导读:本文包含了簇基因论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,同系物,家蚕,猪链球菌,多态性,脂蛋白,表面抗原。
簇基因论文文献综述
吴燕华[1]（2015）在《代谢综合征环境因素与APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇基因多态性的交互作用研究》一文中研究指出代谢综合征是由机体脂肪、蛋白质及碳水化合物等代谢异常聚集而成的复杂的代谢紊乱症候群,包括中心性肥胖、血脂代谢异常、血压异常升高及血糖异常升高。代谢综合征的发生与遗传因素、生活方式、饮食习惯等密切相关。患有代谢综合征的人群,有更高的风险罹患2型糖尿病、心血管疾病、癌症、痛风、非酒精性脂肪肝、多囊卵巢综合征、睡眠呼吸暂停综合征和痴呆等疾病。目的：了解吉林省成人代谢综合征的患病率及分布特征,分析影响代谢综合征患病的环境危险因素；探讨APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇基因多态性与代谢综合征的关联；分析环境危险因素和APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇基因的交互作用对代谢综合征发病的影响,为探讨代谢综合征的病因学研究、制定代谢综合征的防治策略提供依据。方法：①代谢综合征的患病率与影响因素分析数据来源于2012年吉林省成人慢性病及其危险因素调查研究。从该调查21435例有效样本中选择可以进行代谢综合征诊断的16831名常住居民作为本研究的研究对象,结合身体测量和实验室检测进行代谢综合征的诊断及环境危险因素的收集。按2010年全国第六次人口普查,吉林省人口分布情况进行加权调整,计算吉林省代谢综合征患病率,应用单因素、多因素logistic回归探讨代谢综合征相关环境危险因素。②APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇基因多态性与代谢综合征的关联分析以第一部分研究中随机抽取的1807名代谢综合征患者为病例组,以排除其他代谢系统疾病及恶性肿瘤等严重躯体疾病的匹配健康人作为对照；采用飞行质谱方法检测基因组DNA中APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇7个SNPs的多态性,利用基于散发病例-对照研究的关联分析方法探讨APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇基因多态性与代谢综合征的关联。③采用多因素Logistic回归模型分析APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因与环境危险因素交互作用对代谢综合征发病的影响。结果：①本研究中可进行代谢综合征相关诊断的有效调查问卷共计16831份,占2012年吉林省成人慢性病及其危险因素调查研究全部完访问卷的78.52%。经复杂加权吉林省成人代谢综合征的患病率为32.86%,其中男性患病率为36.64%,女性患病率为29.66%,男性高于女性(P<0.05)。城市患病率为33.86%,农村患病率为31.80%,城市高于农村(P<0.05)。②调查对象中,中心性肥胖阳性率50.81%；血压升高阳性率52.18%；甘油叁酯水平升高阳性率41.18%；高密度脂蛋白胆固醇降低阳性率31.06%；血糖水平升高阳性率30.22%。③影响代谢综合征患病的危险因素包括高龄(OR=8.621,95%CI=6.594-11.272),从事脑力劳动(OR:1.098,95%CI=1.008.1.195),心脑血管疾病家族史(OR=1.297, 95%CI=1.211-1.389),糖尿病家族史(OR=1.630,95%CI=1.484.1.791),现在吸烟(OR=1.259,95%CI=1.108-1.429),高盐饮食(OR=1.252,95%CI=1.149-1.363),以及饮酒(OR=1.217,95%CI=1.116-1.327)等,保护因素包括女性(OR=0.723, 95%CI=0.663-0.789),水果及乳制品摄入每周超过2次等(P<0.001)。④携带APOAlrs5072位点T等位基因的人群较携带C等位基因的人群患代谢综合征的危险性更高(ORT/C=1.617,95%CI=1.478-1.770),超显性遗传模式下,携带TC基因型人群较携带CC+TT基因型人群,患代谢综合征的危险性更高(ORTC/TT+CC=1.617,95%CI=1.478-1.770).APOC3rs5128位点的最优遗传模式为超显性遗传模式,该模式下携带GC基因型的人群患代谢综合征的危险性是携带GG+CC基因型人群的1.238倍(95%CI=1.089-1.407)。rs2854117位点等位基因与基因型与代谢综合征不相关(P>0.05).APOA4rs5128位点的最优遗传模式为超显性遗传模式,该模式下携带GA基因型的人群患代谢综合征的危险性是携带GG+AA基因型人群的1.168倍(95%CI=1.025-1.331)。携带APOA5rs662799位点G等位基因的人群较携带A等位基因的人群患代谢综合征的危险性更高(ORG/A=1.450,95%CI=1.312-1.602),共显性遗传模式下,携带GG基因型及携带GA基因型人群较携带AA基因型人群,患代谢综合征的危险性更高(ORGG/AA=1.232,95%CI=1.746-2.852,ORGA/AA=1.392,95%CI=1.217-1.592).携带APOA5rs651821位点C等位基因的人群较携带T等位基因的人群患代谢综合征的危险性更高(ORC/T=1.443,95%CI=1.306-1.594),共显性遗传模式下,携带CC基因型及携带TC基因型人群较携带TT基因型人群,患代谢综合征的危险性更高(ORCC/TT=2.253,95%CI=1.746-2.883, ORTC/TT=1.375,95%CI=1.203-1.572)。携带APOA5rs2075291位点T等位基因的人群较携带G等位基因的人群患代谢综合征的危险性更高(ORT/G=1.424,95%CI=1.170-1.732),显性遗传模式下,携带GT+TT基因型人群较携带GG基因型人群,患代谢综合征的危险性更高(ORGT+TT/GG=2.253,95%CI=1.168-1.760).⑤与甘油叁酯异常升高相关的各位点等位基因包括rs5072位点T等位基因,rs5128 C等位基因,rs5104A等位基因,rs662799 G等位基因,rs651821 C等位基因和rs2075291 T等位基因(P<0.05)。与甘油叁酯异常升高相关的基因型包括：rs5072 TC+TT基因型,rs5128 GC+CC基因型,rs2854117 GA+AA基因型,rs5104 GA+GG基因型,rs662799 AA基因型和GA基因型,rs651821 CC基因型和TC基因型,rs2075291 GT+TT基因型(P<0.05)。与高密度脂蛋白胆固醇异常降低相关的等位基因包括rs662799 G等位基因,rs651821 C等位基因,rs2075291 T等位基因(P<0.05)。与高密度脂蛋白胆固醇异常降低相关的基因型包括rs5072 TC+TT基因型,rs662799 AA或GA基因型,rs651821 CC或TC基因型(P<0.05)。与血压异常升高相关的等位基因包括rs2854117 A等位基因,rs662799 G等位基因,rs651821 C等位基因和rs2075291 T等位基因(P<0.05)。与血压异常升高相关的基因型包括rs5128 GC基因型,rs5104GA基因型,rs662799 AA或GA基因型,rs651821 CC或TC基因型,rs2075291 GT+TT基因型(P<0.05)。与中心性肥胖相关的等位基因包括rs662799 G等位基因,rs651821 C等位基因和rs2075291 T等位基因(P<0.05),与中心性肥胖相关的相关的基因型包括rs5072 TC基因型,rs5128GC基因型,rs662799 AA或GA基因型,rs651821 CC或TC基因型,rs2075291 GT+TT基因型(P<0.05)。与血糖异常升高相关的等位基因包括rs662799 G等位基因,rs651821C等位基因和rs2075291 T等位基因(P<0.05)。与中心性肥胖相关的相关的基因型包括rs5072 TC基因型,rs5128GC基因型,rs5104 GA基因型,rs662799 AA或GA基因型,rs651821 CC或TC基因型和rs2075291 GT+TT基因型(P<0.05)。⑥POA5rs662799位点与吸烟,饮酒状况存在交互作用(PGE<0.05),其它位点与环境因素间未见交互作用(PGE>0.05)。结论：①吉林省代谢综合征加权调整患病率为32.86%；男性患病率为36.64%,女性患病率为29.66%；城市患病率为33.86%,农村患病率为31.80%。②影响代谢综合征患病的危险因素包括男性,高龄,从事脑力劳动,心脑血管疾病家族史,糖尿病家族史,现在吸烟,高盐饮食,水果及乳制品摄入少以及饮酒等。③APOA1, APOC3, APOA4, APOA5基因可能是代谢综合征的易感基因,APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇可能与代谢综合征发病相关联④APOA1, APOC3, APOA4, APOA5基因与代谢综合征各异常因子存在关联,APOA1-APOC3-APOA4-APOA5基因簇可能与代谢综合征各异常因子相关。⑤APOA5rs662799位点与吸烟、饮酒对代谢综合征的发病的影响存在交互作用。(本文来源于《吉林大学》期刊2015-04-01）
李宾[2]（2015）在《Lonsdalea quercina N-5-1 hrp 基因簇基因 hrcJ、hrpX和hrpY的功能分析》一文中研究指出欧美杨溃疡病病原细菌为Lonsdalea quercina subsp. populi,由其引起的病害对欧美杨产业造成了非常严重的影响,目前尚无有效的防治措施。为进一步阐明与病原菌致病过程相关的因素,为病害控制提供理论依据,本研究首先对病菌的培养条件做了优化,之后构建了Ⅲ型分泌系统结构基因hrcJ和hrp基因簇调控基因hrpX与hrpY的插入突变体,进行了生物膜、游动性、致病性和过敏性等生物测定,研究了它们的功能。研究得出以下主要结果：L. quercina N-5-1菌株体外培养条件研究表明,其最适合生长温度为30-34℃,最适pH为6-7。以L. quercina N-5-1菌株为材料,利用同源重组原理构建L. quercina N-5-1菌株的基因突变体。获得了编码Ⅲ型分泌系统结构基因hrcJ的插入突变体,并通过PCR和Southern杂交确认。生物学特性测试表明：hrcJ基因的插入突变体在一年生107杨杨苗干上的致病能力显着下降,野生型菌株N-5-1、插入突变体菌株△hrcJ和互补载体菌株HBhrcJ拘病情指数分别为84.4、31.1和66.7,并且丧失了在本氏烟草上的HR激发能力,功能互补突变体部分恢复至野生表型;生长能力测定显示,野生型菌株N-5-1、插入突变体△hrcJ阳互补载体HBhrcJ:生长曲线无明显差异,在液体LB培养基中均可正常生长；通过结晶紫染色后,在培养△hrcJ、HBhrcJ,野生菌株N-5-1的试管壁上均可以观察到紫色环状的生物膜形成,叁种菌株的OD570值相近；游动性测试表明,hrcJ.基因突变体的运动能力比野生菌株下降了21%。以同样方法获得了L. quercina N-5-1菌株hrpX和JhrpY基因的插入突变体,生物学实验测试表明hrpX和hrpY.基因的插入突变体的生长速度与野生型相比没有差异,但其运动性和生物膜形成能力下降。致病性测定表明,△hrpX.和△hrpY与菌株L. quecinaN-5-1相比,病情指数分别下降52.1%和75.5%,即hrp基因簇调控基因hrpX和hrpl与菌株L. quercina N-5-1的致病性密切相关。hrpX和hrpY基因插入突变体的构建,为了解hrp基因簇基因的调控功能奠定了基础。(本文来源于《北京林业大学》期刊2015-04-01）
陈元磊,李丹丹,李景龙,Amina,Zahra,袁永泽[3]（2015）在《蜡状芽胞杆菌nos基因簇基因克隆及生物信息学分析》一文中研究指出为了探究革兰氏阳性菌蜡状芽胞杆菌HS-N10 nos基因簇相关基因的特点,PCR扩增获得了HS-N10 nos基因簇相关基因,其中包括nosZ全长1 914bp、nosR部分片段1 749bp、nosD部分片段946bp和nosF部分片段495bp。经BLASTN分析,HS-N10 nosZ序列和nosD序列分别与施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)相应序列相似性最高;HS-N10 nosR序列和nosF序列分别与裂环无色杆菌(Achromobacter cycloclastes)相应序列相似性最高。通过在线数据库与分析工具分别对HSN10nos基因簇相关基因进行了生物信息学分析。(本文来源于《氨基酸和生物资源》期刊2015年01期）
陈红娜[4]（2011）在《猪链球菌2型srtBCD菌毛簇基因功能初步研究》一文中研究指出猪链球菌(Streptococcus suis serotype , S. suis)是一种重要的人兽共患病病原菌。根据其表面荚膜多糖的抗原性,可以分为1-34和1/2共35个血清型,其中S. suis 2的致病性最强,临床检出率最高,给全世界的养猪业造成巨大的经济损失。尤其是近年来多次出现S.suis 2感染人事件,引起业界人士的高度关注。菌毛是革兰阳性病原菌与宿主细胞交互作用的重要功能结构,其中次要结构蛋白可能与病原菌的组织细胞亲嗜性相关,在细菌粘附、定植和侵袭过程发挥关键作用。和革兰阴性菌(G—)相比,革兰阳性(G+)菌菌毛编码基因与转肽酶sortase(srt)基因成簇存在,Srt催化菌毛单体共价交叉连接,最后锚定到细胞壁上。此外,值得关注的是,化脓链球菌(GAS)和无乳链球菌(GBS)的菌毛主要结构抗原还被证实是理想的疫苗侯选分子。通过对国内S. suis 2强毒株全基因组注释分析,我们发现两个在结构特征上与已知革兰阳性病原菌菌毛编码基因完全一致的基因簇,分别编码一组Sortase转肽酶和与已知菌毛结构蛋白同源的膜蛋白,命名为srtBCD和srtF菌毛簇,其中srtBCD簇仅存在于强毒株中。本研究以srtBCD菌毛簇为主要研究对象,同时展开对SrtF转肽酶的生物学功能研究,具体内容如下:1 srtBCD菌毛簇SSU2099基因的克隆表达与免疫保护性选取S.suis 2 srtBCD菌毛簇上菌毛辅助亚基编码基因SSU2099,PCR扩增目的片段,克隆入表达载体pET32a中原核表达,亲和层析法纯化重组蛋白。ELISA结果显示重组蛋白能够刺激小鼠产生高效价的免疫抗体,动物保护性实验表明该蛋白具有良好的免疫保护作用,提示菌毛亚基编码基因SSU2099是重要的疫苗候选分子。2 srtBCD基因突变株的构建利用同源重组原理构建中间为壮观霉素(SPC)、两侧为srtBCD基因上下游片段的重组质粒,将构建好的质粒电转化入S.suis 2感受态,筛选srtBCD缺失的突变株,并通过组合PCR和逆转录PCR对其进行验证。3突变株?srtBCD的生物学功能研究体外实验结果显示突变株ΔsrtBCD经反复传代培养后可以稳定生长、ΔsrtBCD突变株在对数期的生长速率明显减缓,且稳定期OD_(600)最大值小于野生株。粘附实验结果表明,ΔsrtBCD突变株对人类喉癌上皮细胞的粘附能力明显减弱,小鼠经05ZYH33野生株和突变株ΔsrtBCD攻毒后,致死率差异不具有统计学意义。推测srtBCD菌毛簇很可能编码S. suis 2表面的菌毛样结构,结果仍需通过免疫电镜及免疫印迹进一步验证。4突变株?srtF的生物学功能研究05ZYH33野生型和ΔsrtF突变株在菌落形态和溶血活性方面均无明显差异,但ΔsrtF突变株比野生型在对数初期的生长速率有增快的趋势。小鼠经05ZYH33野生型和ΔsrtF突变株攻毒后,致死率差异不具有统计学意义,结果和国外学者报导一致,证实S. suis 2中srtF菌毛簇编码的菌毛结构并非细菌致病作用必须的毒力因子。(本文来源于《南京医科大学》期刊2011-05-01）
张升祥,张瑶,徐世清,王更先,胡增娟[5]（2010）在《家蚕蛹和成虫期GOBP/PBP亚家族基因簇基因定位与表达分析》一文中研究指出昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding protein,GOBP/PBP)是鳞翅目昆虫OBP家族的一个重要单系群。为进一步明确家蚕Bombyx moriGOBP/PBP基因的结构、表达及功能,本研究利用染色体定位及半定量表达分析方法对其进行了分析。染色体定位分析显示,这些基因以基因簇的形式存在于第19染色体的nscaf3052上,基因结构相似,转录方向一致,表明这些基因可能由同源基因复制产生,并具有类似功能。对家蚕蛹和成虫不同发育阶段的雌、雄虫多种组织中进行表达分析发现,这些基因的表达在不同发育时期和不同组织间差异明显(P<0.05),相对表达量均以触角中为最高,其他非嗅觉组织中也多有表达,性别间差异不大,说明了该基因簇基因除了具有嗅觉相关的功能外,很可能具有其他尚未被发现的功能。(本文来源于《昆虫学报》期刊2010年10期）
王奕,刘宁[6]（2009）在《高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的克隆及序列同源性分析》一文中研究指出用PCR技术获取高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因,分析其在大肠杆菌种内的序列同源性。以提取的大肠杆菌基因组DNA为模板,设计一对基因特异引物,用PCR扩增的方法获得目的基因。将PCR扩增后得到的片段纯化并克隆至pMD19-T Simple Vector载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gene Bank公布的大肠杆菌区段进行序列同源性分析。扩增出598bp的含有受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的目的片段,经测序分析其种内的序列同源性为95%～99%,为今后制备针对该区段的抗体奠定了基础。(本文来源于《东北农业大学学报》期刊2009年12期）
唐晓武[7]（2009）在《中国汉族人群免疫球蛋白受体同系物家簇基因单核苷酸多态性与强直性脊柱炎的关联研究》一文中研究指出强直性脊柱炎(Ankylosing Spondylitis,AS)是一种血清学阴性,主要侵犯中轴骶骼关节的慢性炎症性自身免疫性疾病,其临床发病率较高,多见于青壮年男性,且有较高的家族聚集性。该病目前病因尚不明确,其发病被认为与多种因素有关,是一种十分复杂的疾病,又称为多因子疾病(multifactorial disease)。虽然针对AS的病因和发病机制,已经提出过很多学说,包括分子模拟学说、致关节炎多肽学说、HLA-B27分子非折迭蛋白理论假说等,但到目前为止,AS发生的确切原因尚不清楚。国内外大量研究表明,遗传因素是强直性脊柱炎发病的主导因素,通过全基因组扫描发现,多个区域与AS易感性有关[1,2]。其中以HLA-B27为代表的HLA区基因与AS的关联性最强,HLA-B27与AS的遗传易感性研究已经经历了30多年,在不同国家和地区都得到了证实,但确切的发病机理还不是十分清楚,而且整个HLA区域只能解释AS遗传易感性的40-50%,因此,非HLA区基因与AS易感性关联研究将是下一步研究的重点和热点。本研究旨在通过较大规模的强直性脊柱炎的遗传流行病学调查,借助人类基因组计划的研究成果,明确中国汉族人群易感区域易感基因(免疫球蛋白受体同系物基因)的单核苷酸多态性及单倍型与AS的遗传关联性,构建中国人群该易感家簇基因中与AS有关联意义的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)和单倍型,并初步探讨基因和环境的交互作用。本研究采用经典病例对照设计方案,以问卷调查的方式,共收集169例HLA-B27阳性患者(107男性和62女性)和184个HLA-B27阳性健康对照(112个男性和72个女性)的一般流行病学资料和DNA血样,选择免疫球蛋白受体同系物家族基因中的FCRL1(1个功能SNP)、FCRL3(3个功能SNP)、FCRL4(1个功能SNP)、以及FCRL5(4个功能SNP)四个基因中的9个功能SNP(即改变氨基酸序列的非同义突变),通过PCR扩增后,用连接酶检测反应的方法筛查这些功能SNP位点的基因型及其在中国人群中的频率;并构建中国汉族人群中与AS有关联的SNPs和单倍型。用EPIdata 3.0软件建立数据库,数据经检错、整理后分别应用社会科学统计软件包(SPSS10.01)和经典的病例对照在线分析软件Shesis(http://analysis.bio-x.cn/myAnalysis.php)进行统计学分析。应用非条件多元Logistic回归方法分析AS可能存在的基因和环境交互作用。169个患者来自安徽医科大学第一附属医院的门诊和住院病人,平均年龄为26.38±6.32岁(其中最小为14岁,最大为78岁)。通过对FCRL中的五个基因中的9个SNP位点进行筛查,结果未发现FCRL1、FCRL3和FCRL4中的SNPs与AS有遗传关联性,而FCRL5基因中的2个SNPs(rs12036228和rs6427384)与AS存在遗传上的关联性,进一步分析提示rs12036228位点上C等位基因的出现增加AS发病的风险性,而rs6427384位点上T等位基因的出现增加AS发病的风险性,在对上述2个SNP位点进行单倍型分析后发现:携带有C-C单倍型的个体对AS发病具有保护性作用,而携带有C-T单倍型的个体则对AS的发病具有更高风险性。同时我们对中国汉族人群的HLA-B27及其亚型的结果进行筛查,研究结果提示在中国汉族人群中存在四种亚型(B * 2703,B * 2704, B * 2705和B * 2706),其中病例组中以B*2704和B*2705两个亚型较常见,分别占53.8%和34.9%,对照组中同样是B*2704和B*2705两个亚型较常见,病例组这两个亚型的比例高于对照组,但结果无统计学意义(χ2=7.014,P=0.056);另外对影响总体背痛程度因素进行单因素分析,没有发现对总体背痛程度有统计学意义的因素,故没有进一步进行多元分析。通对BASFI影响因素进行多因素分析结果提示性别、病程、学历、饮酒史可能是BASFI影响因素;同时我们将可能与AS发病有关的环境因素和可能易感SNP位点及交互项进行非条件logistic回归的拟合分析,结果显示:在调整其他自变量的情况下,最后进入模型的两个变量是有感染史和家庭居住环境,但没有发现FCRL5基因与上述环境因素之间存在交互作用。综上所述,我们认为在中国汉族人群中免疫球蛋白受体同系物家族基因(位于1q23-24区域)可能与强直性脊柱炎的遗传易感性有关,特别是FCRL5基因;同时还受到环境因素的作用,但本次研究未发现基因和环境因素对AS存在交互作用。至于不同HLA-B27亚型的AS在该区域的遗传易感性是否有差别将有待于进一步研究和证实。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2009-10-15）
王奕[8]（2009）在《大肠杆菌高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的克隆及原核表达》一文中研究指出目的:为了制备用于快速检测生乳中大肠杆菌数的单克隆抗体,在克隆出高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇编码基因的基础上,构建原核表达载体并对该基因片段进行了原核表达,为今后进一步制备针对该区段的单克隆抗体并将其应用于生乳中大肠杆菌数的检测奠定了基础。方法:根据GenBank中的fepA序列及pGEX-6P-1中的多克隆位点设计引物,以大肠杆菌基因组DNA为模板,经PCR扩增目的片段。将所得片段与pGEX-6P-1载体连接,转化JM109大肠杆菌并筛选阳性克隆,构建原核表达载体。提取重组质粒转化剑DH5α中,经IPTG诱导后进行SDS-PAGE电泳鉴定。结果:(1)本研究建立了特异性扩增FepA蛋白表面抗原决定簇基因的PCR反应体系,优化了反应体系条件并扩增出分子质量为598bp的目的片段。(2)通过T-A克隆技术成功将目的片段连接至克隆载体pMD19-T Simple Vector中,成功构建出了包含目的基因的克隆质粒。经测序分析表明,片段与GeneBank中登录的多数大肠杆菌菌株的高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA的序列同源性在95%～99%之间。(3)利用定向克隆的方法,将目的基因克隆至原核表达载体pGEX-6P-1中,成功构建出包含目的基因的原核表达载体。(4)通过IPTG诱导含重组质粒的感受态细胞表达目的蛋白,成功地表达出了分子量为48kD的融合蛋白。通过凝胶电泳对重组菌裂解液进行分析后表明,表达的融合蛋白以可溶性蛋白及包涵体两种形式存在且包涵体为其主要存在形式。结论:在大肠杆菌中获得高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的融合表达,表达出的融合蛋白以可溶性蛋白和包涵体两种形式存在且其分子量为48 KD。(本文来源于《东北农业大学》期刊2009-04-07）
焦豫良[9]（2008）在《中国东海微生物来源新聚酮合酶基因簇/基因片段的筛选及其新酰基转移酶结构域的功能研究》一文中研究指出聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)催化产生多种类型的聚酮化合物及其复杂的衍生物,其中部分化合物具有重要的药理学活性。分离、表达这些合成生物活性化合物的新PKS成为生物技术药物研究领域的重点。另外,PKS由于其结构上的特点更成为研究开发组合生物合成药物的理想材料。但是目前已知的PKS数量限制了这些研究深入进行,研究者需要更多的新PKS基因簇序列来充实PKS数据库,以期从中分析获得更多的信息。本研究提取了中国东海海洋沉积物样本的宏基因组DNA,从中通过简并PCR分离得到了26条新PKS基因片段,并进行了进化分析,推测了它们的来源菌株;通过构建海泥宏基因组DNA文库,用探针筛选得到了1个长度为7981 bp的PKS部分基因簇,并通过数据库和生物信息学软件对其基因结构进行了解析;在体外通过底物结合实验推测出其中1个新酰基转移酶(acyltransferase,GenBank登录号EF080951)的底物特异性;avermectin合成酶系基因簇中PKS基因簇的aveAl基因中模块2编码的AT2(3)结构域用AT-EF080951结构域通过DNA同源重组替换掉,检测突变株产物的变化,在体内进一步分析了AT-EF080951结构域的底物特异性。通过以上研究我们初步建立了新PKS基因簇分离、结构解析、功能研究的技术平台,通过底物结合实验和结构域替换实验鉴定了1个新酰基转移酶的功能,为进一步的聚酮化合物组合生物合成研究打下基础。一、海洋沉积物样本宏基因组DNA的提取海洋微生物资源丰富,大部分微生物属于人类未知的品种。本研究即选择海洋沉积物为材料,2005年9月于中国东海洋山港东南1km处,约10m深度海底不同地点采集沉积物样本M1、2、3、4、5各约10ml。通过微生物学分离和培养操作分析各样本中的微生物种群丰富度,选取丰富度最高的样本M1提取DNA。由于海洋沉积物成分复杂,传统的方法(如苯酚/氯仿法)提取其中DNA比较困难,本研究中采用了Mo Bio公司的土壤DNA抽提试剂盒提取海洋沉积物中总DNA,并在实验中加以改进。抽提得到的总DNA通过脉冲场电泳鉴定长度;通过紫外分光光度法测定浓度度:设计了细菌16S rDNA引物,以总DNA为模板进行PCR扩增,检验是否抑制PCR反应。二、简并引物设计和筛选酮缩酶基因片段酮缩酶(ketosynthase,KS)结构域在PKS酶系中功能和序列保守,适合设计简并引物。引物设计方法参考Rose等提出的CODEHOP PCR(consensus-degeneratehybrid oligonucleotide primers PCR)。通过NCBI的Conserved Domains Database找出保守并适合设计CODEHOP引物的蛋白模序DPQQR和HGTGT,两个模序之间对应的核苷酸在600～900 bp之间,针对它们各设计若干条引物并两两配对,共计112对引物。PCR筛选实验以第一部分中提取的宏基因组DNA为模板。由于目的DNA片段的GC含量较高(多为80%以上),PCR反应缓冲液选用Takara公司的GC buffer。符合理论长度的阳性PCR扩增片段回收、连接入测序载体pMD18-T送公司测序,结果与GenBank数据库比对,确认是否目的DNA片段。PCR扩增共得到15条阳性片段,其中3条为新KS基因片段,至此本课题组共从海洋沉积物样本中获得26条新KS基因片段。通过比对这些KS基因片段的蛋白序列,构建出进化树系图将它们分为两大PKS基因簇类群:Ⅰ型KS基因片段和来自杂合PKS/NRPS基因簇的KS基因片段;并且分析出这些片段的可能来源菌属种类为放线菌门、δ变形菌纲、蓝细菌门和β变形菌纲。三、海洋沉积物样本宏基因组文库的构建及PKS基因簇分离简并PCR虽然可以有效地分离新PKS基因片段,但是无法获得全基因簇。而构建宏基因组DNA文库则可以解决这个问题。根据统计现在已经发现的PKS基因簇大小大部分低于50 kb,本研究选用Epicentre公司的fosmid文库构建宏基因组文库,其容量20～50 kb,符合PKS基因簇筛选的条件。构建文库的模版即为第一部分中提取的海洋沉积物样本M1的宏基因组DNA。文库构建中也对其方法进行了改进。通过实验和公式计算出文库的滴度,按照预计密度进行铺板;文库菌落转移到硝酸纤维素膜上;用第二部分中分离得到的KS基因片段DQ924531作为探针,以DIG标记后对硝酸纤维素膜上的菌落进行Southern杂交,化学显色;阳性克隆提取质粒测序,得到1个7981 bp的PKS部分基因簇(GenBank登录号EF568935),但是由于其自身频繁的高级结构和测序条件的限制,未能继续测通;根据已知序列进行基因组步移也未能得到更多序列。通过GenBank数据库比对以及运用生物信息学软件对EF568935进行了结构解析发现具有典型的Ⅰ型PKS结构,如AT、KS、ACP等结构域,确定出各结构域及启动子的位置。四、通过底物结合实验对新酰基转移酶AT-EF080951功能进行体外分析AT结构域在PKS酶系中起选择加载起始和延伸单位的作用,其底物特异性(substrate specificity)是组合生物合成研究中的关注点。PKS部分基因簇EF568935中编码的酰基转移酶AT-EF080951通过生物信息学软件分析发现具有结合malonyl-CoA的特征。为确定其底物,本研究选择CoA、acetyl-CoA、malonyl-CoA和methylmalonyl-CoA共4种底物对AT-EF080951进行体外底物结合实验。通过pMAL-c2x蛋白表达和纯化系统表达出MBP-AT-EF080951融合蛋白,并通过Xa因子酶切、分离出单独的AT-EF080951蛋白。用MBP、BSA蛋白以及空白作为对照,通过ELISA法做底物结合实验,然后通过公式计算4种蛋白对4种底物的结合常数,分析AT-EF080951的底物特异性。通过对比对照蛋白与底物的结合常数,可知AT-EF080951与4种底物的亲和力依次为Ka_((acetyl-CoA))>Ka_((malonyl-CoA))≈Ka_((Methylmalonyl coenzyme A))≈Ka_((CoA)),对后3种底物为非特异性吸附。底物结合实验结果表明MBP-AT-EF080951和AT-EF080951都特异性结合acetyl-CoA,Ka_((acetyl-CoA))>Ka_((malonyl-CoA)),这与软件分析结果不符。通过异源表达,产生可溶的、具有底物选择结合功能的MBP融合酰基转移酶MBP-AT-EF080951和单体酰基转移酶AT-EF080951,说明酰基转移酶在没有N端KS结构域、C端ACP结构域及细胞内其它因子存在的情况下仍然对底物具有选择结合的能力。五、通过结构域替换实验对AT-EF080951功能进行体内分析菌株S.avermitilis ATCC31271中的avermectin合成酶系的全基因簇的序列已测通,各结构域功能均已有研究。为了进一步确定AT-EF080951体外结合实验的结果,本研究用AT-EF080951替换掉avermectin合成酶系基因簇的aveA1基因中模块2编码的AT2(3)结构域(结合malonyl-CoA),通过HPLC检测其产物变化。本部分制备了S.avermitilis原生质体,构建同源打靶载体,电转化入原生质体中;通过双交换重组,用AT-EF080951替换掉aveA1基因中模块2的AT2(3)结构域基因;通过PCR筛选克隆并通过DNA测序鉴定重组正确;正确的突变株用种子培养基培养,培养液经甲醇抽提后用HPLC分析;结果显示在突变株中仍然存在avermectin,但含量减少。实验结果说明AT-EF080951在体内可以利用malonyl-CoA延伸聚酮链,结果支持软件分析结论。结合类似的研究结果,本研究结果支持起始AT结构域的底物特异性在体内可能受其它因子作用,通过体外底物结合实验鉴定其特异性底物可能产生不准确的结论。(本文来源于《第二军医大学》期刊2008-05-01）
王华,王君玮,陈义平,徐天刚,张维[10]（2007）在《猪链球菌2型四川株溶血素主要抗原决定簇基因的克隆及表达》一文中研究指出目的研究有效的猪链球菌病疫苗。方法采用PCR方法,以四川株、参考菌株和江苏分离株猪链球菌2型基因组DNA为模板扩增溶血素基因,克隆至PMD18-T载体。提取阳性质粒,进行PCR和酶切鉴定。经测序正确后,构建原核表达载体pET32a-SLY,将重组质粒转化入大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG进行诱导。结果重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE电泳可检测到相对分子量约为43ku的重组蛋白,表达产物经纯化后,免疫印迹法(Western-blotting)分析证实,该重组蛋白与SS2-6阳性血清发生特异性反应。结论本实验旨在通过对溶血素主要抗原决定簇基因的克隆表达,分析表达产物的抗原性和免疫原性,为进一步对猪链球菌2型疫苗共表达的研制奠定基础。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2007年11期）
簇基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
欧美杨溃疡病病原细菌为Lonsdalea quercina subsp. populi,由其引起的病害对欧美杨产业造成了非常严重的影响,目前尚无有效的防治措施。为进一步阐明与病原菌致病过程相关的因素,为病害控制提供理论依据,本研究首先对病菌的培养条件做了优化,之后构建了Ⅲ型分泌系统结构基因hrcJ和hrp基因簇调控基因hrpX与hrpY的插入突变体,进行了生物膜、游动性、致病性和过敏性等生物测定,研究了它们的功能。研究得出以下主要结果：L. quercina N-5-1菌株体外培养条件研究表明,其最适合生长温度为30-34℃,最适pH为6-7。以L. quercina N-5-1菌株为材料,利用同源重组原理构建L. quercina N-5-1菌株的基因突变体。获得了编码Ⅲ型分泌系统结构基因hrcJ的插入突变体,并通过PCR和Southern杂交确认。生物学特性测试表明：hrcJ基因的插入突变体在一年生107杨杨苗干上的致病能力显着下降,野生型菌株N-5-1、插入突变体菌株△hrcJ和互补载体菌株HBhrcJ拘病情指数分别为84.4、31.1和66.7,并且丧失了在本氏烟草上的HR激发能力,功能互补突变体部分恢复至野生表型;生长能力测定显示,野生型菌株N-5-1、插入突变体△hrcJ阳互补载体HBhrcJ:生长曲线无明显差异,在液体LB培养基中均可正常生长；通过结晶紫染色后,在培养△hrcJ、HBhrcJ,野生菌株N-5-1的试管壁上均可以观察到紫色环状的生物膜形成,叁种菌株的OD570值相近；游动性测试表明,hrcJ.基因突变体的运动能力比野生菌株下降了21%。以同样方法获得了L. quercina N-5-1菌株hrpX和JhrpY基因的插入突变体,生物学实验测试表明hrpX和hrpY.基因的插入突变体的生长速度与野生型相比没有差异,但其运动性和生物膜形成能力下降。致病性测定表明,△hrpX.和△hrpY与菌株L. quecinaN-5-1相比,病情指数分别下降52.1%和75.5%,即hrp基因簇调控基因hrpX和hrpl与菌株L. quercina N-5-1的致病性密切相关。hrpX和hrpY基因插入突变体的构建,为了解hrp基因簇基因的调控功能奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
簇基因论文参考文献
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[9].焦豫良.中国东海微生物来源新聚酮合酶基因簇/基因片段的筛选及其新酰基转移酶结构域的功能研究[D].第二军医大学.2008
[10].王华,王君玮,陈义平,徐天刚,张维.猪链球菌2型四川株溶血素主要抗原决定簇基因的克隆及表达[J].中国人兽共患病学报.2007
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