首页> 正文

2015~2018年中国部分地区猫冠状病毒检测及S基因遗传进化分析

2020-12-08阅读(191)

2015~2018年中国部分地区猫冠状病毒检测及S基因遗传进化分析

论文摘要

猫冠状病毒（Feline coronavirus,FCoV）在世界猫群中广泛流行,猫感染FCoV可患猫传染性腹膜炎（Feline infectious peritonitis,FIP）,FIP是导致猫死亡的主要传染病之一。我国关于FCoV流行情况及遗传进化等报道较少。鉴于此,本研究对20152018年采集的样品进行FCoV检测,对阳性样品的S基因片段序列与全基因组序列进行遗传进化分析,为我国FCoV的防控及后续研究提供基础数据。为明确我国猫群中FCoV的感染情况,本试验于2015年11月2018年1月在我国10个地区采集54份健康猫粪便样品和115份疑似患FIP猫腹水样品,应用巢式PCR方法进行FCoV检测,对样品的临床症状、地理位置、饲养环境、性别、品种、年龄与FCoV感染的相关性进行分析。巢式PCR检测结果显示,169份样品中126份样品为阳性,FCoV阳性率为74.6%（126/169）,在疑似患FIP猫中FCoV阳性率为75.7%（87/115）,在健康猫中FCoV阳性率为72.2%（39/54）。相关性分析结果表明,FCoV的感染与饲养环境（p=0.006）和年龄（p=0.008）有关。为明确我国猫群中FCoV的流行毒株类型及遗传演化情况,本试验应用巢式PCR方法对FCoV阳性样品的S基因片段进行扩增与测序,对序列进行遗传进化性分析,而后随机选取部分FCoV阳性样品应用二代测序方法进行全基因组测序和遗传进化分析。巢式PCR结果表明,126份FCoV阳性样品中95份样品分型测序,其中91份样品为FCoV-Ⅰ型（95.8%,91/95）,4份样品为FCoV-Ⅱ型（4.2%,4/95）。S基因片段序列分析结果表明,91个FCoV-Ⅰ型毒株核苷酸序列同源性为80.4%100.0%,推导的氨基酸序列同源性为78.6%100.0%;4个FCoV-Ⅱ型毒株核苷酸序列同源性为97.6%99.4%,推导的氨基酸序列同源性为96.4%100.0%;3个FCoV-Ⅰ型毒株（BJ/2017/27,BJ/2018/22和XM/2018/04）在S基因片段序列中存在6个核苷酸缺失(C4 035AGCTC4 040)。S基因片段进化树分析结果表明,91个FCoV-Ⅰ型毒株表现出遗传多样性,4个FCoV-Ⅱ型毒株处于同一个分支,并与台湾毒株表现出较近的亲缘关系。获得4个FCoV-Ⅰ型毒株全基因组序列,全基因组序列进化树分析结果表明3个毒株（HLJ/HRB/2016/10,HLJ/HRB/2016/11,HLJ/HRB/2016/13）形成一个单独分支,HLJ/DQ/2016/01毒株处于另一个分支。基因组序列分析结果表明,本试验鉴定的4个FCoV-Ⅰ型毒株与来自美国的FCoV-Ⅰ型经典毒株Black的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的相似性分别为91.7%92.2%和81.6%82.6%。本研究揭示,在我国疑似患FIP猫中同时存在FCoV-Ⅰ型和FCoV-Ⅱ型毒株,在健康猫和疑似患FIP猫中FCoV-Ⅰ型毒株为主要流行毒株并表现出遗传多样性,并且群居饲养的猫或小于6月龄的猫更容易感染FCoV。

论文目录

  • 摘要?
  • Abstract
  • 1 文献综述
  •   1.1 FCoV概述
  •     1.1.1 FCoV历史回顾
  •     1.1.2 FCoV病毒学分类
  •     1.1.3 FCoV形态结构与特性
  •     1.1.4 FCoV基因组结构
  •     1.1.5 FCoV蛋白结构及其功能
  •     1.1.6 FCoV分型及遗传变异现状
  •   1.2 FCoV流行情况
  •   1.3 FCoV临床症状及病理变化
  •   1.4 诊断
  •     1.4.1 血液学检查
  •     1.4.2 抗体检测
  •     1.4.3 PCR检测
  •     1.4.4 组织病理学及免疫染色检测
  •   1.5 治疗
  •   1.6 预防
  •   1.7 研究目的与意义
  • 2018年中国部分地区临床样品FCoV检测与分析'>2 20152018年中国部分地区临床样品FCoV检测与分析
  •   2.1 材料
  •     2.1.1 样品
  •     2.1.2 主要生化试剂
  •     2.1.3 主要仪器设备
  •   2.2 方法
  •     2.2.1 样品处理
  •     2.2.2 FCoV检测
  •     2.2.3 相关性分析
  •   2.3 结果
  •     2.3.1 巢式PCR检测
  •     2.3.2 样品巢式PCR检测结果统计
  •     2.3.3 相关性分析
  •   2.4 讨论
  • 2018年中国部分地区FCoV毒株分型及遗传进化分析'>3 20152018年中国部分地区FCoV毒株分型及遗传进化分析
  •   3.1 材料
  •     3.1.1 主要生化试剂
  •     3.1.2 主要仪器设备
  •   3.2 方法
  •     3.2.1 FCoV分型及S基因片段遗传进化分析
  •     3.2.2 FCoV全基因组测序及遗传进化分析
  •   3.3 结果
  •     3.3.1 FCoV S基因片段扩增
  •     3.3.2 S基因片段PCR产物纯化
  •     3.3.3 菌落PCR鉴定
  •     3.3.4 FCoV毒株分型及S基因片段序列分析
  •     3.3.5 S基因片段进化树分析
  •     3.3.6 全基因组序列分析
  •   3.4 讨论
  • 4 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 附录
  • 个人简历

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 刘秋瑾

    导师: 孙东波

    关键词: 猫冠状病毒,基因,遗传进化分析

    来源: 黑龙江八一农垦大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 黑龙江八一农垦大学

    基金: 黑龙江省杰出青年科学基金项目(JC2017007),黑龙江省博士后科研启动基金项目(LBH-Q16188),黑龙江八一农垦大学“三纵”科研支持计划-团队支持计划项目(TDJH201804)

    分类号: S852.65

    总页数: 71

    文件大小: 2748K

    下载量: 473

    相关论文文献

    • [1].陕西麟游县山羊吕氏泰勒虫感染调查及其遗传进化分析[J]. 动物医学进展 2020(04)
    • [2].马源人乳头瘤病毒18型的鉴定及遗传进化分析[J]. 中国预防兽医学报 2020(03)
    • [3].一株副猪嗜血杆菌的分离鉴定及其遗传进化分析[J]. 中国动物检疫 2017(08)
    • [4].牛传染性鼻气管炎病毒的分离鉴定及其遗传进化分析[J]. 中国兽医科学 2019(08)
    • [5].鸡传染性贫血病毒辽宁株全基因克隆及遗传进化分析[J]. 黑龙江畜牧兽医 2020(17)
    • [6].新型鸭Ⅲ型腺病毒的分离鉴定及遗传进化分析[J]. 中国兽医学报 2017(01)
    • [7].云南绵羊感染吕氏泰勒虫的鉴定及其遗传进化分析[J]. 上海畜牧兽医通讯 2020(03)
    • [8].福建地区猪流行性腹泻病毒E基因的克隆及遗传进化分析[J]. 唐山师范学院学报 2017(05)
    • [9].广东地区8株鹅源基因Ⅻ型新城疫病毒F蛋白基因遗传进化分析[J]. 中国预防兽医学报 2020(06)
    • [10].2份野桑蚕材料线粒体ATPsynthase F0 subunit 6基因的克隆及遗传进化分析[J]. 陕西农业科学 2017(08)
    • [11].4株鸡传染性贫血病毒的分离鉴定及其遗传进化分析[J]. 中国预防兽医学报 2016(09)
    • [12].2015-2016年川南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化分析[J]. 西南大学学报(自然科学版) 2018(01)
    • [13].2011—2013年7株鸽源新城疫病毒的生物学特性鉴定及遗传进化分析[J]. 中国兽医学报 2016(11)
    • [14].陕北黑山羊隐孢子虫种类鉴定及遗传进化分析[J]. 中国兽医学报 2017(04)
    • [15].一株猪流行性腹泻病毒的分离鉴定和遗传进化分析[J]. 中国兽药杂志 2016(10)
    • [16].牛源肺炎克雷伯氏菌的分离鉴定及遗传进化分析[J]. 中国兽医科学 2016(11)
    • [17].驯鹿干扰素β1基因的克隆及遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医 2017(12)
    • [18].一株猪流感病毒的遗传进化分析及其致病力研究[J]. 中国预防兽医学报 2017(12)
    • [19].重庆肉牛腹泻相关病毒的检测及遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医 2017(09)
    • [20].2012-2014年我国南方地区猪流行性腹泻病毒遗传进化分析[J]. 中国兽医杂志 2015(11)
    • [21].中草药中4-香豆酸辅酶A连接酶的遗传进化分析[J]. 中药材 2017(07)
    • [22].Ⅰ亚群禽腺病毒的分离鉴定及遗传进化分析[J]. 黑龙江畜牧兽医 2018(22)
    • [23].四川省猪源盖塔病毒的分离鉴定及遗传进化分析[J]. 中国人兽共患病学报 2019(09)
    • [24].猪瘟病例的综合诊断及感染毒株遗传进化分析[J]. 中国动物检疫 2019(01)
    • [25].猪圆环病毒2型河南株全基因组的克隆与遗传进化分析[J]. 中国预防兽医学报 2016(12)
    • [26].辽宁地区猪常见传染病流行病学调查及遗传进化分析[J]. 山东农业大学学报(自然科学版) 2019(02)
    • [27].2015-2018年广东省猪流行性腹泻病毒M基因的遗传进化分析[J]. 中国兽医杂志 2020(01)
    • [28].羊吕氏泰勒虫陕西分离株的鉴定及遗传进化分析[J]. 中国兽医学报 2018(02)
    • [29].PRRSV YN-LQ株的全基因序列测定及遗传进化分析[J]. 中国兽医学报 2018(07)
    • [30].2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析[J]. 江苏农业学报 2018(04)

    标签：;  ;  ;  

    2015~2018年中国部分地区猫冠状病毒检测及S基因遗传进化分析
    下载Doc文档

    猜你喜欢

    © 2024 毕论降 版权所有 鄂ICP备12018319号-6