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温州沿海岛屿潮间带三种软体动物遗传多样性研究

2020-12-02阅读(910)

温州沿海岛屿潮间带三种软体动物遗传多样性研究

论文摘要

温州沿海岛屿众多,水文环境复杂,潮间带生物种类丰富,其中日本花棘石鳖(Liolophura japonica)、疣荔枝螺(Reishia clavigera)、嫁（虫戚）(Cellana toreuma)为常见种,在潮间带生物群落中起着重要作用。对这些潮间带物种的遗传结构和遗传多样性进行研究,将有助于潮间带生物资源的合理保护和开发。本研究采用了线粒体COI基因和16S rRNA基因对这三个常见种进行了遗传结构和遗传多样性的全面分析,主要研究研究结果如下:(1)本研究从日本花棘石鳖13个群体获得长度为675 bp的COI基因序列和长度为517 bp 16S rRNA基因序列,COI基因总多态位点数为41个,单倍型多样性指数和核苷酸多态性分别为0.847和0.00601,平均核苷酸差异数为4.0578;16S rRNA基因的总多态位点数为9个,单倍型多样性和核苷酸多态性分别为0.665和0.00169,平均核苷酸差异数为0.8712。单倍型网络图显示,不同地理群体单倍型散乱分布,未出现地理类聚现象,表明温州沿海岛屿的日本花棘石鳖还没有明显的群体分化与地理隔离。(2)本实验获得158个疣荔枝螺个体,进行COI和16S rRNA基因片段序列测定,获得672 bp的COI基因序列和519bp的16S rRNA基因片段。COI基因共检测到简约信息点57个,单突变位点51个。核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.0080和0.978,平均核苷酸差异度为5.328。16S rRNA基因检测到简约信息点和单突变位点分别为13和16,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753和0.0026。基于单倍型构建的发育拓扑树单一,各个岛屿的疣荔枝螺存在基因交流。(3)本研究共获得嫁（虫戚）120条长度为为671 bp的COI基因片段和122条长度为505bp的16S rRNA基因序列。COI基因片段检测到10个单突变位点,单倍型多样和核苷酸多样性分别为0.145和0.0003,定义了10个单倍型。16S rRNA基因片段经有一个碱基缺失位点,单倍型多样性为0.096,核苷酸多样性为0.0002。5个变异位点定义了6个单倍型,单倍型1是主要的单倍型,占全部个体的95.1%。本研究中COI基因和16S rRNA基因,Tajima’s D值都小于0,并且差异性显著(P<0.01),该结果表明嫁（虫戚）历史上经历了扩张事件。根据以上实验结果,我们可以发现温州岛屿日本花棘石鳖、疣荔枝螺和嫁（虫戚）总体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,符合海洋生物的遗传特性。尽管三种物种遗传多样性高,但是近年来海洋生物栖息地受到人类的干扰,受威胁程度增加,种群的多样性保护应引起我们关注。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 绪论
  •   1.1 底栖生物
  •   1.2 温州岛屿概述
  •     1.2.1 洞头列岛
  •     1.2.2 北麂列岛
  •     1.2.3 南麂列岛
  •     1.2.4 七星列岛
  •   1.3 温州潮间带大型底栖生物研究
  •     1.3.1 温州岛屿潮间带生物种类组成
  •     1.3.2 温州岛屿潮间带生物生物量组成特点
  •     1.3.3 温州岛屿潮间带生物区系特点
  •     1.3.4 温州岛屿潮间带生物群落结构
  •   1.4 遗传多样性
  •   1.5 线粒体分子标记
  •     1.5.1 线粒体COI基因标记的应用
  •     1.5.2 16S rRNA基因标记的应用
  •   1.6 温州三种主要常见种的研究现状
  •     1.6.1 日本花棘石鳖
  •     1.6.2 疣荔枝螺
  •     1.6.3 嫁（虫戚）
  •   1.7 研究目的和意义
  • 2 材料与方法
  •   2.1 实验材料
  •     2.1.1 样品采集
  •     2.1.2 实验仪器
  •     2.1.3 实验试剂
  •   2.2 实验方法
  •     2.2.1 基因组DNA的提取
  •     2.2.2 琼脂糖电泳检测
  •     2.2.3 PCR扩增和测序
  •     2.2.4 数据处理
  • 3 日本花棘石鳖遗传多样性分析
  •   3.1 PCR扩增和测序结果
  •   3.2 碱基组成
  •   3.3 序列多态性分析
  •   3.4 遗传距离分析
  •   3.5 系统发生分析
  •   3.6 讨论
  • 4 疣荔枝螺遗传多样性研究
  •   4.1 PCR扩增及实验结果
  •   4.2 碱基组成
  •   4.3 序列多态性分析
  •   4.4 遗传距离分析
  •   4.5 系统发生关系分析
  •   4.6 讨论
  • 5 嫁（虫戚）遗传多样性研究
  •   5.1 PCR扩增和实验结果
  •   5.2 碱基组成
  •   5.3 序列多态性分析
  •   5.4 遗传距离分析
  •   5.5 系统发生关系分析
  •   5.6 讨论
  • 6 结论和展望
  •   6.1 结论
  •   6.2 展望
  • 参考文献
  • 表目录
  • 图目录
  • 致谢
  • 攻读硕士学位期间参与科研情况
  • 攻读硕士学位期间发表论文

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 吴晓雯

    导师: 张永普

    关键词: 温州沿海岛屿,日本花棘石鳖,疣荔枝螺,嫁虫戚,遗传多样性

    来源: 温州大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学,生物学

    单位: 温州大学

    基金: 浙江省科技计划项目(2016F50031),温州大学研究生创新创业项目

    分类号: Q953

    总页数: 87

    文件大小: 5407K

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