桑树bHLH转录因子家族全基因组鉴定与分析

论文摘要

本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴定与系统分析。结果表明,在桑树全基因组中共鉴定出173个b HLH转录因子,经过系统进化分析,将其分为四个进化大组,11个亚组;bHLH转录因子间理化性质差别和跨度较大,59.1%的等电点小于7,呈弱酸性;保守结构域分析表明,bHLH转录因子有两个高度保守的结构域并含有H5-E9-R13保守序列,N端的碱性氨基酸区与DNA结合位点有关,C端的HLH区形成螺旋-环-螺旋结构并且与形成二聚体有关,共含有5种保守元件;保守元件分析表明,bHLH基因家族只含有一个HLH保守结构域结构;蛋白互作分析结果表明,相似的功能或者相近的生理过程可能由不同的蛋白控制。鉴定和分析桑树bHLH转录因子家族,既可以为桑树的抗旱、胁迫等方面的研究提供分子生物学理论基础,又可以为分子改良桑树品种提供理论依据,从而改良桑椹的果实品质,进一步提高桑椹的食用价值和药用价值。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 惠甜,沈兵琪,王连春,卜晓真,邓浪,包昌艳,周凡,李辰晖

关键词: 桑树,转录因子,生物信息学分析,全基因组鉴定,蛋白质互作

来源: 分子植物育种 2019年17期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,蚕蜂与野生动物保护

单位: 西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室,西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室

基金: 云南森林资源培育与利用协同创新中心及林业公益性行业科研专项(201304810)资助

分类号: Q943.2;S888.3

DOI: 10.13271/j.mpb.017.005624

页码: 5624-5637

总页数: 14

文件大小: 9097K

下载量: 481

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标签：桑树论文;  转录因子论文;  生物信息学分析论文;  全基因组鉴定论文;  蛋白质互作论文;