冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究

论文摘要

目的了解冈田绕眼果蝇（Amiota okadai, A. o）基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结合已获得的冈田绕眼果蝇RNA-seq数据对冈田绕眼果蝇基因进行结构优化、以预测其基因组全部基因并在公共数据库及专有数据库中进行注释。结果对冈田绕眼果蝇基因组进行注释及优化分析,共得到11 510个具有较高可信度的基因;在公共数据库中进行BLAST比对,98.53%的基因得到注释,其中NR数据库中注释的基因数目（占98.20%）较多,可富集到KEGG的基因数目（占43.15%）较少;通过KOG数据库分析功能基因,共得到4 967个功能基因。在3个专有数据库中（TCDB、CAZyme和PHI）中进行比对,分别注释获得了291、359和2 574个基因,其中PHI数据库中可注释的基因（2 574个）较多。结论初步揭示了冈田绕眼果蝇基因组序列特征和注释信息,共得到11 510个基因,为其基因组序列特征研究奠定了基础。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王莉君,马培玉,蔡娟,黄琳,王灵军,刘晖,曹建平,郑明辉

关键词: 冈田绕眼果蝇,基因组,序列分析,功能基因

来源: 中国病原生物学杂志 2019年08期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 遵义医科大学寄生虫学教研室,贵州省教育厅基因检测与治疗特色重点实验室,河南省焦作市公安局刑事科学技术研究所,中国疾病预防控制中心

基金: 国家自然科学基金项目(No.81560336,81760373),贵州省科技厅科技基金(黔科合基础[2016]1168),遵义医学院博士启动基金项目(No.F-795),卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室开放课题(No.WSBKFKT-201609)

分类号: R384.2

DOI: 10.13350/j.cjpb.190812

页码: 925-929+934

总页数: 6

文件大小: 1403K

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