导读:本文包含了蛋白质测序论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:大豆,全基因组重测序,套作,高蛋白
蛋白质测序论文文献综述
王嘉,曾召琼,梁建秋,于晓波,吴海英[1]（2019）在《基于全基因组重测序的大豆分子标记开发及籽粒蛋白质含量QTL定位》一文中研究指出【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】以大面积栽培品种南豆12和地方品种十月黄为亲本,构建F2分离群体。对亲本材料进行覆盖度约为40×的全基因组重测序,用BWA、GATK及Breakdancer等软件比对,检测亲本材料在全基因组范围内的突变类型,挖掘相关变异基因。结合种子不同发育时期和荫蔽处理获得的转录组数据,结合qRT-PCR对发生突变的储藏蛋白、环境适应相关基因进行表达规律分析。同时,基于重测序数据,挖掘亲本间存在于基因编码区的SNP位点,对其进行酶切位点分析,将SNP标记转化为CAPS或dCAPS标记。此外,搜索亲本间存在的插入/缺失变异位点,在插入/缺失位点两侧高度保守的区域设计引物开发InDel标记。对开发的CAPS标记和InDel标记进行多态性筛选,选取具有多态性的CAPS分子标记和InDel标记,对F2材料进行基因分型。根据分型结果,利用JoinMap 4.0软件进行遗传连锁图谱的构建。依据构建的遗传图谱,结合近红外分析获得F2材料的籽粒蛋白质含量数据,使用Windows QTL Cartographer V2.5软件对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL分析。【结果】测序结果显示,南豆12大量储藏蛋白、环境适应相关的重要基因或同源基因发生突变。转录组数据分析结果显示部分变异基因呈现不同的表达模式且差异显着,qRT-PCR分析进一步验证了该结果。此外,经检测开发的540个CAPS分子标记中有332个具有酶切多态性,300对InDel引物中有201对引物能扩增出多态性。基于533个多态性分子标记构建了一张包含20个连锁群的遗传连锁图谱,覆盖长度2 973.87 cM,标记间平均遗传距离5.58 cM。利用此图谱对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL定位,共检测到QTL位点6个,可解释4.68%—18.25%的表型变异。【结论】基于亲本间的变异位点,共开发了533个多态性分子标记(包含8个基因特异性分子标记),检测到6个大豆籽粒蛋白质含量QTL位点,其中,主效QTL位点1个(qSPC-6)。(本文来源于《中国农业科学》期刊2019年16期）
陈文兴[2]（2019）在《基于转录组和蛋白质组测序的中国甜柿自然脱涩基因筛选及DkMYB14功能解析》一文中研究指出完全甜柿(简称“甜柿”)果实成熟后在树上自然脱涩,无需处理即可鲜食,且方便贮运、货架期长,是目前柿产业重点发展的品种类型,也是遗传改良的重要目标。与日本甜柿自然脱涩受隐性基因控制有别,中国甜柿自然脱涩性状受显性单基因位点控制,因而在完全甜柿的遗传改良中具有重要的应用前景,但其关键基因及其调控网络尚不完全清楚。本研究基于RNA-seq和iTRAQ技术对中国甜柿‘鄂柿1号’花后10周(此期日本甜柿自然脱涩,而中国甜柿和非完全甜柿尚未脱涩)、20周(此期中国甜柿自然脱涩而非完全甜柿尚未脱涩)和花后10周温水(40℃·12 h)脱涩处理及对照(室温放置,25℃·12 h)果实进行差异基因和差异蛋白分析,筛选到一批与柿果脱涩相关的候选基因。在此基础上,对其中差异表达的MYB转录因子进一步筛选获得了一个参与中国甜柿自然脱涩的关键基因DkMYB14,并解析了其在自然脱涩中的作用机制。主要研究结果如下:1.转录组组装及差异表达基因和差异表达蛋白鉴定。转录组组装获得非冗余Unigene 135,999条,总长166,861,433 nt,平均长度为1,227 nt,N50达到了2,071 bp。其中3,818个Unigenes在自然脱涩过程中差异表达,15,597个Unigenes在温水脱涩处理前后差异表达。通过iTRAQ技术共鉴定出4,954个蛋白,其中3,041个蛋白被2段以上不同肽段覆盖(61.37%),筛选获得523个差异表达蛋白。2.差异表达基因和差异表达蛋白功能分析。自然脱涩过程中,上调基因主要与糖代谢、果实色泽、信号转导以及乙烯响应有关;温水脱涩处理过程中,上调基因主要与糖酵解、丙酮酸代谢以及热激应答有关;两个脱涩过程中的下调表达基因均涉及广泛的生物学过程,如催化活性、信号转导及次生物质代谢等。在自然脱涩和温水脱涩两个过程中分别有228和633个Unigenes共同上调和下调表达;其中共同上调表达的228个基因主要与糖代谢有关;共同下调表达的633个基因主要与类黄酮、花青素代谢及激素调节有关。乙醛代谢相关基因在温水脱涩处理和自然脱涩过程中显着上调表达,但在温水处理中更剧烈;同时,与柿单宁生物合成相关的基因/蛋白在两个脱涩过程中均显着下调表达。在自然脱涩过程中,分别有95和65个Unigenes和其对应的蛋白共同上调和下调表达,其中65个共同下调的基因/蛋白主要与柿单宁生物合成相关,而共同上调的95个基因/蛋白则主要与糖代谢过程有关。在温水处理脱涩过程中分别有54和51个基因与其对应的蛋白共同上调和下调表达,其中51个共同下调的基因/蛋白质主要与莽草酸代谢过程有关,而共同上调的54个基因/蛋白则主要与热激响应有关。在自然脱涩和温水脱涩过程中分别鉴定出43和136个特异上调表达的转录因子,20和122个特异下调表达的转录因子,其中10个转录因子,包括4个ERF、3个NAC、2个WRKY和1个Zinc finger共同上调表达,16个转录因子包括2个bHLH、1个bZIP、3个ERF、2个WRKY和8个Zinc finger共同下调表达。此外,ERF、MYB、NAC、WRKY等转录因子在自然脱涩过程中大量表达。3.DkMYB14功能鉴定及作用机制解析。基于转录组和蛋白质组测序分析结果,进一步对在自然脱涩中差异表达的7个MYB转录因子进行了功能鉴定。通过RACE技术获得其基因全长(依次命名为DkMYB14-20)。多重比较分析表明,仅DkMYB16为R3型MYB转录因子,其余均属于R2R3型MYB转录因子。系统进化分析将7个MYB转录因子归类到不同的分支,其中DkMYB14与其他苯丙烷生物合成抑制基因聚为一个分支,属MYB亚家族4亚组,在C2区域中存在一个EAR类似转录抑制基序LxLxI。DkMYB14定位于细胞核,其在7个MYB转录因子中表达水平最高,且在中国甜柿自然脱涩关键时期(花后15-20周)特异上调表达,与中国甜柿可溶性及不溶性单宁累积模式相关,初步确定DkMYB14为候选的关键基因。在柿叶片中瞬时超表达DkMYB14导致可溶性单宁含量显着降低,同时不溶性单宁含量增加;相反,干涉表达DkMYB14后可溶性单宁含量显着增加。进一步在拟南芥中稳定转化DkMYB14同样使可溶性单宁显着降低,不溶性单宁增加。qRT-PCR表达分析表明,DkMYB14抑制单宁生物合成途径基因的表达,同时,促进与可溶性单宁凝固相关基因ADH1和PDC2的表达,其基因表达水平与可溶性和不溶性单宁含量的变化一致。结合酵母单杂交和双荧光素酶分析实验,证明了DkMYB14可以直接抑制单宁生物合成特异基因DkANR和DkF3'5'H的表达,同时能激活DkADH1和DkPDC2的表达,从而导致可溶性单宁的降低。启动子分段实验表明,5'-TTTAGTTA-3'基序为DkMYB14在DkPDC2启动子上的核心结合元件。最后,在柿果圆片上瞬时超表达DkMYB14,获得了与柿叶片瞬时超表达及拟南芥稳定转化相同的结果,进一步证明了DkMYB14是调控中国甜柿自然脱涩的关键基因。综上所述,本研究通过全基因组筛选获得一批在柿果脱涩过程中差异表达的转录因子基因,其中DkMYB14为首次发现的调控中国甜柿自然脱涩的关键转录因子基因,该基因的发现对完全甜柿的分子育种和遗传改良具有重要意义。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
习淯[3]（2019）在《通城猪和大白猪胎儿期背最长肌miRNA测序及其与转录组和蛋白质组的整合分析》一文中研究指出通城猪(TC)和大白猪(YK)是两个具有独特肌肉特点的猪品种。在本研究中,首先,通过Solexa测序研究了通城猪和大白猪胎儿期40天、55天、63天、70和90天五个发育阶段背最长肌中miRNA的表达情况,筛选两猪种中调节肌肉发育的差异表达miRNA。其次,联合同一批样品检测得到的转录组、蛋白质组数据,对miRNA进行深度分析,并对挖掘到的差异表达miRNA-差异表达蛋白进行靶基因验证。最后,对miR-499-5p在肌肉细胞中的功能进行研究。主要研究结果如下:1.共对比注释得到320个猪已知miRNA、64个其他哺乳动物已知miRNA以及224个预测的新miRNA。主成分分析和层次聚类分析表明,猪品种间miRNA的表达差异小于发育阶段miRNA的表达差异。通城猪不同发育阶段中差异表达miRNA合计共有57个,大白猪合计共有45个,随肌肉发育进程表达水平逐步下降的差异表达miRNA占大多数。通城猪、大白猪相同发育时间点的差异表达miRNA分别有23、30、12、6、30个,主要与蛋白修饰、蛋白转运和代谢过程相关。miR-499-5p表达量高,同时是不同发育阶段差异表达miRNA,且是唯一一个在4个发育时间点表达均差异的猪已知miRNA。2.绘制了差异表达miRNA与转录组差异mRNA的互作网络。蛋白表达丰度低于转录组的差异蛋白占多数,并对其进行功能富集分析,发现其多与细胞能量代谢、RNA可变剪切相关。联合miRNA差异表达数据与蛋白质组蛋白差异表达数据,分别从通城猪不同发育时间点、大白猪不同发育时间点、两猪种相同时间点筛选到差异表达miRNA-差异表达蛋白52对、34对、38对。3.通过双荧光素酶报告系统在猪和小鼠中验证了miR-499-5p与肌动蛋白解聚因子DSTN、miR-15b与PDLIM5、miR-374b-5p与PDLIM5的靶向关系。4.miR-499-5p在转录后水平抑制DSTN蛋白的表达,不影响DSTN的mRNA表达。miR-499-5p促进细胞迁移,让更多细胞停留在G0和G1期,且对于肌细胞分化是必须的。miR-499-5p促进细胞融合,抑制DSTN很可能是miR-499-5p实现上述功能的机制之一。miR-499-5p的表达量需保持在一定水平,过高或过低均会增加细胞凋亡。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
汤继顺[4]（2019）在《利用转录组测序和蛋白质组学分析筛选绵羊多羔候选基因的研究》一文中研究指出绵羊产羔数是一个极其复杂的性状,受遗传、表观修饰和激素等因素的调控,但多羔性状形成的分子遗传机理仍不明晰,迫切需要对其进行深入探究。本课题选择无FecB突变但同时具有单多羔性状分离的小尾寒羊母羊为研究对象,对繁殖表型进行追踪和测定,利用单细胞转录组测序(single cell transcriptome sequencing,scRNA-Seq)、卵巢RNA-Seq以及卵巢蛋白质组学分析策略筛选与绵羊多羔性状相关的差异基因和差异蛋白。对实验羊群体实施同期发情,利用腹腔内窥镜观测排卵数,根据产羔数和排卵数将实验羊分为单羔组和多羔组。与单羔组相比,多羔组母羊成熟卵泡数量较多(P<0.01),但平均直径缩小了1.62 mm(P<0.05)。利用公羊试情观察两组母羊的发情状态,采集血样检测一个完整情期内两组母羊血清中促卵泡素、促黄体素、孕酮、睾酮和雌二醇激素水平动态变化。结果表明,与单羔组相比,多羔组母羊的发情启动和发情终止分别提前了3.75 h(P>0.05)和7.2 h(P>0.05),但发情持续期缩短了15.61%(P<0.05);多羔组母羊血清中5种激素浓度变化差异不显着,但多羔组母羊黄体期血清中E_2浓度提高了11.09%(P>0.05)。scRNA-Seq测序结果显示,在卵母细胞、卵丘颗粒细胞和卵泡膜比较组中分别筛选出415、395和507个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。KEGG富集分析发现氧化磷酸化和核糖体通路对卵母细胞成熟和卵泡膜细胞增殖发挥重要作用;缬氨酸-亮氨酸和异亮氨酸代谢通路与颗粒细胞增殖和功能有关。ATP5H、COX7A1、QCR10、GDF9和BCAT2等10个DEGs可能与卵母细胞发育和排卵数有关。lncRNA与mRNA互作表明,MSTRG.230597、MSTRG.291734、MSTRG.1541、ENSOARG00000026777等多个差异lncRNAs通过靶基因在能量代谢、蛋白质合成过程中发挥重要调控作用。利用卵巢RNA-Seq分别在卵泡期和黄体期多羔与单羔比较组(PFO/MFO和PLO/MLO)中筛选出458个和506个DEGs。KEGG富集分析发现氧化磷酸化、核糖体、卵巢类固醇激素合成等通路与卵巢生理功能和卵泡发育有关,其中HYAL2、STAR、GDF5、CYP19A1和CD81等10个DEGs与绵羊卵巢功能有关,影响母羊排卵和产羔数。lncRNAs与mRNAs互作表明,MSTRG.41242、MSTRG.99308等多个差异lncRNAs可能通过靶基因在各自通路中发挥重要的调控作用。卵巢蛋白质组学分析共鉴定到5074种蛋白质,其中在黄体期卵巢和卵泡期卵巢比较组中分别有101种和57种差异蛋白。KEGG富集分析发现氧化磷酸化、卵巢类固醇激素合成、牛磺酸和亚硫磺酸代谢和凋亡通路等被显着富集,参与卵巢功能调控,涉及到COX7A、HYAL2、AIFM1和StAR等9个差异丰度蛋白可能对母羊的多羔性能起调控作用。对转录组和蛋白组进行联合分析发现氧化磷酸化、核糖体和卵巢类固醇激素合成3条通路对卵巢功能和卵泡发育发挥重要作用,可能与无FecB突变的小尾寒羊的多羔性状相关,可以作为绵羊多羔性状形成的关键候选通路。其中涉及的STAR、HYAL2、COX7A1、QCR10、GDF9、CD81和AIFM1等基因可以作为与多羔性状相关的关键候选基因。以上研究结果还需进行进一步的功能验证。本文研究结果可为揭示绵羊多羔性状形成的分子遗传机理和分子设计育种提供理论基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2019-05-01）
郭静文,史晓蕾,刘茜,赵青松,邸锐[5]（2019）在《基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因》一文中研究指出通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关; KEGG显着富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。(本文来源于《华北农学报》期刊2019年01期）
李宁娟[6]（2018）在《采用蛋白质组学结合高通量测序技术分离和鉴定抗CD47纳米抗体》一文中研究指出CD47属于免疫球蛋白超家族成员之一,在多种肿瘤细胞表面高表达,CD47通过结合巨噬细胞表面的SIRPα并发出“别吃我”信号从而促使肿瘤细胞逃避巨噬细胞吞噬作用。同时,CD47在活化T淋巴细胞中高表达,其能与血小板反应蛋白1(TEP 1)结合,抑制T淋巴细胞的增殖与活化,进而影响T淋巴细胞对肿瘤细胞的杀伤作用。因此抗CD47单克隆抗体可以作为肿瘤免疫治疗中的一种新疗法。而纳米抗体是一种源于骆驼可变区的单域抗体,它是目前分子量最小且具有完全抗原结合功能的单域抗体,因此其在药物开发中具有巨大的潜力同时可以作为研究症断的高亲和试剂。本实验利用高通量测序技术和质谱技术联用获得抗CD47骆驼纳米抗体并检测抗体的亲和力,探索蛋白组学技术和基因组学技术在发现和鉴定过程中的价值。本研究内容主要包括以下叁个方面:1骆驼免疫抗体库的高通量测序分析以及纳米抗体数据库的建立首先诱导表达以及纯化BL21-pET30a-CD47的原核重组蛋白CD47并免疫新疆双峰驼六次,通过间接ELISA方法测定第五次和第六次免疫血清中抗CD47抗体的滴度,分离全血中外周淋巴细胞,提取总RNA,反转录成cDNA,通过巢式PCR扩增骆驼VHH基因,并将扩增的VHH基因进行高通量测序,使用AbMining ToolBox分析高通量测序数据,利用Python去除数据库中的终止密码子并建立抗CD47纳米抗体氨基酸数据库。间接ELISA测定第六次免疫血清抗CD47抗体滴度为1:384 000,说明抗原CD47在骆驼体内激起了免疫反应,以cDNA为模板通过巢式PCR成功扩增VHH基因,利用高通量测序平台Illumina HiSeq共获得1 054 550条原始基因序列,去除接头序列和低质量序列后共获得序列945 061条,其中有效读长的核苷酸序列主要分布在300-350 nt,碱基质量大于20占总序列的97.67%,碱基质量大于30占总序列的95.58%。获得抗CD47纳米抗体氨基酸数据库为9.19×10~5。经AbMining ToolBox分析高通量测序数据,得到160 485条特异性的CDR3序列,其氨基酸长度主要分布8-35,分析CDR3肽段等电点的主要分布,其中pI 8-9和4-5分别占22.72%和20.1%。2骆驼免疫血清中抗CD47特异性抗体的制备和鉴定首先利用ProteinA对骆驼血清中IgG进行亲和纯化,并通过间接ELISA和Western Blot测定IgG与原核重组蛋白CD47的结合活性,之后将CD47蛋白与CNBr琼脂糖树脂偶联来捕获抗CD47特异性抗体,并测定CD47-CNBr偶联效率,最后通过ELISA和Western Blot检测抗CD47特异性抗体与原核CD47抗原的结合活性,除此之外分别验证血清,IgG和抗CD47特异性抗体与真核CD47和EC9706细胞的结合活性,从而为后续质谱鉴定获得一株能用于治疗的抗体提供实验基础。实验结果显示,利用ProteinA从血清中纯化的IgG经间接ELISA和Western Blot测定表明,当IgG稀释1:256 000仍然与原核表达的CD47蛋白仍具有良好的结合活性。经15%SDS-PAGE显示CD47蛋白成功偶联于CNBr琼脂糖树脂并测定偶联效率为67.8%,间接ELISA筛选纯化抗CD47特异性抗体的洗脱液为pH 2.4的Gly-HCl,利用该洗脱液成功从CD47-CNBr琼脂糖树脂免疫亲和纯化出抗CD47特异性抗体。经间接ELISA和Western Blot验证抗CD47特异性抗体与原核CD47具有高结合活性和特异性。通过ELISA验证血清,IgG和抗CD47特异性抗体与真核CD47的结合情况显示,血清、Ig G与真核CD47蛋白和EC9706细胞有结合活性,相反,抗CD47特异性抗体与真核CD47和细胞无结合。3重链抗体的质谱分析以及抗CD47纳米抗体制备和鉴定首先对ProteinA免疫亲和层析分离的IgG经15%SDS-PAGE分离并切下其亚型重链抗体IgG2和IgG3再进行LC MS/MS鉴定,利用Mascot检索软件将质谱数据与骆驼纳米抗体氨基酸数据库匹配,并将匹配得分最高的3条序列克隆表达,利用间接ELISA测序其与原核CD47蛋白结合,从中挑选结合活性最高的抗CD47纳米抗体并验证该纳米抗体与真核CD47的结合,同时将噬菌体展示技术筛选获得的高亲和力抗体序列分别与质谱数据和高通量数据进行匹配。实验结果显示,3个重组质粒经诱导表达,其中除VHH-410994蛋白不表达外,其余2个蛋白VHH-437310、VHH-737446均表达,其大小在20 kD左右。经间接ELISA表明VHH-737446与原核CD47具有结合活性但与真核CD47不结合。噬菌体展示技术筛选获得的抗体序列仅能与高通量数据库成功匹配获得6个序列且在数据库中低频出现。(本文来源于《新疆大学》期刊2018-05-01）
赵雪艳[7]（2016）在《基于转录组测序对UV-B辐射下甘遂乳汁的比较蛋白质组学研究》一文中研究指出甘遂(Euphorbia kansui L.)是大戟科(Euphorbiaceae)大戟属(Euphorbia)的多年生草本植物,为中国特有植物。其干燥块根是传统中药,历代《中国药典》皆有收载。甘遂全株含有白色乳汁,乳汁是乳汁管的原生质体。乳汁中含有许多具有生理活性的蛋白质,这些蛋白质与乳汁管的发育和乳汁管中次生代谢产物的合成密切相关。我们先前研究了甘遂乳汁管的分布、发育、乳汁管的超微结构变化以及初步的乳汁蛋白质组学,但是,甘遂基因组信息的缺乏限制了其乳汁蛋白质的鉴定及其分子生物学的研究。第二代转录组测序以及蛋白质组学技术的发展,极大的推动了非模式生物以及缺乏基因组参考数据的植物的分子生物学研究。本研究采用Illumina双端测序技术对甘遂转录组进行测序,得到大量的独立基因。并且在转录组数据库的基础上,利用iTRAQ标记以及质谱技术研究甘遂乳汁全蛋白以及UV-B辐射对甘遂乳汁蛋白质的影响,为深入探讨甘遂乳汁管细胞的发育过程以及萜类物质的合成和调控提供理论基础。主要研究结果如下：1.甘遂转录组测序以及开发SSR标记1.1甘遂转录组序列组装及数据分析在本研究中,采用Illumina双端测序技术对甘遂进行转录组测序,共获得43211690个高质量的reads。.将得到的reads进行组装得到58362个unigenes,且unigenes的平均长度和N50长度均为1683 bp。将得到的unigenes在Nr、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库中进行比对和注释,其中36396(62.36%)个unigenes成功注释。其中有36318个unigenes注释到Nr数据库中,26640个注释到Swiss-Prot数据库中,13528个注释到COG数据库中,9562个注释到KEGG数据库中,15506个注释到GO数据库中。1.2甘遂萜类化合物合成相关基因的鉴定及分析萜类化合物是甘遂主要的生物活性成分。基于KEGG数据库分析,在甘遂转录组中鉴定出了萜类骨架合成相关酶的nigenes,包括3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶以及甲羟戊酸焦磷酸脱羧酶等的unigenes。此外,还发现了催化其活性成分二萜类化合物合成的重要酶——蓖麻烯合酶的unigene。1.3 SSR位点的检测和验证为了开发分子标记,在6150个unigenes中检测到7016个候选的SSR位点并随机选取40对引物在两个居群中进行多态性检测,28对引物成功地扩增出预期大小的条带并且23对引物存在多态性,5对引物存在单态性。多态性SSR位点的等位基因有2-8个,平均等位基因数为3.391。期望杂合度和实际杂合度分别为0.099至0.809及0.100至1.000。2.甘遂乳汁蛋白质的鉴定基于甘遂转录组数据库和大戟科蛋白数据库,利用iTRAQ标记和质谱技术在甘遂乳汁中共鉴定出584个蛋白质。2.1甘遂乳汁管发育相关的蛋白质本研究中,营养生长时期的乳汁管处于乳汁管发育后期以前的阶段,而生殖生长时期的乳汁管多为发育末期和成熟的乳汁管。对处于营养生长时期和生殖生长时期乳汁管的乳汁进行差异蛋白质组学分析,发现蛋白酶体蛋白的丰度下调,即其在营养生长时期的乳汁管中的含量较高。抗泛素抗体的免疫印迹结果也发现营养生长时期的乳汁管的乳汁中泛素化蛋白的含量较生殖生长时期稍多,尤其是分子量约为35 kDa处的条带。在乳汁管发育过程中,降解错误折迭蛋白质的内质网相关降解途径中的一些蛋白质的含量也发生改变。这表明在乳汁管发育过程中泛素-蛋白酶体途径参与了乳汁管细胞中细胞质以及内质网上相关蛋白的调控或降解。此外,在甘遂乳汁中鉴定到了一些溶酶体酶,其中,随着甘遂乳汁管的发育V-ATPase的含量下调,故推测自噬途径也可能参与了甘遂乳汁管的发育过程。2.2乳汁管中萜类化合物骨架合成相关的蛋白质在甘遂乳汁中鉴定到了萜类化合物骨架合成相关的蛋白质,蛋白质定量分析发现,异戊烯焦磷酸异构酶及法呢基焦磷酸合酶在营养生长时期的乳汁管的乳汁中的含量较高。随着乳汁管细胞的生长发育,这些酶的含量下调。2.3 UV-B辐射下的差异表达蛋白分析通过差异蛋白质组学研究发现UV-B辐射处理后,乳汁中14-3-3蛋白、V-ATPase、溶酶体酶和cathepsin B的含量上调,UV-B辐射可能影响甘遂乳汁管的发育。此外,UV-B处理后,乳汁中甲羟戊酸焦磷酸脱羧酶的含量上调,并得到western blot结果的验证,表明UV-B辐射也影响乳汁管中萜类化合物的合成。综上所述,本研究首先利用第二代高通量测序技术对甘遂进行大规模转录组测序,得到大量独立基因,并对得到的独立基因进行注释和分析。此外,还鉴定到了参与萜类骨架合成以及二萜类化合物合成的候选基因,并且开发和验证一些SSR引物。在转录组数据库的基础上,利用iTRAQ标记和质谱技术鉴定甘遂乳汁蛋白。通过差异蛋白质组学分析,鉴定到多个参与甘遂乳汁管细胞发育和乳汁管中萜类化合物合成相关的蛋白,为进一步探讨乳汁管细胞的发育及萜类化合物的合成和调控提供理论基础。(本文来源于《西北大学》期刊2016-04-01）
高祥,何耀辉,余雕,蔡宗苇,赵玉芬[8]（2014）在《稳定同位素N-磷酰化标记蛋白质测序和定量质谱分析技术》一文中研究指出生物质谱技术在蛋白质快速鉴定和定量分析中起着重要作用。稳定同位素标记与高分辨质谱技术的结合推动了蛋白质组学的快速发展。然而,蛋白质组学样品的复杂性以及蛋白质的深度覆盖和定量对质谱分析新技术提出了挑战。N-磷酰化蛋白质标记化学源于生命起源研究--核酸与蛋白共起源N-磷酰化氨基酸分子模型[1]。1988年,N-磷酰化标记反应在水环境中成功应用于20种N-磷酰化氨基酸的合成,随后该标记方法被用来进行氨基酸、小肽及多肽的质谱分析和测序研究。研究发现,该标记技术对蛋白质多肽的N-端和侧链氨基具有定量的标记效率;同时,标记的磷酰基在ESI和MALDI两种离子源下具有增敏效应,例如氨基酸分别能增加100倍及30倍左右。[2-3]基于近30年的研究结果,我们于2012年首次把基于有机磷化学的N-磷酰化标记技术成功引入到蛋白质的测序和定量分析领域,考察了第一代稳定同位素N-磷酰化标记技术(SIPL),发现N-磷酰化标记能大大简化蛋白酶解多肽在气相状态下的裂解行为,有利于氨基酸残基的归属分析;对标准混合蛋白的简单体系相对定量分析中具有良好的准确性和线性范围。[4]本研究将基于磷化学设计合成并考察第二代稳定同位素N-磷酰化标记技术在蛋白质测序和定量分析方面的应用。(本文来源于《中国化学会第29届学术年会摘要集——第38分会：质谱分析》期刊2014-08-04）
江利香[9]（2014）在《解淀粉芽孢杆菌基因组测序及发酵产豆豉纤溶酶的定量蛋白质组学分析》一文中研究指出豆豉纤溶酶已被证实为一种丝氨酸蛋白酶，具有不仅具有溶栓活性，还可以激活体内的纤溶酶从而增加内源性纤溶酶活性而具有降血压、抗氧化、抗肿瘤及溶血栓等医疗功效。豆豉作为中国的传统风味食品，早在《本草纲目》就有记载，其具有开胃增食、消食化滞、发汗解表、除烦喘等疗效。现代研究表明豆豉中含有大豆异黄酮、褐色素、溶栓酶以及抗菌素，这些都是对人体十分有利的物质。大豆异黄酮具和褐色素具有抗氧化的作用；褐色素和抗菌素具有调节体内营养平衡的作用；大豆异黄酮和溶栓酶还具有极高的药用价值。本论文以从传统发酵产品豆豉中筛选的一株产纤溶酶的解淀粉芽孢杆菌为研究对象，提取了其基因组，进行测序，并对基因组中的丝氨酸蛋白酶进行分析系统分析后获得其纤溶酶种类。并且通过生长曲线和纤溶酶发酵积累曲线获得产纤溶酶的初始时间点和总纤溶酶活的最高时间点。并通过提取解淀粉芽孢杆菌在这两个时间点的细胞外蛋白、细胞壁蛋白、细胞膜蛋白以及细胞质蛋白，进行iTRAQ蛋白质组学分析，获得影响纤溶酶的相关蛋白，为后续解淀粉芽孢杆菌产纤溶酶机制提供了研究基础。本文主要的研究内容和结果如下：（1）收集使用LB培养基培养8-12h的解淀粉芽孢杆菌提取基因组，送华大基因组测序回来后，对测序结果进行内洞补洞拼接，序列上传NCBI，并通过与解淀粉芽孢杆菌FZB42比对丝氨酸蛋白酶基因信息，以及构建系统进化树等生物信息学分析，获得解淀粉芽孢杆菌DC-12的基因组中可能存在3种纤溶酶，共有大约7种丝氨酸蛋白酶。（2）对解淀粉芽孢杆菌DC-12大批发酵培养，取对数生长期即发酵8.5h为种子液的发酵时间，转接发酵培养基后，使用纤维蛋白平板法配合尿激酶标准曲线测不同发酵上清液的纤溶酶活，获得纤溶酶活发酵积累曲线。通过纤溶酶活发酵积累曲线，获得解淀粉芽孢杆菌中开始产纤溶酶的发酵时间点6h，产酶总酶活最高发酵时间点为54h。（3）用不同的蛋白提取方法分别提取解淀粉芽孢杆菌发酵6h和54h的细胞外蛋白、细胞壁蛋白、细胞膜蛋白和细胞质蛋白，SDS-PAGE检测蛋白完整性和均一性，使用bradford法测得不同发酵时间点各部分蛋白质浓度，并送上海中科新生命科技公司进行iTRAQ蛋白质定量测定，对定量结果进行蛋白质组学分析。(本文来源于《华南理工大学》期刊2014-04-23）
张弓,王通,何庆瑜[10]（2014）在《怎样发现未知蛋白质——翻译组测序》一文中研究指出中心法则指出基因组上编码的基因信息通过转录和翻译形成蛋白质而行使各样的生理功能,形成生物界的万千风光.由于蛋白质是几乎所有生理过程的实际执行者,新蛋白的发现往往是人们认识生命现象本质的突破口.人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)及其随后进行的许多转录组研究大约鉴定了20300个可以被转录成为mRNA的基(本文来源于《中国科学:生命科学》期刊2014年02期）
蛋白质测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
完全甜柿(简称“甜柿”)果实成熟后在树上自然脱涩,无需处理即可鲜食,且方便贮运、货架期长,是目前柿产业重点发展的品种类型,也是遗传改良的重要目标。与日本甜柿自然脱涩受隐性基因控制有别,中国甜柿自然脱涩性状受显性单基因位点控制,因而在完全甜柿的遗传改良中具有重要的应用前景,但其关键基因及其调控网络尚不完全清楚。本研究基于RNA-seq和iTRAQ技术对中国甜柿‘鄂柿1号’花后10周(此期日本甜柿自然脱涩,而中国甜柿和非完全甜柿尚未脱涩)、20周(此期中国甜柿自然脱涩而非完全甜柿尚未脱涩)和花后10周温水(40℃·12 h)脱涩处理及对照(室温放置,25℃·12 h)果实进行差异基因和差异蛋白分析,筛选到一批与柿果脱涩相关的候选基因。在此基础上,对其中差异表达的MYB转录因子进一步筛选获得了一个参与中国甜柿自然脱涩的关键基因DkMYB14,并解析了其在自然脱涩中的作用机制。主要研究结果如下:1.转录组组装及差异表达基因和差异表达蛋白鉴定。转录组组装获得非冗余Unigene 135,999条,总长166,861,433 nt,平均长度为1,227 nt,N50达到了2,071 bp。其中3,818个Unigenes在自然脱涩过程中差异表达,15,597个Unigenes在温水脱涩处理前后差异表达。通过iTRAQ技术共鉴定出4,954个蛋白,其中3,041个蛋白被2段以上不同肽段覆盖(61.37%),筛选获得523个差异表达蛋白。2.差异表达基因和差异表达蛋白功能分析。自然脱涩过程中,上调基因主要与糖代谢、果实色泽、信号转导以及乙烯响应有关;温水脱涩处理过程中,上调基因主要与糖酵解、丙酮酸代谢以及热激应答有关;两个脱涩过程中的下调表达基因均涉及广泛的生物学过程,如催化活性、信号转导及次生物质代谢等。在自然脱涩和温水脱涩两个过程中分别有228和633个Unigenes共同上调和下调表达;其中共同上调表达的228个基因主要与糖代谢有关;共同下调表达的633个基因主要与类黄酮、花青素代谢及激素调节有关。乙醛代谢相关基因在温水脱涩处理和自然脱涩过程中显着上调表达,但在温水处理中更剧烈;同时,与柿单宁生物合成相关的基因/蛋白在两个脱涩过程中均显着下调表达。在自然脱涩过程中,分别有95和65个Unigenes和其对应的蛋白共同上调和下调表达,其中65个共同下调的基因/蛋白主要与柿单宁生物合成相关,而共同上调的95个基因/蛋白则主要与糖代谢过程有关。在温水处理脱涩过程中分别有54和51个基因与其对应的蛋白共同上调和下调表达,其中51个共同下调的基因/蛋白质主要与莽草酸代谢过程有关,而共同上调的54个基因/蛋白则主要与热激响应有关。在自然脱涩和温水脱涩过程中分别鉴定出43和136个特异上调表达的转录因子,20和122个特异下调表达的转录因子,其中10个转录因子,包括4个ERF、3个NAC、2个WRKY和1个Zinc finger共同上调表达,16个转录因子包括2个bHLH、1个bZIP、3个ERF、2个WRKY和8个Zinc finger共同下调表达。此外,ERF、MYB、NAC、WRKY等转录因子在自然脱涩过程中大量表达。3.DkMYB14功能鉴定及作用机制解析。基于转录组和蛋白质组测序分析结果,进一步对在自然脱涩中差异表达的7个MYB转录因子进行了功能鉴定。通过RACE技术获得其基因全长(依次命名为DkMYB14-20)。多重比较分析表明,仅DkMYB16为R3型MYB转录因子,其余均属于R2R3型MYB转录因子。系统进化分析将7个MYB转录因子归类到不同的分支,其中DkMYB14与其他苯丙烷生物合成抑制基因聚为一个分支,属MYB亚家族4亚组,在C2区域中存在一个EAR类似转录抑制基序LxLxI。DkMYB14定位于细胞核,其在7个MYB转录因子中表达水平最高,且在中国甜柿自然脱涩关键时期(花后15-20周)特异上调表达,与中国甜柿可溶性及不溶性单宁累积模式相关,初步确定DkMYB14为候选的关键基因。在柿叶片中瞬时超表达DkMYB14导致可溶性单宁含量显着降低,同时不溶性单宁含量增加;相反,干涉表达DkMYB14后可溶性单宁含量显着增加。进一步在拟南芥中稳定转化DkMYB14同样使可溶性单宁显着降低,不溶性单宁增加。qRT-PCR表达分析表明,DkMYB14抑制单宁生物合成途径基因的表达,同时,促进与可溶性单宁凝固相关基因ADH1和PDC2的表达,其基因表达水平与可溶性和不溶性单宁含量的变化一致。结合酵母单杂交和双荧光素酶分析实验,证明了DkMYB14可以直接抑制单宁生物合成特异基因DkANR和DkF3'5'H的表达,同时能激活DkADH1和DkPDC2的表达,从而导致可溶性单宁的降低。启动子分段实验表明,5'-TTTAGTTA-3'基序为DkMYB14在DkPDC2启动子上的核心结合元件。最后,在柿果圆片上瞬时超表达DkMYB14,获得了与柿叶片瞬时超表达及拟南芥稳定转化相同的结果,进一步证明了DkMYB14是调控中国甜柿自然脱涩的关键基因。综上所述,本研究通过全基因组筛选获得一批在柿果脱涩过程中差异表达的转录因子基因,其中DkMYB14为首次发现的调控中国甜柿自然脱涩的关键转录因子基因,该基因的发现对完全甜柿的分子育种和遗传改良具有重要意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
蛋白质测序论文参考文献
[1].王嘉,曾召琼,梁建秋,于晓波,吴海英.基于全基因组重测序的大豆分子标记开发及籽粒蛋白质含量QTL定位[J].中国农业科学.2019
[2].陈文兴.基于转录组和蛋白质组测序的中国甜柿自然脱涩基因筛选及DkMYB14功能解析[D].华中农业大学.2019
[3].习淯.通城猪和大白猪胎儿期背最长肌miRNA测序及其与转录组和蛋白质组的整合分析[D].华中农业大学.2019
[4].汤继顺.利用转录组测序和蛋白质组学分析筛选绵羊多羔候选基因的研究[D].中国农业科学院.2019
[5].郭静文,史晓蕾,刘茜,赵青松,邸锐.基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因[J].华北农学报.2019
[6].李宁娟.采用蛋白质组学结合高通量测序技术分离和鉴定抗CD47纳米抗体[D].新疆大学.2018
[7].赵雪艳.基于转录组测序对UV-B辐射下甘遂乳汁的比较蛋白质组学研究[D].西北大学.2016
[8].高祥,何耀辉,余雕,蔡宗苇,赵玉芬.稳定同位素N-磷酰化标记蛋白质测序和定量质谱分析技术[C].中国化学会第29届学术年会摘要集——第38分会：质谱分析.2014
[9].江利香.解淀粉芽孢杆菌基因组测序及发酵产豆豉纤溶酶的定量蛋白质组学分析[D].华南理工大学.2014
[10].张弓,王通,何庆瑜.怎样发现未知蛋白质——翻译组测序[J].中国科学:生命科学.2014