导读:本文包含了随机测序论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:文库,序列,家蝇,宏基,基因,信息学,树突。
随机测序论文文献综述
杨芳,张文红[1]（2011）在《噬菌体展示随机肽克隆的一种快速、高通量测序技术》一文中研究指出目的:探索应用焦磷酸微测序(Pyrosequencing)技术建立一种针对噬菌体展示随机肽的高通量序列测定方案。方法:环7肽噬菌体展示随机肽库的淘筛后随机挑选10个蓝色噬菌斑作为模板,PCR扩增随机7肽区序列,应用Pyrosequencing技术进行实时测序和分析。结果:应用Pyrosequencing技术对10例样品的随机7肽区进行序列分析,得到一个GXXXHPQ的同源基序(X为任意氨基酸),此基序为链亲合素的结合肽基序,结果与预期相符合。结论:Pyrosequencing技术具有操作简易快速、高通量的优点,必定可以广泛应用于各种随机肽库的筛选测序。(本文来源于《东南大学学报(医学版)》期刊2011年03期）
刘红美,张洁,王贇,付萍,国果[2]（2010）在《热胁迫后家蝇幼虫cDNA文库构建与随机EST测序分析》一文中研究指出目的构建家蝇幼虫cDNA文库,筛选重要免疫因子。方法采用热激法处理家蝇3日龄幼虫,提取处理后培养24h的家蝇幼虫总RNA,运用SMART技术构建cDNA文库并随机挑选克隆进行EST测序分析。结果 cDNA文库的滴度为1.2×106。PCR扩增鉴定显示所选的30个克隆均含有重组的插入片段,大小均大于1kb。随机挑取192个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为171条,根据EST测序结果计算文库重组率达94%。经序列拼接得到129个Unigenes。通过序列比对发现其中72个Unigenes与GenBank中的已知基因同源,并从中鉴定出热激蛋白、变态原、转铁蛋白、几丁质酶、副肌球蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制因子等重要免疫因子。结论高质量的家蝇幼虫cDNA文库构建成功,该文库的构建将有助于家蝇热应激免疫相关功能基因分离和进一步研究。(本文来源于《免疫学杂志》期刊2010年09期）
赵志祥,罗坤,陈国华,杨宇红,茆振川[3]（2010）在《结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性》一文中研究指出土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析。在16S文库中,根据97%的序列相似性水平划分OTU,共有35个OTU,其中优势菌群是γ-Proteobacteria,其次为Firmicutes,Bacillus为优势细菌。在纲分类水平上,16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes,各纲比例有差别;在优势种群属水平上,末端测序的结果包含的属多于16S文库(40>35);在优势细菌种类上,两者反映的结果一致,均为Bacillus。但是,宏基因组末端测序包含了大多数的弱势种群,更能反映细菌多样性的真实水平。与露地土壤细菌16S文库相比较,土壤细菌多样性降低,这可能与温室多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。(本文来源于《生态学报》期刊2010年14期）
夏润玺,李玉萍,王欢,李喜升,刘彦群[4]（2009）在《柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序》一文中研究指出采用RNA转录5′末端转换(SMART)技术构建了柞蚕(Antheraea pernyi)蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×105个独立克隆,插入片段长800~2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为250条,根据EST测序结果计算文库重组率达95%。经序列拼接得到175个unigenes,通过序列比对发现其中97个unigenes与GenBank中的已知基因高度同源,且有88条全长序列,基因的完整性比率达90%。在随机EST测序中获得了具有5′端和3′端非编码区的延伸因子-1α基因(Gen-Bank登录号:FJ788508),该基因cDNA全长1743 bp,有一个1392 bp的开放阅读框,编码含463个氨基酸残基的蛋白,蛋白的理论分子质量为50.4 kD,等电点8.96。EST测序分析表明,柞蚕蛹cDNA文库符合构建基因文库的质量要求,该文库的构建将有助于柞蚕功能基因的克隆和研究。(本文来源于《蚕业科学》期刊2009年03期）
任海霞[5]（2006）在《深海细菌Halomonas meridiana基因组文库构建、随机测序及Gap、SufC功能的研究》一文中研究指出Halomonas meridiana(盐单胞菌属)是James等(1990)首次从南极盐湖(盐度从4‰～174‰)中分离出的一株耐盐的盐单胞菌属新种。此属的细菌多生活于极端环境中,既往有关此属细菌的工作仅限于分类和一些极端酶的开发方面,但在基因组学或蛋白质组学方面的研究尚未见报道。本实验首先运用蛋白质组学技术---2-D和质谱技术对H.meridiana的外膜蛋白进行相关研究。由于在数据库中缺少与H.meridiana同属或亲缘关系相近种属的基因组测序结果,限制了依赖于大型数据库的质谱技术的充分运用,为鉴定工作带来困难,难以获得完全可靠的蛋白信息。于是,我们采用了类似真核生物基因组研究的EST技术,通过构建H.meridiana DSM5425的基因组文库,进行高通量、大规模的测序工作,与数据库中已知的序列比较分析,得到了gap、sufC等有关基因的信息,随之进行克隆和表达。并在此基础上,着重对gap的功能进行了较深入的研究。结果发现,GAPDH酶活对不同环境因子的反应在H.meridiana DSM5425明显不同于副溶血弧菌和大肠杆菌K12;sufC在不同环境影响下其蛋白表达量也发生明显变化。这些发现为阐明H. meridiana等相关深海细菌的环境适应机制奠定了理论基础。这些结果对基因组信息尚不清楚的深海微生物的研究具有较好的借鉴作用,为深海微生物资源的开发和利用提供了一个有价值的参考。(本文来源于《厦门大学》期刊2006-06-25）
黄辉[6]（2005）在《Armillariella tabescens（E-20）cDNA文库部分克隆随机测序及阿拉伯糖苷酶全长cDNA的克隆与表达》一文中研究指出假密环菌(Armillariella tabescens)为白磨科真菌,寄生于树干基部或根部,引起多种树木腐病,菌体可食用。有报道菌丝体可用于治疗急性胆囊炎,慢性胆囊炎急性发作,急性传染性肝炎,迁延性肝炎,慢性肝炎。其含有的杂多糖组分体外实验证实能抑制小鼠S180肿瘤的生长和增强巨噬细胞的活性,也有报道该菌属的某些种对霉菌毒素(如黄曲霉毒素)有解毒作用。为了深入的研究和开发该菌,本研究利用SMART技术构建了载体为λTriplEx2的该菌的表达型cDNA文库,为进一步的开发运用做前期准备。 本组应用SMART技术构建了载体为λTriplEx2的产黄曲霉毒素解毒酶的假密环菌E-20的表达型cDNA文库。从文库中随机挑选150个克隆做5′端测序,得到120条表达序列标签(EST)并将测序结果提交到EMBL数据库。测序结果表明:插入片段长度均在200～800之间,已测通的序列有59条,85条序列3′端有Poly(A)。测序结果经过生物信息学分析,发现有41条序列与已知序列有明显同源性,其中序列AJ620046与多形拟杆菌的阿拉伯糖苷酶序列有很高的序列一致性。 利用已获得的序列AJ620046设计基因特异性5端引物,提取E20的总RNA为模板,用5′-RACE技术获得一段401 bp的片段,将此片段与AJ620046拼接后得到长度为1016bp的全长cDNA序列。在全长cDNA序列的基础上,用End to end PCR技术得到了一条完整的开放阅读框的序列AF。运用生物信息学方法分析了AF的核酸、氨基酸序列、蛋白的二级结构和功能预测,超家族分析显示AF属于alpha-L-arabinanase。将PCR扩增获得的AF插入毕赤酵母分泌型载体pHIL-S1中构建重组质粒pHIL-S_1-AF,用Sal Ⅰ线性化重组子,通过同源重组整合于毕赤酵母GS115染色体的AOX1区,重组菌株表型为Mut~+HIS~+,用MM和MD培养基筛选转化子,甲醇诱导表达重组菌,SDS-PAGE测定目的蛋(本文来源于《暨南大学》期刊2005-05-01）
赵龙,谢春芳,郑嘉瑜,刘大岭,姚冬生[7]（2003）在《产ADTZ真菌cDNA文库的构建及部分克隆的随机测序与生物信息学分析》一文中研究指出黄曲霉毒素(AFT)是某些黄曲霉属真菌的次级代谢产物,对人类和动物危害极大。AFT的生物去毒转化是该领域中倍受关注的热点。本研究组筛选到一株产AFT毒酶的菌株(E-20),并从中分离出黄曲霉毒素解毒酶(ADTZ)。据资料报道该菌种还含有许多药用成分,为了克隆ADTZ基因并为该菌种建立一个资源信息库,本论文利用SMART技术构建了载体为λTriplEx2的E-20的表(本文来源于《第四届中国酶工程学术交流讨论会论文集》期刊2003-10-12）
赵龙[8]（2003）在《Armillariella sp.(E-20)cDNA文库的构建、部分克隆的随机测序及其生物信息学分析》一文中研究指出黄曲霉毒素是某些黄曲霉属真菌的次级代谢产物，其中黄曲霉毒素B1具有很强的毒性和致癌性，对人类和动物危害极大。黄曲霉毒素的生物去毒转化是该领域中倍受关注的研究热点。本研究组筛选到一株产黄曲霉毒素解毒酶的菌株——Armillariella sp.(E-20)，并从中分离出黄曲霉毒素解毒酶。为了将该菌种作为一种资源，建立一个该菌种的资源信息库，本论文利用SMART技术构建了载体为入TriplEx2的Armillariella sp.(E-20)的表达型cDNA文库，文库滴度为1.0×10~6pfu/ml，重组率约为98.9％，扩增后滴度为3×10~8pfu/ml，容量约为4×10~(10)。 从文库中随机挑选20个克隆做5’端测序，得到17条表达序列标签(EST)。在GenBank中做Blast检索后，发现其中16条与数据库中序列无明显同源性，为新序列；一条序列(编号020)与数据库中其他物种的3-磷酸甘油醛脱氢酶基因高度同源。将该克隆双向测通，去除载体信息后得到一条长910bp的序列(编号200p)，该序列在Genbank中做BlastX检索，结果显示该序列代表Armillariella sp.(E-20)的3-磷酸甘油醛脱氢酶。 运用生物信息学的方法进一步分析了该序列及由该序列开放阅读框分析所得到的氨基酸序列(编号E20-GPD)。开放阅读框和密码子偏好性分析显示200p有一个639bp的开放阅读框，编码一条有212个氨基酸的多肽，其密码子的使用具有明显的偏好性。二级结构和功能预测分析表明，E20-GPD第23位的半胱氨酸及其附近序列(ASCTTNCL)为3-磷酸甘油醛脱氢酶活性位点一致序列，C为活性位点，第50位的组氨酸也是十分保守的，且E20-GPD具有多个可能的有生物学意义的位点。蛋白质超家族分析显示E20-GPD有两个蛋白质超家族，在第23-187氨基酸是类3-磷酸甘油醛脱氢酶C端域，在第1-33氨基酸是NAD(P)-结合Rossmann折迭域。亚细胞定位分析显示，E20-GPD定位于细胞质中。用同源建模的方法得到了E20-GPD的叁维结构模型。通过系统发育分析生成了基于E20-GPD与其他15种真菌3-磷酸甘油醛脱氢酶氨基酸序列多序列比对的共16种真菌的进化树。综合E20-GPD的NAD(P)-结合Rossmann折迭域超家族分析、E20-GPD与其他15种真菌的3-磷酸甘油醛脱氢酶同源性分析以及E20-GPD叁维模型与建模模板叁维结构的比较，结果显示，Armillariella sp.(E-20)的3-磷酸甘油醛脱氢酶完整序列比数据库中已报道的少123-131个氨基酸，并且没有N端的NAD-P结合结构区的一段序列。 摘 要 本论文的完成为建立Armillarlella Sp．爬上0）的资源信息库做了一个重要的开端工 作。(本文来源于《暨南大学》期刊2003-05-09）
余梅,张峰[9]（2002）在《盐芥(Arabidopsis salsuginea)cDNA文库的随机测序》一文中研究指出实验以盐生植物盐芥为材料 ,提取经盐处理的盐芥总RNA ,分离mRNA后 ,构建cDNA文库。从cDNA文库中随机挑取克隆进行测序。结果共测得 5 3个表达序列标记 (EST) ,有 37个EST( 6 9 8% )与拟南芥的基因在多肽水平上有较高同源性 ;2 1个EST( 39.6 % )的功能未知(本文来源于《生物学杂志》期刊2002年05期）
章卫平[10]（1999）在《人树突状细胞cDNA质粒文库的构建及其大规模随机测序体系的建立》一文中研究指出建立人树突状细胞（ＤＣ）的ｃＤＮＡ文库，通过大规模随机测序克隆免疫新分子。方法：来源于正常人外周血的单核细胞，体外经ＧＭ－ＣＳＦ和ＩＬ－４培养，扩增出高纯度的ＤＣ，抽取纯化ｍ ＲＮＡ，转录成ｃＤＮＡ，定向插入ｐＳＰＯＲＴ２．０载体，建立人ＤＣ的ｃＤＮＡ 质粒文库；用ＡＢＩ３７７全自动测序仪对该文库进行同源性比较，筛选出代表未知基因ＥＳＴ，然后在ＧＣＧ 软件中进行分析，对重要的未知ＥＳＴ克隆其全长ｃＤＮＡ。结果：所扩增的ＤＣ经流式细胞仪分析高表达ＭＨＣ－Ⅰ，ＭＨＣ－Ⅱ，Ｂ７，ＣＤ１ａ 和ＣＤ８３等表面标志，能强烈刺激同种异体Ｔ淋巴细胞的体外增殖反应；建立的ＤＣｃＤＮＡ 文库９２％ 以上克隆有平均１．６ ｋｂ 大小的插入片段；从所测的１２ ０００余条ＥＳＴ中筛选出代表未知基因的３ ０００余条，克隆到１０９条全长新基因，包括属于细胞因子、细胞因子受体、趋化因子和粘附分子等家族的免疫新分子，部分全长基因已在Ｇｅｎｅｂａｎｋ 中登录。结论：成功建立了人ＤＣ的ｃＤ－ＮＡ 基因文库及其大规模随机测序体系，并克隆到免疫分子。建立人树突状细胞（ＤＣ）的ｃＤＮＡ文库，通过大规模随机测序克隆免疫新分子。方法：来源于正常人外周血的单核细胞，体?(本文来源于《第二军医大学学报》期刊1999年10期）
随机测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的构建家蝇幼虫cDNA文库,筛选重要免疫因子。方法采用热激法处理家蝇3日龄幼虫,提取处理后培养24h的家蝇幼虫总RNA,运用SMART技术构建cDNA文库并随机挑选克隆进行EST测序分析。结果 cDNA文库的滴度为1.2×106。PCR扩增鉴定显示所选的30个克隆均含有重组的插入片段,大小均大于1kb。随机挑取192个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为171条,根据EST测序结果计算文库重组率达94%。经序列拼接得到129个Unigenes。通过序列比对发现其中72个Unigenes与GenBank中的已知基因同源,并从中鉴定出热激蛋白、变态原、转铁蛋白、几丁质酶、副肌球蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制因子等重要免疫因子。结论高质量的家蝇幼虫cDNA文库构建成功,该文库的构建将有助于家蝇热应激免疫相关功能基因分离和进一步研究。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
随机测序论文参考文献
[1].杨芳,张文红.噬菌体展示随机肽克隆的一种快速、高通量测序技术[J].东南大学学报(医学版).2011
[2].刘红美,张洁,王贇,付萍,国果.热胁迫后家蝇幼虫cDNA文库构建与随机EST测序分析[J].免疫学杂志.2010
[3].赵志祥,罗坤,陈国华,杨宇红,茆振川.结合宏基因组末端随机测序和16SrDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性[J].生态学报.2010
[4].夏润玺,李玉萍,王欢,李喜升,刘彦群.柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序[J].蚕业科学.2009
[5].任海霞.深海细菌Halomonasmeridiana基因组文库构建、随机测序及Gap、SufC功能的研究[D].厦门大学.2006
[6].黄辉.Armillariellatabescens（E-20）cDNA文库部分克隆随机测序及阿拉伯糖苷酶全长cDNA的克隆与表达[D].暨南大学.2005
[7].赵龙,谢春芳,郑嘉瑜,刘大岭,姚冬生.产ADTZ真菌cDNA文库的构建及部分克隆的随机测序与生物信息学分析[C].第四届中国酶工程学术交流讨论会论文集.2003
[8].赵龙.Armillariellasp.(E-20)cDNA文库的构建、部分克隆的随机测序及其生物信息学分析[D].暨南大学.2003
[9].余梅,张峰.盐芥(Arabidopsissalsuginea)cDNA文库的随机测序[J].生物学杂志.2002
[10].章卫平.人树突状细胞cDNA质粒文库的构建及其大规模随机测序体系的建立[J].第二军医大学学报.1999
论文知识图
