导读:本文包含了可变位点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:致泻性大肠埃希菌,溯源,多位点可变数目串联重复序列分析,脉冲场凝胶电泳
可变位点论文文献综述
王磊,陈琼城,胡璐璐,邱亚群,林一曼[1]（2019）在《深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究》一文中研究指出目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌(DEC)的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果 PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数(DI)值为0.965。MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论 MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。(本文来源于《疾病监测》期刊2019年10期）
赵林,陈美玲,卢昕,李杰,赵宏群[2]（2019）在《中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立》一文中研究指出目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列(VNTR)位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低(71.90%),VP1-17不具备多态性(Nei值=0.00),VP2-07的稳定性差;6个位点的组合(VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8)分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论 6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。(本文来源于《疾病监测》期刊2019年06期）
连英姿,刘虎生,郝富智,侯元,赵常智[3]（2018）在《沈阳市2011年-2015年食源性致病菌监测沙门菌多位点可变数量串联重复序列分型》一文中研究指出目的建立沙门菌监测的多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)分子分型数据库,提高沙门菌的检测和防控能力。方法筛选针对沈阳本地食源性致病菌具有高度多态性的VNTR位点,选择STTR7、STTR3、SE6、2628542、3629542、SE10共6个VNTR位点进行MLVA分型。结果 917份样品检出沙门菌11株,检出率为1. 2%。11株沙门菌共分成A和B两大聚类,分别占比36. 4%和63. 6%,A聚类可分为1个亚聚类,B聚类又可细分为3个亚聚类。表明沈阳地区流行的沙门菌是多克隆的,大部分菌株属于一个亲缘关系很近的克隆系。结论沈阳地区沙门菌MLVA分型呈较好的多态性。(本文来源于《中国卫生检验杂志》期刊2018年23期）
马娜[4]（2018）在《鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究》一文中研究指出目的:利用MLVA基因分型技术,通过对我国不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板进行基因分型工作,探讨不同地区的基因分型情况及亲缘关系,为我国鼠疫耶尔森菌溯源提供更丰富的数据库及资料。方法:本研究选取的样本由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室在2017年提供,来自不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板共180株。其中甘肃省11株;西藏自治区40株;四川省31株;新疆自治区37株;青海25株;内蒙古自治区36株。本实验选用“14+12”分级分型方案,一共26个VNTR位点进行MLVA分型,其中14个位点进行每个地区的菌株分型,针对14位点分型后菌株数量较多MLVA型再利用12位点进一步再分型。经实验分析后得出各位点的重复数,经过软件Bio Numerics聚类分析后得到各位点的分辨指数,本研究以分辨指数相似度大于60%的分为一个基因群组,分辨指数完全相同的分为一个基因型。绘制聚类图及最小生成树。结果:1.菌株DNA基本特征:本研究菌株选自全国的15个生态型及3个生物型,其中新疆菌株生态型最多,有5个生态型;甘肃菌株有4个生态型;青海有3个生态型;西藏、四川和内蒙古菌株分别只有2个生态型。新疆和甘肃分别有古典型和中世纪型菌株,四川和青海则分别来自古典型和田鼠型,内蒙古菌株有田鼠型和中世纪型菌株,而西藏全部菌株只有古典型菌株。2.不同地区14位点MLVA分型结果:新疆地区分为5群,22个MLVA型,A群中MLVA型最多,19株菌占比51.4%;青海地区分为4群,14个基因型;甘肃地区分为3个群,6个MLVA型,B群中菌株数目最多,占比54.5%。3.不同地区“14+12”MLVA分型结果:西藏地区经14位点分为2个群,13个基因型,西藏地区样本菌株在B群中有34株菌占比85.0%,其中B群MLVA 8型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共5个基因型;四川地区经14位点分为2个群,5个基因型,其中A群MLVA 2型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a-e 5个群共9个基因型;内蒙古地区经14位点分为2个群,7个基因型,其中B群MLVA 1型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共15个基因型。4.不同传统型MLVA基因分型结果:本研究选取的14位点将180株菌分为8群、25簇、64个基因型。共有10个生态型完全分布在特定的基因群组中,4个生态型分布在2个不同的群组中,1个生态型较为分散,分布于3个基因群组中;田鼠型和中世纪型分布有单独的群组,不与古典型相交叉;古典型菌株没有单独的群组,分散在不同的基因群中。5.亲缘关系:中世纪型菌株由内蒙古地区中世纪型菌株基因进化而来,田鼠型菌株由青海地区田鼠型菌株基因进化而来;西藏、新疆地区的大部分菌株较为独立,而四川、青海、甘肃、及西藏和新疆的小部分古典型菌株相互之间的基因位点差异较小,可由相同的基因型进化而来。结论:1.只用14位点MLVA分型方法对新疆、甘肃和青海的菌株分型就可以有较高的分辨率;而内蒙古、西藏和四川地区的菌株需结合12位点的再分型才能提高基因分型的分辨率。2.与鼠疫菌传统型结合分析,鼠疫菌在遗传进化上具有一定的稳定性。3.本研究发现,不仅同地区菌株之间有亲缘关系,不同地区间也可以通过基因分型方法发现其存在的基因层面的进化、发展关系。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-10-01）
张媛媛,徐雅萍,杜鹏程,强裕俊,张雯[5]（2016）在《老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析》一文中研究指出目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。(本文来源于《中国医学科学院学报》期刊2016年04期）
雷霜霜,徐晓阳,庄妤冰,于玖轩,柯跃华[6]（2015）在《多位点可变数目串联重复序列分析在布鲁菌分型和溯源中的应用研究进展》一文中研究指出布鲁菌病是一种由布鲁菌属感染引起的危害严重的人兽共患病。经典的布鲁菌分型方法将其分为6个生物种22个生物型,DNA-DNA杂交研究显示6个经典物种同源性>90%。多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)依据可变数目串联重复序列(VNTR)特征进行菌株基因分型,在血清分型的基础上进一步分型,阐明了环境菌株和临床菌株的关系,并在布鲁菌病暴发流行调查中得到了广泛应用。该文综述了MLVA技术基本原理、发展概况、优越性及其在布鲁菌分型和溯源中的应用。(本文来源于《军事医学》期刊2015年12期）
王艳华,彭遥,夏连续[7]（2015）在《中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究》一文中研究指出目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分型研究。结果 MLVA分析显示,中国菌株在4个VNTR位点具有特有的重复数:Ft-M3重复数是5,Ft-M18重复数是1,Ft-M20重复数是2,Ft-M21重复数是2。12个VNTR位点组合分析,得出重复数比较接近的是:410108和日本FSC022;410112、410113和德国F92;410116、410117和美国OSU18、俄罗斯LVS。结论根据特有的重复数,通过检测Ft-M3、Ft-M18、Ft-M20和Ft-M21位点,可以把中国本土土拉菌和国外土拉菌区分开。另外,相对于欧美国家和日本,中国土拉菌具有更多的遗传多样性。(本文来源于《中国媒介生物学及控制杂志》期刊2015年06期）
郭倩含[8]（2015）在《基于机器学习方法的可变剪接位点预测研究》一文中研究指出生物信息学的主要目标之一就是针对基因组表达与功能的研究分析,而真核生物RNA剪接机制是细胞中影响基因表达的复杂过程,剪接机制在RNA领域的研究中具有重要意义。RNA剪接机制的不同会产生不同的剪接产物,为了预测其剪接位点,就需要提出更精确的方法来解决相关的问题。机器学习是智能计算领域的重要研究点。不同与数据挖掘技术,除了对知识进行学习外,机器学习还被要求能够利用已有的知识来改善自身性能。利用机器学习方法来进行RNA剪接位点的相关研究,势必比传统的方法和工具更智能,预测结果更准确。本文主要研究的是结合二阶马尔可夫模型与支持向量机的机器学习方法在可变剪接位点预测问题上的应用,其思想是把对剪接位点的预测转化为根据其附近序列特征进行真假位点的分类。本文主要工作有：1、从ASD与AS-ALPS可变剪接数据库中选择数据,从中挑出五种可变剪接序列的数据集,并在剪接位点上下游各取一定长度的碱基,组建样本数据并做预处理。2、利用基于二阶马尔可夫模型的方法进行序列特征抽取,通过分析从中选择出剪接位点二联碱基规则等主要特征,用于构成后续分类工作的特征向量。3、利用改进了样本密集度和隶属度计算的SVM进行分类,目的是尽量减少噪声样本对预测结果准确性的负面影响。通过测试表明,在针对可变剪接各变体位点的预测中,本文采用的预测方法比传统的算法和基本的机器学习方法的预测准确性更高,效果更好。(本文来源于《云南大学》期刊2015-06-01）
姜海,荣蓉,田国忠,赵娜,赵鸿雁[9]（2015）在《利用多重聚合酶链反应和多色毛细管电泳分析布氏菌多位点可变数目串联重复序列》一文中研究指出目的传统的布鲁氏菌多点可变数目串联重复序列分析方法涉及16个位点(MLVA-16),包括单重聚合酶链反应和琼脂糖凝胶电泳,一直以来都作为标准的基因分型方法,用于布病的病原监测和流行病学调查。然而,目前这种传统方法工作量较大,实验室间结果不宜比较;尤其是对大规模菌株进行基因分型或面临突发疫情时,急需一种高通量且快速的方法。方法用多重PCR和多色毛细管电泳方法建立一种可靠的,高通量的且自动化程度较高的MLVA-16改良分型系统,用82株菌进行测试。结果这种改良的MLVA-16分型系统具有很高的准确性,且具有快速和高通量的特点。结论改良的MLVA-16分型系统可用于基层布病实验室,为布病的病原监测提供高效的工具。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2015年04期）
罗涛,杨崇广,彭英,陆丽萍,武洁[10]（2014）在《结核分枝杆菌可变串联重复序列(VNTR)高分辨力位点的克隆稳定性研究》一文中研究指出目的评估结核分枝杆菌可变串联重复序列(VNTR)高变位点在结核菌传播过程中的克隆稳定性。方法对上海市松江区及黑龙江省五常县2009-2010年收集的结核菌株进行9位点VNTR分型;对鉴定的32个来自两个最大簇的菌株进行3个高变位点(VNTR 3232,VNTR 3820和VNTR 4120)分型及全基因组测序;通过分析高变位点和基因组成簇的一致性评估高变位点的克隆稳定性。结果 32个菌株的高变位点及全基因组呈现较高的多态性;基因组成簇(基因组差异≤5突变)的菌株中,高变位点的一致性达100%。结论 高变位点具有较好的克隆稳定性,适合用于研究结核菌的近期传播。(本文来源于《科学研究与结核病防治高峰论坛论文汇编》期刊2014-06-28）
可变位点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列(VNTR)位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低(71.90%),VP1-17不具备多态性(Nei值=0.00),VP2-07的稳定性差;6个位点的组合(VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8)分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论 6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
可变位点论文参考文献
[1].王磊,陈琼城,胡璐璐,邱亚群,林一曼.深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究[J].疾病监测.2019
[2].赵林,陈美玲,卢昕,李杰,赵宏群.中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立[J].疾病监测.2019
[3].连英姿,刘虎生,郝富智,侯元,赵常智.沈阳市2011年-2015年食源性致病菌监测沙门菌多位点可变数量串联重复序列分型[J].中国卫生检验杂志.2018
[4].马娜.鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究[D].吉林大学.2018
[5].张媛媛,徐雅萍,杜鹏程,强裕俊,张雯.老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析[J].中国医学科学院学报.2016
[6].雷霜霜,徐晓阳,庄妤冰,于玖轩,柯跃华.多位点可变数目串联重复序列分析在布鲁菌分型和溯源中的应用研究进展[J].军事医学.2015
[7].王艳华,彭遥,夏连续.中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究[J].中国媒介生物学及控制杂志.2015
[8].郭倩含.基于机器学习方法的可变剪接位点预测研究[D].云南大学.2015
[9].姜海,荣蓉,田国忠,赵娜,赵鸿雁.利用多重聚合酶链反应和多色毛细管电泳分析布氏菌多位点可变数目串联重复序列[J].中国人兽共患病学报.2015
[10].罗涛,杨崇广,彭英,陆丽萍,武洁.结核分枝杆菌可变串联重复序列(VNTR)高分辨力位点的克隆稳定性研究[C].科学研究与结核病防治高峰论坛论文汇编.2014
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