导读:本文包含了进化速率论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:速率,分子,核苷酸,脊椎动物,血红蛋白,真菌,氨基酸。
进化速率论文文献综述
胡景凯,金宣讲,李智贤,王潇,戴怡雪[1]（2018）在《2015-2017年广东省H7N9亚型流感病毒HA、NA基因分子进化速率分析》一文中研究指出引言2013年3月,我国华东地区首次发生H7N9亚型流感病毒感染人事件~([1]),截至2017年上半年,H7N9亚型流感病毒已经引发五波疫情。第五波疫情暴发时间早,扩散地理范围广,且出现突变毒株。为及时了解第四波疫情毒株与第五波疫情突变毒株的序列进化规律,本研究分别选取广东省第四波与第五波疫情H7N9亚型流感病毒序列,对其血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)基因进行分子进化速率分析。(本文来源于《中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集》期刊2018-11-21）
李可群[2]（2015）在《分子绝对进化速率与物种分歧时间之间的定量关系》一文中研究指出通过对美国国家生物技术信息中心数据库Gen Bank提供的一些蛋白质和核苷酸序列进行比对和分析,发现生物分子绝对进化速率k与进化时间或物种分歧时间t之间存在下列定量关系:lnk=-Ea/Rt+lnK0,式中Ea为位点突变活化能,k0为分子极限绝对进化速率,R为常数,并对其生物学意义进行了初步的探讨;数据分析还揭示出物种的分子极限绝对进化速率与进化时间或物种分歧时间之间也服从相似的定量公式,也就是说生物分子进化过程可能同时受到序列位点突变和控制物种分子极限绝对进化速率进化的两个"分子钟"作用,即存在"双重分子钟"现象。(本文来源于《生物学杂志》期刊2015年02期）
李可群[3]（2015）在《分子绝对进化速率计算公式的推导及应用方法》一文中研究指出提出了蛋白质分子绝对进化速率的计算公式,指出原有公式存在的问题,并给出了新公式的使用方法.(本文来源于《高师理科学刊》期刊2015年01期）
姜小倩[4]（2013）在《群体进化速率的影响因素及有性生殖的保持机制》一文中研究指出进化是群体遗传组成发生变化的过程。群体遗传学是研究生物群体的遗传结构和进化规律的学科。尽管长期以来，人们一直致力于对进化规律的研究，但是由于实验条件的限制和实验周期过长，进化中的很多基本问题仍然未能解决。随着近年来计算机技术的飞速发展，大规模计算机模拟方法的应用为探讨进化的基本规律提供了一条更有效的研究途径。本论文基于计算机模拟，研究了影响进化过程的一系列关键因素，研究内容由浅入深，从简单的无性群体到复杂的有性群体，主要对以下叁个科学问题做了研究。1,影响无性群体突变率大小的因素。突变是自然界中生物遗传变异的主要来源，为进化提供原材料。但是大多数对表型有影响的突变对生物体都是有害的，会被自然选择清除，因此生物的突变率大都很低。先前的理论工作已经对选择和突变率之间的关系做了很多研究，表明突变率高低与群体大小和突变效应密切相关。但前人的研究大都关注于群体内部的竞争，而未能在群体间竞争的层面上研究突变率的影响因素。本项工作使用计算机模拟的方法，设计了群体间竞争的实验方案用于研究影响突变率大小的因素。模拟结果表明群体能够进化出一个适应环境的最佳突变率，而突变率受群体大小和突变效应变化的影响最明显。具体来说，大群体能够进化出高突变率，突变率随着有利突变速率和突变效应的增大而增大，而受有害突变效应的影响不明显。当较大效应的有利突变存在时，群体能进化出很高的突变率，同时群体间竞争所需的时间大大缩减。本研究基于不同亚群体之间的竞争模式，阐明了有利突变是影响突变率进化的最重要因素。群体结构对模拟结果影响不大，同时也说明这项研究采用群体间竞争的模式是合理的。这些结论较好地解释了为什么大多数进行无性繁殖的微生物的突变率很低，而病毒为了应对复杂环境而形成很高的突变率这一现象。2，有害突变如何影响无性群体的进化速率。本项工作主要研究了在群体中存在有害和有利两种突变时，无性群体的进化动态，重点研究了有害突变如何影响有利突变的固定。研究结果表明，在“强选择弱突变（strong-selection weak-mutation，SSWM）”或者在“无性干涉（clonal interference，CI）”的情况下，有害突变对“被固定突变的选择系数的分布（selection coefficient of the fixed mutation, SCFM）”影响不大；但是在“多重突变”发生时，有害突变的累积能够明显降低被固定突变的适合度。因此，有害突变对进化的影响很大程度上取决于有利突变的多少及效应大小。此外，当有害突变有中等程度的突变效应时，群体的进化速率最慢。3,分离和重组如何影响二倍体有性生殖的进化。有性群体能够比无性群体产生更多样化的后代来应对自然选择的压力，这种机制是对有性生殖优势的一种主要解释。在二倍体中，有性生殖可以通过两个过程来实现基因的重新组合：同源染色体的分离和一对染色体内部的基因重组。最近对有性生殖所进行的理论研究主要集中于分析单倍体中基因重组的优势，但是对存在于有限二倍体中的分离作用的优势却研究很少。本项工作采用多重位点模拟，定量分析了有限的二倍体群体中分离和重组对有性生殖进化的相对影响。模型通过计算无性群体和有性群体经历上千代进化后各自的适合度值来比较二者在长期进化过程中的进化速率大小，同时通过考察有性生殖修正因子和重组修正因子的固定情况来研究有性生殖在短期进化过程中是否具有优势。这项研究考虑了两种不同的突变情况：1）只存在有害突变，2）有害突变和有利突变同时存在。由模拟实验的结果得到以下主要结论：分离和重组对二倍体中有性生殖方式的进化起到了重大的促进作用。如果只存在有害突变，分离可以有效地减缓穆勒氏齿轮的速率，而一定水平的重组则能够完全防止有害突变的累积，从而对有性生殖的进化起到了更多的促进作用。第二，有利突变的存在能够极大地提高重组修正因子的相对固定概率。此外，在有性生殖修正因子只引起有性生殖速率缓慢增长的情况下，有性生殖的优势很容易弥补其所付出的“二倍代价(twofold cost of sex)”。总之，本论文利用计算机模拟、数学建模结合统计分析等多种方法系统地阐明了影响突变率大小的各种因素，有害突变对长期进化速率的影响，以及分离和重组对有性生殖的相对影响，也为进化领域的其他相关问题提供了新的研究思路。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2013-03-01）
龙承星,张波,马绍宾[5]（2011）在《血红蛋白α链·γ链在脊椎动物不同进化阶段进化速率的计算》一文中研究指出利用进化速率较快且较恒定的血纤蛋白肽及假基因来确定类群分歧时间的方法,通过计算脊椎动物(包括鸟类和哺乳类)血红蛋白α链、γ链的进化速率得出,脊椎动物血红蛋白α链、γ链的进化速率并不是恒定的,而是在不同时期具有不同的进化速率;在进化早期进化速率较快,在进化晚期较慢。(本文来源于《安徽农业科学》期刊2011年05期）
常啸,曹兴军,李园园[6]（2010）在《表皮葡萄球菌RP62A和ATCC12228差异蛋白的进化速率分析》一文中研究指出表皮葡萄球菌作为一种主要的医院感染病原体越来越受到关注.其致病的主要因素在于致病株进化出了能在医疗器械表面生成生物膜的机制.为了研究表皮葡萄球菌的致病性,本文比较了致病株和非致病株之间蛋白质组表达的差异性,揭示了与生物膜形成相关的基因表现出差异表达的趋势.结合同源蛋白对进化速率的分析结果显示,表皮葡萄球菌的蛋白表达丰度和进化速率呈负相关的趋势.同源蛋白对进化速率的分析结果还显示,表皮葡萄球菌蛋白质组中一部分蛋白受到了较强的负选择压力,是微生物体中保守的部分;还有一部分受到的选择压力较小,对生物体应对外界环境做出遗传改变从而产生相应的表型有很大帮助.(本文来源于《科学通报》期刊2010年34期）
龙承星,张波,马绍宾[7]（2010）在《血红蛋白α链、β链在脊椎动物不同进化阶段进化速率的计算(英文)》一文中研究指出利用进化速率较快且较恒定的血纤蛋白肽及假基因来确定类群分歧时间的方法,通过计算脊椎动物(包括鸟类和哺乳类)血红蛋白α链、γ链的进化速率得出,脊椎动物血红蛋白α链、γ链的进化速率并不是恒定的,而是在不同时期具有不同的进化速率;在进化早期进化速率较快,进化晚期较慢。(本文来源于《Agricultural Science & Technology》期刊2010年Z1期）
王海英,郭守玉,黄满荣,LUMBSCH,H.Thorsten,魏江春[8]（2010）在《子囊菌较担子菌具有更快的进化速率和更高的物种多样性》一文中研究指出研究表明,在一些进化分支或有机体之间存在着核苷酸或氨基酸替代速率差异.越来越多的证据表明,种群内的中性分子突变与物种多样化相关.超过98%的陆生真菌属于子囊菌门和担子菌门,而且前者的物种多样性明显多于后者.获得了地衣型真菌红脐鳞的21种蛋白编码基因序列,并应用这些及GenBank中的相关序列进行了随后的分析.建立了3组矩阵:(1)13种真菌,包括105种蛋白编码基因;(2)9种真菌,包括21种蛋白编码基因;(3)299种真菌的nuLSU rDNA序列.应用这些数据,检测了子囊菌门与担子菌门以及子囊菌内部主要纲之间的基因替代速率.蛋白质数据和nuLSU rDNA数据分析显示,子囊菌的基因替代速率显着快于担子菌;而且在子囊菌内部,物种丰富的粪壳菌纲进化速率最快,物种数量较少的锤舌菌纲进化最慢.结果提示,子囊菌的快速进化不是得益于互惠共生、生态条件、无性繁殖、代谢速率或者短世代时间,而可能是由奠基者效应引起的.这是物种数量与进化速率相关的又一证据,与奠基者效应是导致物种丰富的分支进化速率较快的主要原因的假说相吻合.(本文来源于《中国科学:生命科学》期刊2010年08期）
王海英,郭守玉,黄满荣,Lumbsch,H.Thorsten,魏江春[9]（2010）在《子囊菌较担子菌具有更快的进化速率和更高的物种多样性》一文中研究指出有许多研究表明在一些进化分支或有机体之间存在着核苷酸或氨基酸替代速率差异。越来越多的证据表明种群内的中性分子突变与物种多样化相关。超过98%的陆生真菌属于子囊菌门和担子菌门,而且前者的物种多样性明显多于后者。我们获得了地衣型真菌红脐鳞的21种蛋白质编码基因序列,并应用这些及GenBank中的相关序列进行了随后的分析。我们建立了叁组矩阵:a)13种真菌,包括105种蛋白质编码基因;b)9种真菌,包括21种蛋白质编码基因;c)299种真菌的nu LSU rDNA序列。应用这些数据,我们检测了子囊菌门与担子菌门以及子囊菌内部主要纲之间的基因替代速率。蛋白质数据和nu LSUrDNA数据分析都显示子囊菌的基因替代速率显着快于担子菌;而且在子囊菌内部,物种丰富的粪壳菌纲进化速率最快,物种数量较少的锤舌菌纲进化最慢。这些结果意味着子囊菌的快速进化不是得益于互惠共生、生态条件、无性繁殖、代谢速率或者短世代时间,而可能是由奠基者效应引起的。这是物种数量与进化速率相关的又一证据,与奠基者效应是导致物种丰富的分支进化速率较快的主要原因的假说相吻合。(本文来源于《2010年中国菌物学会学术年会论文摘要集》期刊2010-08-14）
宋玉梅[10]（2010）在《人类基因组编码蛋白基因的进化速率的研究》一文中研究指出越来越多哺乳动物基因组测序的完成,使得研究人类基因组的进化得以实现。基因进化是生物进化的基础,通过比较人类和其它哺乳动物的基因组序列,研究基因核苷酸替代的规律,可以进一步探究生物进化的起因。本文运用生物信息学和比较基因组学方法,对灵长类(人类、黑猩猩)与哺乳类(小鼠、狗)的基因组序列进行比对,详细地分析了它们的同源基因,并探究人类不同染色体间的进化趋势,同时本文也研究了影响人类基因组进化的一些潜在动力,并对人类的一类特殊基因(组织特异性基因)的进化速率和转座元件之间的相关性做了分析。结果表明:1)人类和黑猩猩染色体间的同义替代速率值存在显着的差异,它们染色体间的同义替代是非平行累积的。同时不同系谱基因的同义和非同义替代速率是相似的,表明这些物种的相关基因经历了相似的进化压力。2)局部染色质环境(GC含量、基因密度)和染色体重组速率对人类染色体碱基替代的累积有显着的影响,而位于编码蛋白基因内含子区域的microRNA基因对宿主基因进化也有显着的影响。3)不同类别的人类组织特异性基因具有不同的进化速率(dN/dS),表明它们经历了不同的进化选择压力。4)转座元件对人类组织特异性基因的功能分化有显着的影响。外显子和内含子区域的转座元件密度和dN/dS值间有显着的相关性,同时外显子和它侧翼的内含子间存在共进化关系。本文的结果为进一步研究人类染色体的进化和分歧提供了重要的线索和启示。(本文来源于《中国科学技术大学》期刊2010-05-20）
进化速率论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
通过对美国国家生物技术信息中心数据库Gen Bank提供的一些蛋白质和核苷酸序列进行比对和分析,发现生物分子绝对进化速率k与进化时间或物种分歧时间t之间存在下列定量关系:lnk=-Ea/Rt+lnK0,式中Ea为位点突变活化能,k0为分子极限绝对进化速率,R为常数,并对其生物学意义进行了初步的探讨;数据分析还揭示出物种的分子极限绝对进化速率与进化时间或物种分歧时间之间也服从相似的定量公式,也就是说生物分子进化过程可能同时受到序列位点突变和控制物种分子极限绝对进化速率进化的两个"分子钟"作用,即存在"双重分子钟"现象。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
进化速率论文参考文献
[1].胡景凯,金宣讲,李智贤,王潇,戴怡雪.2015-2017年广东省H7N9亚型流感病毒HA、NA基因分子进化速率分析[C].中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集.2018
[2].李可群.分子绝对进化速率与物种分歧时间之间的定量关系[J].生物学杂志.2015
[3].李可群.分子绝对进化速率计算公式的推导及应用方法[J].高师理科学刊.2015
[4].姜小倩.群体进化速率的影响因素及有性生殖的保持机制[D].西北农林科技大学.2013
[5].龙承星,张波,马绍宾.血红蛋白α链·γ链在脊椎动物不同进化阶段进化速率的计算[J].安徽农业科学.2011
[6].常啸,曹兴军,李园园.表皮葡萄球菌RP62A和ATCC12228差异蛋白的进化速率分析[J].科学通报.2010
[7].龙承星,张波,马绍宾.血红蛋白α链、β链在脊椎动物不同进化阶段进化速率的计算(英文)[J].AgriculturalScience&Technology.2010
[8].王海英,郭守玉,黄满荣,LUMBSCH,H.Thorsten,魏江春.子囊菌较担子菌具有更快的进化速率和更高的物种多样性[J].中国科学:生命科学.2010
[9].王海英,郭守玉,黄满荣,Lumbsch,H.Thorsten,魏江春.子囊菌较担子菌具有更快的进化速率和更高的物种多样性[C].2010年中国菌物学会学术年会论文摘要集.2010
[10].宋玉梅.人类基因组编码蛋白基因的进化速率的研究[D].中国科学技术大学.2010
论文知识图
