基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析

基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析

论文摘要

目的研究黑老虎[Kadsura coccinea(Lem.)A. C. Smith]转录组特征,克隆三萜生物合成上游途径的关键酶基因角鲨烯合酶(KcSQS),为黑老虎资源利用奠定基础。方法对黑老虎不同部位进行转录组测序分析,根据筛选出的KcSQS候选基因序列设计引物,利用PCR技术进行基因克隆,并借助生物学软件进行生物信息学分析。结果克隆得到一个KcSQS基因,包含全长1 227 bp的开放阅读框(ORF),编码408个氨基酸,预测其蛋白分子量为46.65 kD,定位于细胞质膜,含一段跨膜超螺旋结构。该基因在黑老虎叶片中表达量最高,与同科植物厚朴(Magnolia officinalis Rehd. et Wils.)角鲨烯合酶(MoSQS)蛋白序列相似性为76.77%,预测为角鲨烯合酶。结论该研究对黑老虎植物根、茎和叶进行转录组测序,成功克隆了角鲨烯合酶基因,并对其进行生物信息学分析,可为进一步研究黑老虎三萜类化合物的生物合成提供依据。

论文目录

  • 1 材料、试剂及仪器
  •   1.1 材料
  •   1.2 试剂
  •   1.3 仪器
  • 2 方法
  •   2.1 黑老虎根茎叶RNA的提取
  •   2.2 转录组测序
  •   2.3 cDNA的合成
  •   2.4 KcSQS基因的扩增及测序
  •   2.5 KcSQS基因生物信息学分析
  • 3 结果
  •   3.1 黑老虎根茎叶样品的转录组测序结果与分析
  •     3.1.1 黑老虎转录组测序结果
  •   3.2 KcSQS基因克隆
  •   3.3 KcSQS编码蛋白的特性分析
  •     3.3.1 蛋白质的理化性质预测
  •     3.3.2 蛋白质的二级结构分析和三维结构预测
  •     3.3.3 蛋白信号肽和亚细胞定位分析
  •     3.3.4 蛋白的跨膜区分析
  •     3.3.5 蛋白的保守区域分析
  •     3.3.6 蛋白的序列比对分析
  •     3.3.7 系统发育进化树分析
  • 4 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 王丽君,李艳青,谢舒平,石雨荷,朱敏,童巧珍,段礼新

    关键词: 黑老虎,角鲨烯合酶,转录组测序,基因克隆

    来源: 中药新药与临床药理 2019年07期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学

    专业: 生物学,中药学

    单位: 湖南中医药大学,广州中医药大学,南京中医药大学,湖南省岳阳市中医院

    基金: 广州市科技计划项目(2018-1002-SF-0437),广州中医药大学2017年度“高水平大学建设”“杏林青年学者”项目(A1-AFD018171Z0311)

    分类号: R282.71;Q811.4

    DOI: 10.19378/j.issn.1003-9783.2019.07.019

    页码: 870-878

    总页数: 9

    文件大小: 5077K

    下载量: 289

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