导读:本文包含了数据软件包论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:软件包,步态,数据,转录,格式,韧性,软件。
数据软件包论文文献综述
陈静[1]（2018）在《多来源测震数据获取通用接口软件包的研发》一文中研究指出通过深入研究地震监测系统JOPENS数据库数据格式以及SEED格式,利用Java语言实现了可扩展的技术框架,提供一系列方便获取测震数据的统一接口。开发人员不需了解测震数据存储标准,通过调用通用软件接口便能高效便利地从多种数据来源(来自测震数据库中的连续波形、事件波形以及SEED文件)轻松获取经过解压缩处理后的测震数据,大大提高了开发效率。(本文来源于《电脑编程技巧与维护》期刊2018年09期）
吴吉妍[2]（2018）在《转录组测序数据分析集成软件包开发及其在杨树上的应用》一文中研究指出作为二代测序技术之一,转录组测序技术已经广泛应用于许多物种的基因差异表达和基因注释研究中。现有多种转录组测序数据差异表达分析软件,但分析步骤多而且复杂,并且不同的分析方案其运行结果差别较大。为了方便研究者自己使用软件进行差异表达计算分析,并从多个计算结果中选择有利于解释研究对象基因表达机理的结果,本文编写了一个集成的Perl软件包。使用该软件包对在正常和干旱胁迫两种条件下的小叶杨(Populus simonii)和美洲黑杨(P.deltoides)‘I-69’转录组测序数据进行了多种策略的差异表达分析,并对相应的结果进行了比较。本研究获得的主要结果如下:(1)针对一般的转录组测序数据,考虑了研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序数据、不同的基因表达量计算方法以及不同的基因差异表达显着性检验方法等因素,利用Trinity、Cufflinks和StringTie等与转录组数据分析相关的软件,使用Perl语言开发出了集成的转录组测序数据分析软件包findDEG。该软件包有十多种分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,极大地方便了研究者的使用,软件的网址为:http://www.bioseqdata.com/find DEG/findDEG.htm。(2)采用有参考基因组序列的分析策略分析了杨树转录组测序数据,结果小叶杨和美洲黑杨‘I-69’在正常和干旱胁迫两种条件下有70%以上的短序列(reads)比对到毛果杨(P.trichocarpa)参考基因组序列上;正常条件下小叶杨数据组装出了35,886条转录本和28,002条基因,干旱胁迫条件下有36,591条转录本和28,825条基因;正常条件下美洲黑杨‘I-69’数据得到了38,678条转录本和29,178条基因,干旱胁迫条件下有41,415条转录本和30,693条基因。使用旧版Cufflinks(v2.1.1)软件在小叶杨中筛选出了33个差异表达基因,而在美洲黑杨‘I-69’中筛选出了28个差异表达基因。使用新版Cufflinks(v2.2.1)在小叶杨中筛选出了53个差异表达基因,而在美洲黑杨‘I-69’中筛选出了28个差异表达基因。(3)采用无参考基因组序列的分析策略,将小叶杨转录组测序数据进行从头拼接,结果拼接出了基因138,936条,N50长度为1,336bp;获得231,139转录本,N50长度为1,737bp。将美洲黑杨‘I-69’转录组测序数据进行拼接,得到109,116基因,N50长度为1,582bp;获得227,490转录本,N50长度为1,862bp。同时,在小叶杨中发现了1,641条差异表达基因和2,015条差异表达转录本,在美洲黑杨‘I-69’中发现了1,752条差异表达基因和2,096条差异表达转录本。(4)将差异表达基因进行GO注释。从小叶杨和美洲黑杨‘I-69’中筛选出的差异表达基因都注释到了与干旱相关的注释条目。总之,本研究开发的转录组测序数据分析集成软件包findDEG,其功能齐全,操作简单,极大地方便了广大研究者的使用。从杨树实际数据分析结果可以看出,不同转录组数据分析方案其结果差别较大。建议研究者在转录组测序研究中使用二种以上分析策略,在多种计算方案结果中选择较好的来解释研究对象的基因表达机理。(本文来源于《南京林业大学》期刊2018-06-01）
吴丹丹,阮伋,王永安,孙昌[3]（2017）在《Phred/Phrap/Consed/Polyphred:类Unix平台的测序数据管理和SNP识别软件包》一文中研究指出尽管二代基因组测序技术日渐流行,Sanger测序依旧是SNP识别和分析的金标准。传统对于Sanger测序结果的分析多依赖Seq Man等软件进行。然而这类软件大多依靠人工操作来识别和记录测序结果中的SNP位点,效率低下且容易发生错误。此外,当对多个个体进行序列测定时,这类软件无法完成对群体数据的管理和输出,给研究人员造成了一定的不便。Phred/Phrap/Consed/Polyphred是华盛顿大学开发的基于类Unix平台的软件包,在大规模测序数据的管理和SNP自动识别、标记与输出方面具有强大的功能。然而,由于其安装和使用较为复杂,在国内较少使用。本研究对该软件包的功能、使用流程、特点等进行了介绍,并将其安装于Ubuntu12.04操作系统并置于VMware虚拟机中,方便遗传学者的下载和使用。(本文来源于《生物信息学》期刊2017年03期）
陈静,何香玲[4]（2017）在《测震数据对象关系映射软件包设计》一文中研究指出在深入研究JOPENS数据库数据模型,SEED文件格式基础上,通过对Jrdseed开源软件包进行继承、功能扩展与封装,设计实现Java环境的测震数据对象关系映射软件包。即使不了解测震数据存储标准,也能应用该程序,只需调用该通用软件包接口,便能高效便利的从多种数据来源(来自JOPENS数据库中的连续波形、事件波形以及SEED文件)轻松获取解压缩处理后的测震数据,使研发效率获得大幅提升。(本文来源于《地震地磁观测与研究》期刊2017年04期）
赵文,饶家声,赵璨,魏瑞晗,杨朝阳[5]（2015）在《脊髓损伤恒河猴后肢叁维步态数据处理软件包的设计和实现》一文中研究指出目的基于Matlab建立一套可用于脊髓损伤非人灵长类恒河猴的叁维步态数据处理的软件包,实现原始数据读入、步态周期自动划分、多种步态参数计算和绘图等功能。方法使用Vicon系统对健康及脊髓损伤后6周的恒河猴后肢叁维步态数据进行采集,获取双后肢连续步进的运动学数据。基于Matlab开发叁维步态数据处理软件,进行步态周期划分及140种步态参数计算。结果该软件包成功读取恒河猴的原始叁维步态数据,完成对正常与异常(脊髓损伤后)后肢步态周期的自动划分,报告并生成相应的曲线图。结论本研究建立的软件包扩展了Vicon数据的通用性,实现步态周期的自动划分及良好的人机交互,计算多种步态参数并实现结果的可视化。(本文来源于《中国康复理论与实践》期刊2015年07期）
潘小波[6]（2015）在《数字水准仪数据处理通用软件包程序设计》一文中研究指出本文主要对不同类型数字水准仪记录数据的后期处理,设计通用软件包程序,实现对观测数据的自动化识别,按照不同规范限差要求检查原始数据,生成水准规范中要求的观测手簿和计算表格,减少内业工作量。通用软件包是基于VC和Office的混合编程程序设计实现数字水准数据的自动提取、生成规范要求的Word观测手簿和Excel计算表格,提高数字水准仪的一体化和自动化程度的效果。(本文来源于《中国科技信息》期刊2015年Z2期）
王苏,许花,孙业帅,陈义学[7]（2013）在《分层数据格式在COSINE软件包物理子系统中的应用》一文中研究指出在COSINE平台物理子系统的开发过程中,为提升程序执行效率而引入了若干先进算法或技术,其中包含用于优化过程数据存储的分层数据格式技术。分层数据格式具有数据模型通用、文件格式自由、接口功能高效等优点,因而被国内外各着名科研机构普遍采用。国核软件中心首次在国内将该技术应用于核电软件开发。本文定性分析了分层数据格式对于提高物理程序再启动模块及组件-堆芯接口模块执行效率的原因,说明了分层数据格式能够契合物理程序的过程数据存储特性。此外本文中还包含引入分层数据格式前后程序各相关模块执行效率的初步比对结果,这些结果能够充分支持定性分析结论。(本文来源于《第六届反应堆物理与核材料学术研讨会第叁届核能软件自主化研讨会会议摘要集》期刊2013-08-12）
贺雷,吴宏春,曹良志,张宏博[8]（2013）在《NECP软件包中NECL子群数据与任意几何共振模块研制》一文中研究指出本文基于子群方法对NECP软件包开发了多群数据库模块和子群共振计算模块。采用本实验室开发的二维任意几何输运程序矩阵MOC作为子群共振模块的求解器。使用MCNP与子群程序计算一系列的共振基准题,并比较了两者所计算的无限增殖因数kinf和235 U与238 U的微观截面。结果表明,子群程序对任意几何有良好的适应性和精度,可适用于二维任意几何的共振计算。(本文来源于《原子能科学技术》期刊2013年S1期）
谢玲玲,尚庆通[9]（2012）在《LDEO软件包处理LADCP数据的过程详解》一文中研究指出LDEO(Lamont-Doherty Earth Observatory)软件是基于逆方法原理研发的LADCP处理软件。该软件由上百个MatLab m文件组成,不便于用户快速彻底掌握。本文概括了该软件的主要思路,并对该软件中的主要步骤及相关m文件的具体过程进行了详细说明。(本文来源于《中国科技信息》期刊2012年16期）
林虎,杨文,佟振峰[10]（2011）在《断裂韧性试验数据分析软件包——CraX》一文中研究指出断裂韧性测试技术包括CT型试样的断裂韧性测试技术、叁点弯曲试样的断裂韧性测试技术、材料J积分的测试技术、材料CTOD的测试技术等,且在试验过程中可能会产生大量的试验数据。为了处理大量的试验数据,也为了拥有针对各种类型试验结果的分析处理能力,开发了CraX程序。CraX程序是采用Matlab语言编写,用于断裂韧性试验数据计算分析的软件包。(本文来源于《中国原子能科学研究院年报》期刊2011年00期）
数据软件包论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
作为二代测序技术之一,转录组测序技术已经广泛应用于许多物种的基因差异表达和基因注释研究中。现有多种转录组测序数据差异表达分析软件,但分析步骤多而且复杂,并且不同的分析方案其运行结果差别较大。为了方便研究者自己使用软件进行差异表达计算分析,并从多个计算结果中选择有利于解释研究对象基因表达机理的结果,本文编写了一个集成的Perl软件包。使用该软件包对在正常和干旱胁迫两种条件下的小叶杨(Populus simonii)和美洲黑杨(P.deltoides)‘I-69’转录组测序数据进行了多种策略的差异表达分析,并对相应的结果进行了比较。本研究获得的主要结果如下:(1)针对一般的转录组测序数据,考虑了研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序数据、不同的基因表达量计算方法以及不同的基因差异表达显着性检验方法等因素,利用Trinity、Cufflinks和StringTie等与转录组数据分析相关的软件,使用Perl语言开发出了集成的转录组测序数据分析软件包findDEG。该软件包有十多种分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,极大地方便了研究者的使用,软件的网址为:http://www.bioseqdata.com/find DEG/findDEG.htm。(2)采用有参考基因组序列的分析策略分析了杨树转录组测序数据,结果小叶杨和美洲黑杨‘I-69’在正常和干旱胁迫两种条件下有70%以上的短序列(reads)比对到毛果杨(P.trichocarpa)参考基因组序列上;正常条件下小叶杨数据组装出了35,886条转录本和28,002条基因,干旱胁迫条件下有36,591条转录本和28,825条基因;正常条件下美洲黑杨‘I-69’数据得到了38,678条转录本和29,178条基因,干旱胁迫条件下有41,415条转录本和30,693条基因。使用旧版Cufflinks(v2.1.1)软件在小叶杨中筛选出了33个差异表达基因,而在美洲黑杨‘I-69’中筛选出了28个差异表达基因。使用新版Cufflinks(v2.2.1)在小叶杨中筛选出了53个差异表达基因,而在美洲黑杨‘I-69’中筛选出了28个差异表达基因。(3)采用无参考基因组序列的分析策略,将小叶杨转录组测序数据进行从头拼接,结果拼接出了基因138,936条,N50长度为1,336bp;获得231,139转录本,N50长度为1,737bp。将美洲黑杨‘I-69’转录组测序数据进行拼接,得到109,116基因,N50长度为1,582bp;获得227,490转录本,N50长度为1,862bp。同时,在小叶杨中发现了1,641条差异表达基因和2,015条差异表达转录本,在美洲黑杨‘I-69’中发现了1,752条差异表达基因和2,096条差异表达转录本。(4)将差异表达基因进行GO注释。从小叶杨和美洲黑杨‘I-69’中筛选出的差异表达基因都注释到了与干旱相关的注释条目。总之,本研究开发的转录组测序数据分析集成软件包findDEG,其功能齐全,操作简单,极大地方便了广大研究者的使用。从杨树实际数据分析结果可以看出,不同转录组数据分析方案其结果差别较大。建议研究者在转录组测序研究中使用二种以上分析策略,在多种计算方案结果中选择较好的来解释研究对象的基因表达机理。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
数据软件包论文参考文献
[1].陈静.多来源测震数据获取通用接口软件包的研发[J].电脑编程技巧与维护.2018
[2].吴吉妍.转录组测序数据分析集成软件包开发及其在杨树上的应用[D].南京林业大学.2018
[3].吴丹丹,阮伋,王永安,孙昌.Phred/Phrap/Consed/Polyphred:类Unix平台的测序数据管理和SNP识别软件包[J].生物信息学.2017
[4].陈静,何香玲.测震数据对象关系映射软件包设计[J].地震地磁观测与研究.2017
[5].赵文,饶家声,赵璨,魏瑞晗,杨朝阳.脊髓损伤恒河猴后肢叁维步态数据处理软件包的设计和实现[J].中国康复理论与实践.2015
[6].潘小波.数字水准仪数据处理通用软件包程序设计[J].中国科技信息.2015
[7].王苏,许花,孙业帅,陈义学.分层数据格式在COSINE软件包物理子系统中的应用[C].第六届反应堆物理与核材料学术研讨会第叁届核能软件自主化研讨会会议摘要集.2013
[8].贺雷,吴宏春,曹良志,张宏博.NECP软件包中NECL子群数据与任意几何共振模块研制[J].原子能科学技术.2013
[9].谢玲玲,尚庆通.LDEO软件包处理LADCP数据的过程详解[J].中国科技信息.2012
[10].林虎,杨文,佟振峰.断裂韧性试验数据分析软件包——CraX[J].中国原子能科学研究院年报.2011
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