导读:本文包含了亚基因组克隆论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,序列,病毒,细小,引物,细胞,寄主。
亚基因组克隆论文文献综述
赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达[1]（2019）在《猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析》一文中研究指出对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年05期）
孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫[2]（2019）在《广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年10期）
张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华[3]（2019）在《玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析》一文中研究指出玉米是重要的粮食和经济作物,在国民经济中占有重要地位。玉米矮花叶病毒(Sugercan mosaic virus,SCMV)广泛分布在世界各玉米主产区,严重威胁玉米的安全生产。系统研究SCMV的发生危害、遗传结构与进化机制,对病毒病的防治具有重要意义。从山西省4个玉米主产区采集122个玉米叶片样品(2015年62份,2016年60份)。经RT-PCR检测证实36个样品(2015年20个样品,2016年16个样品)为SCMV阳性,且广泛分布于山西省玉米各个产区。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的SCMV分离物,该分离物(包括5'-UTR和3'-UTR端)基因组全长9 539 bp,编码3 063个氨基酸。该分离物与26个SCMV分离物(NCBI)进行一致率、系统发育分析表明SCMV存在较大遗传变异,27个分离物被划分为3个与地理位置无明显相关性的不同进化群体。选择压力分析表明,负向选择可能是SCMV遗传变异的原因之一。对变异位点统计分析发现,该结果将为评估SCMV在中国的流行病学特征奠定基础,有助于SCMV的长期可持续防控策略的制定。(本文来源于《中国农业科技导报》期刊2019年09期）
王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩[4]（2019）在《3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年08期）
张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香[5]（2019）在《苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析》一文中研究指出【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。(本文来源于《果树学报》期刊2019年08期）
董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏[6]（2019）在《6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析》一文中研究指出为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1～TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%～99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%～96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%～100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年13期）
曾智勇,张爱琼,梁海英,何小莉,咸文[7]（2019）在《PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为了获得猪圆环病毒3型(PCV-3)全基因组克隆及序列,试验采用PCR技术,应用PCV-3全基因组特异性引物,对PCV-3阳性的腹泻仔猪肠内容物进行了PCV-3基因组的扩增和克隆测序,并运用DNAStar、MEGA5等软件对该PCV-3基因组序列进行了比对分析。结果表明:扩增克隆得到1株PCV-3分离株,命名为PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株,全基因组大小为2 000 bp,其ORF2大小为645 bp,且存在多处碱基突变。与国外PCV-3毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为98. 7%～99. 0%;与国内毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为97. 3%～99. 7%;与PCV-2毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性仅为47. 3%～48. 3%,差异性较大。基于PCV-3基因组核苷酸序列的遗传进化分析结果表明,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株与国内PCV-3 Chongqing-147/2016株(KY075990)、Jiangxi-62/2016 (KY075989)株、Jiangxi-3/2016 (MF589106)株,与国外US/SD/2016(KX966193)株处于同一独立的进化分支,亲缘关系较近;与其他国内外PCV-3毒株则处于不同的进化分支,亲缘关系较远。根据PCV-3 Cap蛋白第24位和第27位氨基酸序列特征可知,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。说明贵州省猪群中存在PCV-3,且分离得到的PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年12期）
吴根土,徐霞,陈思敏,孙淼,楚成茹[8]（2019）在《重庆辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的分子检测及全基因组克隆分析》一文中研究指出辣椒是重庆重要的经济作物,烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus, TMGMV)引起的病毒病对辣椒生产造成了严重影响.为明确TMGMV在重庆辣椒上的发生、分布情况及其基因组特征,从重庆北碚、石柱、潼南和九龙坡4个区县采集29份疑似病毒病样品进行了RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得病毒基因组全序列并进行了系统进化分析.检测结果表明:29份样品中有9份检测到TMGMV,检出率为31.03%,其中石柱县的检出率最高,为60.00%.序列分析发现,重庆辣椒分离物TMGMV-TN29基因组全序列具有烟草花叶病毒属(Tobamovirus)病毒典型基因组结构特征,由6 356 nt构成.系统进化分析得出,该分离物与TMGMV厦门分离物Xiamen (JX534224)具有较近的亲缘关系,核苷酸序列相似性达到99.75%.(本文来源于《西南大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）
李卓昕[9]（2019）在《猪圆环病毒3型全基因组克隆及荧光定量PCR方法的建立与应用》一文中研究指出猪圆环病毒3型(PCV3)是一种新型猪圆环病毒,于2016年首次发现,流行病学调查发现PCV3经常感染患有PDNS和繁殖障碍症状的猪群,由于猪圆环病毒3型已在世界上流行,因此快速准确地诊断猪群的感染状态对于预防和控制该疾病具有非常重要的意义。本文利用PCR扩增PCV3保守基因片段(152bp),将其克隆到pMD-19T载体上,构建重组质粒pMD19T-PCV2-Cap作为阳性标准品质粒(同时作为两种荧光定量PCR检测方法的标准品质粒),并对其进行敏感性、特异性和重复性验证。结果如下:1.SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR:标准品在4.5×1010～4.5×103拷贝/μ L范围内呈良好的线性关系,其相关系数为0.998,斜率为3.448;特异性强与PRRSV、PCV2、PPV、JEV及PRV均无交叉反应,敏感性为4.5×103拷贝/μL,与常规PCR方法相比高出10倍,组间和组内重复性试验的变异系数均小于2%;采用SYBR Green Ⅰ PCR检测435份猪场血清样品,阳性率为65.7%,高于普通PCR阳性检测率的51.7%,表明建立的PCV3 SYBR Green Ⅰ PCR方法敏感、特异,可用于猪场PCV3感染的快速检测。因TaqMan具有更好的特异性,本研究建立了基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测方法,并对这批样品进行了检测。2.TaqMan荧光定量PCR:标准品在4.5×1011～4.5×103拷贝/μL范围内呈良好的线性关系,其相关系数为1,斜率为3.982;特异性强,敏感性为4.5×102拷贝/μL,组间和组内重复性试验的变异系数均小于2%;利用TaqMan荧光定量PCR对435份猪场血清样品进行检测,得出阳性率为70.11%,高于普通PCR阳性检测率的51.7%,说明建立的TaqMan荧光定量PCR方法成功。3.5株PCV3全基因序列分析:通过本研究所建立的荧光定量方法检测吉林省部分猪组织样品,并扩增其全序列,测序鉴定正确后,获得5株PCV3全基因序列。通过遗传进化与核苷酸同源性分析,5株毒株之间的核苷酸同源性为98.7%～99.5%,与国内20株PCV3序列核苷酸同源性为98.7%～100%,与国外10株PCV3序列同源性为98.4%～99.6%。本文所建立的两种荧光定量方法可用于PCV3的检测及流行病学调查,为防治PCV3奠定基础;对PCV3全基因组进行扩增,并进行相应分析,为PCV3的流行趋势研究提供一定的依据。(本文来源于《延边大学》期刊2019-05-20）
张紫璇[10]（2019）在《犬细小病毒YBYJ株全基因组克隆及其诱导MDCK细胞凋亡的初步研究》一文中研究指出犬细小病毒(CPV)是能够引起犬出血性胃肠炎和心肌炎的高传染性和高致死性的疾病。通过粪-口传播,健康动物接触感染动物的粪便或者污染的表面获得病毒。犬作为伴侣动物携带CPV对其他动物造成潜在威胁。目前对于犬细小病毒病(CP)的预防主要依靠原始CPV-2毒株制备的疫苗,但由于病毒表面抗原易位容易导致免疫失败。CPV感染犬的分子机制尚不明确,有必要对CPV的致病机理进行深入的探讨。己知CPV可以引起宿主细胞产生病变,在体外可以诱导Hela,猫肾细胞F81和NLFK等细胞的凋亡,但这些细胞都不是伴侣动物犬的细胞,本文为探究CPV在体外是否可以诱导犬肾细胞系MDCK宿主细胞的凋亡展开试验。本试验首先根据GeneBank中已发表的CPV序列设计7对引物,对CPV YBYJ株全基因组分段扩增,克隆和测序,用DNAstar对测序结果拼接,其全基因组包含5 051个核苷酸。与GeneBank中发表的其它犬细小病毒毒株进行分子遗传进化学分析,结果表明,CPV YBYJ株与亚洲地区的毒株的亲缘关系最近,YBYJ 株与 CPV,SICHUAN(MH476590)的同源性最高,为 99%。与 GeneBank中发表的其它细小病毒毒株进行分子遗传进化学分析,结果表明,CPVYBYJ株与猫细小病毒(FPV)的亲缘关系最近,基因组同源性是98.6%,与马细小病毒(EqPV)的亲缘关系最远,基因组同源性仅为35.1%。本试验应用CPV YBYJ强毒株在体外感染MDCK宿主细胞,通过光学显微镜和荧光倒置显微镜观察到MDCK细胞被CPV感染后出现变圆、坏死和脱落等典型的细胞病变效应(CPE)。随着CPV感染时间延长,细胞活性逐渐降低,具有一定的时间依赖性。本试验成功建立CPV感染MDCK宿主细胞模型。通过细胞凋亡一DNA Ladder抽提试剂盒抽提CPV感染MDCK细胞的总DNA。琼脂糖凝胶电泳结果显示明显的DNA Ladder。荧光显微镜下用双色滤光片观察Annexin V-FITC/PI双染法染色的样品,CPV感染48 h时,检测孔内有较多细胞呈现明亮的苹果绿色,部分细胞呈现绿色胞膜包裹着红色的胞核。分别提取CPV诱导12 h,24 h,36h,48h和60h时MDCK细胞的蛋白,使用酶标仪确定Caspase-3相对活性,Caspase-3活性随着时间延长先升高后降低,并在48 h时达到峰值(p<0.01)。但随着时间继续延长,凋亡作用活性检测指标逐渐减弱。试验结果说明,CPV YBYJ强毒株在体外可以诱导MDCK宿主细胞发生凋亡,诱导作用在感染48 h时最明显,之后随着诱导时间延长,细胞趋于晚期凋亡并且坏死。本试验为后期研究CPV的分子生物学和致病机理奠定基础。(本文来源于《延边大学》期刊2019-03-29）
亚基因组克隆论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
亚基因组克隆论文参考文献
[1].赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析[J].江苏农业学报.2019
[2].孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫.广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析[J].中国兽医学报.2019
[3].张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华.玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析[J].中国农业科技导报.2019
[4].王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩.3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析[J].动物医学进展.2019
[5].张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香.苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析[J].果树学报.2019
[6].董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏.6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[7].曾智勇,张爱琼,梁海英,何小莉,咸文.PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
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[9].李卓昕.猪圆环病毒3型全基因组克隆及荧光定量PCR方法的建立与应用[D].延边大学.2019
[10].张紫璇.犬细小病毒YBYJ株全基因组克隆及其诱导MDCK细胞凋亡的初步研究[D].延边大学.2019
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