先天性小耳畸形微小RNA综合调控网络的生物信息学分析

先天性小耳畸形微小RNA综合调控网络的生物信息学分析

论文摘要

目的:通过对先天性小耳畸形患者的残耳软骨和健侧耳软骨组织中miRNA测序结果进行分析,预测差异表达miRNAs的候选靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控网络,探讨关键miRNA、靶基因、转录因子、长链非编码RNA与先天性小耳畸形发病间的关系,为进一步明确病因提供新的研究思路。方法:分析小耳畸形残耳软骨与健侧耳软骨间miRNAs的差异表达谱,基于24个差异表达的miRNAs,预测靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控图并对关键节点进行生物信息学分析。结果:基于24个差异表达的miRNAs,共预测到154个靶基因,209个转录因子和22个长链非编码RNA。MiR-221/222-3p、maiR-320c、miR-3122、mniR-4521,靶基因 ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1,转录因子 EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2 和长链非编码RNA TUG1、间存在相互调节作用构成关键模块。MiR-221/222-3p可与靶基因TRPS1、ZEB2转录因子FOS、EP300、STAT1及lncRNA MIAT相互调控,靶基因ZEB2与转录因子STAT1在调控网络中作为关键节点可连接多个靶点构成综合调控网络。结论:初步建立了先天性小耳畸形综合调控网络,找到了表达异常的关键miRNAs、靶基因、转录因子和长链非编码RNA,为后期针对各个靶点的验证和基因功能的研究奠定了理论基础,利于进一步探讨关键靶点及其调控网络与先天性小耳畸形间的关系。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 1、引言
  • 2、研究对象与方法
  •   2.1 研究对象
  •   2.2 研究方法
  •     2.2.1 靶基因预测
  •     2.2.2 MiRNA与lncRNA间调控关系的预测
  •     2.2.3 TFs与miRNA间调控关系预测
  •     2.2.4 利用Cytoscape3.6.0软件绘制调控网络
  • 3、结果与分析
  •   3.1 靶基因、LncRNAs、TFs预测结果
  •     3.1.1 靶基因预测结果(表2)
  •     3.1.2 LncRNAs预测结果(表3)
  •     3.1.3 TFs预测结果(表4)
  •   3.2 构建以miRNA为中心的综合调控网络图
  •   3.3 结果分析
  • 4. 讨论
  • 5. 结论
  • 参考文献
  • 综述
  •   综述参考文献
  • 致谢
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 郭蕊

    导师: 杨庆华

    关键词: 先天性小耳畸形,靶基因,长链非编码,调控网络

    来源: 北京协和医学院

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学,生物学,眼科与耳鼻咽喉科

    单位: 北京协和医学院

    分类号: R764.7;Q811.4

    DOI: 10.27648/d.cnki.gzxhu.2019.000630

    总页数: 36

    文件大小: 2203K

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