导读:本文包含了比较作图论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:图谱,性状,油菜,棉花,标记,含油量,基因芯片。
比较作图论文文献综述
陈翠萍,肖麓,李新,杜德志[1]（2018）在《比较作图与图位克隆相结合揭示芥菜型油菜多室性状的候选基因》一文中研究指出多室油菜在提高油菜产量方面具有一定的潜力,是一种重要的油菜种质资源。前期的遗传学研究表明,青海芥菜型多室油菜的多室性状受两对隐性核基因Bjln1和Bjln2控制。Bjln1基因位于芥菜型油菜的A7染色体上,候选基因为BjluA07.CLV1。在本研究中,构建了Bjln2基因的BC_4作图群体,并通过AFLP、IP和SSR标记构建了Bjln2基因的遗传连锁图谱,并将Bjln2基因定位在0.63 cM的区间内。在与芥菜型油菜基因组同源比对后发现,Bjln2基因位于B7染色体的11.81 Mb～16.65 Mb区段内。同时,通过比较测序和图位克隆的方法克隆候选基因BjuB07.CLV1,并通过遗传转化证明BjuB07.CLV1具有恢复二室性状的能力;序列分析显示,一个4 961bp片段的插入阻断了BjuB07.CLV1基因的编码,从而导致了心室数目的增加。表达分析表明,Bju07.CLV1基因在多个组织中均有表达,且在二室材料的表达水平显着高于多室材料。此外,与Bjln2基因紧密连锁的分子标记的开发,为多室性状的分子标记辅助选择育种提供帮助。(本文来源于《中国作物学会油料作物专业委员会第八次会员代表大会暨学术年会综述与摘要集》期刊2018-11-19）
赵兰[2]（2013）在《鲤遗传—物理整合图谱的构建及鲤与斑马鱼的比较作图》一文中研究指出鲤(Cyprinus carpio)在世界水产养殖上是一种重要的养殖品种，年产量已达340万吨，占所有淡水水产品的比例高达14%；鲤在我国有着悠久的养殖历史，并且还具有一定的文化意义；除此之外，鲤还可以作为观赏鱼。近年来，国内外研究者在鲤的遗传学和基因组学方面开展了广泛的研究，比如开发大量分子标记、构建低、中等密度的遗传连锁图谱、重要经济数量性状位点的定位、构建大片段基因组文库、末端测序以及构建物理图谱等。但是鲤较高密度的遗传连锁图谱、遗传—物理整合图谱构建工作还没有完成。本论文的目的就是要建立鲤较高密度的遗传连锁图谱以及遗传—物理整合图谱；另外，还通过比较基因组学手段对鲤与斑马鱼进行了比较作图，最终将鲤较高密度的遗传连锁图谱、鲤物理图谱和斑马鱼的全基因组图，叁者有机的结合在了一起。通过本研究，以期丰富鲤的基因组学和比较基因组学方面的研究并且用于验证鲤全基因组测序和组装结果。具体研究结果如下：1、从鲤物理图谱中选择较大的230个重迭克隆群(contig)，从每个contig的BAC末端序列里分别查找微卫星并设计微卫星引物2-3对。一共设计了629对BAC锚定(BAC-anchored)微卫星引物，其中550对引物有扩增产物；226对有效扩增的引物是多态的，并且在作图群体中进行了基因分型。2、通过将黑龙江水产研究所随机开发的664个微卫星和5000个SNP侧翼序列与鲤物理图谱上BAC末端序列数据库的比对，发现有40个微卫星以及137个SNP是属于BAC关联(BAC-associated)标记。3、一共使用了1359个标记分型结果进行遗传连锁图的连锁分析(包括新开发的226个BAC-anchored微卫星分型结果、原先开发的332个BAC-anchored微卫星分型结果、黑龙江水产研究所开发的664个微卫星分型结果和137个BAC-associated SNP分型结果)，JoinMap4.0软件连锁分析后，得到的鲤遗传连锁图谱上一共有1209个标记分布于50个连锁群上。遗传连锁图谱长度为3565.9cM，每个连锁群长度范围是17.3-126.7cM，标记间平均间隔为3.077cM。4、所有的BAC-anchored及BAC-associated的标记共计有620个作为锚定点，将遗传连锁图谱与物理图谱联系在一起，达到了整合的目的。遗传—物理整合图谱上一共有463个物理图谱的contig (其中新开发微卫星标记整合了166个最大的contig)和88个物理图谱的单个克隆，共计498.75Mb的物理长度(其中新开发的微卫星标记共整合了258.28Mb)，约占鲤全基因组大小的30%。5、通过Blastn比对发现，鲤遗传连锁图谱上的1209个标记中有597个标记可以定位到斑马鱼基因组(ZV9)上，并且鲤相应的两个连锁群上几乎所有的同源标记都位于斑马鱼相对应的一条染色体上，这很好的证明了鲤染色体与斑马鱼染色体2:1的比例，即鲤比斑马鱼多经历了一轮全基因组复制现象。6、通过Blastn比对发现，整合的463个物理图谱contig中有442个contig可以定位到斑马鱼相应的染色体上，这442个contig一共包含有13449个BAC末端序列，即鲤中一共有13449个BAC末端序列可以定位到斑马鱼染色体上。(本文来源于《大连海洋大学》期刊2013-04-01）
王继变[3]（2013）在《甘蓝型油菜两群体比较作图及含油量性状的条件遗传分析》一文中研究指出甘蓝型油菜主要是以收获菜籽榨油食用,因此提高单位面积的产油量是油菜育种家们所要研究的首要目标。含油量是一种由多基因控制复杂的数量性状,目前关于含油量QTL定位已有众多报道,但是在多环境多群体中稳定表达的QTL并不多。关于油菜中主要农艺性状,例如,株高、脂肪酸、初花期及千粒重等性状的QTL定位前人也有众多报道,但是这些性状与含油量彼此间在QTL/基因水平上的遗传相关性仍不甚了解。本研究以欧洲冬油菜Sollux和中国高油品种“高油605”选系Gaoyou杂交F1产生的SG-DH群体(doubled haploid)为材料,利用中国西安、杭州和德国Goettingen的Reinshof和Weende四环境下的含油量和脂肪酸含量表型数据和新版SG图谱,通过条件和非条件QTL定位策略,分析在缺失2个主效芥酸等位基因差异情况下,在单个QTL水平上鉴定油酸、亚油酸、亚麻酸和芥酸与含油量之间遗传关系。然后再用SG-DH群体中的14号株系与欧洲双低油菜品种"Express617"为遗传背景,由216个株系组成的SGE群体为作图群体,利用STS和SSR等功能分子标记重新构建甘蓝型油菜遗传图谱(SGE图谱),同时对主要农艺性状进行QTL定位。最后将新构建的SGE图谱和QTL定位情况与本研究室2012年发表的SG图谱及主要农艺性状的QTL定位情况进行线性比对和比较,确认重复出现的QTL位点。主要研究结论如下：1.构建了一个全长为1142.8cM、标记间平均距离为6.68cM的SGE甘蓝型油菜遗传连锁图谱。2.SGE图谱与SG图谱比较结果显示：共有93个标记位点完全匹配,19个标记位点部分匹配,共线性比率为83.6%。3.非条件QTL定位分别检测到7、2、6、4、4、4、5、3和4个含油量、芥酸、硫苷、初花期、株高、千粒重、角果长度、角果密度和角果粒数有关的加性QTL。检测到2、3、4、2、2、1、2和2对含油量、硫苷、千粒重、株高、角果长度、角果粒数和初花期上位性QTL互作对。4.两群体间共检测到1、1、1、2、2和4个与含油量、千粒重、角果粒数、硫苷、株高、初花期有关的共性QTL位点。5.非条件QTL分析结果显示,共检测到7、10、10和5个芥酸、油酸、亚油酸和亚麻酸加性为主的QTL位点,其中位于A2、A7、A9和C1上的芥酸QTL为新的微效位点,在C7和A9上检测出新的油酸和亚麻酸QTL位点,而5个新的亚油酸位点分别位于A4、A10、C6、C7和C9连锁群上。6.条件QTL方法结果表明,OilA9、OilC2和OilC8-2受亚油酸影响较大,OilA4同时受油酸、亚麻酸和芥酸的影响,OilAl、OilA7和OilC8-2所在区间可能存在控制油酸含量的微效基因,对含油量起调控作用。(本文来源于《浙江大学》期刊2013-03-01）
李大伟[4]（2012）在《甜瓜属遗传比较作图及黄瓜、辣椒NBS类抗病分子标记开发》一文中研究指出甜瓜属包含甜瓜和黄瓜两种重要的蔬菜作物。进行分子标记遗传比较作图可以更深入了解甜瓜属植物系统发育及其进化关系，而且有利于开发大量遗传标记、预测及克隆基因。大多数植物抗病基因都属于NBS-LRR类，鉴定NBS类抗病基因序列并开发分子标记对于分子标记辅助育种具有重要意义。1．利用2487对SSR分子标记对甜瓜91株Q3-2-2×Top Marker F2群体的亲本进行多态性筛选，一共筛选出196对非甜瓜有多态性引物，最终154对被定位到甜瓜F2遗传图谱上（145对来自黄瓜，2对来自西瓜，7对来自其它物种）。整合Cuevas先前构建了此F2群体的遗传图谱，最终的遗传图谱一共有323个共显性标记，分布在13个连锁群上。这个遗传图谱覆盖1066.7cM，分为13个连锁群，标记平均区间为3.3cM。2．利用2448对SSR分子标记对甜瓜80株TopMarker×WI846-1F7重组自交系群体进行多态性筛选，有127对引物呈多态性，最终有89对SSR引物最终定位到遗传图谱上。整合Cuevas先前利用此重组自交系构建了遗传图谱后获得一张新的包含80个株系的遗传图谱。最终该图谱拥有335个标记，其中共显性标记203个，显性标记132个，分布于22个连锁群上，该图谱覆盖879.1cM。3．利用Joinmap3.0软件整合F2和重组自交系图谱。整合图谱时，剔除了132个RIL图谱里的显性AFLP和RAPD标记，最终整合得到遗传图谱包括12个连锁群，覆盖1029.0cM，平均标记间距离2.6cM。该图谱有401个标记，199个是来源于黄瓜，202个来自甜瓜。4．利用虚拟PCR或者BLAST技术把这甜瓜遗传图谱上的标记定位到Gy14和9930基因组scaffold上。根据前人所做的遗传图谱把这些scaffold定位到黄瓜遗传图谱上。最终的甜瓜整合图谱上的401个标记，有324个标记可以定位到黄瓜遗传图谱上。黄瓜第七染色体完全对应甜瓜第一染色体。黄瓜第二和第六分别对应甜瓜的5+11+3和3+11+8染色体。剩下的4条黄瓜染色体（1，3，4和5）对应甜瓜两条染色体，但对应共线性区段的排列顺序并不一致。黄瓜第一染色体对应甜瓜第二和第十二染色体，第五染色体对应第九和第十染色体。从黄瓜和甜瓜染色体同线性对应模式来看，甜瓜染色体经过十分复杂的染色体结构变异最终进化为黄瓜的染色体，而不是仅仅通过融合。5．利用in silco PCR和BLAST技术把Deleu等（2009）构建的甜瓜遗传图上的414标记定位到黄瓜scaffold上。414个标记中，只有3个（0.7%）标记in silco PCR和BLAST分析没有结果。用这个遗传图谱分析黄瓜和甜瓜同线性关系，结果和用甜瓜整合图谱分析得出结论一致。这个独立的研究也进一步确认了先前的研究结果。6．经全基因组软件分析最终在黄瓜品系Gy14中发现NBS类抗病基因同源序列70个，大部分黄瓜RGAs在染色体上成簇分布。选取结构域完整的58个基因进行进化树分析，发现CNL有34个，TNL有24个。根据Gy14和9930基因组序列，在RGAs基因内部或两侧设计SSR、Indel、SNPs引物384对，其中只有48对引物在两个亲本之间有多态性。利用Gy14×9930F2群体把这48条引物定位到遗传图谱上。根据RGAs及引物在物理图谱上的位置，把67条RGAs成功定位到Gy14×9930遗传图谱上。大部分RGAs都被定位在1cM以内。7．根据马铃薯晚疫病抗性基因Rpi-blb1的NBS结构域设计一对特异引物，并将其转换为CAPs标记。将此标记在12个辣椒自交系中进行验证，都能扩增出590bp左右的条带，抗疫病品系的PCR产物经BcgI酶切后琼脂糖凝胶电泳检测均有330bp和230bp两个条带；感疫病品系只有590bp一个条带。该鉴别辣椒抗疫病特性的分子标记与植株真实抗性相一致，适用于抗疫病分子标记辅助育种。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2012-04-01）
卫泽[5]（2010）在《棉花分子图谱构建、偏分离位点的比较作图和棉花品种遗传多样性分析》一文中研究指出棉花(Gossypium spp.)是一种重要的经济作物,不仅是世界上纺织工业中重要的天然纤维来源,而且也是重要的食用油来源。遗传基础狭窄已经成为目前限制陆地棉遗传改良的主要因素。分子遗传图谱无论在基因定位和辅助选择以及重要基因的图位克隆方面,还是在研究棉花的基因组组织结构和起源进化方面都具有重要的理论和应用价值。本研究利用海陆种间杂交组合“TM-1×海7124”的F_2为作图群体,用同一材料组配了其他的4个BC_1群体和1个F_2群体进行了群体比较作图,同时对57份棉花品种从表型和基因型进行了聚类分析。研究的主要结果如下:1.利用456对在双亲间有多态的SSR引物,共获得677个标记位点,其中显性标记170个;最后有484个标记(71%)标记定位在图谱上,该图谱共有55个连锁群,分布于全部26条染色体上,图谱长度2799.57cM,标记间的平均遗传距离为5.78cM。其中At亚组有224个位点,覆盖了1746.453 cM,标记间平均距离为7.83cM;Dt亚组有260个位点,覆盖了1323.117cM,标记间平均距离5.05cM。此连锁图中,Chr.16(D7)上标记最多(82个),Chr.14(D2)上标记最少(4个),Chr.19的图谱最长(215.876 cM),Chr.14的图谱最短(26.113 cM),不同染色体上的标记平均间距在2.17 cM(Chr.7)-15.73 cM(Chr.10)之间。该F_2图谱的构建为下一步对原BC_1图谱的整合,构建一个高密度海陆遗传图谱奠定了基础。2.偏分离是指观察到的基因型比例偏离预期的孟德尔频率的分离方式,它是在许多遗传作图研究发现的普遍现象。在原BC_1遗传图中A7、D7上发现大量偏分离位点和聚集区,通过不同群体间比较作图结果表明,在所构建的F_2图谱中,对A7-D7上的偏分离聚集区的标记与原BC_1图谱进行了比较,在F_2图谱上,A7-D7聚集区上的偏分离位点有42个,而在原BC_1中有52个偏分离位点,且F_2中有15个与原BC_1上的位点一一对应,偏离方向一致,说明A7、D7上的偏分离区段符合SDR的特征,并且在不同群体间稳定检测到;在其他叁个回交群体中有49个标记偏分离但偏分离情况有所不同,通过在A7-D7上的聚集区中的偏分标记在不同群体间的比较分析得出,偏分离与雄配子的选择以及细胞质效应有关。同时利用复合区间作图在D7上找到一个与花粉育性相关的QTL,进一步说明偏分离与雄配子选择有关。对于棉花A7-D7上偏分离位点的遗传效应分析和比较作图在国内外尚属首次。3.在对国内外57份材料的聚类分析,结果表明:品种间遗传相似系数在0.45-5.56之间,说明供试种质具有较大的遗传变异。根据UPGMA法构建聚类树状图,基于产量性状的聚类,在平均遗传距离水平上,可将57份材料分为3类,第一类衣分最高,平均值达38.22%,单株皮棉产量也达到最高,平均值为29.35g;第二类的籽指和单株籽棉产量最高,其平均值达12.05g和76.73g;第叁类铃重最大为5.54g。基于纤维品质性状的聚类,第一类整齐度和马克隆值最高,平均值分别为48.04%和4.36;第二类的纤维长度及伸长率最大,平均值分别为31.57mm,7.11% ,第叁类的比强度最大,为36.18 cN/tex。基于SSR分子标记的聚类57份材料可聚为叁大类。不同聚类方法的结果间存在一定差异,可能与不同方法反映的多态性水平不同。各种聚类结果都表明同一国家的品种遗传差异较小,国家间品种存在较大差异,但也存在明显的相互渗透,多数品种没有表现出明显的地域差异。本研究为今后这些国外材料得到更好的利用提供了依据。(本文来源于《山东农业大学》期刊2010-06-05）
付远志[6]（2009）在《陆地棉遗传图谱的丰富及其与海陆种间图谱的比较作图》一文中研究指出本研究主要是对陆地棉种内图谱的丰富,利用分子标记构建高密度分子遗传连锁图谱,有助于探讨分子标记连锁群与染色体的对应关系,对棉花重要的质量性状和数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)进行定位,以及进行棉花分子标记辅助选择育种和图位克隆等等。目前,棉花种间分子遗传图谱的研究报道相对较多,种内图谱的研究相对滞后。棉花种间遗传图谱虽然有较高的多态性,但同时存在较高的偏分离,偏分离会影响标记间真实的重组距离,因而有针对性的对某些目标性状进行陆地棉种内分子遗传图谱的构建及分析研究,更接近于实际育种的需要。目前陆地棉种内分子遗传图谱的大概状况是:标记数较少、覆盖率普遍偏低,还远达不到分子标记辅助育种(Molecular marker assisted selection,MAS)等一些研究的需要。因此,构建高密度的陆地棉种内分子遗传图谱具有重要意义。本研究选取本实验室以往研究的陆地棉种内杂交群体DH962×冀棉5号F_2代的137个单株,应用新开发的SSR标记,对该图谱进一步加密来构建陆地棉种内分子遗传图谱,并将其与海陆种间图谱进行比较。利用SSR标记(4878对)对DH962和冀棉5号进行多态性分析。SSR引物包括叁个系列:3479对HAU系列引物,699对NAU系列引物,700对Gh系列引物。共筛选出多态性引物176对(占3.61%),用F_2群体进行扩增,得到183个多态性位点。用Joinmap 3.0软件,以LOD值≥4.0,标记间最大距离≤40.0 cM,对183个位点和Lin等(2009)所筛选出的多态性标记共同构建分子遗传图谱,得出以下结论:本实验中有158个标记分布在42个连锁群上,定位在23条染色体上,每个连锁群包含1～15个新的标记位点。通过整体作图,定位638个多态性标记,得到连锁群47个,35个连锁群分配到相应的23个染色体上,所得遗传图谱总长为2331.6 cM,覆盖棉花基因组的50.03%%,标记间的平均距离为3.80 cM。本实验有34个偏分离标记(18.58%),其中8个显性标记,26个共显性标记;11个标记偏向杂合子,11个标记偏向DH962,12个标记偏向冀棉5号,染色体C23(“Chromosome”简写为“C”,后同)上分布的偏分离标记数量较多,为7个。对不同的作图群体——陆地棉种内群体和海陆种间群体进行比较作图,种内群体有17个连锁群(36.2%)、种间群体有18个连锁群(40.9%)参与到比较作图中,涉及15条染色体。两个图谱中共有33个相同的标记,每个染色体分布1～3个相同的标记位点;其中标记cir043的位点和定位于同一染色体(C20)上的另外两个标记(bnl946、bnl3948)在种间图谱和种内图谱的定位顺序不一致,其他标记位点在两类图谱上的顺序均一致。(本文来源于《华中农业大学》期刊2009-06-01）
马永彪[7]（2009）在《甘蓝型油菜与白菜比较作图和比较QTL研究》一文中研究指出分子标记的发展和大量遗传图谱的构建使不同物种间开展比较作图和比较QTL(Quantitative Trait Locus)的研究成为可能。比较作图可以作为一个有效的工具,将一个研究的比较透彻的物种中的信息和资源(像拟南芥、水稻等)转移到其它有待研究的物种中。这样不仅可以加快基因组的研究,又可以充分节省大量的人力和财力;同时,在比较作图的基础上,对同一性状在不同物种中(如芸苔属物种与拟南芥)开展QTLs比较分析,有利于深入了解复杂性状的遗传学基础。实验室成员曾根据韩国已经测序的白菜A3、A9染色体的208个BACs信息设计和初步筛选的407对引物(其中SSR引物92对、IBP(Intron Based Polymorphism)引物315对)。本研究从中进一步筛选出对应于155个BACs的155对引物,将对应于104个BACs的64个IBP标记和44个SSR标记定位到TN DH遗传连锁图谱上,并利用实验室以前定位在图谱上的标记,重新构建了含有938个标记的甘蓝型油菜TN DH高密度遗传连锁图。该图谱包括472个SSR、64个IBP、41个AFLP、52个RFLP、97个SNP、57个SRAP和61个SSAP。将法国的DY群体、RNSL群体以及其一个甘蓝型油菜整合图谱上的标记整合到TN DH遗传连锁图上,得到了包含1107个标记的甘蓝型油菜整合图谱。与TN DH遗传连锁图相比,整合图谱上增加了119个SSR、19个SNP和31个其它类型的标记;同时,将韩国公布的CK、JWF3P、VCS 3个白菜遗传图谱上的标记进行整合,得到一个包含658个标记的白菜整合图谱,含有439个SSR标记,145个IBP标记,48个RFLP标记和25个CAPS标记。通过对甘蓝型油菜/白菜整合图谱的比较分析以及图谱上的标记信息与拟南芥的比对,共发现了195个甘蓝型油菜/白菜整合图谱上的共同标记,其中10个为共同标记,138个为共BAC标记,47个根据拟南芥信息推测得到,为拟同源标记。根据甘蓝型油菜/白菜整合图谱的比较结果,推测甘蓝型油菜A基因组与白菜基因组间可能发生了24个染色体重排事件,其中有20个倒位和4个可能的片断缺失,没有明显的片断插入事件,重排涉及的片断长度(cM)占甘蓝型油菜A基因组的17.92%。硫甙含量是衡量种子品质的一个重要性状。在白菜CK DH遗传连锁图A9连锁群上检测到了1个稳定出现的硫甙含量QTL。通过与实验室甘蓝型油菜TN DH遗传连锁图A9连锁群上检测到的1个多年多点重复出现的硫甙含量QTL比较,发现2个QTL位于同一个位置,因此可以利用白菜信息对甘蓝型油菜硫甙含量进行深入研究。(本文来源于《华中农业大学》期刊2009-06-01）
方宣钧[8]（2006）在《大豆孢囊线虫抗性相关基因的比较作图(英文)》一文中研究指出Soybean cyst nematode (SCN, Heterodera glycines Ichinohe) is the most dangerous disease to cause significant yield losses. Most recent estimates for SCN indicate losses of nearly 9 million metric tons worldwide in 1998 and 3.5 million metric tons in the China in 2004. Soybean cyst nematode causes yield reductions by feeding on plant nutrients, retarding root growth, and inhibiting Bradyrhizobium nodulation.(本文来源于《第二届热带亚热带植物资源的遗传多样性与基因发掘利用研讨会论文集》期刊2006-11-01）
张博[9]（2005）在《杨树比较作图及重要性状QTLs定位》一文中研究指出本研究基于双拟测交(two-way pseudo-testcross)策略构建了美洲黑杨‘I―69(’Populus. deltoides)×欧美杨‘I―45’(P. euramericana)F1群体分子标记遗传连锁图谱。母本‘I-69’图谱包括462 个标记(164 个SSR、206 个AFLP、83 个RAPD、2 个SNP、6 个ISSR标记和1 个性别分化标记)。共建立29 各连锁群,连锁群图距从9.2 cM~153.9 cM,平均每个连锁群长度60.4 cM;标记间距平均4.04 cM,最大间距21.8 cM,总图距1751cM。父本‘I-45’图谱有包括367 个标记(153 个SSR、142 个AFLP、61 个RAPD、10 个ISSR标记和1 个性别分化标记),共建立28 个连锁群。连锁群图距从11.3 cM~142.6 cM,平均每个连锁群长度58.3 cM;标记间距平均4.83 cM,最大间距22.3 cM,总图距1634cM。基于两图谱之间147 个同源位点,利用JoinMap 软件将亲本图谱进行整合。整合图谱包括652 个标记(225 个SSR、288 个AFLP、120 个RAPD、16 个ISSR、2 个SNP 和1 个性别分化性状),共获得20 个连锁群,最小连锁群25.9cM,最大连锁群图距222cM,平均连锁群图距109.4cM,总图距2078cM;连锁群标记数15～55 个,平均每个连锁群34.3个标记。标记间平均图距3.15cM,最大标记间图距24.8cM。通过110 个同源SSR标记与毛果杨×美洲黑杨(P. trichocarpa×P. deltoides)图谱比较分析,揭示19 对同源连锁群,各个同源连锁群之间存在良好的共线性关系。利用图谱定位了水培和循环营养液培养条件下12 个与生根性状相关的QTLs,并揭示QTLs 位点在根系生长过程中的表达变化过程。定位了3 个杨树抗黑斑病QTLs 位点,并根据杨树基因组序列,共筛选到19 个与抗病相关的候选基因。本研究还首次报道了林木SNPs 标记的开发工作,证明利用公共EST数据开发杨树SNPs 标记是可行的,并成功将2 个SNP 标记定位在遗传图谱上。(本文来源于《南京林业大学》期刊2005-06-01）
刘仁虎,赵建伟,肖勇,孟金陵[10]（2005）在《拟南芥cDNA芯片和油菜-拟南芥比较作图相结合筛选甘蓝型油菜抗菌核病先验基因》一文中研究指出以拟南芥cDNA芯片筛选核盘菌侵染时甘蓝型油菜的局部抗(耐)病相关基因,共获得在病斑周围局部组织中受核盘菌胁迫后表达变化达2倍以上的基因61个.这些基因中,36个基因为上升表达,25个基因为下降表达.RT-PCR和Northern杂交验证了部分芯片杂交筛选的结果, 表明拟南芥cDNA芯片可用于甘蓝型油菜基因转录谱的研究.结合油菜-拟南芥基因组比较作图, 将一些cDNA芯片筛选得到的油菜菌核病抗性相关基因定位于甘蓝型油菜抗菌核病QTL区间内. 取定位于QTL峰值区域的少数基因为先验基因,值得优先对这些基因进行深入研究.(本文来源于《中国科学C辑:生命科学》期刊2005年01期）
比较作图论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
鲤(Cyprinus carpio)在世界水产养殖上是一种重要的养殖品种，年产量已达340万吨，占所有淡水水产品的比例高达14%；鲤在我国有着悠久的养殖历史，并且还具有一定的文化意义；除此之外，鲤还可以作为观赏鱼。近年来，国内外研究者在鲤的遗传学和基因组学方面开展了广泛的研究，比如开发大量分子标记、构建低、中等密度的遗传连锁图谱、重要经济数量性状位点的定位、构建大片段基因组文库、末端测序以及构建物理图谱等。但是鲤较高密度的遗传连锁图谱、遗传—物理整合图谱构建工作还没有完成。本论文的目的就是要建立鲤较高密度的遗传连锁图谱以及遗传—物理整合图谱；另外，还通过比较基因组学手段对鲤与斑马鱼进行了比较作图，最终将鲤较高密度的遗传连锁图谱、鲤物理图谱和斑马鱼的全基因组图，叁者有机的结合在了一起。通过本研究，以期丰富鲤的基因组学和比较基因组学方面的研究并且用于验证鲤全基因组测序和组装结果。具体研究结果如下：1、从鲤物理图谱中选择较大的230个重迭克隆群(contig)，从每个contig的BAC末端序列里分别查找微卫星并设计微卫星引物2-3对。一共设计了629对BAC锚定(BAC-anchored)微卫星引物，其中550对引物有扩增产物；226对有效扩增的引物是多态的，并且在作图群体中进行了基因分型。2、通过将黑龙江水产研究所随机开发的664个微卫星和5000个SNP侧翼序列与鲤物理图谱上BAC末端序列数据库的比对，发现有40个微卫星以及137个SNP是属于BAC关联(BAC-associated)标记。3、一共使用了1359个标记分型结果进行遗传连锁图的连锁分析(包括新开发的226个BAC-anchored微卫星分型结果、原先开发的332个BAC-anchored微卫星分型结果、黑龙江水产研究所开发的664个微卫星分型结果和137个BAC-associated SNP分型结果)，JoinMap4.0软件连锁分析后，得到的鲤遗传连锁图谱上一共有1209个标记分布于50个连锁群上。遗传连锁图谱长度为3565.9cM，每个连锁群长度范围是17.3-126.7cM，标记间平均间隔为3.077cM。4、所有的BAC-anchored及BAC-associated的标记共计有620个作为锚定点，将遗传连锁图谱与物理图谱联系在一起，达到了整合的目的。遗传—物理整合图谱上一共有463个物理图谱的contig (其中新开发微卫星标记整合了166个最大的contig)和88个物理图谱的单个克隆，共计498.75Mb的物理长度(其中新开发的微卫星标记共整合了258.28Mb)，约占鲤全基因组大小的30%。5、通过Blastn比对发现，鲤遗传连锁图谱上的1209个标记中有597个标记可以定位到斑马鱼基因组(ZV9)上，并且鲤相应的两个连锁群上几乎所有的同源标记都位于斑马鱼相对应的一条染色体上，这很好的证明了鲤染色体与斑马鱼染色体2:1的比例，即鲤比斑马鱼多经历了一轮全基因组复制现象。6、通过Blastn比对发现，整合的463个物理图谱contig中有442个contig可以定位到斑马鱼相应的染色体上，这442个contig一共包含有13449个BAC末端序列，即鲤中一共有13449个BAC末端序列可以定位到斑马鱼染色体上。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
比较作图论文参考文献
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