新疆褐牛产奶和繁殖性状候选基因功能注释

新疆褐牛产奶和繁殖性状候选基因功能注释

论文摘要

基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个基因可在数据库中检索到相应功能注释信息。GO分类结果显示,这些基因涉及代谢、转录等30个GO条目;KEGG代谢通路富集分析结果显示,候选基因富集于7个通路中,其中基因数最多的是Wnt信号通路和钙黏素信号通路。通过查阅各候选基因相关研究进展和相关基因的生物学功能、生理生化分析,发现对产奶性状候选基因中的CDH2、GABRG2和繁殖性状候选基因中的EPRS基因可进行下一步的基因功能研究。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 GWAS筛选候选基因
  •   1.2 功能基因组信息学分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 候选基因的鉴定
  •   2.2 候选基因功能注释
  •     2.2.1 乳脂率候选基因
  •     2.2.2 乳脂量候选基因
  •     2.2.3 乳蛋白率候选基因
  •     2.2.4 乳蛋白量候选基因
  •     2.2.5 产奶量候选基因
  •     2.2.6 体细胞数候选基因
  •     2.2.7 初产日龄候选基因
  •     2.2.8 初配日龄候选基因
  •     2.2.9 妊娠长度候选基因
  •     2.2.10 产犊间隔候选基因
  •   2.3 候选基因的GO分类
  •   2.4 候选基因的KEGG pathway富集分析
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 卢鑫,周靖航,杨朝云,张梦华,叶连萌,李叔臻,黄锡霞,马云,王兴平,史远刚

    关键词: 新疆褐牛,全基因组关联分析,功能注释,产奶性状,繁殖性状

    来源: 浙江农业学报 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 畜牧与动物医学

    单位: 宁夏大学农学院,新疆农业大学动物科学学院

    基金: 现代农业(奶牛)产业技术体系(CARS-36)

    分类号: S823.3

    页码: 1987-1995

    总页数: 9

    文件大小: 788K

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