基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测

论文摘要

目的采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考。方法以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小。采用二代测序技术进行苦豆子基因组调查测序,使用K-mer分析估测苦豆子基因组大小与杂合率。结果采用流式细胞术测得苦豆子基因组大小约为1 749 Mb。K-mer分析结果表明,苦豆子基因组大小约为1 648 Mb,基因组杂合率为1.12%,杂合率较高。结论苦豆子基因组大小约为1.7 Gb,杂合率较高,后续研究可采用三代PacBio进行80～100 X深度的测序开展全基因组测序研究。

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类型: 期刊论文

作者: 黄阿晶,周佳熠,李天泽,邢怡德,高飞,周宜君

关键词: 苦豆子,流式细胞术,分析,基因组大小,杂合率

来源: 中草药 2019年24期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,农业科技

专业: 农作物

单位: 中央民族大学生命与环境科学学院

基金: 国家自然科学基金资助项目(31370356),国家自然科学基金资助项目(31670335),中央民族大学学术团队建设项目(2015C8),国家大学生创新训练计划(SHSY2016120010)

分类号: S567.239

页码: 6098-6102

总页数: 5

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标签：苦豆子论文;  流式细胞术论文;  分析论文;  基因组大小论文;  杂合率论文;