导读:本文包含了全长序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,全长,文冠果,蛋白,生长素,分子,体细胞。
全长序列论文文献综述
钟艳平,邹红岩,全湛柔,邓志辉,洪文旭[1]（2020）在《一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析》一文中研究指出背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。(本文来源于《中国组织工程研究》期刊2020年01期）
李慧,王殿轩[2]（2019）在《印度谷螟PintGOBP2基因的全长序列克隆及其生物信息学分析》一文中研究指出印度谷螟Plodiainterpunctella(Hübner),是一种危害性较严重的仓储害虫,在我国广泛分布。在其感染寄主的过程中,气味结合蛋白(OBPs)对印度谷螟的行为反应有重要作用。通过转录组数据筛选、鉴定获得印度谷螟OBP基因序列,并命名为PintGOBP2,用DNAMAN对其进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并使用MEGA6.0构建系统发育进化树。结果表明:印度谷螟普通气味结合蛋白PintGOBP2的编码基因开放阅读框全长426 bp,编码141个氨基酸,预测分子量为15.48 kDa,等电点为4.39;N末端具有16个氨基酸残基组成的信号肽序列,并含有由6个半胱氨酸组成的保守片段,属于ClassicalOBPs亚家族基因。同源比对结果表明,PintGOBP2基因编码蛋白与其他鳞翅目昆虫GOBP蛋白具有较高的同源性。进化树分析结果表明,PintGOBP2基因与翅目昆虫GOBP超家族内相关基因的同源很高。研究结果为进一步分析印度谷螟PintGOBP2蛋白在其嗅觉信号传导过程中的生理功能提供了基础材料。(本文来源于《粮油食品科技》期刊2019年05期）
苗雨润,李明学,李娜,王文广,匡德宣[3]（2019）在《树鼩BACE1全长编码序列的克隆及分子特征分析》一文中研究指出目的获取树鼩β-淀粉样前体蛋白切割酶BACE1 (beta-site APP cleaving enzyme-1)的全长编码序列并进行分子特征分析,为开展AD疾病的机制研究提供依据。方法提取树鼩大脑及其他脏器组织总RNA,通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)实验得到的序列与中间序列进行拼接得到树鼩BACE1全长编码序列,使用DNAMAN、MEGA 10.0.5、PyMOL等生物信息学软件,对其序列和分子特征进行分析。结果树鼩BACE1除在脑组织表达外,在外周组织也有表达。树鼩BACE1核酸序列和蛋白质分子整体结构与人类高度相似,树鼩与人类的BACE1蛋白在膜内结构区均存在一个高度保守的DXXLL的ACDL分选内吞基序,两者具有相同的胞外域、跨膜域及胞内域,但树鼩BACE1蛋白质相比人少一个潜在的乙酰基化位点,并且在折迭结构上存在差异。结论本研究获得树鼩BACE1基因完整编码序列,其蛋白基本结构与人的基本相似,提示树鼩可能是作为研究AD病理改变或药物研究潜在的理想模型。(本文来源于《中国比较医学杂志》期刊2019年08期）
李明学,王文广,李娜,匡德宣,仝品芬[4]（2019）在《树鼩PSEN1全长编码序列的克隆及分子特征分析》一文中研究指出目的获取树鼩早老素蛋白-1(PSEN1)的全长编码序列并进行分子特征分析。方法以树鼩脑组织总RNA为材料,通过RT-PCR、RACE-PCR扩增和序列拼接获得PSEN1基因全长编码序列,进而通过DNAMAN、MEGA等生物信息学软件对其序列和分子特征进行分析。qRT-PCR和Western Blot进一步分析PSEN1在树鼩各个组织的表达模式。结果克隆鉴定了树鼩PSEN1基因,其cDNA的开放阅读框全长1128 bp,编码375个氨基酸。通过系统发育谱系树、氨基酸序列对比分析,发现树鼩PSEN1与小鼠、大鼠等相比更接近人类和非人灵长类动物。qRT-PCR和Western Blot的结果表明,树鼩PSEN1在脑组织的表达量明显高于其他脏器组织。结论通过克隆树鼩PSEN1基因序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。(本文来源于《中国实验动物学报》期刊2019年04期）
沈伟杰,缪晓翔,何渊,韩红宾,王宗灵[5]（2019）在《浒苔(Ulva prolifera)核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析》一文中研究指出核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulva prolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8 948 bp,其中18S rDNA 1 760 bp,28S rDNA 3 259 bp,ITS1 205 bp,5.8S rDNA 160 bp,ITS2 176 bp和IGS 3 388 bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18S rDNA和28S rDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。(本文来源于《海洋科学进展》期刊2019年03期）
刘威男[6]（2019）在《我国HIV-1 CRF01_AE和CRF07_BC重组病毒辅助受体利用基因预测及近全长序列分析》一文中研究指出研究背景大多数抗HIV药物是作用于细胞内抑制HIV复制,而CCR5拮抗剂是通过阻断gp120与CCR5结合,阻止HIV进入宿主细胞,成为抗HIV药物研发的新领域。CCR5拮抗剂对X4嗜性病毒感染的患者不起作用,该药用于临床之前需了解患者的辅助受体利用情况。确定辅助受体利用情况的方法分为基因型方法和表型方法。表型方法是利用重组病毒、假病毒或活病毒感染可表达CCR5或CXCR4的细胞系,来检测辅助受体利用情况,是公认的金标准,但存在操作要求高、成本昂贵、耗时长的缺点。基因型方法是主要利用V3区氨基酸或核苷酸序列进行预测辅助受体利用情况,目前常用的在线预测工具为WebPSSM和Geno2pheno。基因型方法具有成本低、耗时短、技术简单易标准化的优点,但大多数基因型方法是基于B亚型和C亚型的V3区序列构建的,对于CRF0I AE和CRF07 BC重组亚型预测是否可行有待于进一步研究。CRF01 AE、CRF07 BC、CRF08 BC和B亚型己成为我国HIV-1主要的流行亚型。近年来,在MSM人群中发现了众多CRF01 AE/CRF07 BC、CRF01 AE/B、CRF01 AE/CRF07 BC/B独特重组亚型,其中流行传播发展为流行重组亚型的有 CRF55 01B、CRF59 01B、CRF67 01B、CRF79 0107 和CRF80 0107等。及时发现新的重组病毒并分析其亲本毒株的来源,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。研究目的1.了解我国主要流行的CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用情况,探讨基因型预测工具对CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用的可行性。2.通过分析HIV-1近全长基因序列,探索新的独特重组亚型和流行重组亚型。研究方法从样本库中选取从北京、广西、四川的HIV-1感染者中分离的22株CRF01 AE和19株CRF07 BC重组病毒,提取病毒RNA,逆转录成cDNA,采用近末端稀释法扩增获得近全长基因序列,对近全长序列进行亚型和重组模式分析。利用活病毒分别感染表达不同辅助受体的GHOST细胞,以HIV-1SF33(X4/R5)双嗜性作为阳性对照,正常细胞作为阴性对照,培养48小时后收集细胞,用流式细胞仪分析GFP的表达来判断HIV-1辅助受体利用情况。利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和Geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较。研究结果第一部分1.经GHOST细胞系检测,22株CRF01 AE重组病毒中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体;19株CRF07 BC重组病毒均只利用CCR5辅助受体。2.一致性分析结果显示:对于CRF01 AE重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4%;geno2pheno 中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5%,86.4%,68.2%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4%,72.7%和45.5%。对于CRF07 BC重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为94.7%;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为94.7%,94.7%,100.0%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为 100.0%,94.7%和 100.0%。3.V3区氨基酸净电荷分析结果:对于CRF01 AE重组病毒,R5/X4嗜性病毒中V3区净电荷分布在5-7之间,R5嗜性病毒的净电荷分布在2-7之间,经秩和检验,P<0.01,差异有统计学意义,R5/X4嗜性病毒V3区净电荷高于R5嗜性病毒。对于CRF07 BC重组病毒,R5嗜性病毒的V3区净电荷分布在2-5之间。4.V3区顶端四肽结果:CRF01 AE重组病毒中,共有GPGQ(68.1%)、GPGR(22.7%)、GPGH(4.5%)、GLGR(4.5%)四种顶端四肽。CRF07 BC重组病毒中,仅有GPGQ(100%)一种顶端四肽。第二部分1.鉴定一株CCR5嗜性的新的CRF01 AE/CRF07 BC独特重组病毒GX2016EU10,该病毒来自广西一名24岁的男同性恋患者,长度为8938bp(相对于HXB2位置为631-9603),由叁个CRF01 AE片段和叁个CRF07 BC片段重组而成,5个重组断点位置相对HXB2分别为1245、3864、5849、7895、8995。2.GX2016EU10的CRF01 AE片段V与主要流行于我国北方的男男同性性行为人群中的CRF01_AE g4a簇聚集在一起,Bootstrap值为92%;CRF07 BC片段II、IV、VI与来自于贵州男男同性性行为人群的GZ070087聚集成簇,Bootstrap值分别为96%、97%、71%。结论1.CRF01 AE重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择Geno2pheno预测工具进行辅助受体利用情况预测。在仅有V3区核苷酸或氨基酸序列的情况下,可选择Geno2pheno中的NGS-sanger 模型;在结合临床指标(CD4计数,病毒载量等)的情况下,建议选择Geno2pheno中的G2p-clinical模型进行预测。2.CRF07 BC重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择WebPSSM对辅助受体利用情况进行预测。3.GX2016EU10的出现增加了广西HIV-1流行的复杂性,需要对HIV-1高危人群的病毒多样性进行动态监测,加强分子流行病学调查,及时发现URF和CRF在不同人群中的分布,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。(本文来源于《中国疾病预防控制中心》期刊2019-06-30）
张跃博,欧阳峰正,王立刚,侯欣华,刘欣[7]（2019）在《猪ADAR1基因cDNA全长克隆、序列信息及组织表达分析》一文中研究指出旨在克隆猪作用于RNA的腺苷脱氨酶1基因(ADAR1)cDNA全长序列,检测该基因在大白猪不同组织及不同日龄背膘中的表达情况。本研究利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)克隆大白猪ADAR1基因mRNA全长序列,并对其进行生物信息学分析;采用荧光定量PCR方法检测ADAR1在不同组织中的表达水平,并探究不同日龄背膘中ADAR1的表达规律。结果表明,猪ADAR1基因cDNA全长6 259 bp,编码1 145个氨基酸,与人、黑猩猩、猕猴、长臂猿、黄牛、山羊和绵羊的氨基酸序列一致性均不低于85%。该基因编码的蛋白具有2个Zα结合结构域,3个双链RNA结合结构域和1个脱氨酶结构域。ADAR1在心、肝、脾、肺、肾、脑、肌肉、小肠和背部脂肪组织以及7、60、120和180日龄个体背膘组织中均表达,其表达量总体上表现出随个体发育先下降后上升的趋势。综上所述,本研究成功克隆了猪ADAR1基因cDNA全长序列,发现其在猪体内广泛表达,并且在不同日龄猪背膘组织中表达水平存在差异,为今后深入研究ADAR1的功能奠定了理论基础。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年06期）
李昂[8]（2019）在《人参BBM基因全长cDNA克隆与序列分析》一文中研究指出人参是一种多年生草本植物,作为中草药在中国已有几百年的历史。人参的优良品种稀少,生长周期较长,育种过程较难,随着人参需求的加大,人参育种工作成为科学家们的研究重点。育种工作是人参繁殖的首要难题。体细胞胚发生(Somatic Embryo genesis)是体外诱导植株再生的重要手段体细胞胚发生可以不经性细胞融合,而在特定条件下诱导新个体的形成,已成为研究植物胚胎发育的重要途径。这种方法可以在较短时间内培育出更多的优良品种,人参体细胞胚发生的研究可以为人参育种困难等问题提供良好的解决方法。但离体培养的胚性细胞的分化需要诱导因子的作用及相关基因的表达,根据相关文献发现拟南芥或甘蓝型油菜BBM基因在烟草中的异源表达增强了烟草再生能力并诱导自发愈伤组织、根和芽的形成,由此推测BBM基因与人参体细胞胚发生可能有关。本文以人参种子为材料,设计该基因的兼并引物,通过RACE法成功克隆人参种子中的BBM基因。近年来,从植物中分离出大量的转录因子,AP2/EREBP家族是其中之一,其转录因子与植物的生长发育和应激反应密切相关。根据拟南芥中BBM基因在NCBI上搜索发现BBM基因属于AP2(APETALA2)亚家族的转录因子。BBM基因在体细胞胚发生中起到关键的调节作用。本研究利用RACE技术克隆了人参BBM基因的全长cDN A序列,并对该基因进行生物信息学分析。研究结果如下:1、从人参中克隆的BBM基因全长cDNA长度为2256bp,包含由2010个碱基所构成的开放阅读框(ORF),编码由669个氨基酸所组成的蛋白。2、BBM基因编码的蛋白的相对分子量为73.57 KDa,等电点(PI值)为6.02;该蛋白包含euANT2-euANT6、bbm-1等基序和两个AP2结构域(AP2-R1和AP2-R2),属于AP2亚族的转录因子。人参BBM基因与烟草、大豆、苜蓿的BBM基因亲缘关系较近。本研究中通过RACE方法成功地克隆人参BBM因基(PgBBM),并进行序列分析和蛋白功能的预测,这为利用BBM基因诱导人参体细胞胚以及进行相关研究奠定理论基础。(本文来源于《延边大学》期刊2019-05-21）
杨舟,吕可,吕珊,王俊杰,张荻[9]（2019）在《百子莲2个ARF基因与2个Aux/IAA基因的全长克隆与序列分析》一文中研究指出采用不同浓度外源生长素类调节物质毒莠定(PIC)对百子莲(Agapanthus praecox ssp. orientalis)进行继代培养,并对其胚性愈伤组织进行比较转录组学研究,获得了百子莲生长素信号转导途径中的2个ARF和2个Aux/IAA家族基因,推测其为体胚发生过程中生长素信号传导途径相关的重要调控因子。采用RACE技术获得Ap ARF1、Ap ARF2、Ap Aux/IAA2与Ap Aux/IAA3的c DNA全长,分别为2 343、2 888、1 034和821 bp,开放阅读框(ORF)长度分别为1 770、2 349、480和549 bp,分别编码589、782、159和182个氨基酸残基。生物学分析表明,Ap ARF1与Ap ARF2蛋白均具有ARF家族的典型结构,Ap Aux/IAA2蛋白结构域Ⅳ不完整,Ap Aux/IAA3结构域Ⅱ部分缺失,但仍具有Aux/IAA蛋白的典型功能。转基因实验表明,Ap Aux/IAA过表达植株表现出生长延缓及发育受阻的表型,Ap ARF过表达植株表现出生长促进、花期提前的表型,验证了百子莲Ap ARF和Ap Aux/IAA家族蛋白对植物生长发育的调控作用。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2019年01期）
张彤,艾俊含,李林妍,潘娜敏,孙晓彤[10]（2019）在《文冠果ABI3转录因子全长cDNA序列与生物信息学分析》一文中研究指出文冠果是我国北方特有的优良木本食用油料树种。ABI3是种子发育过程中重要的转录调控因子。根据文冠果转录组数据获得ABI3基因序列(XsABI3),并对XsABI3基因的cDNA进行生物信息学分析。结果表明,XsABI3基因cDNA序列含有一个长度为1 977 bp的完整ORF,可编码658个氨基酸。XsABI3转录因子中的氨基酸大部分表现亲水性,由200个α螺旋、39个延伸链、14个β-转角、405个无规则卷曲构成。通过5yzy.1.C同源建模法,得到1个叁级结构模型,该模型从第576个氨基酸开始到第650个氨基酸结束。XsABI3氨基酸序列与其他11种植物的ABI3氨基酸序列进行同源性比较表明,文冠果ABI3与甜橙的ABI3同源性最高(67%)。该研究结果将为研究文冠果种子生长发育及其油脂合成积累的调控机制提供新的理论基础,也为文冠果高油种质的分子育种工作提供重要参考。(本文来源于《现代农业科技》期刊2019年02期）
全长序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
印度谷螟Plodiainterpunctella(Hübner),是一种危害性较严重的仓储害虫,在我国广泛分布。在其感染寄主的过程中,气味结合蛋白(OBPs)对印度谷螟的行为反应有重要作用。通过转录组数据筛选、鉴定获得印度谷螟OBP基因序列,并命名为PintGOBP2,用DNAMAN对其进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并使用MEGA6.0构建系统发育进化树。结果表明:印度谷螟普通气味结合蛋白PintGOBP2的编码基因开放阅读框全长426 bp,编码141个氨基酸,预测分子量为15.48 kDa,等电点为4.39;N末端具有16个氨基酸残基组成的信号肽序列,并含有由6个半胱氨酸组成的保守片段,属于ClassicalOBPs亚家族基因。同源比对结果表明,PintGOBP2基因编码蛋白与其他鳞翅目昆虫GOBP蛋白具有较高的同源性。进化树分析结果表明,PintGOBP2基因与翅目昆虫GOBP超家族内相关基因的同源很高。研究结果为进一步分析印度谷螟PintGOBP2蛋白在其嗅觉信号传导过程中的生理功能提供了基础材料。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全长序列论文参考文献
[1].钟艳平,邹红岩,全湛柔,邓志辉,洪文旭.一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析[J].中国组织工程研究.2020
[2].李慧,王殿轩.印度谷螟PintGOBP2基因的全长序列克隆及其生物信息学分析[J].粮油食品科技.2019
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[10].张彤,艾俊含,李林妍,潘娜敏,孙晓彤.文冠果ABI3转录因子全长cDNA序列与生物信息学分析[J].现代农业科技.2019
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