网状内皮组织增生病病毒感染对鸡胚成纤维细胞可变剪接的影响

网状内皮组织增生病病毒感染对鸡胚成纤维细胞可变剪接的影响

论文摘要

本实验旨在研究网状内皮组织增生病病毒(REV)感染鸡胚成纤维细胞(CEFs)可变剪接的模式及其对细胞生物进程影响的机制。采用高通量测序技术对REV感染的CEFs(VB组)和正常的CEFs(C组)发生的可变剪接事件进行比较分析,并通过PCR和凝胶电泳对实验结果进行验证。共检测到6 939个基因发生可变剪接,其中外显子跳跃(SE)是最普遍的剪接模式。此外,5 607个可变剪接基因是显著差异表达的,其中2 825个基因的表达与C组相比是显著上调的,2 782个基因的表达是显著下调的。这些差异表达的可变剪接基因参与了细胞中许多重要的生物学过程,验证结果也显示高通量测序的结果是真实可靠的。结果提示,由REV感染引起的可变剪接基因差异表达与CEFs中凋亡和肿瘤发生密切相关,为REV感染的防治提供了新的视角。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 材料
  •     1.1.1 细胞
  •     1.1.2 病毒
  •     1.1.3 主要试剂和仪器
  •   1.2 方法
  •     1.2.1 细胞分组与病毒感染
  •     1.2.2 总RNA的提取和检测
  •     1.2.3 文库构建和测序
  •     1.2.4 测序数据分析
  •     1.2.4 可变剪接基因的识别和差异表达分析
  •     1.2.5 差异表达可变剪接基因的聚类和功能分析
  •     1.2.6 测序结果验证
  •     1.2.7 测序数据
  • 2 结果
  •   2.1 CEFs感染REV的验证
  •   2.2 样本转录组描述
  •   2.3 可变剪接基因的识别
  •   2.4 可变剪接基因的差异表达分析
  •   2.5 差异表达可变剪接基因的功能分析
  •   2.6 测序结果的验证
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 国内会议

    作者: 高畅,翟杰,党盛源,郑世民

    关键词: 可变剪接,网状内皮组织增生病毒,高通量测序,基因差异表达,凋亡,肿瘤发生

    来源: 中国畜牧兽医学会兽医病理学分会第二十五次学术交流会、中国病理生理学会动物病理学专业委员会第二十四次学术研讨会、中国实验动物学会实验病理学专业委员会第四次学术研讨会、中国兽医病理学家第四次研讨会 2019-07-27

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 东北农业大学动物医学学院黑龙江省实验动物与比较医学重点实验室

    分类号: S852.65

    页码: 404-416

    总页数: 13

    文件大小: 1162k

    下载量: 27

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