猪粪便中戊肝病毒实时荧光RT-PCR定性检测方法的建立及其分子流行病学特征

猪粪便中戊肝病毒实时荧光RT-PCR定性检测方法的建立及其分子流行病学特征

论文摘要

目的 建立以TaqMan探针为基础的戊肝病毒(HEV)实时荧光RT-PCR检测方法和构建系统发育树,对戊肝病毒进行基因分型,检测中国部分省市猪场的猪粪便样本HEV污染水平。方法 参照GenBank HEV基因型序列,针对HEV保守区设计引物和探针,优化反应体系,建立实时荧光RT-PCR和巢式RT-PCR检测体系。结果 建立的HEV实时荧光RT-PCR检测方法的灵敏度为19.9拷贝/μL,扩增效率92.9%~109.1%,与札如病毒(Sa)、诺如病毒(Nov)、甲肝病毒(HAV)均不发生交叉反应。荧光RT-PCR检测猪粪便样本342份,其中HEV阳性样本210份,阳性率61.4%,育肥前阳性率56.6%,育肥后阳性率66.9%,育肥前后样本阳性率差异具有统计学意义(χ2=24.8,P<0.05);经基因分型鉴定体系测定阳性毒株基因型均为HEV-4型,且存在4b、4d、4h三种基因亚型。结论 中国部分省市猪场中HEV感染普遍,基因型均为HEV-4型,各省市猪场感染率和基因亚型存在差异。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 样本来源
  •   1.2 仪器和试剂
  •   1.3 粪便样本的处理与RNA提取
  •   1.4 HEV实时荧光RT-PCR方法
  •     1.4.1 引物和探针
  •     1.4.2 反应体系
  •     1.4.3 反应条件
  •     1.4.4 对照体系
  •     1.4.5 判断标准
  •   1.5 特异性实验
  •   1.6 灵敏度实验
  •   1.7 普通巢式RT-PCR方法
  •     1.7.1 引物
  •       1.7.1.1 外循环
  •       1.7.1.2 内循环
  •     1.7.2 反应体系
  •     1.7.3 反应条件
  •     1.7.4 PCR产物的鉴定
  • 2 结果
  •   2.1 方法的特异性及灵敏度
  •   2.2 方法回收率
  •   2.3 猪粪便样本戊肝病毒的荧光RT-PCR检测
  •   2.4 猪粪便样本戊肝病毒的巢式RT-PCR检测
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 李延霞,江涛,李凤琴,彭子欣,王佳慧,李楠,张宏元,张立实

    关键词: 戊型肝炎病毒,实时荧光,巢式,猪粪便

    来源: 卫生研究 2019年04期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 四川大学华西公共卫生学院四川省食品安全监测与风险评估重点实验室,国家食品安全风险评估中心卫生部食品安全风险评估重点实验室

    基金: 国家重点研发计划(No.2018YFC1602703)

    分类号: S852.65

    DOI: 10.19813/j.cnki.weishengyanjiu.2019.04.028

    页码: 545-551+559

    总页数: 8

    文件大小: 262K

    下载量: 162

    相关论文文献

    • [1].影响RT-PCR实验结果的因素[J]. 中国畜禽种业 2019(04)
    • [2].猪萨佩罗病毒RT-PCR检测方法的建立与应用[J]. 畜牧与兽医 2018(07)
    • [3].鸭坦布苏病毒RT-PCR检测方法的建立及应用[J]. 中国兽药杂志 2018(11)
    • [4].札如病毒实时荧光RT-PCR的建立与应用[J]. 中国热带医学 2019(11)
    • [5].猪盖他病毒RT-PCR检测方法的建立及其应用[J]. 中国兽医学报 2019(02)
    • [6].辣椒三种病毒的多重RT-PCR同步检测[J]. 分子植物育种 2017(10)
    • [7].RT-PCR荧光探针技术检测中药辅助治疗犬瘟热临床疗效的研究[J]. 中国畜牧兽医文摘 2017(11)
    • [8].一例鸡新城疫病RT-PCR的诊断[J]. 家禽科学 2018(09)
    • [9].寨卡病毒检测方法的研究进展[J]. 医学研究生学报 2018(05)
    • [10].恩施地区烟草病毒病的电镜诊断与RT-PCR鉴定[J]. 湖北植保 2019(03)
    • [11].实时荧光RT-PCR和MDCK细胞培养法在流感监测中的应用[J]. 中国卫生检验杂志 2019(05)
    • [12].ELISA和RT-PCR联合检测手足口病患儿5种病毒结果比较[J]. 检验医学与临床 2019(13)
    • [13].一例猫传染性腹膜炎的诊断[J]. 黑龙江畜牧兽医 2018(08)
    • [14].rt-pcr法检测前哨淋巴结ck19在甲状腺癌治疗中的应用研究[J]. 牡丹江医学院学报 2012(06)
    • [15].洋葱黄矮病毒RT-PCR和ELISA检测方法的建立[J]. 植物保护学报 2019(02)
    • [16].荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR对手足口病检测结果的对比分析[J]. 世界最新医学信息文摘 2018(57)
    • [17].猪流行性腹泻病病毒RT-PCR分子诊断及部分S基因同源性分析[J]. 现代牧业 2019(01)
    • [18].2个山西地方猪种IFNA基因组织表达谱分析[J]. 当代畜牧 2019(08)
    • [19].一例蓝鹇H9N2亚型流感的诊断与分析[J]. 野生动物学报 2018(02)
    • [20].新疆阿克苏地区牛传染性鼻气管炎病毒与牛副流感病毒3型感染的检测[J]. 中国兽医杂志 2018(02)
    • [21].序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用[J]. 中国老年学杂志 2018(12)
    • [22].3株传染性法氏囊病病毒的分离与鉴定[J]. 山东农业科学 2018(11)
    • [23].2个山西地方猪种SLA-DRA基因多态性及组织表达谱分析[J]. 当代畜牧 2018(18)
    • [24].H1亚型猪流感病毒微滴数字RT-PCR定量检测方法的建立[J]. 中国动物检疫 2019(11)
    • [25].急性淋巴细胞性白血病患儿骨髓中NF-κB的表达及临床意义[J]. 中国现代医生 2018(18)
    • [26].RT-PCR和ELISA在检测小儿病毒性腹泻中的应用比较[J]. 中国中西医结合消化杂志 2019(08)
    • [27].羊草14-3-3基因的克隆及序列分析[J]. 西北农业学报 2018(02)
    • [28].鲈鱼病毒性神经坏死病的诊断与防治[J]. 中国动物检疫 2019(01)
    • [29].猪TGF-β1基因多态性及组织表达谱分析[J]. 河南农业 2017(29)
    • [30].2016年新疆尉犁县羊蓝舌病的诊断[J]. 草食家畜 2018(02)

    标签:;  ;  ;  ;  

    猪粪便中戊肝病毒实时荧光RT-PCR定性检测方法的建立及其分子流行病学特征
    下载Doc文档

    猜你喜欢