系统发生树分析论文-章祎胤,徐福意,戚礼兴,李凯,周宇荀

导读:本文包含了系统发生树分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:贝叶斯一致性分析法,系统发生树,小鼠基因组

系统发生树分析论文文献综述

章祎胤,徐福意,戚礼兴,李凯,周宇荀^[1]（2015）在《贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用》一文中研究指出构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计。采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析,输入相应的一组序列文件,用若干生物信息学软件(如VCFtools,Repeat Masker,PAUP*4.0,Mr Model Test,Mr Bayes等)对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理,辅以Perl语言脚本,最终得到全基因组范围不同区段系统发生树不一致信息。在小鼠10号染色体的所有99个基因座中,支持129S1和129Sv品系小鼠为姐妹关系的拓扑结构占了84.7%(后验概率最高),这证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小。结果表明,贝叶斯一致性分析法有助于基因组不同区段进化历史的研究。(本文来源于《动物学杂志》期刊2015年03期）

李哲,周密,李凡^[2]（2007）在《柯萨奇B3病毒VP1基因序列及系统发生树分析》一文中研究指出目的研究柯萨奇B组3型病毒MKP株结构蛋白VP1基因序列及变异性。方法在Hela细胞中增殖病毒,应用RT-PCR扩增目的基因片段,与pMD18-T载体连接,鉴定后测序,进行序列同源性及系统发生分析。结果CVB3/MKP株VP1基因含930个碱基,编码310个氨基酸,与其他参考株比,核苷酸同源性在82.50%以上,氨基酸同源性在95.47%以上,CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株聚簇。结论CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株在进化上属同一分支。CVB3/MKP株与CVB3/P株在系统发生树中的距离最近。(本文来源于《中国老年学杂志》期刊2007年03期）

刘明宇,孟庆文,吴东来,孟繁超^[3]（2005）在《柯萨奇B组3型病毒中国分离株VP4、3D基因序列及系统发生树分析》一文中研究指出目的研究柯萨奇B组3型病毒(CVB3)中国分离株结构蛋白VP4、非结构蛋白3D基因序列及变异性。方法在HeLa细胞中增殖病毒,用RT-PCR扩增目的基因片段,与pMD18-T载体连接,PCR初步鉴定后测序,进行序列同源性及系统发生分析。结果CVB3中国分离株VP4基因含207个碱基,编码69个氨基酸,与Nancy株氨基酸同源性为97.10%;3D基因含1386个碱基,编码462个氨基酸,与Nancy株氨基酸同源性为97.62%。在系统发生中,CVB3中国株VP4基因、3D基因均与Nancy株聚簇。结论CVB3中国分离株VP4和3D基因长度与Nancy株一致,进化上属同一分支。(本文来源于《中华微生物学和免疫学杂志》期刊2005年10期）

丁晓华,杨占秋,肖红,陈晓湘,徐芳玲^[4]（2003）在《汉滩病毒M片段的核苷酸序列变异和系统发生树分析》一文中研究指出The total RNA was extracted from two clinical blood samples of HFRS patients and the RNA was amplified by RT-PCRThe amplified DNA fragment of sample 613 involved nucleotides 1,471-1,873,and the sample 226 involved 540-1,244 nucleotides of M fragment of Hantaan virusThen the amplified PCR products were sequenced directlyThe sequencing results demonstrated that there was 84% identity between sample 613 and HV114 virus strain,but was 99% between sample 613 and HTN76-118 strainHowever,in sample 226,there was 95% sequence identity with HV114,82% with HTN76-118The results of phylogenetic tree analysis showed that HV613 was located in the same linage with HTN76-118,the HV226 was in the same linage with HV114 and A9 strains(本文来源于《病毒学报》期刊2003年02期）

赵卫,胡志君,杨敬,杨佩英,秦鄂德^[5]（2000）在《我国叁株登革2型病毒基因组全序列的测定及系统发生树分析》一文中研究指出目的 :测定我国 3株登革 2型病毒 (dengue 2virus ,DEN2 )流行株的全序列并确定其基因型。方法 :运用RT PCR和 5′ ,3′RACE法测定我国 3株登革病毒的全序列 ,采用邻结法绘制系统发生树。结果 :DEN2 0 4、4 3、4 4株的核苷酸及氨基酸差异分布于整个序列之中 ,DEN2 0 4与DEN2 4 3、4 4共有 2 1个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化。DEN2 0 4株与JAM株、越南分离株和泰国分离株同为Ⅲ基因型 ,DEN 2 4 3、4 4株与台湾、菲律宾和新几内亚株分在Ⅱ基因型。结论 :我国不同地区存在同一基因型的DEN2传播 ,同一地区存在不同基因型的DEN2传播。(本文来源于《军事医学科学院院刊》期刊2000年03期）

系统发生树分析论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

目的研究柯萨奇B组3型病毒MKP株结构蛋白VP1基因序列及变异性。方法在Hela细胞中增殖病毒,应用RT-PCR扩增目的基因片段,与pMD18-T载体连接,鉴定后测序,进行序列同源性及系统发生分析。结果CVB3/MKP株VP1基因含930个碱基,编码310个氨基酸,与其他参考株比,核苷酸同源性在82.50%以上,氨基酸同源性在95.47%以上,CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株聚簇。结论CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株在进化上属同一分支。CVB3/MKP株与CVB3/P株在系统发生树中的距离最近。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

系统发生树分析论文参考文献

[1].章祎胤,徐福意,戚礼兴,李凯,周宇荀.贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用[J].动物学杂志.2015

[2].李哲,周密,李凡.柯萨奇B3病毒VP1基因序列及系统发生树分析[J].中国老年学杂志.2007

[3].刘明宇,孟庆文,吴东来,孟繁超.柯萨奇B组3型病毒中国分离株VP4、3D基因序列及系统发生树分析[J].中华微生物学和免疫学杂志.2005

[4].丁晓华,杨占秋,肖红,陈晓湘,徐芳玲.汉滩病毒M片段的核苷酸序列变异和系统发生树分析[J].病毒学报.2003

[5].赵卫,胡志君,杨敬,杨佩英,秦鄂德.我国叁株登革2型病毒基因组全序列的测定及系统发生树分析[J].军事医学科学院院刊.2000

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