导读:本文包含了密码子使用偏性论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:密码子,叶绿体,基因组,基因,月季,最优,含量。
密码子使用偏性论文文献综述
胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉[1]（2019）在《酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析》一文中研究指出通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(N_(ec))为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(N_(ec)-plot绘图分析)结果表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用保守性较高,选择压力对密码子使用的影响较大;最优密码子分析确定UUU、GUA、UCA、ACA、AAU、AGA、GGG等7个密码子为最优密码子;奇偶偏差分析表明,密码子第3位碱基的使用存在偏好性,嘌呤的使用比嘧啶更频繁;基于同义密码子相对使用度的对应性分析表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中GC含量影响最大,其他因素也有一定影响。酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中,来自外界的选择压力起主要作用,核苷酸组成和其他因素也发挥一定的作用。(本文来源于《森林与环境学报》期刊2019年06期）
王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞[2]（2019）在《沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析》一文中研究指出该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年09期）
殷茵,闫艳新,张灿,任慧英,刘文华[3]（2019）在《1株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子使用偏性分析》一文中研究指出为了解临床分离的1株3型鸭甲肝病毒的结构蛋白VP1和VP3基因的密码子使用特性,本文对该毒株的VP1和VP3基因与从NCBI下载的同源性较高的3型鸭甲肝病毒进行了密码子偏性分析。结果表明,该毒株的VP1和VP3与所比对的5株3型鸭甲肝病毒VP1和VP3基因密码子使用模式基本一致,分别确定了12种和13种高频密码子,且偏爱以A或U结尾。通过6株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子偏性比较和聚类分析发现,其中4株分类地位相近。(本文来源于《青岛农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
吴妙丽,陈世品,陈辉[4]（2019）在《竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析》一文中研究指出以3种竹亚科植物的叶绿体基因组编码基因为研究对象,分析基因的密码子偏性形成的主要因素。结果显示:3种竹子具有相似的密码子使用模式,均偏爱以A或T结尾的密码子。奇偶偏好性分析进一步证实密码子第3位T的出现频率高于A。通过中性分析发现,GC12与GC3并无显着相关性。奇偶偏好分析表明,4种碱基不成比例分布在密码子第3位上(CT>AG),说明选择压力可能起到重要作用。基于同义密码子的相对使用度(RSCU)的对应分析中,第1主向量轴仅解释了约10%的变异; 3种竹子的轴2一致地与CAI呈显着负相关(P<0.05);轴4与ENC、GC3呈极显着相关(P<0.05)。综合以上结果,竹亚科叶绿体基因密码子的使用偏性是由自然选择和碱基组成共同作用形成,选择压力起主要作用。(本文来源于《森林与环境学报》期刊2019年01期）
石元豹,汪贵斌,杨晓明,曹福亮[5]（2019）在《银杏WRKY家族基因密码子使用偏向性分析》一文中研究指出本研究以银杏基因组数据为基础,利用HMMER软件对银杏WRKY家族进行预测,用保守域分析软件进行确认,再以密码子分析的序列筛选原则对序列进行筛选,共计筛选出34条基因编码序列作为研究对象,对其密码子使用偏向性进行分析。结果显示,银杏WRKY家族基因密码子GC含量范围在40.51%～52.07%,平均含量为45.60%,GC3平均含量为41.75%,说明该家族偏向使用以A或U结尾的密码子;ENC值在49.58～60.45之间,说明其密码子偏向性较弱;相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个,其中以A和U为结尾20个;中性绘图分析和ENC-plot曲线分析显示银杏WRKY家族基因GC3与GC12相关性并不显着,并且大部分基因ENC值偏离了理论值。综合分析发现突变和选择压力等诸多因素共同决定着银杏WRKY家族基因的密码子偏向性。银杏WRKY家族基因的最优密码子的确定是结合了高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法,并最终确定出UUA、UUG、CCU等7个密码子为银杏WRKY家族基因的最优密码子。研究结果为银杏WRKY家族基因的密码子优化及其转基因研究中载体的选择提供理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年05期）
牛元,徐琼,王嵛德,代立兰,庄健[6]（2018）在《大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析》一文中研究指出以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显着相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱。3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35%,第1轴与CAI、CBI呈负显着相关。4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁。5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾。综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。(本文来源于《西北林学院学报》期刊2018年03期）
冯瑞云,闫建俊,侯雅静,雷梦林,郝雅萍[7]（2018）在《籽粒苋PEPC基因密码子使用偏性特征分析》一文中研究指出磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶是(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)是C_4光合途径的关键酶之一。为了解籽粒苋PEPC基因密码子的使用特性,运用CHIP、CUSP、CodonW和SPSS软件分析籽粒苋PEPC基因密码子的偏好性,并分别与其他24种物种PEPC以及模式生物基因组进行比较。结果显示,籽粒苋PEPC基因偏好使用A/T结尾的密码子,26种偏好密码子(RSCU>1)中偏好性较强的有GCT、CTC和GTG (RSCU较强)。与其他物种同源基因相比,密码子选择偏性存在差异。进化树分析表明,基于PEPC基因编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系;密码子使用频率比较结果发现,酵母真核表达系统更适用于籽粒苋PEPC基因异源表达实验,而籽粒苋PEPC基因与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小,尤其番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。本研究为籽粒苋PEPC基因在作物高光效基因工程中选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供了前期的研究基础。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年20期）
孙继峰,韩太利,徐立功,宋银行,杨晓东[8]（2018）在《萝卜ICE1密码子使用偏性分析》一文中研究指出为了解萝卜ICE1密码子的使用特性,运用CUSP和Codon W软件程序分析萝卜ICE1密码子的使用偏好性,并与芜菁等10种植物ICE1、萝卜基因组样本及拟南芥等基因组密码子偏性进行比较。结果表明,萝卜ICE1密码子偏好以A/T结尾;根据RSCU值,确定萝卜ICE1高频密码子有12个;与萝卜基因组密码子相比,19个密码子的偏好性相同;与其他物种同源基因相比,密码子选择偏性存在差异;聚类分析中,基于ICE1编码序列的聚类结果比密码子使用偏性分析更能准确地反映物种间的亲缘关系;与其他物种基因组密码子使用频率比较发现,同科物种(拟南芥、甘蓝)差异较小,与水稻差异较大,预示着萝卜ICE1在异源表达时尚需进行适当的改造和优化。萝卜ICE1密码子偏性分析为萝卜ICE1的异源表达及分子遗传研究提供了一定的理论依据。(本文来源于《核农学报》期刊2018年03期）
牛元,徐琼,王嵛德,代立兰,庄健[9]（2017）在《大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析》一文中研究指出大花香水月季(Rosa odorata var.gigantea)属蔷薇科蔷薇属的落叶灌木,也称巨花蔷薇,为所有蔷薇属野生种中开花最大者,具有芳香、大花、耐低温等优良园艺性状,为香水月季原始亲本类型之一,是培育蔷薇科大花品种的重要种质资源。本文通过分析大花香水月季基因组密码子使用偏性,探讨影响密码子偏性形成的主要因素,了解密码子用法,为之后对外源基因进行改造,提高以大花香水月季为目的宿主的外源基因的表达效率提供参考。以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件进行统计分析,对该基因组的密码子使用与基因的表达高低、CDS区的碱基组成作了系统分析,结合相对同义密码子使用度、中性绘图、ENC绘图、对应性分析及PR2-plot等方法分析该基因组密码子的使用偏性。并且通过对高频密码子及高表达密码子的分析,鉴定大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子。结果表明:大花香水月季叶绿体基因组序列来源于NCBI数据库,GenBank登录号为KF753637.1。序列全长为156 634 bp,其GC含量约为37.22%,其中GC_3含量为29.46%,明显低于GC_1(26.26%)和GC_2(39.97%),即第3位密码子富含A和T。根据其注释信息可知该叶绿体基因组共包含88条基因编码序列,占全长的50.92%,剔除其中30条长度小于300 bp及非3整数倍的序列和4条重复基因序列,剩余54条序列用于本研究各项分析。相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有30个,其中除TTG外,其余29个密码子均以A或T结尾。中性绘图分析显示GCl2与GC3的相关系数为0.141,相关性不显着,回归系数为0.1961,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。ENC绘图分析显示,基因组中仅少量基因沿期望值曲线分布或落在期望值曲线附近,偏性较弱,而多数基因则分布于期望值曲线的下方,偏性较强。基于RSCU的对应性分析表明,第一轴能够解释基因总变异的10.35%,第一轴与CAI、CBI呈负显着相关,说明CAI与CBI对大花香水月季叶绿体密码子的偏性有较大影响,其他因素对其偏性也有一定影响,其使用偏性形成过程较为复杂。PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁,即T的使用频率高于A,C的使用频率高于G。综合以上几项分析发现,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。最终结合高频密码子和高表达优越密码子,将同时确定为两者的密码子定义为大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子,即TTT、CTT、TCA、ACA、TAT、TAA、CAT、AAT、GAT、TGT、CGA、AGT和GCA等13个,并且均以A或T结尾,其中8个以T结尾,5个以A结尾。(本文来源于《中国园艺学会2017年论文摘要集》期刊2017-10-19）
李丽莎,李祥龙[10]（2016）在《哺乳动物TRPM1密码子使用偏性及其聚类分析》一文中研究指出瞬时受体势M亚基1(Transient receptor potential melastatin 1,TRPM1)是一种非选择性离子通道,主要通透Ca2+等二价金属阳离子。利用Codon W软件对15种哺乳动物TRPM1基因序列进行分析,比较了同义密码子相对使用度形成的聚类和编码区形成的系统发育树。结果表明,哺乳动物TRPM1基因对GCC、CAC、ATC、CTG、AAC、CCC、CAG、TCC、GTG和TAC密码子的使用存在偏好性,但终止密码子的使用不存在种属差异。密码子偏爱指数、有效密码子数、GC含量和密码子第叁位的GC含量均能影响哺乳动物TRPM1基因所用密码子。两种聚类结果显示,由编码区形成的系统发育树能更准确反映物种间的亲缘关系。(本文来源于《湖北农业科学》期刊2016年20期）
密码子使用偏性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
密码子使用偏性论文参考文献
[1].胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉.酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J].森林与环境学报.2019
[2].王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞.沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析[J].西北植物学报.2019
[3].殷茵,闫艳新,张灿,任慧英,刘文华.1株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子使用偏性分析[J].青岛农业大学学报(自然科学版).2019
[4].吴妙丽,陈世品,陈辉.竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析[J].森林与环境学报.2019
[5].石元豹,汪贵斌,杨晓明,曹福亮.银杏WRKY家族基因密码子使用偏向性分析[J].分子植物育种.2019
[6].牛元,徐琼,王嵛德,代立兰,庄健.大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J].西北林学院学报.2018
[7].冯瑞云,闫建俊,侯雅静,雷梦林,郝雅萍.籽粒苋PEPC基因密码子使用偏性特征分析[J].分子植物育种.2018
[8].孙继峰,韩太利,徐立功,宋银行,杨晓东.萝卜ICE1密码子使用偏性分析[J].核农学报.2018
[9].牛元,徐琼,王嵛德,代立兰,庄健.大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析[C].中国园艺学会2017年论文摘要集.2017
[10].李丽莎,李祥龙.哺乳动物TRPM1密码子使用偏性及其聚类分析[J].湖北农业科学.2016
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