孙允东[1]2003年在《山东地方山羊遗传多样性研究》文中指出本文采用微卫星标记技术，选用27个位点，对山东四个地方山羊品种(济宁青山羊，崂山奶山羊，鲁北白山羊，莱芜黑山羊)进行了遗传多样性评价，通过计算遗传杂合度，多态信息含量，哈代温伯平衡的卡方值，不同品种的优势等位基因和特异等位基因频率，遗传分化系数，近交系数，同源基因个数，群体间的基因流动，微卫星位点的中性突变和群体内的杂合度，四个山羊品种的奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离，对四个山羊品种的群体结构进行了分析，并且对与生长性状相关的16个微卫星位点进行了相关性分析，找到了与生长性状紧密相关的微卫星位点。具体结果如下： 1 四个山羊品种的遗传分化系数(Gst)较高平均达到0.302927，说明0.697073的遗传变异发生在群体内，但是群体间的变异也较高。平均F_(ST)为0.230385，说明0.769615的总遗传变异是由于群体内的遗传分化。近交系数(Fis)最小的为济宁青山羊(0.216115)，说明四个山羊品种种内近交严重。 2 崂山奶山羊，莱芜黑山羊，济宁青山羊，鲁北白山羊四个山羊群体的杂合度分别为：0.．302366、0.493576、0.539375、0.582329。 3 找到了不同群体的优势等位基因和特有等位基因。优势等位基因体现了群体特征，稀有等位基因具有较大的经济价值。 4 找到了不同群体间的同源基因，并且分析了不同群体的基因流动情况，Nm值的变化从崂山奶山羊与济宁青山羊两个群体的0.4492到济宁青山羊与鲁北白山羊两个群体的1.4284。 5 利用DISPAN计算的四个品种的遗传距离为：济宁青山羊与鲁北白山羊为一类，其次为莱芜黑山羊，距离最远的是崂山奶山羊。这个结果与不同群体间的基因流动值和同源基因个数相符合。 6 四个山羊品种不同位点的多态信息含量(PIC)普遍较高，大部分大于0.5，表明选用的位点能较好的体现四个山羊品种的遗传多样性。 7 四个山羊品种的群体结构检测表明，本试验所选用的27个微卫星位点大部分处于哈代温伯不平衡状态，这可能与群体的数量和采样有关。 8 用SAS6.12软件对与生产性状相关的16位点进行了方差分析，分析得出与生长发育性状相关的六个微卫星位点，分别为：BMS1724，BMS1943，BMS1290，BM6404，BM1818，MAF70。并且找到了每个位点对具体性状有正负效应的等位基因。
陈冰[2]2008年在《河南地方山羊品种遗传多样性的微卫星标记分析及与体尺性状的关系》文中研究表明本研究采用18个微卫星标记,对河南省5个地方山羊品种(牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊、伏牛白山羊)共计251个个体的遗传多样性进行了分析和研究。通过计算等位基因、多态信息含量、遗传杂合度、哈代温伯格平衡检验、不同品种的优势等位基因和特有等位基因、遗传分化系数、5个山羊群体的Nei标准遗传距离和共祖遗传距离等,对5个山羊群体的群体结构进行了分析;并且对与生长性状相关的6个微卫星位点进行了相关性分析,找到了与生长性状紧密相关的微卫星位点。旨在为山羊遗传资源的合理开发、利用及保护提供科学依据。结果如下:1.采用的18个微卫星标记,在5个山羊群体中进行遗传多样性分析,共检测到211个等位基因,平均每个位点检测到11.72个等位基因。表明所选取的18个微卫星位点在5个山羊群体中多态性较丰富。2.计算了等位基因频率,并以其为基础获得了各群体的平均杂合度、平均多态信息含量和平均有效等位基因数,分别为0.838～0.869、0.807～0.844、3.35~13.15。说明这5个山羊品种遗传变异大,遗传多样性丰富,遗传基础比较广泛。3.找到了不同群体的优势等位基因和特有等位基因。优势等位基因体现了群体特征,稀有等位基因具有较大的经济价值。4.计算了总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数,结果表明群体间的变异程度占总群体的3.4%,群体间变异程度不高。5.计算了Nei氏标准遗传距离和共祖距离,结果表明品种间的遗传距离变异不大。根据Nei氏标准遗传距离和共祖距离,分别进行了NJ和UPGMA聚类,结果表明NJ聚类图和UPGMA聚类图结果较一致。6.本试验所选用的18个微卫星位点大部分处于哈代温伯不平衡状态,这可能与群体的数量和采样或选择、迁移、遗传漂变等有关。7.用SAS6.12软件对与生长发育性状相关的6个位点进行了方差分析,分析得出与生长发育性状相关的5个微卫星位点,分别为:BM6444,MAF70,BM315,BM1818,BMC1206;并且找到了每个位点对具体性状有正、负效应的等位基因。
刘恩民[3]2018年在《中国地方山羊品种群体遗传结构和选择信号分析》文中提出我国山羊品种资源丰富,特征明显,具有高繁、抗逆、耐粗饲等特性。山羊遗传资源的保护和开发利用,是我国羊产业发展的重要基础。但是随着近年来畜牧业飞速发展以及外来优良品种的大量引进,地方山羊的遗传多样性和种质特性受到一定的威胁,因此研究我国山羊品种的种群历史、群体结构、遗传多样性和基因组选择痕迹,可以摸清我国山羊遗传资源家底,为优良山羊品种的保护和利用提供理论依据。因此本论文利用Illumina山羊SNP 50K Beadchip对我国14个山羊品种和2个野生山羊种群共计240个个体进行了遗传多样性、群体遗传结构和基因组选择痕迹分析,并根据此结果提出了我国山羊遗传资源保护的相关对策,获得相关结果如下:(1)遗传多样性分析发现戴云山羊的近交系数最高,杂合度最低;而新疆山羊的近交系数最低,杂合度最高,说明戴云山羊品种内存在着一定程度的近交,遗传多样性不丰富。利用主成分分析(PCA)、STRUCTURE、NETVIEW和邻接(NJ)树分析群体遗传结构,结果表明我国地方山羊品种可以划分为叁个类群:北方群体、西南群体和南方群体;野生岩羊和北山羊则与北方群体的聚类关系更近;群体遗传结构分析还显示成都麻羊存在闭锁繁育和高度近交。(2)采用XP-EHH和iHS统计方法分析中国地方山羊品种的选择痕迹,发现在野生和高原对比选择信号中,在8、14和1号染色体强的受选择窗口找到了一些未知功能的基因如PLGRKT、LOC106502473、LOC1021856、XXYLT1等,但它们的功能有待进一步验证。高海拔和低海拔选择信号发现JAK2可能和高原适应性相关。14个家养品种选择信号中,发现出CSN3可能和繁殖性状相关,ELK3、FGF5可能和生长性状相关。(3)根据山羊群体遗传结构和基因组选择信号分析结果提出了以下建议:制定山羊遗传资源保护规划和保种“优先次序”;制定戴云山羊和成都麻羊保护方案;进行种质资源的深度挖掘和分子评价;建立遗传资源保种效果的分子评价与监测技术;继续进行基因组遗传信息保种的研究与应用;要加强山羊品种资源的调查工作;保种和开发利用相并举。
皮秀霜[4]2013年在《中国奶山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性与起源进化研究》文中研究表明据考证，历史上我国没有专门化的奶山羊品种，现有的优良奶山羊品种都是引进国外奶山羊品种培育而成。本研究利用线粒体DNA对4个培育奶山羊品种（崂山奶山羊、关中奶山羊、西农萨能奶山羊和的文登奶山羊）、2个引进奶山羊品种（萨能奶山羊和努比亚奶山羊）和3个地方山羊品种为对照（莱芜黑山羊、简阳大耳羊和乐至黑山羊）共9个品种进行研究，我们测定了155只山羊个体的线粒体D-loop区全序列，通过群体遗传结构、亲缘关系、系统进化和群体扩张等几方面对中国奶山羊进行遗传多样性和起源研究。主要研究结果如下：1．奶山羊群体线粒体DNA控制区的核苷酸变异奶山羊个体的mtDNAD-loop区长度为1212bp-1215bp，4种核苷酸A、G、C、T的含量平均值分别为31.07%、14.17%、25.81%、28.87%，G+C的平均含量为39.99%，A+T含量明显高于G+C含量。在155条序列中发现了97个多态位点，其中单一多态位点20个，简约信息位点77个。97个多态性位点中，核苷酸变异来源于碱基转换，没有发生颠换，表明中国奶山羊具有转换偏倚性。2．奶山羊群体的遗传多样性在97个多态位点中共确定了62种单倍型，在共有单倍型中Hap_2出现频率最高，其次是单倍型Hap_1，其中35个为各品种的特有单倍型。奶山羊群体的平均核苷酸多样度为：0.0098±0.0009；平均单倍型多样度为：0.865±0.010；参考组本地山羊品种平均核苷酸多样度和单倍型多样度分别是0.0116±0.0025和0.98±0.052（表3-7），表明中国奶山羊序列多态性较低。在不同品种间，关中奶山羊和莱芜黑山羊单倍型多样度最高，分别是0.98±0.024和1.00±0.052，文登奶山羊和崂山奶山羊单倍型多样度最低，分别为0.752±0.086和0.69±0.085；表明中国培育奶山羊品种多态性较贫乏。3.奶山羊品种间亲缘关系利用Kimura2-parameter模型在MEGA4.0中计算群体的种间遗传距离，结果为：国外引进品种努比亚奶山羊和其他品种间遗传距离最都较远，培育品种文登奶山羊、崂山奶山羊和本地山羊品种莱芜黑山羊间遗传距离较近，本地山羊品种简阳大耳羊、乐至黑山羊与培育奶山羊品种遗传距离较远。4.奶山羊遗传结构分析中介网络分布图显示同一地区同一品种的单倍型没有聚在同一个群集里，并且许多单倍型同时被不同品种不同地区的个体所共有。品种内的方差组分占线粒体DNAD_loop区全序列总变异的89.34%，且整个群体的Fst值为0.10655。表明中国奶山羊群体不存在明显的地理结构分布，并且表现出中度分化。5.奶山羊群体起源与进化分析利用MEGA4.0选择Kimura双参数模型，构建了中国奶山羊62个单倍型和发表在GenBank上的已经确定的（A、B和C）支系的山羊线粒体为参考，构建了NJ聚类图。结果显示中国奶山羊存在A和B两个支系，表明中国奶山羊有两个独立的母系起源。6.奶山羊群体扩张分析对中国奶山羊群体进行中性检验和错配分布分析，支系A的不配对分布曲线呈单峰形，支系B的不配对分布曲线呈双峰，在中性检验中，支系A的Fs值为-24.01105，P值为0.00300，显着偏离中性，表明中国山羊支系A曾经历群体扩张。支系B Fs值为-5.39616，P值为0.08500，表明中国山羊支系B没有经历过群体扩张，群体大小保持相对稳定。
李培培[5]2008年在《山东地方山羊种群边际多样性和优先保护次序》文中指出本研究采用微卫星标记技术,选取12个座位,分析鲁波山羊、牙山黑绒山羊、内蒙古绒山羊3个种群的遗传多样性,结合本实验室已发表资料,选择使用相同座位的崂山奶山羊、莱芜黑山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊4个种群,应用Weitzman方法和多样性贡献法,对7个种群的优先保护次序进行研究。结果如下:1.遗传多样性:(1).鲁波山羊、牙山黑绒山羊和内蒙古绒山羊12个微卫星座位,只有个别座位为中度多态,其余均为高度多态;3个种群的有效等位基因数分别为:4.6852、3.2009、4.9616;期望杂合度分别为0.7799、0.6688、0.7663,表明山羊种群遗传变异较大,遗传基础比较广泛。(2).对7个山羊种群的遗传分化进行分析,平均遗传分化系数为15.0%,说明85.0%的遗传变异来自群体内;根据F-统计量,82.5%的遗传变异来自于群体内。群体内平均近交系数为48.1%,表明近交严重。(3).不同计算方法得出7个山羊种群的遗传距离值不同:标准遗传距离(Ds)范围在0.2929～1.6041之间;亲缘距离(DK)在0.4879～0.7389之间;Reynolds距离(DR)在0.592～0.1549之间;根据等位基因共享距离(DAS),内蒙古绒山羊与莱芜黑山羊之间的距离最大。2.运用Weitzman方法,计算6个山羊种群(内蒙古绒山羊为参照种群)的遗传多样性指标:(1).根据10个非遗传参数计算灭绝概率,7个种群的平均灭绝概率为0.290。(2).根据DS、DK、DR、DAS,如果不对山东6个山羊种群进行保护,一段时间后,多样性将分别减少37.48%、38.58%、38.68%、36.25%。(3).根据DS、DK、DR、DAS,6个山羊种群的绝对贡献不同,但都是济宁青山羊遗传贡献最大。(4). DS、DK、DR、DAS计算的边际多样性值不同,根据前叁种遗传距离,济宁青山羊边际多样性最大;而根据DAS,鲁波山羊边际多样性最大。(5).依据保护潜力确定保护次序。四种遗传距离确定的保护次序基本一致,都是先对济宁青山羊进行保护,其次是牙山黑绒山羊。3.多样性贡献法将贡献分为群体内贡献和群体间分化贡献两部分,存在两种量度:(1).基因多样性贡献:对总基因多样性(CT)贡献最大的是崂山奶山羊(1.86%),对种群间基因多样性分化贡献最大的是莱芜黑山羊(1.42%),CT均值为0,崂山奶山羊和牙山黑绒山羊的CT大于均值。(2).等位基因丰富度贡献:对总等位基因丰富度(CrT)贡献最大的是莱芜黑山羊(5.39%),且5个群体的CrT均值为3.40%。牙山黑绒山羊、崂山奶山羊和济宁青山羊的CrT的大于均值。(3). CT和CrT呈不显着正相关(P>0.05),两者与HT、RT呈不显着正相关。根据多样性贡献法,超过两种量度均值的群体应优先保护。本研究中牙山黑绒山羊、崂山奶山羊应首先进行保护。
陈李鹏[6]2017年在《牛羊SSR分析及MHC进化机制研究》文中提出动物遗传多样性是动物遗传育种的基础,而DNA多态性在评估群体遗传多样性和群体遗传结构中起着重要作用。微卫星(Simple Sequence Repeat,SSR)多态性丰富,被广泛应用于评估动物群体的遗传多样性,所反映的群体遗传结构往往与各自地理分布和管理背景相一致。不同地理分布群体在环境适应性方面不尽相同,主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex,MHC)在动物适应性免疫中起主要作用。MHC多样性与动物疾病抗性密切相关,但MHC多样性的形成与维持机制尚不清楚。本研究收集了不同地理分布和管理背景的山羊、绵羊和牛共3个物种53个品种(群体)的1439个样本,通过全基因组微卫星标记(以下简称基因组SSR)和MHC区域微卫星标记(以下简称MHC SSR)分析所有群体的遗传多样性,比较两种水平所反映的群体遗传差异,推测MHC可能存在的进化机制,为家畜在抗病育种和提高环境适应性研究中提供基础数据。本研究的主要结果与结论如下:1、通过分析山羊、绵羊和牛的群体遗传多样性,发现基因组SSR反映出的群体间遗传关系与其地理分布及历史起源基本一致。2、通过分析山羊、绵羊和牛MHC SSR位点的遗传参数,发现BM1258位点在3个物种内均高度多态;BF1位点在牛和山羊群体中表现为中度多态,在绵羊群体中高度多态;DYMS1位点在山羊和绵羊群体中低度多态,在牛群体内无多态性。3、实验中山羊、绵羊和牛群体共用的10个基因组SSR位点中6个位点INRA063、SPS113、OarFCB48、TGLA53、OarFCB20、MAF70在所有群体中均高度多态,可作为评估3个物种的群体遗传多样性有效遗传标记。4、通过比较基因组SSR位点和MHC SSR位点在群体中的遗传参数,发现MHC SSR位点在群体内平均杂合度较低,据此推测杂合子优势在修饰MHC多态性中所起的作用可能比较微弱。5、通过系统进化分析,发现基因组SSR水平我国引进的波尔山羊群体与非洲坦桑尼亚地方山羊群体及波尔山羊群体聚为一支,而MHC SSR水平与我国当地山羊群体聚为一支,据此推测MHC这类与免疫密切相关的遗传标记不完全适用于研究群体历史起源与进化关系。6、本实验通过对物种内群体间遗传分化分析,发现各群体MHC SSR的FST值高于基因组SSR,推测MHC区域进化中可能受到了波动选择作用的影响,且MHC区域的稀有等位基因可能是群体在进化过程中根据所处环境中病原体的变化而新产生的等位基因。7、通过对山羊、绵羊和牛物种间群体遗传关系分析,结果表明,与基因组SSR标记相比,MHC SSR标记中物种间分化程度较低,表明MHC区域存在跨物种等位基因的分布,推测MHC区域跨物种等位基因的存在可能与平衡选择相关。
孙允东, 马月辉, 王建民, 李宏滨, 苑存忠[7]2006年在《山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性》文中研究表明选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。
毛凤显[8]2004年在《贵州和邻近地区山羊品种微卫星遗传多样性及微卫星与考力代羊体重等性状的遗传连锁研究》文中指出摘要 本研究以15个牛微卫星位点研究了贵州省5个地方山羊品种（类群）的遗传多样性，与邻近的马头山羊、云南昭通山羊的遗传关系，并预测波尔山羊与这些地方品种的杂种优势，结果：15个牛微卫星位点中，13个位点在试验山羊中有扩增产物，检出率为86.67％（13/15），8个多态，多态位点检出率53.33％（8/15），可分析的多态位点6个，占40％（6/15），反应了微卫星位点在牛羊之间具有较高同源性；贵州白山羊（含有角和无角类群）、贵州黑山羊、黔北麻羊、榕江小香羊及毗邻的马头山羊、云南昭通山羊大多数位点处于哈代温博不平衡，其原因，外来品种及地方品种间的杂交，样本小； 贵州地方山羊品种（类群）比马头山羊、云南昭通山羊、波尔山羊具有较高的遗传多样性，高低顺序是贵州白山羊无角类群（W）>贵州白山羊有角类群（G）>贵州黑山羊（H）>黔北麻羊（Q）>马头山羊（M）>榕江小香羊（R）>昭通山羊（Z）>波尔山羊（B）；群体遗传分化大，群体变异主要存在于品种（类群）内，而品种（类群）间的变异较小；贵州地方品种（类群）在INRA063、ILSTS030、INRABERN192、RM088等4个位点，各有1-2个特色基因，但频率都较低，是否可以作为一个品种某种特征的潜在标记，需要扩大样本量进一步研究；贵州白山羊与贵州黑山羊遗传距离最近，其次是榕江小香羊，与黔北麻羊最远；马头山羊与贵州白山羊和榕江小香羊的遗传距离较近；云南昭通山羊与黔北麻羊的遗传距离最近；在贵州4个地方山羊品种与马头山羊、昭通山羊的系统进化中，黔北麻羊和昭通山羊组成一支，贵州白山羊、贵州黑山羊、榕江小香羊和马头山羊组成另一支，这与它们的地理分布及品种形成相符，两支的分化先后有待深入研究；预测波尔山羊与贵州白山羊、马头山羊杂交，后代杂种优势最大。
唐春娟[9]2008年在《山羊Agouti基因与毛色表型相关分析及其遗传变异的研究》文中研究表明本试验根据GenBank上已发表的牛(X99691)、猪(AJ427478)马(AF288358)和人的Agouti基因序列设计引物,扩增山羊Agouti基因外显子1和内含子1的部分序列片断,内含子1的部分序列与本实验室之前测得的山羊Agouti基因序列片断(GenBank序列号:EF587236)进行拼接,得到5270bp长度的山羊Agouti基因序列。比对分析我们得到的序列,又发现了2个SNPs,再对编码区外显子4的唯一SNP位点进行分析,根据拼接结果命名这些突变位点,分别为399C＞T、128delT和5701G＞T。其中,5701G＞T的突变引起了山羊Agouti信号蛋白125位上氨基酸的改变(甘氨酸→缬氨酸)。本试验仅选取128delT和5701G＞T两个位点进行研究。本研究利用PCR-RFLP技术对9个中国地方山羊品种,总共545个样品的山羊Agouti基因5701G＞T位点进行研究。在5701G＞T位点上检测到2个等位基因,存在3种基因型:TT、TG和GG。其中,T等位基因在被检测的大多数山羊品种中是优势等位基因,再结合相应山羊品种的毛色表型进行相关性分析,我们推测,5701G＞T位点的T等位基因与山羊的黑色表型有关或者是该位点与控制山羊黑色表型的位点存在连锁关系。遗传多样性分析指标表明,5701G＞T位点在中国黑色山羊品种中的遗传多样性较低。群体遗传分化分析结果表明,9个地方山羊群体间的遗传分化系数仅为0.2615。聚类分析也基本符合毛色表型的分类,并且在不同的群体中,随着T等位基因频率的升高,其成年体重降低,这可能是由于Agouti基因外显子4中的5701G＞T位点与山羊的生长速度有关。本研究同样利用PCR－RFLP技术检测了128delT缺失突变位点在国内十个山羊品种中的多态性并与毛色进行了相关性分析。结果表明,128delT缺失位点存在两个等位基因A(缺失)和B(不缺失),共产生叁种基因型AA、AB和BB,其中AB基因型在白色山羊品种中占优势(76.14%),AA基因型在棕褐色山羊品种中频率较高(78.69%),BB基因型是黑色山羊品种的优势等位基因型(75.86%),推测该位点可能在山羊毛色形成过程中发挥一定作用。128delT缺失位点在被检测的10个山羊品种的平均期望杂合度仅为0.4718,基因流为0.3190,遗传分化系数为0.4393,这些都表明这10个山羊群体间遗传分化程度较低,遗传多样性相对贫乏。
王杰[10]2007年在《中国11个山羊品种遗传多样性与起源分化研究》文中指出家畜品种资源是畜牧业可持续发展的基础,在畜牧业中占据越来越重要的地位,对家畜遗传多样性的研究有助于品种资源的保护和开发利用。山羊是家畜品种中适应性最广泛的动物之一,在地球上分布范围很广。山羊在人类的日常生活中占有重要的作用,为人类提供肉、奶、皮和绒等产品,是发展中国家牧民的重要经济来源。但是,学者们对于山羊的遗传和进化研究较少,据报道家山羊在历史上有两个驯化地,近东的新月区和巴基斯坦,中国的学者一般认为家山羊有两个祖先:佩刀状角的角羊骨羊(Capra aegagrus)和旋角羊骨羊(Capra falconeri)。线粒体DNA(mtDNA)基因结构简单、稳定,但一级结构的碱基突变率却很高,在遗传过程中不发生重组,因而家畜一般能保持其祖先的类型不变。而且,mtDNA在遗传过程中遵守严格的母系遗传方式,因而一个个体的mtDNA类型就代表一个母系连锁群,这就大大减少了供试动物的数量。随着现代生物技术的发展,线粒体DNA测序是目前家畜分子进化和遗传多样性检测的最可靠和最常用分子标记之一。本试验测定了中国11个山羊品种(柴达木山羊、黄淮山羊、济宁青山羊、辽宁绒山羊、陇东黑山羊、南疆绒山羊、内蒙古绒山羊、西藏山羊、陕南白山羊和太行山羊)167个个体的线粒体DNA控制区HVI序列,结合GenBank上部分世界山羊品种资料进行分析,以期了解中国山羊的系统发育关系并以此作为品种资源保护、利用的客观依据。本研究所出结论如下:1.中国11个山羊品种167个个体mtDNA D-loop区HVI序列长度为481 bp或480 bp,有3条序列长度为480 bp,主要是由于在序列的第239碱基处有1个碱基缺失,涉及到2只内蒙古绒山羊和1只陇东黑山羊。2.中国山羊品种的167条mtDNA D-loop HVI序列共有126个多态位点,其中单一多态位点为27个,两碱基的简约信息位点为97个,叁碱基的简约信息位点为2个,这表明中国山羊mtDNA D-loop HVI核苷酸变异丰富。3.中国山羊品种的167条mtDNA D-loop HVI序列中,A、C、T和G的平均含量分别为:30.86%、22.13%、30.89%和16.14%。供试山羊各品种间核苷酸含量有差异,但差异不显着。A+T含量为61.73%,G+C含量为38.27%,A+T含量明显高于G+C含量,说明中国山羊GC含量符合哺乳动物核苷酸的组成比例。4.中国山羊品种的167条mtDNA D-loop HVI序列共定义了121种单倍型,92种为品种特有单倍型,11种为品种间单倍型,18种为品种内单倍型。品种间和品种内单倍型的分布不平衡,H43、H68、H90和H107是较为古老的单倍型类型,中国山羊没有主流单倍型。5.中国山羊品种mtDNA D-loop HVI序列的121种单倍型共有颠换位点8个,转换位点118个,转换/颠换率为15:1,说明中国山羊具有很强的转换偏倚性。但是山羊各品种内没有颠换,只有转换。6.中国11个山羊品种的单倍型多样度范围为0.909~1.000,核苷酸的多样度范围为0.01 810~0.03 821,太行山羊不论是单倍型的多样度还是核苷酸的多样度,在供试山羊品种中数值都是最高的。山羊各品种间平均核苷酸差异数较大,变异范围为9.289~18.563,且品种间的Kimura双参数距离变异范围为0.021~0.047,说明中国山羊品种遗传多样性丰富。7.中国山羊的121种mtDNA D-loop HVI单倍型聚类成A、B、C、D和一个新支系。新支系位于支系D和支系B之间,是由长度为480 bp的单倍型聚类而成,这是本研究的新发现。中国山羊为多母系遗传,品种内分化水平较低,品种间没有明显的遗传地理结构。与国外山羊序列比较发现中国山羊与国外山羊有广泛的基因交流。8.根据mtDNA单倍型的系统发育分析和网络分析表明,中国山羊主要存在支系A和支系B两大母系起源,支系A和支系B在NJ树中出现的频率分别为86.78%和4.96%;支系C和支系D,出现的频率为3.31%,本试验新发现的新支系频率最低,为1.65%。9.中国山羊群体核苷酸不配对分布呈现出一条叁峰的波浪型曲线,说明中国山羊群体经历了叁次大的群体扩张,第一次波峰最大,发生在核苷酸差异数为10~11之间,第二次波峰发生在核苷酸差异数为27~28之间,第叁次波峰发生在核苷酸差异数为39~40之间。且所有序列Tajima D中性检验结果不显着(P>0.10或0.05<P<0.10),说明中国山羊均为中性选择。
参考文献：
[1]. 山东地方山羊遗传多样性研究[D]. 孙允东. 山东农业大学. 2003
[2]. 河南地方山羊品种遗传多样性的微卫星标记分析及与体尺性状的关系[D]. 陈冰. 河南农业大学. 2008
[3]. 中国地方山羊品种群体遗传结构和选择信号分析[D]. 刘恩民. 兰州大学. 2018
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