胃癌基因表达谱芯片差异基因的生物信息学分析

论文摘要

目的:筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为寻找有价值的胃癌分子标志物提供依据。方法:从GEO数据库下载5个胃癌基因芯片数据集:GSE35809、GSE54129、GSE79973、GSE66229和GSE51105。合并5个数据集中的样本,去除数据集间的批次效应,对合并后的基因表达数据进行标准化,并通过主成分分析监测数据标准化情况。利用R语言中的limma包筛选胃癌组织和正常组织中表达差异的基因。利用DAVID数据库对胃癌发生发展过程中的差异基因进行功能富集分析,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的相互作用网络并进行可视化。结果:总共筛选出1 205个差异基因,包括480个上调基因,725个下调基因。差异基因的生物学功能主要富集于细胞-细胞信号传导、炎症反应的调节、细胞粘附、细胞凋亡和离子的跨膜转运。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、NF-κB信号通路。通过构建蛋白质相互作用网络筛选出了CENPE、KIF15、MELK、KIF2C、CENPF、KIF11、NUSAP1、UBE2C、TTK、AURKB、DLGAP5、TOP2A等29个Hub基因。结论:通过合并不同数据集,利用生物信息学方法筛选出胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为胃癌的诊疗提供新的候选标志物。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 曾蕾,徐雪莲,罗曼曼,张凡,韩志坚,李玉民

关键词: 胃癌,生物信息学分析,差异表达基因,基因芯片

来源: 癌变·畸变·突变 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 兰州大学第二医院普外科,甘肃省消化系统肿瘤重点实验室

基金: 国家自然科学基金项目(31770537),甘肃省科技计划项目(18YF1WA113)

分类号: R735.2;Q811.4

页码: 300-307

总页数: 8

文件大小: 1994K

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标签：胃癌论文;  生物信息学分析论文;  差异表达基因论文;  基因芯片论文;