利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

论文摘要

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1） 3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集146份样本进行检测,检出率为10.96%（16/146,95%CI:6.4%～17.2%）,且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 胡承哲,周群,李玉,张敏,汤承,张斌

关键词: 藏猪,腹泻粪便,宏基因组学,分子特征,猪圆环病毒型

来源: 畜牧兽医学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 西南民族大学生命科学与技术学院,国家民族事务委员会青藏高原动物疫病防控创新团队

基金: 国家自然科学基金(31772766),四川省教育厅创新团队项目(13TD0057),西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2019SZ130)

分类号: S852.651

页码: 2479-2487

总页数: 9

文件大小: 2157K

下载量: 285

相关论文文献

• [1].我们需要学会与病毒平衡相处[J]. 经营管理者 2020(Z1)
• [2].病毒的世界[J]. 世界科学 2020(03)
• [3].为新冠病毒疫情受难者祈祷[J]. 地球学报 2020(02)
• [4].病毒[J]. 文艺生活(艺术中国) 2020(02)
• [5].渔家傲·抗击新冠病毒[J]. 档案天地 2020(03)
• [6].《网住病毒，留住爱》[J]. 北京电影学院学报 2020(03)
• [7].抗击新冠病毒役情[J]. 源流 2020(Z1)
• [8].抗击新冠病毒有感[J]. 中国民族博览 2020(03)
• [9].新春佳节有感病毒袭来[J]. 民心 2020(02)
• [10].抗击病毒[J]. 机电兵船档案 2020(02)
• [11].为什么新冠病毒对儿童的危害没有那么严重[J]. 生命与灾害 2020(05)
• [12].《武汉，新冠病毒——止》[J]. 湖北工程学院学报 2020(02)
• [13].《与病毒打交道的人》[J]. 四川档案 2020(02)
• [14].专家称新冠病毒将长伴人类[J]. 养猪 2020(03)
• [15].为什么新冠病毒对儿童的危害没有那么严重[J]. 生命与灾害 2020(06)
• [16].病毒大作战[J]. 机电兵船档案 2020(03)
• [17].环境因素对病毒在水体中生存与传播的影响[J]. 环境科学研究 2020(07)
• [18].《众志成城-战胜病毒》[J]. 上海纺织科技 2020(07)
• [19].如果所有病毒都消失会怎样[J]. 世界科学 2020(08)
• [20].《防疫病毒 人人有责》[J]. 成才与就业 2020(Z2)
• [21].感染6大危险病毒,被拍卖400万!全球最“毒”的一台电脑[J]. 办公自动化 2019(15)
• [22].蔬菜病毒病防控八技巧[J]. 农村新技术 2018(01)
• [23].与病毒的博弈[J]. 网络安全和信息化 2018(01)
• [24].寨卡病毒的基本特征及其防控[J]. 生物学通报 2017(01)
• [25].《寨卡病毒受害者》[J]. 新闻记者 2017(03)
• [26].作为“病毒之王”，蝙蝠自己为何安然无恙？[J]. 老年教育(长者家园) 2020(03)
• [27].病毒[J]. 当代教育家 2020(01)
• [28].《消灭病毒君，我们一起加油！》[J]. 东方少年·快乐文学 2020(04)
• [29].病毒[J]. 当代教育家 2020(01)
• [30].《科学防范，远离病毒》[J]. 东方少年·快乐文学 2020(04)

标签：藏猪论文;  腹泻粪便论文;  宏基因组学论文;  分子特征论文;  猪圆环病毒型论文;