR等位基因的无关女性和无关男性作为嫌疑母(或祖母)或嫌疑父,两两比较STR侧翼序列SNPs,有46.67%的可能性排除父女之间亲缘关系,有11.36%的可能性排除母(或祖母、姐妹)女之间亲缘关系。772例个体十二个X-STR基因座的多态性分布符合Hardy-Weinberg平衡,具有很高的个人识别能力及父权排除能力。结论:根据X-STR基因座侧翼序列的SNP位点的差别,应用PCR-SSP方法可以对已知嫌疑人的混合样品进行区分,获得个体的X-STR分型结果;在某些复杂亲缘关系鉴定中,相同等位基因的基因座侧翼序列的SNP位点可以为亲缘关系的排除与认定提供新的依据;十二个X-STR位点在中国辽宁满族群体中多态性较好,具有较高的法医学价值。(本文来源于《中国医科大学》期刊2018-10-01）
陈红运,黄峰,陈青,方志鹏,黄文胜[6]（2018）在《应用hiTAIL-PCR扩增转基因木瓜的侧翼序列》一文中研究指出品系特异性检测是实施转基因产品标识管理的技术保障,而获取转基因品系的侧翼序列是建立品系特异性检测方法的前提。本研究应用hi TAIL-PCR扩增两个抗病毒转基因木瓜品系的RB区侧翼序列。结果表明,海南木瓜样品为转基因木瓜品系18-2-4,送检木瓜样品为转基因木瓜品系16-0-1。与传统TAIL-PCR方法相比,hi TAIL-PCR扩增的非目标片段和小片段少,获得目标片段的成功率高,是快速扩增已知序列邻近的侧翼序列的好方法。(本文来源于《植物检疫》期刊2018年05期）
陈少威,吴程,苏月华,蔡斌斌,谢盼盼[7]（2018）在《苏云金芽胞杆菌aiiA的5'端侧翼序列的克隆与功能鉴定》一文中研究指出为了研究苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)N-酰基高丝氨酸内酯酶(N-acylhomoserine Lactonase,AiiA蛋白)表达调控机制,确定aiiA的启动子区域。本研究克隆了aiiA的5'端侧翼区(aP-1930--1),以gfp作为报告基因,分段克隆aiiA的5'侧翼区,鉴定启动子活性,并对aiiA启动子序列中的碱基对-150和-142之间的2个连续的TATA盒进行定点突变。结果显示,侧翼序列aP-295--101和aP-295--1可作为启动子,实现GFP在大肠杆菌中的异源表达,启动子序列aP-295--101比aP-295--1活性更强,aP-101--1序列不能启动GFP表达。定点突变pET28a-aP-295--101-gfp载体2个TATA盒显着降低GFP表达。表明-295--1bp为aiiA的启动子区,-429--296与-100--1序列是aiiA的负调控序列。-150--142 bp区域的2个TATA盒对aiiA的5'侧翼区域的启动子活性起关键的作用。(本文来源于《生物技术通报》期刊2018年11期）
邓雯文,龙梅,杨盛智,邹立扣[8]（2018）在《β-内酰胺酶耐药基因bla_(OKP)进化及其侧翼序列特征研究》一文中研究指出为研究β-内酰胺酶耐药基因bla_(OKP)进化及其侧翼序列情况,本文通过全基因组测序技术对肺炎克雷伯氏菌进行测定,分析了其中bla_(OKP)基因及其侧翼序列的特征,同时与不同亚型的bla_(SHV)侧翼序列进行了对比。研究发现,bla_(OKP)、bla_(SHV)基因进化差异明显,分为两个进化支,其中bla_(OKP)分为两个进化亚组(bla_(OKP-A)和bla_(OKP-B))。侧翼序列分析结果表明,bla_(OKP)基因的侧翼序列中无可移动遗传元件,与染色体介导的基因bla_(SHV)的侧翼序列结构相似,但存在差异,主要表现为bla_(OKP)基因的一侧与Kdp C相连,bla_(SHV)基因的一侧与RecF相连并具有ygbN-ygbM-ygbK结构。同时由质粒介导的bla_(SHV)基因的两侧存在多种可移动遗传元件。这些结构差异可能是导致bla_(OKP)耐药基因进化缓慢的原因之一。本研究通过对bla_(OKP)基因及其侧翼序列特征进行研究,研究发现bla_(OKP)基因及其侧翼序列结构保守是其相对bla_(SHV)基因进化速度缓慢的重要原因。(本文来源于《遗传》期刊2018年07期）
郭乐,郭兆将,康师,孙丹,周君雷[9]（2018）在《小菜蛾MAP4K4基因上游5′-侧翼序列克隆与结构分析》一文中研究指出本实验室前期研究表明,小菜蛾通过有丝分裂原激活的蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号途径上游转录激活的关键基因MAP4K4反式调控多个中肠受体基因的表达,从而介导其对苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)产生的Cry1Ac杀虫蛋白的高抗性。为进一步明确MAP4K4基因转录激活而过量表达的顺式调控机制,本文利用小菜蛾基因组数据库中MAP4K4基因序列信息,首先克隆了Bt Cry1Ac敏感小菜蛾种群MAP4K4基因上游5′-侧翼序列,得到了两种不同形式的5′-侧翼序列:MAP4K4-1和MAP4K4-2。随后,预测分析了其中的潜在功能顺式作用元件,同时发现其中核苷酸的转换会导致顺式作用元件的改变。本研究初步揭示了小菜蛾MAP4K4基因的5′-侧翼序列的遗传多样性,为后续明确MAP4K4的顺式调控机制奠定了基础。(本文来源于《植物保护》期刊2018年02期）
蔡勤安,尚丽霞,姜志磊,于志晶,马瑞[10]（2018）在《转HAL1基因大豆侧翼序列分析及特异性检测方法研究》一文中研究指出为方便HAL1转基因大豆的研究和检测,以转HAL1基因大豆T3代基因组DNA为模板,使用热不对称交错PCR(TAIL-PCR)方法分离其外源基因插入位点的侧翼序列,获得了插入片段DNA序列(T-DNA)的左翼序列和右翼序列。通过比对大豆基因组序列确定其整合位点,确定了HAL1基因的T-DNA在大豆基因组1号染色体非编码区49468395位点以单拷贝插入,转基因事件不影响大豆基因组功能基因的正常表达,而且在200 mmol·L~(-1)NaCl盐胁迫下转基因植株生长力明显强于对照材料。蛋白定量检测结果表明,在叶片中蛋白含量最高可达0.03 mg·g~(-1),在根茎花中也有表达,但是含量较低。根据整合位点处的左右侧翼序列设计两对特异性PCR检测引物,PCR检测结果显示只有转HAL1基因大豆阳性材料才能扩增出926和816 bp DNA片段。本研究建立的转HAL1基因大豆特异性定性检测方法,对转基因大豆的研究具有重要的意义,也为大豆转基因受体材料的管理与检测提供参考。(本文来源于《大豆科学》期刊2018年01期）
侧翼序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
对于核苷酸替换对相邻位点依赖性及侧翼序列特征的研究有助于厘清不同物种之间的进化关系,可以作为基因编辑和基因修饰技术的基础。早期研究表明, CpG甲基化效应广泛存在于哺乳动物和细菌基因组中,而叶绿体某些基因中的颠换相邻位点表现出一定的碱基组成偏好。本研究将4种禾本科作物小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)和高粱(Sorghum bicolor)的叶绿体基因组序列分为两组比对,查找替换位点并统计侧翼序列各位点碱基组成。通过相对熵(KL散度)作图,发现小麦和水稻的叶绿体基因组中相邻序列的碱基组成受到替换的影响随着距离的增大而减小,而玉米和高粱叶绿体基因组缺少相应规律。对于相对熵较高的替换相邻位点,通过不同核苷酸相对熵贡献的研究,发现4种禾本科作物的叶绿体基因组均表现出CpG甲基化效应以及颠换相邻位点的特殊组成规律。本研究为相对熵在植物基因组分子进化领域的应用提供参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
侧翼序列论文参考文献
[1].曹辉庆,黄诚梅,蒋胜理,罗海斌,邓智年.甘蔗SPSB基因5′侧翼序列的克隆及生物信息学分析[J].江苏农业科学.2019
[2].黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强.四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征[J].植物生理学报.2019
[3].孙溢华,邢佳鑫,宣金锋,姚军,夏皙.X-STR侧翼序列SNPs在特殊亲缘关系及混合样品鉴定中的意义[J].中国医科大学学报.2018
[4].潘定国,李云峰.miR-155侧翼序列rs767649A/T多态性与结直肠癌的相关性分析[J].肿瘤学杂志.2018
[5].邢佳鑫.X-STR及侧翼序列SNPs的遗传多态性并在特殊亲缘关系及混合斑鉴定中的意义[D].中国医科大学.2018
[6].陈红运,黄峰,陈青,方志鹏,黄文胜.应用hiTAIL-PCR扩增转基因木瓜的侧翼序列[J].植物检疫.2018
[7].陈少威,吴程,苏月华,蔡斌斌,谢盼盼.苏云金芽胞杆菌aiiA的5'端侧翼序列的克隆与功能鉴定[J].生物技术通报.2018
[8].邓雯文,龙梅,杨盛智,邹立扣.β-内酰胺酶耐药基因bla_(OKP)进化及其侧翼序列特征研究[J].遗传.2018
[9].郭乐,郭兆将,康师,孙丹,周君雷.小菜蛾MAP4K4基因上游5′-侧翼序列克隆与结构分析[J].植物保护.2018
[10].蔡勤安,尚丽霞,姜志磊,于志晶,马瑞.转HAL1基因大豆侧翼序列分析及特异性检测方法研究[J].大豆科学.2018
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