导读:本文包含了普通牛论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:牦牛,密码子,基因,亚硫酸盐,密码,多态性,基因组。
普通牛论文文献综述
吴雨徽[1]（2019）在《普通牛、牦牛和犏牛Y染色体基因表达模式及全基因组DNA甲基化差异分析》一文中研究指出犏牛是普通牛和牦牛种间杂交所得后代,在产肉、产奶方面具有明显的杂种优势。然而犏牛雄性不育使其杂种优势无法横交固定,是牦牛新品种改良的“拦路虎”。已有的组织学和分子生物学研究发现,公犏牛精子发生过程受阻,犏牛睾丸中生精过程基因表达紊乱。哺乳动物Y染色体雄性特异区(MSY)基因在精子发生过程中具有至关重要的作用。牛MSY区域由单拷贝基因构成的X-退化区和多拷贝基因构成的过渡区和扩增区叁部分组成。DNA甲基化能够调控基因表达,在哺乳动物生精过程中,DNA甲基化的异常将造成生精过程基因的表达紊乱,进而导致雄性不育。目前尚不清楚Y染色体基因表达模式及全基因组DNA甲基化差异与犏牛雄性不育的关系。因此,本试验选取成年普通牛(n=8)、牦牛(n=8)和犏牛(n=8)的睾丸组织,采用qPCR、RT-qPCR、Western Blot、全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)等技术,对MSY基因的拷贝数变异(CNV)、mRNA和蛋白表达以及全基因组DNA甲基化进行分析,获得如下结果:1.睾丸组织切片显示,犏牛睾丸组织生精小管中精原细胞和精母细胞显着减少,不存在圆形精子细胞和长形精子细胞,并且存在很多空泡。而普通牛和牦牛睾丸组织生精小管中细胞类型正常。通过对ZFY-10、UTY-19、mtDNA D-loop进行Sanger测序和序列分析,确认本试验样本的父系来源和母系来源。2.利用RT-qPCR对MSY的10个X-退化区基因在成年普通牛、牦牛、犏牛睾丸组织中的mRNA表达量进行比较分析。结果显示,RBMY、UBE1Y、EIF1AY在睾丸组织中特异表达,而其余基因在多种组织中广泛表达。UTY、OFD1Y、USP9Y在犏牛睾丸组织中的表达量显着高于普通牛和牦牛(P<0.004),而DDX3Y、EIF1AY、RBMY、ZFY、EIF2S3Y、ZRSR2Y、UBE1Y在犏牛睾丸组织中的表达量与普通牛和牦牛相比差异不显着(P>0.05)。该结果提示,UTY、OFD1Y和USP9Y在犏牛睾丸组织中的高表达可能与犏牛雄性不育相关。3.利用qPCR对MSY多拷贝基因TSPY1、PRAMEY、TSPY3、ZNF280BY、HSFY的拷贝数变异(CNV)进行比较分析。根据蛋白编码区序列的差异可将TSPY1、TSPY3和PRAMEY区分为2、2、4种亚型。利用类型特异且Y染色体特异性引物以DNA为模板进行qPCR分析显示:牦牛Y染色体上TSPY1-T2亚型DNA序列平均仅含1个拷贝,而普通牛平均含126个拷贝;牦牛Y染色体上缺少TSPY3-T2序列;PRAMEY-T2和PRAMEY-T4的拷贝数在牦牛Y染色体中发生了扩增。牦牛中ZNF280BY的拷贝数显着高于普通牛(P<0.001)。以上结果提示,普通牛和牦牛Y染色体基因结构存在差异。4.利用RT-qPCR对MSY多拷贝基因TSPY1、PRAMEY、TSPY3、ZNF280BY、HSFY的mRNA表达模式进行比较分析。结果显示,HSFY在睾丸和肌肉中主要表达,TSPY1、TSPY3、PRAMEY和ZNF280BY在睾丸中特异性或主要表达。与普通牛和牦牛相比,TSPY1-T2、PRAMEY-T2、HSFY和ZNF280BY在犏牛睾丸组织中的表达量极低,其表达模式与精子细胞标记基因PRM1和PRM2一致。PRAMEY-T3牦牛睾丸组织中的表达量与普通牛和犏牛相比显着降低(P<0.05),而在普通牛和犏牛间差异不显着(P>0.05);PRAMEY-T4在犏牛、牦牛、普通牛间无显着差异(P>0.05)。但通过自行制备PRAMEY-T3和PRAMEY-T4的特异性抗体进行western bolt分析发现,PRAMEY-T3在犏牛中表达升高,PRAMEY-T4在犏牛、牦牛、普通牛间无显着差异。结合犏牛睾丸组织中缺乏精子细胞的表型和mRNA表达模式,提示Y染色体多拷贝基因TSPY1-T2、ZNF280BY、HSFY和PRAMEY-T2可能主要参与减数分裂后的精子形成过程,这些基因的极低表达应该是由于犏牛无法正常产生精子而产生的结果。5.课题组已有转录组测序(RNA-Seq)分析发现精子发生相关基因在犏牛、普通牛和牦牛的睾丸组织间存在极显着差异表达。为了进一步探索犏牛雄性不育相关基因表达紊乱的表观遗传调控机制,利用WGBS对普通牛和F1代犏牛成熟睾丸组织DNA甲基化差异进行分析。结果显示,在差异甲基化区域(DMR),犏牛全基因组DNA甲基化程度显着升高,CpG岛、启动子区域和重复序列区域在犏牛睾丸中表现出超甲基化状态。鉴定出419个基因启动子发生超甲基化,主要富集于参与配子生成的DNA甲基化、piRNA代谢过程、精子生成等GO通路。联合RNA-seq数据发现,启动子发生超甲基化的piRNA生成通路基因在犏牛睾丸中mRNA表达极显着低于普通牛和牦牛(P<0.001)。由于粗线期piRNA对粗线期精母细胞向精子细胞转变过程起重要作用,piRNA生成受阻可能与犏牛无法正常产生精子相关。这些结果提示,生精关键基因在犏牛睾丸中发生超甲基化,将影响精子发生相关基因的表达和piRNA的生成,进而参与犏牛雄性不育。总之,本研究对普通牛、牦牛和犏牛Y染色体雄性特异区基因的表达模式分析表明,Y染色体的X-退化区基因和多拷贝基因在犏牛雄性不育中发挥不同的作用;对普通牛和犏牛睾丸组织的全基因组DNA甲基化差异分析表明,犏牛睾丸中基因组DNA发生明显超甲基化,启动子超甲基化主要涉及精子发生及piRNA生成通路基因,并抑制基因的表达。本研究结果揭示了Y染色体基因及基因组DNA甲基化与犏牛雄性不育的关系,将为揭示犏牛雄性不育的分子机制提供理论依据和科学数据。(本文来源于《西南大学》期刊2019-04-15）
刘合松[2]（2018）在《瘤牛和普通牛肝脏、脾脏组织中microRNAs的鉴定及差异表达分析》一文中研究指出家牛作为最重要的家养动物之一,为人类的生存和发展提供了重要的食物资源和生活资料,与人类文明关系密切,因此一直以来都是家养动物研究的重点对象。家牛被分为普通牛(Bos taurus taurus)和瘤牛(Bos taurus indicus)两个亚种或类型,它们不仅在外形方面差异明显,在很多生理学过程中也差异显着,因此研究并揭示二者间差异的分子机制具有十分重要的意义。microRNAs(miRNAs)作为一种内源性的长度在22个核苷酸左右的非编码小分子RNA,普遍存在于动物、植物和病毒中,相关研究表明miRNAs在生物体几乎所有的生物学过程中都起着关键的调控作用。此外,相对于人类和小鼠来说,家牛的miRNAs研究还相对滞后,目前也没有同时对瘤牛和普通牛的miRNAs进行相关研究的报道出现。鉴于此,本研究首次以普通牛为参照,选取健康的瘤牛和普通牛的两个重要的内脏器官—脾脏和肝脏(每种类型家牛的每个组织5个生物学重复实验,共20个组织样本)进行miRNAs高通量测序研究,以期发现瘤牛和普通牛中新的、特异性表达的miRNAs,瘤牛和普通牛的脾脏和肝脏中差异表达的miRNAs并对其进行功能分析,在此基础上为下一步探究瘤牛和普通牛之间的抗病力差异提供必要的研究依据,主要研究结果如下:在20个家牛组织样本中鉴定到的已知miRNAs个数分别从376—450个不等,其中bta-miR-122是瘤牛和普通牛的肝脏组织中表达量最高的已知miRNAs,bta-miR-143是瘤牛和普通牛的脾脏组织中表达量最高的已知miRNAs。而新预测到的novel miRNAs个数分别从554—832个不等,AC_000181.1_27195*是瘤牛和普通牛的肝脏组织中表达量最高的新预测miRNAs,AC_000168.1_14386*是瘤牛和普通牛的脾脏组织中表达量最高的新预测miRNAs,它们分别与人类的hsa-miR-3591-3p和hsa-miR-126-3p具有较高的同源性。bta-miR-2285c、bta-miR-2336、bta-miR-2440、bta-miR-3431、bta-miR-2478、bta-miR-2284w、bta-miR-6119-3p、bta-miR-2285t、bta-miR-2898等9个已知miRNAs是具有家牛特异性表达的miRNAs。而bta-miR-122,bta-miR-192、bta-miR-194、bta-miR-200、bta-miR-885等5个已知miRNAs是具有家牛肝脏组织特异性表达的miRNAs,其中bta-miR-192和bta-miR-194由RT-qPCR得以验证。瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间差异表达的已知miRNAs和新预测miRNAs的个数分别是17个和13个,瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的已知miRNAs和新预测的novel miRNAs个数分别是13个和13个。采用茎环法RT-qPCR对7个差异表达的miRNAs(bta-miR-135a、bta-miR-150、bta-miR-155、bta-miR-192、bta-miR-194、bta-miR-451、AC_000169.1_14517)进行验证,验证结果与高通量测序结果基本一致。对瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间、瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的新预测的novel miRNAs进行同源比对发现,它们中的大多数与bta-miR-2284和btamiR-2285家族中的成员具有较高的同源性,差异碱基只有2—3个。对瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间、瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的已知miRNAs靶基因进行功能富集分析,发现它们与家牛的胰岛素通路、mTOR信号通路、γ干扰素通路(IFN-γ)、IL5介导的信号机制、IL3介导的信号机制等与家牛代谢和免疫相关的通路有关。本研究首次对瘤牛和普通牛进行了miRNAs的对比研究,二者间发现了大量新的miRNAs和差异表达的miRNAs不仅丰富了家牛的miRNAs信息数据,而且也为后续进一步揭示瘤牛和普通牛之间众多性状差异背后的分子基础提供了重要的理论依据。(本文来源于《云南大学》期刊2018-05-01）
张丽,刘丽霞,陈红,于凌霄[3]（2017）在《牦牛和普通牛CAPN4基因内含子6多态性分析》一文中研究指出本研究采用PCR-SSCP技术和DNA测序法对大通牦牛、天祝白牦牛、甘南牦牛、普通牛4个群体CAPN4基因第6内含子的SNP多态性进行检测,并研究该基因在牦牛和普通牛群体中的遗传特征。试验所得表明:牦牛和普通牛CAPN4基因第6内含子表现出丰富的遗传多样性。CAPN4基因第6内含子检测到5种等位基因A-E,其中等位基因D和E仅存在于普通牛群体中。除天祝白牦牛外,等位基因B频率在其他3个牛群体中均在43%以上为优势等位基因。普通牛PIC<0.25为低度多态外,3个牦牛群体PIC>0.5为高度多态。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2017年12期）
段昕妤[4]（2017）在《基于全基因组重亚硫酸盐测序的瘤牛和普通牛的DNA甲基化差异分析》一文中研究指出家牛由瘤牛(Bos indicus)和普通牛(Bos taurus)两个类型组成,拥有丰富的表型多样性和基因组多样性,是研究家养动物表型性状形成的分子遗传基础的良好材料。DNA甲基化是表观遗传学修饰方法之一,也是基因型和表型之间的桥梁,它在很多生物代谢进程中发挥重要作用。目前,DNA甲基化的研究主要集中于生物模型或模式动物,如人类细胞系、小鼠及斑马鱼等,而对大型哺乳动物的甲基化研究却甚少。本研究中,我们采用全基因组重亚硫酸盐测序(wholegenome bisulfite sequencing,WGBS)对4个瘤牛和普通牛的肝脏进行了甲基化测序,以期了解家牛的甲基化模式、构建家牛全基因组的甲基化图谱,并找到瘤牛与普通牛之间的差异甲基化基因或区域。经序列比对和生物信息学分析后,研究结果发现,每个样品大约有1.5千万个甲基化胞嘧啶,甲基化模式以CG类型为主,CG序列占比高达95%,远高于CHH和CHG序列且基因和内含子是甲基化水平最高的功能元件。我们从全基因组和染色体两个角度绘制了家牛的甲基化图谱,可以清晰地看出CG序列甲基化水平最高。本次实验中我们共识别到448个差异显着的差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR),共273个差异甲基化基因显着富集到40条GO条目中。KEGG分析结果显示DMR相关的基因共富集到12条通路中,有显着富集的“癌症通路”和“嘌呤代谢”通路等。本研究识别了与疾病、免疫相关的差异甲基化基因并注释其功能,对今后瘤牛与普通牛表型和抗病力差异的表观遗传学研究具有重要意义。(本文来源于《云南大学》期刊2017-12-01）
王冠楠,赵宇鹏,陈玮娜,张萃,徐达[5]（2017）在《Gab1和Sfmbt2基因在成年普通牛8种不同组织中的印记状态分析》一文中研究指出旨在揭示Gab1(Grb2-associated binding protein 1)和Sfmbt2(Scm-like with four mbt domains 2)基因在牛不同组织以及胎盘中的印记状态,本研究应用基于单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)的RT-PCR(Reverse transcription-PCR)产物直接测序方法对Gab1和Sfmbt2基因在牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)以及胎盘中的印记状态进行分析。结果显示,在被分析的7个组织和胎盘中均检测到Gab1和Sfmbt2基因的表达。通过比较杂合子牛基因组PCR扩增产物与RT-PCR扩增产物在SNP位点的测序峰图,发现Gab1和Sfmbt2在被检测的7个组织和胎盘中均为双等位基因表达,说明Gab1和Sfmbt2在牛的组织和胎盘中是非印记的。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2017年06期）
田知利,陈杰,胡江,罗玉柱,刘秀[6]（2016）在《牦牛和普通牛DRB1* Intron 1-exon2序列变异分析》一文中研究指出为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变,第2外显子区检测到17处SNPs,两区域均表现为高度多态;单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象,A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高;聚类分析表明,牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富,可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。(本文来源于《华北农学报》期刊2016年03期）
廖珂[7]（2016）在《牦牛、普通牛和犏牛睾丸组织microRNA的比较研究》一文中研究指出牦牛与普通牛杂交,得到的后代犏牛具有显着的杂种优势,产肉、产乳量均高于牦牛,但表现出雄性不育,杂种优势的利用受到很大限制。为了了解miRNA在犏牛睾丸功能发挥及生殖调控过程中的作用,阐明生殖内分泌遗传调控机制,本研究进行了牦牛、普通牛、犏牛睾丸组织的miRNA鉴定及生物学功能研究。结果表明:(1)牦牛、普通牛和犏牛睾丸组织小RNA高通量测序分别获得73183534、75781455和74748250条高质量序列,经过质量控制处理后,牦牛、普通牛和犏牛的净数据分别为71008752、72004961和70481199条,分别对应8544379、9793585、8859608条唯一序列。在犏牛睾丸组织中大部分miRNA序列长度分布于20~23nt,其中长度为22nt(为典型的miRNA序列长度)所占比例最大,表明犏牛睾丸组织中富含miRNA;普通牛和牦牛的sRNA序列长度分布呈双峰分布,分别在21~23nt和26~30nt处出现峰值。(2)牦牛、普通牛和犏牛中鉴定到已知miRNA前体分别有509、511和585个,对应的已知mi RNA分别为473、478和560个。各文库mi RNA的总表达量主要集中在前30位miRNA,叁个文库中bta-mi R-10b均表达量最高,叁文库中表达量前15位共有19个(bta-miR-10b、bta-mi R-143、bta-let-7a-5p、bta-miR-26a、bta-miR-146b、bta-miR-125b、bta-miR-100、bta-miR-148a、bta-miR-125a、bta-miR-99a-5p、bta-let-7f、bta-miR-191、bta-let-7g、bta-miR-22-3p、bta-let-7b、bta-miR-34c、bta-miR-6526、bta-miR-27b、bta-miR-151-5p)。(3)普通牛、牦牛和犏牛叁个文库中共有580个miRNA,其中相同的439个,普通牛、牦牛和犏牛睾丸特异表达的miRNA分别有10、9和69个。与普通牛文库相比,犏牛中表达极显着下调和上调的分别有8和321个;与牦牛文库相比,犏牛中表达极显着下调和上调分别有11个和312个。犏牛睾丸中表达下调的bta-miRNA的有11个即bta-mi R-34b、bta-miR-2384、bta-miR-449a、bta-miR-34c、bta-miR-449b、bta-miR-449c、bta-miR-375、bta-mi R-133b、bta-miR-190b、bta-miR-7、bta-miR-208b、bta-miR-6526。其中叁文库中表达量前15位中除了bta-miR-34c、bta-mi R-6526在犏牛文库中表达下调,其余均在犏牛文库中表达上调。(4)目标miRNA的靶基因主要参与生物学过程调控、基因表达调控、细胞凋亡、细胞分化等生物学过程,具有蛋白结合功能,参与信号转导活动。bta-miR-10b和bta-miR-34c靶基因主要参与核苷酸结合、基因转录后表达调控、嘌呤核苷结合等生物学过程。靶基因主要在Wnt信号通路、Toll受体信号通路、促性腺激素释放激素受体通路、TGF-β信号传导途径、血管生成、细胞凋亡、p53通路等生殖相关的细胞信号通路中显着富集。睾丸中表达量较高的miRNA(bta-miR-125a、bta-miR-125b、bta-miR-26a、bta-miR-26b)调控靶基因涉及细胞凋亡机制,可能与犏牛精子发生阻滞相关。(本文来源于《西南民族大学》期刊2016-03-09）
李彦清,牛晓亮,胡江,闫伟,罗玉柱[8]（2015）在《牦牛和普通牛BoLA-DRA* Exon2-intron2多态性分析》一文中研究指出DRA基因属Bo LA家族Ⅱ类基因,编码Ⅱ类抗原分子的α链,其第2外显子编码的抗原结合区在抗原呈递中发挥重要作用。以天祝白牦牛、大通牦牛、甘南牦牛和普通牛为研究对象,利用PCR-SSCP的方法对Bo LA-DRA基因第2外显子及第2内含子多态性进行了检测。结果表明,DRA基因第2外显子区检测到197位T>C和116位G>A突变,对应A、B和C 3种等位基因,PIC值为0.249~0.424,为中度多态。第2内含子区发现1个A>G、1个T>C突变和1个C>T突变,对应a、b、c和d 4种等位基因,PIC值为0.389~0.515,为中度及高度多态。聚类分析表明,牦牛DRA基因第2外显子区碱基序列与普通牛以及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。(本文来源于《华北农学报》期刊2015年04期）
宋乔乔,柴志欣,钟金城[9]（2015）在《牦牛和普通牛基因组的密码子使用分析》一文中研究指出遗传密码和密码子的发现加深了人们对生命本质的认识,促进了分子生物学、分子遗传学等学科的飞速发展。为了解牦牛和普通牛的基因组、基因和密码子使用的特性,本研究以牦牛和普通牛的全基因组数据为材料,首次对牦牛、普通牛基因组的密码子使用特征和影响因素以及牛亚科动物线粒体基因的密码子偏好性进行了分析研究。结果表明:1、牦牛基因组编码区的G+C含量为0.53±0.08,GC3s含量为0.59±0.16;牦牛基因的密码子偏好性更多地受到碱基突变的影响,少数基因的密码子偏好性受到选择的影响;在牦牛基因组中有18个主要偏爱密码子和5个高频密码子;在牦牛与普通牛、人、小鼠、果蝇、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥和大肠杆菌的1/1000比值中大于等于2或小于等于0.5的密码子分别有0、0、1、8、0、20、3、10、12个。2、普通牛基因组编码区的G+C含量为0.53±0.09,GC3s含量为0.60±O.16:普通牛基因组密码子偏好性更多地受到碱基突变的影响,少数基因的密码子偏好性受到选择的影响:在普通牛基因组中有20个主要偏爱密码子和5个高频密码子。第一轴(Axis1)是解释基因密码子使用偏好性的主要参考轴,对应分析表明普通牛的Axis1轴与G+C含量、G-C3s、T3s、C3s、A3s、G3s、ENC、CAI、Seqlen有较强的相关性,与Gravy、Aromo的相关性较弱;CAI值与ENC值呈极显着负相关,与G+C含量、GC3s呈极显着正相关,与G+C含量、GC3s呈极显着负相关;长度为1000~2000bp的蛋白编码基因表达水平较高,密码子偏好性较强;长度为300~1000bp或大于2000bp的蛋白编码基因表达水平较低,密码子偏好性也较低。3、牛亚科动物线粒体基因的ENC值都小于40.50,显示出明显的密码子偏好性。CUA、GUA、UCA等13个密码子的RSCU值均大于1,为牛亚科动物使用相对较多的密码子;在聚类分析中,基于线粒体基因密码子偏好性的聚类结果与基于线粒体基因序列的聚类结果基本一致;聚类分析表明美洲野牛与牦牛聚为一类,爪哇野牛、普通牛、原始牛和瘤牛聚为一类,这与以往的动物学分类结果一致。综上所述,由于受基因突变、选择等多种因素的影响,牦牛、普通牛的基因均有一定的密码子使用偏好性,这些研究结果在今后研究牦牛、普通牛的基因组结构和基因功能,以及与适应性的分析中均值得重视,为进一步的研究提供了基础。(本文来源于《遗传多样性：前沿与挑战——中国的遗传学研究（2013-2015）——2015中国遗传学会大会论文摘要汇编》期刊2015-08-14）
宋乔乔[10]（2015）在《牦牛和普通牛基因组的密码子使用分析》一文中研究指出遗传密码和密码子的发现加深了人们对生命本质的认识,促进了分子生物学、分子遗传学等学科的飞速发展。为了解牦牛和普通牛的基因组、基因和密码子使用的特性,本研究以牦牛和普通牛的全基因组数据为材料,首次对牦牛、普通牛基因组的密码子使用特征和影响因素以及牛亚科动物线粒体基因的密码子偏好性进行了分析研究。结果表明:1、牦牛基因组编码区的G+C含量为0.53±0.08,GC3s含量为0.59±0.16;牦牛基因的密码子偏好性更多地受到碱基突变的影响,少数基因的密码子偏好性受到选择的影响;在牦牛基因组中有18个主要偏爱密码子和5个高频密码子;在牦牛与普通牛、人、小鼠、果蝇、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥和大肠杆菌的1/1000比值中大于等于2或小于等于0.5的密码子分别有0、0、1、8、0、20、3、10、12个。2、普通牛基因组编码区的G+C含量为0.53±0.09,GC3s含量为0.60±0.16;普通牛基因组密码子偏好性更多地受到碱基突变的影响,少数基因的密码子偏好性受到选择的影响;在普通牛基因组中有20个主要偏爱密码子和5个高频密码子。第一轴(Axis1)是解释基因密码子使用偏好性的主要参考轴,对应分析表明普通牛的Axis1轴与G+C含量、GC3s、T3s、C3s、A3s、G3s、ENC、CAI、Seqlen有较强的相关性,与Gravy、Aromo的相关性较弱;CAI值与ENC值呈极显着负相关,与G+C含量、GC3s呈极显着正相关,与G+C含量、GC3s呈极显着负相关;长度为1000~2000bp的蛋白编码基因表达水平较高,密码子偏好性较强;长度为300~1000bp或大于2000bp的蛋白编码基因表达水平较低,密码子偏好性也较低。3、牛亚科动物线粒体基因的ENC值都小于40.50,显示出明显的密码子偏好性。CUA、GUA、UCA等13个密码子的RSCU值均大于1,为牛亚科动物使用相对较多的密码子;在聚类分析中,基于线粒体基因密码子偏好性的聚类结果与基于线粒体基因序列的聚类结果基本一致;聚类分析表明美洲野牛与牦牛聚为一类,爪哇野牛、普通牛、原始牛和瘤牛聚为一类,这与以往的动物学分类结果一致。综上所述,由于受基因突变、选择等多种因素的影响,牦牛、普通牛的基因均有一定的密码子使用偏好性,这些研究结果在今后研究牦牛、普通牛的基因组结构和基因功能,以及与适应性的分析中均值得重视,为进一步的研究提供了基础。(本文来源于《西南民族大学》期刊2015-03-30）
普通牛论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
家牛作为最重要的家养动物之一,为人类的生存和发展提供了重要的食物资源和生活资料,与人类文明关系密切,因此一直以来都是家养动物研究的重点对象。家牛被分为普通牛(Bos taurus taurus)和瘤牛(Bos taurus indicus)两个亚种或类型,它们不仅在外形方面差异明显,在很多生理学过程中也差异显着,因此研究并揭示二者间差异的分子机制具有十分重要的意义。microRNAs(miRNAs)作为一种内源性的长度在22个核苷酸左右的非编码小分子RNA,普遍存在于动物、植物和病毒中,相关研究表明miRNAs在生物体几乎所有的生物学过程中都起着关键的调控作用。此外,相对于人类和小鼠来说,家牛的miRNAs研究还相对滞后,目前也没有同时对瘤牛和普通牛的miRNAs进行相关研究的报道出现。鉴于此,本研究首次以普通牛为参照,选取健康的瘤牛和普通牛的两个重要的内脏器官—脾脏和肝脏(每种类型家牛的每个组织5个生物学重复实验,共20个组织样本)进行miRNAs高通量测序研究,以期发现瘤牛和普通牛中新的、特异性表达的miRNAs,瘤牛和普通牛的脾脏和肝脏中差异表达的miRNAs并对其进行功能分析,在此基础上为下一步探究瘤牛和普通牛之间的抗病力差异提供必要的研究依据,主要研究结果如下:在20个家牛组织样本中鉴定到的已知miRNAs个数分别从376—450个不等,其中bta-miR-122是瘤牛和普通牛的肝脏组织中表达量最高的已知miRNAs,bta-miR-143是瘤牛和普通牛的脾脏组织中表达量最高的已知miRNAs。而新预测到的novel miRNAs个数分别从554—832个不等,AC_000181.1_27195*是瘤牛和普通牛的肝脏组织中表达量最高的新预测miRNAs,AC_000168.1_14386*是瘤牛和普通牛的脾脏组织中表达量最高的新预测miRNAs,它们分别与人类的hsa-miR-3591-3p和hsa-miR-126-3p具有较高的同源性。bta-miR-2285c、bta-miR-2336、bta-miR-2440、bta-miR-3431、bta-miR-2478、bta-miR-2284w、bta-miR-6119-3p、bta-miR-2285t、bta-miR-2898等9个已知miRNAs是具有家牛特异性表达的miRNAs。而bta-miR-122,bta-miR-192、bta-miR-194、bta-miR-200、bta-miR-885等5个已知miRNAs是具有家牛肝脏组织特异性表达的miRNAs,其中bta-miR-192和bta-miR-194由RT-qPCR得以验证。瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间差异表达的已知miRNAs和新预测miRNAs的个数分别是17个和13个,瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的已知miRNAs和新预测的novel miRNAs个数分别是13个和13个。采用茎环法RT-qPCR对7个差异表达的miRNAs(bta-miR-135a、bta-miR-150、bta-miR-155、bta-miR-192、bta-miR-194、bta-miR-451、AC_000169.1_14517)进行验证,验证结果与高通量测序结果基本一致。对瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间、瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的新预测的novel miRNAs进行同源比对发现,它们中的大多数与bta-miR-2284和btamiR-2285家族中的成员具有较高的同源性,差异碱基只有2—3个。对瘤牛脾脏和普通牛脾脏之间、瘤牛肝脏和普通牛肝脏之间差异表达的已知miRNAs靶基因进行功能富集分析,发现它们与家牛的胰岛素通路、mTOR信号通路、γ干扰素通路(IFN-γ)、IL5介导的信号机制、IL3介导的信号机制等与家牛代谢和免疫相关的通路有关。本研究首次对瘤牛和普通牛进行了miRNAs的对比研究,二者间发现了大量新的miRNAs和差异表达的miRNAs不仅丰富了家牛的miRNAs信息数据,而且也为后续进一步揭示瘤牛和普通牛之间众多性状差异背后的分子基础提供了重要的理论依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
普通牛论文参考文献
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