石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位

石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位

论文摘要

在植物基因组中,叶绿体DNA(cpDNA)序列可以向核基因组转移成为核质体DNA(NUPT)。NUPTs在植物染色体(包括性染色体)的演化过程中具有重要作用,但目前相关研究比较缺乏。以雌雄异株植物石刁柏(Asparagus officinalis)为材料,采用生物信息学方法对其核基因组NUPTs进行注释及分析,并选取叶绿体基因组反向重复区(IR)2个片段进行染色体定位。结果表明,石刁柏核基因组中有2239个NUPTs序列的插入,总长度为565970bp,占核基因组的0.047%。不同染色体上插入的NUPTs数量存在较大差异,Y染色体上的NUPTs数量、密度及总长度均高于其它染色体,表明NUPTs在石刁柏性(Y)染色体上累积的更多。石刁柏叶绿体基因组中的IR区、大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)序列均能够向核基因组转移,但IR区序列转移频率更高。此外,对2个IR区的叶绿体序列进行荧光原位杂交,其中AocpIR1主要分布在所有染色体的着丝粒部位,而AocpIR2特异性分布在Y染色体上。研究结果为深入揭示石刁柏基因组的结构及其性染色体的演化奠定了坚实的基础。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 石刁柏基因组NUPT的生物信息学分析
  •     1.1.1 数据来源
  •     1.1.2 基因组NUPTs的注释
  •     1.1.3 基因组NUPTs在叶绿体基因组中的来源分析
  •   1.2 石刁柏叶绿体基因组IR区2个序列的染色体定位
  •     1.2.1 基因组DNA的提取
  •     1.2.2 叶绿体DNA序列扩增及回收纯化
  •     1.2.3 探针标记
  •     1.2.4 中期染色体玻片标本制备
  •     1.2.5 荧光原位杂交
  • 2 结果与讨论
  •   2.1 石刁柏基因组NUPTs在染色体上的长度分布模式
  •   2.2 石刁柏核基因组NUPTs来源分析
  •   2.3 2个IR区序列的获得
  •   2.4 2个IR区序列的染色体定位
  •   2.5 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 程广前,贾克利,李娜,邓传良,李书粉,高武军

    关键词: 石刁柏,生物信息学分析,核质体,性染色体

    来源: 植物学报 2019年03期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 河南师范大学生命科学学院,新乡医学院三全学院

    基金: 国家自然科学基金(No.31470334),河南省高校科技创新团队支持计划(No.17IRTSTHN017)

    分类号: Q943.2

    页码: 328-334

    总页数: 7

    文件大小: 249K

    下载量: 116

    相关论文文献

    • [1].石刁柏高产高效栽培技术[J]. 科学种养 2018(05)
    • [2].石刁柏设施高产栽培与创新技术措施[J]. 科学种养 2015(06)
    • [3].石刁柏种子发芽条件研究[J]. 北方园艺 2014(11)
    • [4].石刁柏栽培技术[J]. 内蒙古农业科技 2008(06)
    • [5].内蒙古野生和栽培石刁柏种子及植株生长特征观测[J]. 分子植物育种 2017(03)
    • [6].长江流域泽西奈特石刁柏高产栽培技术——长江流域新优蔬菜栽培系列专题之五[J]. 科学种养 2015(03)
    • [7].稀有蔬菜石刁柏病害的发生与综合防治措施[J]. 长江蔬菜 2011(13)
    • [8].石刁柏丰产栽培技术[J]. 现代农业 2013(11)
    • [9].长白山野生石刁柏在辽西地区的无公害生产技术[J]. 农技服务 2017(23)
    • [10].石刁柏中总氨基酸的含量测定[J]. 陕西中医 2011(09)
    • [11].石刁柏无公害栽培技术[J]. 吉林蔬菜 2015(08)
    • [12].石刁柏内生真菌的多样性研究[J]. 食品科技 2018(02)
    • [13].石刁柏两性花与雄花的抗氧化酶活性及其相关基因可变剪接的差异分析[J]. 植物生理学报 2019(08)
    • [14].薛百镇露地有机芦笋的栽培技术[J]. 农业技术与装备 2020(01)
    • [15].石刁柏高产栽培技术[J]. 农业与技术 2014(02)
    • [16].石刁柏早期性别鉴定的初步研究[J]. 蔬菜 2014(11)
    • [17].石刁柏Ty1-copia反转座子逆转录酶序列克隆及异质性分析[J]. 湖北农业科学 2016(18)
    • [18].对于石刁柏的引种和药用价值的分析[J]. 中国医药指南 2013(27)
    • [19].石刁柏多倍体的诱导与鉴定[J]. 湖南农业大学学报(自然科学版) 2008(03)
    • [20].石刁柏体细胞胚发生过程中多胺代谢酶和过氧化氢清除酶的活性变化[J]. 植物生理学通讯 2008(04)
    • [21].推介一道遗传综合分析题[J]. 生物学教学 2009(01)
    • [22].石刁柏汁对结肠癌细胞株SW620增殖和凋亡的影响[J]. 江苏农业科学 2013(08)
    • [23].石刁柏家庭室内盆栽关键技术[J]. 蔬菜 2016(10)
    • [24].石刁柏辐射诱变的遗传学分析与RAPD研究[J]. 广东农业科学 2011(01)
    • [25].绿芦笋高产栽培技术[J]. 河北农业 2011(03)
    • [26].石刁柏嫩茎的生药鉴定[J]. 中药材 2014(08)
    • [27].石刁柏化学成分研究[J]. 中国现代中药 2016(12)
    • [28].石刁柏3种不同类型愈伤组织的组织细胞学研究[J]. 孝感学院学报 2009(03)
    • [29].北方地区绿芦笋无公害栽培技术[J]. 吉林蔬菜 2010(03)
    • [30].天津市静海县芦笋种植效益高[J]. 天津农林科技 2010(01)

    标签:;  ;  ;  ;  

    石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位
    下载Doc文档

    猜你喜欢