胃癌化疗抵抗基因PMP22下游的生物信息学机制

论文摘要

目的探寻外周髓磷脂蛋白22（PMP22）的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗（CTx）抵抗的分子机制提供基础。方法基因表达数据库（GEO）获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列（GSE）数据GSE94714,数据库R语言（GEO2R）分析差异表达基因,筛选后行富集和通路分析,互作基因检索工具（STRING）数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,细胞图景（Cytoscape）的分子复合物探测（MCODE）模块分析,细胞核心插件（CytoHubba）筛选网络中的关键基因,癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库分析基因与药物敏感性的关系。结果 PMP22下游10倍变化的差异基因314个,上调283个,下调31个,主要富集于细胞黏着连接、细胞-细胞黏附、多聚腺嘌呤核糖核苷酸结合和细胞周期通路。PPI中4个亚模块主要与剪接体、泛素介导的蛋白水解通路（P<0.01）和3个反应组学（REACTOME）通路（P<0.05）关联,最大集团中心性（MCC）算法得到包括肽基脯氨酰异构酶E（PPIE）、核内不均一性核糖核蛋白A1（HNRNPA1）、Y框结合蛋白1（YBX1）的关键基因10个,富含腺嘌呤胸腺嘧啶（AT）蛋白质1A交互域（ARID1A）、死亡盒（DExH）解旋酶9（DHX9）与癌细胞对顺铂的敏感性有关。结论 PMP22主要通过多种细胞组分、分子功能、生物过程和通路参与胃癌CTx抵抗,ARID1A等关键基因和细胞周期、剪接体、泛素介导的蛋白水解通路是治疗胃癌PMP22相关CTx抵抗的潜在靶点。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 汪圣毅,张永红,闫亚飞,李旭升,程彦,李永翔

关键词: 胃癌,化疗抵抗,外周髓磷脂蛋白,生物信息学分析,关键基因

来源: 安徽医科大学学报 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学,生物医学工程

单位: 安徽医科大学第一附属医院普外科胃肠外科

基金: 国家自然科学基金(编号:81874063)

分类号: R735.2;Q811.4

DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2019.04.002

页码: 509-514

总页数: 6

文件大小: 2711K

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