论文摘要
人类已知的疾病都与基因有着直接或者间接的联系,研究不同个体间基因序列的差异对于了解人类的遗传,以及预防疾病等方面都有着重要的作用。SNP是单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。一个区域中倾向于以整体遗传给后代的SNP序列被称作是单体型。但受到测序技术的限制,直接通过测序得到完整的单体型序列十分困难,因此如何将测序得到的片段组装成单体型起来成为了一个新的难点。现有的单体型组装问题根据其优化原则大致有MSR,MFR,MEC等几类,这些问题绝大多数是NP-难的,多倍体单体型的组装由于其复杂的分型情况,缺乏有效的实用算法。由于新一代测序技术成本的降低和片段长度的增加,从测序片段重建多倍体基因组的多个单体型变得可行。本文提出了两个在新一代测序技术下的多倍体单体型组装算法Qhap和QChap算法。这两个算法都是基于MEC算法的改进。Qhap算法通过限制SNP矩阵中每一列的最大翻转数,大大降低了时间复杂度;同时引入了置信度分析,使得得到的单体型更加符合真实情况。对于从k-倍体基因组测序得到的片段,该算法试图将片段划分成k组,使得翻转位点的置信度分数总和最低。QChap算法是在Qhap算法的基础上,每列最大翻转个数由固定值改进为随着测序错误率和每列覆盖度变化情况而动态调整的值。在模拟和真实数据上的大量实验测试结果表明,Qhap和QChap算法可以有效地解决多倍体单体型组装问题,并且比近期的多倍体单倍型组装算法更快,更准确。
论文目录
文章来源
类型: 硕士论文
作者: 喻昕
导师: 谢民主
关键词: 模型,多倍体单体型组装,置信度,最高可翻转次数
来源: 湖南师范大学
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技,信息科技
专业: 生物学,生物学,基础医学,计算机软件及计算机应用
单位: 湖南师范大学
分类号: Q811.4;TP301.6;R346
总页数: 60
文件大小: 1916K
下载量: 17
相关论文文献
- [1].针对单体型扩增区域的肿瘤易感变异关联分析[J]. 南方医科大学学报 2020(10)
- [2].线粒体单体型与线粒体相关的人类疾病[J]. 生物化学与生物物理进展 2016(11)
- [3].变应性鼻炎部分相关单体型模块基因单核苷酸多态性研究[J]. 山东大学耳鼻喉眼学报 2016(04)
- [4].基于加权粒子群算法的单体型装配问题[J]. 电子测试 2014(15)
- [5].遗传算法和单体型组装加权最小字符翻转问题[J]. 计算机工程与应用 2010(08)
- [6].基于单体型重建的一种改进启发式聚类算法研究[J]. 制造业自动化 2012(19)
- [7].基于微单体型分子标记的草鱼亲子鉴定方法[J]. 水生生物学报 2020(03)
- [8].北京和东京人群MYO9B单核苷酸多态性差异比较分析[J]. 基因组学与应用生物学 2018(06)
- [9].单胺氧化酶A基因单体型预测注意缺陷多动障碍哌甲酯治疗的反应[J]. 中国心理卫生杂志 2014(10)
- [10].重构肿瘤克隆单体型的改进生成树算法[J]. 南方医科大学学报 2019(11)
- [11].TNF-A基因多态性及其单体型与新疆维、汉民族胃癌的关系[J]. 癌变·畸变·突变 2012(04)
- [12].单体型装配问题的研究现状[J]. 铜仁学院学报 2011(02)
- [13].HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究[J]. 中国实验血液学杂志 2018(01)
- [14].吉林松原地区CD36基因单体型与2型糖尿病的相关性研究[J]. 中国实用医药 2014(11)
- [15].Haploview与PHASE在单体型研究中的应用[J]. 福建医科大学学报 2009(04)
- [16].ADIPOQ基因单体型与不同性别绵羊生长性状的关联分析[J]. 畜牧兽医学报 2018(04)
- [17].SLC12A3单体型变异和蒙古族原发性高血压的关联研究[J]. 心血管康复医学杂志 2014(05)
- [18].次要等位基因频率筛选阈值对人类单体型图精度的影响:基于中国汉族与藏族人群测序数据的比较[J]. 科学通报 2009(10)
- [19].一种碱基精度的肿瘤基因组单体型异质性识别算法[J]. 西安交通大学学报 2017(06)
- [20].黑龙江地区人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究[J]. 中国免疫学杂志 2016(01)
- [21].额颞叶变性时突触改变:与MAPT单体型和APOE基因型之间的关系[J]. 中国微侵袭神经外科杂志 2011(08)
- [22].黑龙江地区汉族HLA-A、B、DRB1基因及单倍型的研究与应用[J]. 中国输血杂志 2009(03)
- [23].线粒体DNA单体型M8a对转线粒体细胞线粒体能量代谢的影响[J]. 中国细胞生物学学报 2017(05)
- [24].hTERT基因启动子区单体型遗传变异对转录活性影响的研究[J]. 中国分子心脏病学杂志 2012(03)
- [25].人类基因组计划和人类基因组单体型图计划:口腔医学的机遇、挑战与对策思考[J]. 华西口腔医学杂志 2010(04)
- [26].转化生长因子β1基因多态性与广东地区汉族妊娠期糖尿病的相关性研究[J]. 实用妇产科杂志 2020(06)
- [27].血小板二磷酸腺苷受体H2单体型与阿司匹林抗血小板功能学监测关联的研究[J]. 中华老年心脑血管病杂志 2014(01)
- [28].基于单体型的杜氏肌营养不良无创产前检测研究[J]. 实用妇产科杂志 2018(09)
- [29].纤维蛋白原Bβ链七个位点基因单体型与脑梗死的关系[J]. 中华老年心脑血管病杂志 2012(02)
- [30].4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究[J]. 中国输血杂志 2012(12)
标签：模型论文; 多倍体单体型组装论文; 置信度论文; 最高可翻转次数论文;