利用比较蛋白质组学与代谢组学研究Lactobacillus casei Zhang在葡萄糖限制性环境中的生长代谢规律

利用比较蛋白质组学与代谢组学研究Lactobacillus casei Zhang在葡萄糖限制性环境中的生长代谢规律

论文摘要

随着人们对乳酸菌认识不断提高,乳酸菌的市场发展前景广阔。乳酸菌在工业化生产及功能应用过程中不可避免的会面临各种各样的胁迫环境的考验,例如其在发酵豆乳的过程中会受到葡萄糖限制性环境的影响,这种胁迫因素下不仅会影响细胞的生理状况和性质,更成为困扰益生乳酸菌工业化生产和功能应用的重要瓶颈。因此有必要采用行之有效的方法对益生乳酸菌适应生产过程的营养胁迫环境机制进行深入研究。由于本研究以原始菌株LactobacilluscaseiZhang以及为期近四年的葡萄糖限制性环境下传代的1000代、2000代、3000代、4000代、5000代、6000代、7000代、8000代L.casei Zhang菌株为蛋白质组学研究对象,采用串联质谱标签(TMT)技术对标记后的菌株中蛋白质进行鉴定、定量及生物信息学分析。其结果表明:(1)由葡萄糖限制诱导差异表达蛋白质主要与果糖和甘露糖代谢,氨基酸合成、碳代谢、磷酸戊糖、糖酵解/糖异生以及磷酸转移酶系统(PTS)有关;(2)在不同胁迫代数的GO功能注释中发现差异蛋白质的功能主要集中在代谢、细胞、膜的进程中;主要行使的分子功能为催化活性;(3)在胁迫过程中关键差异蛋白质通过在不同代数之间自身表达量的上调与下调来调节其它细胞的碳水化合物、能量、核酸、氨基酸以及膜转运代谢来保护L.casei Zhang对抗葡萄糖胁迫的环境。以L.casei Zhang原始菌株以及在葡萄糖限制性环境下的2000代、4000代、6000代以及8000代菌株作为非靶向代谢组学研究对象。代谢组学结果表明:(1)葡萄糖限制环境中不同代数的差异表达代谢物质主要富集在糖酵解/糖异生、天冬氨酸代谢、果糖和甘露糖的降解、乳糖合成、半光氨酸以及色氨酸代谢途径;(2)在细胞生长后期葡萄糖被消耗后,细胞通过其它物质例如氨基酸来代替糖,在这期间糖的替代物质被广泛生产和利用以起到保护细胞的作用;(3)在葡萄糖限制性胁迫环境中检测到的差异代谢物主要参与碳水化合物代谢(β-D-果糖1,6-一.磷酸、甘油醛-3-磷酸)、氨基酸代谢(L-脯氨酸、L-丝氨酸、L-大冬酰胺)、核苷酸代谢(胸腺嘧啶、尿苷、腺苷)等途径。综上所述,L.casei Zhang胁迫环境下的蛋白质组学与代谢组学研究,一方面可为抗胁迫益生乳酸菌的筛选奠定坚实的理论基础;另一方面也可为益生乳酸菌工业化生产工艺的优化改进提供必要的理论指导。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 缩略语表
  • 1 引言
  •   1.1 益生菌的研究进展
  •     1.1.1 乳杆菌属的研究进展
  •     1.1.2 乳酸菌的胁迫环境
  •     1.1.3 Lactobacillus casei Zhang
  •   1.2 多组学技术在微生物中的应用
  •   1.3 蛋白质组学
  •     1.3.1 蛋白质组学概述
  •     1.3.2 蛋白质组学在乳酸菌中的应用
  •   1.4 代谢组学概述
  •     1.4.1 代谢组学概述
  •     1.4.2 代谢组学在乳酸菌中的应用
  •   1.5 主要内容及立题意义及创新点
  •     1.5.1 主要内容
  •     1.5.2 立题意义及创新点
  • 2 材料与方法
  •   2.1 菌株来源
  •   2.2 实验仪器与试剂
  •   2.3 实验方法
  •     2.3.1 菌株的生长条件及传代方法
  •     2.3.2 蛋白组学实验方法
  •     2.3.3 代谢组学实验方法
  •     2.3.4 蛋白组学与代谢组学关联分析
  • 3 结果与分析
  •   3.1 蛋白组学测定结果分析
  •     3.1.1 质控信息-肽段
  •     3.1.2 质控信息-蛋白质
  •     3.1.3 样本比较分析
  •     3.1.4 全蛋白的功能注释
  •     3.1.5 差异表达显著性蛋白的分析
  •   3.2 代谢组学测定结果分析
  •     3.2.1 样本质控
  •     3.2.2 不同分组的PCA结果
  •     3.2.3 不同分组的OPLS-DA结果
  •     3.2.4 物质鉴定结果
  •     3.2.5 差异代谢物质的筛选结果
  •     3.2.6 差异代谢物质的聚类分析结果
  •     3.2.7 差异代谢物质的富集分析结果
  •     3.2.8 差异代谢物质的代谢通路分析结果
  •   3.3 蛋白质组与代谢组学联合分析结果
  •     3.3.1 KEGG通路比较Venn分析
  •     3.3.2 KEGG通路注释分析
  •     3.3.3 KEGG通路富集分析
  •     3.3.4 KEGG通路可视化分析
  • 4 讨论
  •   4.1 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中与差异表达显著性蛋白质相关代谢通路变化
  •     4.1.1 L.case Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异表达蛋白对碳水化合物代谢的影响
  •     4.1.2 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异表达蛋白对核苷酸代谢的影响
  •     4.1.3 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异表达蛋白对氨基酸代谢的影响
  •     4.1.4 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异表达蛋白对膜转运代谢途径的影响
  •   4.2 L. casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中对相关代谢通路影响
  •     4.2.1 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异代谢物质对碳水化合物代谢的影响
  •     4.2.2 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异代谢物质对氨基酸代谢的影响
  •     4.2.3 L.casei Zhang在葡萄糖限制性环境传代过程中差异代谢物质对核苷酸代谢的影响
  • 5 结论
  • 致谢
  • 参考文献
  • 附录
  • 作者简介
  • 文章来源

    类型: 博士论文

    作者: 潘琳

    导师: 孟和毕力格

    关键词: 葡萄糖限制,蛋白质组学,代谢组学,差异表达蛋白质,差异表达代谢物质

    来源: 内蒙古农业大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

    专业: 生物学,生物学,轻工业手工业

    单位: 内蒙古农业大学

    分类号: Q936;TS201.3

    总页数: 168

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