基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

论文摘要

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年（5～10岁）、老年（10岁以上）2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性（P> 0.05）。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数（P=0.0174）、Simpson指数（P=0.0258）、ACE指数（P=0.0121）与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高（P=0.0132）。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度升高（P=0.0013）,厚壁菌门（Firmicutes）、螺旋体门（Spirochaetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、粘胶球形菌门（Lentisphaerae）相对丰度降低（P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242）。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高（P=0.0001）,Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低（P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021）。在属水平,老年组unidentifiedPrevotellaceae相对丰度升高（P=0.0001）,乳杆菌属（Lactobacillus）、八迭球菌（Sarcina）、unidentifiedSpirochaetaceae相对丰度降低（P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028）。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性（P=0.003）。LEfSe分析,在成年组,链球菌属（Streptococcus）、布赫纳氏菌属（buchnera）、乳杆菌属（lactobacillus）是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 朱华,肖冲,尚海泉,郭亚茜,杜晓鹏,秦川

关键词: 肠道菌群,恒河猴,高通量测序,年龄

来源: 中国实验动物学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 卫健委人类疾病比较医学重点实验室,中国医学科学院医学实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心

基金: 医科院重大协同创新项目(2017-12M-2-005)~~

分类号: Q95-33

页码: 72-78

总页数: 7

文件大小: 376K

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